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继巴斯德之后，在狂犬病疫苗上开辟新时代的是希拉里·科普罗夫斯基（Hilary Koprowski），他与美国费城威斯达研究所（Wistar Institute）的同事在20世纪60年代末开发出了新一代的细胞培养疫苗，称为人双倍体细胞疫苗（human diploid cell vaccine，HDCV）。后来学者采用不同的细胞进行培养，先后诞生了纯化鸡胚细胞疫苗（PCEC）、纯化绿猴肾细胞疫苗（PVRV）、纯化鸭胚细胞疫苗（PDEV）、狂犬病毒吸附疫苗（RVA，采用猕猴肺纤维细胞培养）等。
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巴斯德的第一代疫苗是减毒活疫苗，由于采用生物组织制备，易于发生过敏反应，副作用大，还存在减毒疫苗变异恢复活性的可能，安全性不如第二代疫苗。第二代疫苗是灭活疫苗，通常用β-丙内酯灭活，其安全性与诱导免疫的能力都差不多。中国曾经采用苏联发明的仓鼠肾细胞疫苗（PHKCV），用狂犬病毒的北京菌株生产，用甲醛灭活。
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在动物用的疫苗上，由于安全性要求不如用在人身上，现在仍然可以使用减毒活疫苗。巴斯德最早是用兔子传代生产疫苗，后来科普罗夫斯基在1948年改用鸡与鸡胚传代，最终产生一种称为Flury菌株，它来源于1939年在美国的一个患者，如果传代40~50次，称为低传代Flury菌株（Flury LEP），如果传代达到227~230次则称为高传代Flury菌株，这种减毒疫苗具有较好的免疫效果。减毒疫苗的一个现实威胁就是本身可以引发狂犬病，在1968年开发的ERA疫苗，免疫效果很好，但数起在猫身上发生的狂犬病导致了它退出市场。
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ERA疫苗是基于在1935年于美国阿纳巴马的一只狗身上发现的狂犬病毒，其毒株称为SAD（street alabama dufferin）株。这一毒株也是后来开发出来的SAD B19疫苗的基础，这一疫苗是为野生动物口服用的，目的是减少自然界狂犬病毒的库存。SAD B19毒力不弱，所以后来进一步减毒产生了SAG2，是现有的野生动物疫苗饵的主要成分之一。由于这两种口服疫苗余毒仍然嫌高，不耐热，针对北美地区的浣熊与条纹鼬效果不佳，在20世纪80年代，随着基因工程技术的发展，合成了一种新疫苗，用牛痘病毒加入狂犬病毒的糖蛋白抗原基因，称为牛痘狂犬病毒糖蛋白（vaccinia rabies glycoprotein，VRG），VRG疫苗多用于北美地区制作疫苗饵，清除野生动物中的狂犬病毒。
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希勒曼：开发40余种疫苗的大师
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莫里斯·拉尔夫·希勒曼（Maurice Ralph Hilleman，1919—2005）是一种美国病毒学家，他一生开发了40余种疫苗，在14种国家计划疫苗中，他开发了8种：麻疹、腮腺炎、甲型肝炎、乙型肝炎、水痘、脑膜炎、肺炎和流感嗜血杆菌疫苗。他在发现腺病毒、肝炎病毒和SV40病毒中也发挥了作用。他幼年丧母，在八年级时，他被逮到在教堂礼拜时偷看达尔文的《物种进化论》。1944年他获得芝加哥大学微生物学博士学位，他在博士论文中论述了衣原体感染，这种通常被认为是病毒引起的疾病，其实是生长在细胞内的衣原体引起的。
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毕业后，他加入施贵宝公司的一个分公司（E.R. Squibb & Sons），当时“二战”正在进行，他针对太平洋美军患的一种感染性疾病，开发了流行性乙脑（Japanese B encephalitis）疫苗。1948年，他来到华特瑞陆军研究院（Walter Reed Army Institute of Research）担任呼吸疾病研究主管，在这里他发现了流感病毒易于变异的特性。由此，他预感到1957年的中国香港流感爆发可能会带来非常大的危害，通过连续9天的工作，他分离了相关的流感病毒，并制备了相应疫苗。4000万份疫苗被生产和应用，虽然美国仍有6万余人死于这次流感，但损失大大降低了。
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1957年他加入了美国默克公司担任疫苗事务部负责人。1963年，他的女儿患了腮腺炎，他从女儿身上分离到病毒株，并开发出了疫苗，这一疫苗今天仍在使用。并且，他还用这一病毒开发出了麻腮风三联疫苗，这是第一个被批准的多种病毒同用的疫苗。
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他还发现，猿猴病毒如SV40等能造成其他病毒的污染，例如对脊髓灰质炎病毒的污染。1961年发生了污染事件，使得索尔克（Salk）疫苗被召回，被阿尔伯特·萨宾（Albert Sabin）的口服疫苗替换。虽然后者也被污染，但口服无害。
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行万里路，采万人血：乙肝病毒（HBV）疫苗的发现
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20世纪50年代，美国医生／基因学家巴鲁克·塞缪尔·布隆伯格（Baruch Samuel Blumberg，1925—2011）周游世界，采集各地血样，研究相关的疾病。1963年，他在患有黄疸患者的血样中发现了乙肝病毒抗原（HBVsAg）。1968年，病毒学家阿尔弗雷德·普林斯（Alfred Prince）发现这个抗原是乙肝病毒的蛋白。后来布隆伯格研究认为这一病毒可以造成肝癌。另外他的团队开发了乙肝病毒（HBV）的检测试剂盒，并与美国默克公司合作制备疫苗，免费给药企使用。他因这些工作而获得1976年诺贝尔生理学或医学奖。
