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（二）体格检查
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1．患儿体重较低，精神、反应尚可。注意眼部表现，常有结膜炎，眼部先出现浆液性渗出物，很快变为脓性，眼睑水肿明显，结膜充血显著并有些增厚，病变以下睑结膜更重。新生儿因缺乏淋巴样组织，故无沙眼典型的滤泡增生（年长儿沙眼患者结膜滤泡增生明显，上睑结膜病变更重）。
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2．发生沙眼衣原体肺炎时有呼吸急促、喘憋，个别出现呼吸暂停、三凹征、呼吸不规则，因两肺过度充气，常见胸廓隆起，肺可听到细湿啰音，偶有哮鸣音。因肺气肿使横膈下移，因而肝脾易被扪及。多不发热或有低热。
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（三）辅助检查
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1．实验室检查
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（1）血常规 周围白细胞计数一般正常，嗜酸性细胞计数可轻度增多。
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（2）直接涂片检查 对沙眼衣原体结膜炎患儿可进行下穹窿与下睑结膜刮片，直接涂片后用姬姆萨染色后镜检，可见胞浆内包涵体及大量多核白细胞；或用碘液染色后镜检，沙眼衣原体包涵体遇碘呈棕褐色即阳性。
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（3）沙眼衣原体抗原检查 应用免疫学方法检查鼻咽部、结膜刮片中的沙眼衣原体抗原。
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（4）细胞培养 可用气管或鼻咽吸取物、鼻咽拭子采集标本做细胞培养，48～72小时后用碘液或姬姆萨染色，如发现典型的细胞浆中包涵体者为阳性。
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（5）沙眼衣原体抗体检查 应用免疫学方法检测，特异性沙眼衣原体IgM抗体效价≥1∶64。母亲传给胎儿的特异性沙眼衣原体IgG抗体可持续数周，故第2次复查时，IgG抗体滴度增高4倍才有诊断价值。
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（6）沙眼衣原体核酸检查 应用聚合酶链反应（PCR）、连接酶扩增反应（LCR）等方法，检测标本中沙眼衣原体DNA。
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2．特殊检查 X线胸片可见双肺广泛间质和（或）肺泡浸润，常见过度充气、支气管周围炎、局灶性肺不张，偶见大叶实变，胸腔积液罕见。
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（四）诊断要点
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1．新生儿生后5～14天两眼出现浆液性渗出物，后转为脓性，眼睑水肿、结膜明显充血。
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2．新生儿生后2～4周左右有鼻塞、咳嗽、呼吸急促、喘憋，肺可闻及细湿啰音，偶有哮鸣音。胸片过度充气、支气管周围炎、局灶性肺不张。
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3．下穹窿或下睑结膜刮片直接涂片镜检，见胞浆内包涵体及大量多核白细胞，或碘液染色后镜检呈棕褐色。
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4．免疫学方法在结膜渗出物、鼻咽吸取物等检出沙眼衣原体抗原。
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5．气管或鼻咽吸取物、鼻咽拭子细胞培养、染色后可见细胞浆中有特异性包涵体。
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6．血清沙眼衣原体IgM抗体效价≥1∶64，或双份血清沙眼衣原体IgG抗体滴度效价呈4倍增加。
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7．分子生物学方法在血、结膜渗出物、鼻咽吸取物等检出沙眼衣原体核酸。
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有上述第1项或第2项，同时具备第3～7项中的任何一项，可确诊本病。
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（五）鉴别诊断
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1．新生儿金黄色葡萄球菌肺炎 两者都有咳嗽、气促、呼吸困难，肺内可闻及中、细湿啰音。但金葡菌肺炎往往中毒症状重，神萎，呻吟，面色苍灰，反应差，黄疸较重，常并发休克、化脓性脑膜炎、脓胸、肺脓疡等。白细胞计数常增高，也可减少。胸片常有大小不等的播散病灶和云絮状影。血、脓培养阳性可资鉴别。
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2．巨细胞病毒肺炎 也有咳喘、气促、呼吸困难，但CMV肺炎往往喘憋较重，肺内哮鸣音更多，常有黄疸、前囟较小、肝脾肿大、肝功能异常，血CMV-IgM阳性或尿CMV-DNA阳性可资鉴别。
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3．新生儿淋球菌性结膜炎 母亲有淋病，新生儿生后1～4天双眼有脓液外溢，眼睑红肿、结膜明显充血，可发生角膜炎、角膜溃疡、穿孔，脓液涂片见白细胞内有革兰阴性双球菌。而沙眼衣原体结膜炎在生后5～14天发病，无角膜炎、角膜溃疡、穿孔，脓液刮片见上皮细胞内有包涵体。
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