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美国默克公司获得HBV使用权后，希勒曼与团队通过用胃蛋白酶、尿素和甲醛处理的办法，得到了疫苗。希勒曼还假设，用乙肝表面蛋白注射给正常人后，正常人会被免疫，并产生相应的抗体，当被免疫者再接触HBV时，就会产生免疫力。
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他通过收集患者血液，从血液中得到病毒，通过多种步骤，杀死病毒得到表面抗原，然后开展临床研究。1981年，美国FDA批准了这一疫苗的使用。
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因为这一疫苗是从血液中提取制备，所以在AIDS被发现后引发了广泛担忧，虽然这一疫苗的制备过程杀死了所有病毒包括HBV自身，即便血液中有HIV也会被杀死。后来这一疫苗被酵母基因工程疫苗取代。
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希龙公司（Chiron Corporation）于1981年成立，公司创立者之一巴勃罗·DT·巴伦苏埃拉（Pablo DT Valenzuela）本身是位分子生物学家，在他主持下，公司与肯尼思·默里（Kenneth Murray，1930—2013）合作。默里是一位英国分子生物学家，他的妻子诺琳（Noreen）也是一位生物学家。他的团队通过基因工程技术开发出了HBV疫苗。希龙公司开始生产基因工程HBV疫苗。他们把乙肝表面抗原基因整合到酵母细胞中，通过发酵得到了乙肝表面抗原蛋白。由此制成了世界上第一个基因工程疫苗。
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这一疫苗发挥了非常大的作用。受益于基因工程疫苗，中国青少年的乙肝感染率大大降低了。另外，默里也是百健（Biogen）公司的创始人之一。
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病毒致癌：人乳头瘤病毒（HPV）疫苗的发现
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人类疱疹病毒（Epstein-Barr virus，EBV）4型的命名是为了纪念迈克尔•安东尼•爱泼斯坦（Michael Anthony Epstein，1921— ）和伊冯娜•巴尔（Yvonne Barr，1932— ），两人于1964年发现了本病毒。相应的细胞被送到费城儿童医院的沃纳•亨利（Werner Henle）和格特鲁德•亨利（Gertrude Henle）夫妇那里，他们在研究这一病毒时发现，EBV可以直接使B细胞永生化（不断繁殖导致癌症），相关结果发表于1968年。
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德国病毒学家哈拉尔德•祖尔•豪森（Harald zur Hausen，1936— ）曾在亨利夫妇实验室接触过这一病毒。1977年，豪森担任德国弗莱堡大学（University of Freiburg）的病毒和病原系主任。他与卢茨•吉斯曼（Lutz Gissmann）合作，分离出了人乳头瘤病毒6（human papillomavirus 6，HPV6），他又与未来的第二任妻子埃特尔-米歇尔•德•维利尔斯（Ethel-Michele de Villiers）合作，提取了HPV6的DNA。
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1983年，豪森又在子宫癌患者的样本中发现HPV16及其DNA，一年后又发现HPV18。他发现这一病毒在75%的患者身上可以检测到，于是确信HPV是导致子宫癌的病因。因发现HPV致癌，豪森获得了2008年的诺贝尔生理学或医学奖。
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1988年，周健（Jian Zhou，1957—1999）从北京医科大学生物化学研究所到位于剑桥大学的英国帝国癌症研究基金会（ICRF）下属肿瘤和病毒实验室，在国际HPV研究先驱莱昂内尔•克劳福德（Lionel Crawford）教授指导下做研究。1989年，周健的妻子孙小依也来到这里做访问学者。
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他们遇见了从澳大利亚昆士兰大学来这里度学术休假的免疫学家伊恩•弗雷泽（Ian Frazer）教授。弗雷泽和周健在相邻的两个实验室工作。
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弗雷泽一直希望能研制出HPV疫苗，这让他与周健找到了共同兴趣点。1990年，弗雷泽准备回澳大利亚时，邀请周健夫妇到昆士兰大学（University of Queensland）的免疫学实验室，继续共同研究HPV。
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HPV需要在活细胞中培养，但病毒繁殖时与活细胞基因融合，病毒内核是导致疾病的病毒DNA，外表是一层有20个面的蛋白质“外壳”。如何获得提纯的HPV蛋白质外壳，进而进行免疫试验，成为一个当时难以逾越的障碍。
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