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这短暂的几年中，伦敦风平浪静。英格兰政权在经历了王位空缺的过渡期后终于找到了政治和理智上都能被接受的平稳态势。就像历史多次证明的那样，革命期间 和革命之后 出现的哲学进步往往是意义重大的。
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弗朗西斯·培根曾经为科学写下檄文。“因此，培根最主要也最为深远的贡献在于，他是一位针对科学的思考者。他思考什么是对科学发展有利的条件，什么是确保科学不断进步的变革和进程，科学将如何开启全新的知识领域，还有科学在改善人类生存状况过程中的技术实现与道德实现。”[20] 所罗门宫渐渐地走进了现实。1660年11月28日，三十几人来到伦敦格雷沙姆学院（Gresham College）听28岁的克里斯托弗·雷恩（Christopher Wren）讲授天文学。当晚出席会议的人士是那个世纪中一些重要思想家，包括罗伯特·波义耳（Robert Boyle）和亨利·奥尔登堡（Henry Oldenburg）。
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查理二世适时地为新兴科学家们颁布了特许令，于是这一团体被称为“皇家学会”，全称为“伦敦皇家自然知识促进学会”（The Royal Society of London for the Improving of Natural Knowledge）。早期的成员们很快就意识到这一“尊贵的学术团体”肩负重任，是世上“最好的俱乐部”[21] ；学会不久便开始在伦敦定期举行会议，办讲座，做报告，国王查理二世也经常出席，尤其是在做科学展示或解剖演示的时候。“关于我们的任务，”一位皇家学会成员在1674年匿名写道，“我们一致同意，或者都应该同意，不是粉刷旧房子，而是建造新房子。”革命就是除旧布新。[22]
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同时期也有其他的天才学会成立，例如法国科学院（Academie des Sciences，1666年由路易十四建立）；但是创刊于1665年、至今的仍在发行的《哲学汇刊》，毫无疑问是世界上最早的科学出版物。“皇家学会发明了科学成果的发表机制和同行评审机制。它使英语代替了拉丁文，成为科学话语的主要语言。它使实验研究系统化，鼓励甚至十分坚持以清晰的表达方式代替浮夸的修辞。它将世界各地最好的思想汇集在一起，开创了现代科学。”[23]
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《哲学汇刊》的副本以学报的形式刊印，自然是寄往牛津和剑桥，最后终于来到一位年轻人的手中。他孤独而执着，节制有度而天生专注力非凡。他便是艾萨克·牛顿。
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现在看来，艾萨克·牛顿的降生就如同救世主下凡。圣诞日的早上，他出生在一座农庄石砖宅邸的卧房中。他的父亲是个不识字的自耕农，继承了当地一座精心修筑的灰白色石灰岩宅邸和周围的谷仓。但他在艾萨克出生的几个月前就去世了。
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从伦敦驱车往北，经由A1高速公路，三个小时后就能到达林肯郡的耕地和森林，那里坐落着一座小村庄，名叫伍尔斯索普（Woolsthorpe）。牧场和连绵起伏的山丘围绕着一群群的人家，就像遍布在英国乡村的成千上万个小村庄和教区一样。然而，在村落的东南角，一组石砖建筑显得与众不同，被完好地保存了几个世纪。这便是伍尔斯索普庄园，艾萨克·牛顿爵士的出生地和故居。附属建筑和谷仓在东面，朝西而坐的古式石宅前有一座苹果园，其中一棵不同寻常的老树仍然结着果实。这棵树历经瘟疫、大火、雷击和动乱，和它曾经那位著名的主人一样，经受了时间的考验。
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石灰岩庄园宅邸有两层楼，牛顿的卧室在楼上，室内一扇大窗面朝苹果园。低矮的门廊、用于烹调的宽敞壁炉、吱吱作响的不平整地面，不断提醒着我们这座建筑的年龄。大窗外的苹果树虽然颇具艺术气息，但论科学实用性则远不如房间里的另一扇小玻璃窗。这扇朝南的小窗让太阳照射进来，让牛顿在英国漫长的冬季，特别是他需要一缕缕不间断的白光时，也能获得充足光线。“现代世界的总建筑师”[24] 就是在这间简朴的乡舍中构想着未来。
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母亲的再婚给了艾萨克的成长沉重的一击。他的母亲嫁给了附近教区的一名圣公会牧师，而结婚的条件是抛下年幼的艾萨克。艾萨克由外祖母在伍尔斯索普抚养长大，不知道他性情孤僻且一生不愿与人交往是否来自童年的创伤。他终身未婚，缺少深厚的友情关系，让人怀疑他是否患有自闭症或者其他社交障碍问题。艾萨克10岁时，他的母亲再度丧偶，她带着与艾萨克继父生的三个孩子回到了农庄。然而，艾萨克并没有在伍尔斯索普融入家庭生活，而是被送往8英里之外的格兰瑟姆（Grantham）的寄宿学校。
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在格兰瑟姆，牛顿开始熟读勒内·笛卡儿的作品。这位杰出的法国哲学家与培根一样是新西方哲学的主要奠基人之一。“我思故我在”是笛卡儿最广为人知的名言，但是他在数学和物理方面的贡献产生了更为深远的影响；最重要的是，他坚持机械唯物主义的世界观和宇宙观，坚持实证调查并强调科学的研究方法，这与培根的观点不谋而合。在不久的未来，牛顿将借助笛卡儿的技术发展自己的理论。
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随着牛顿一天天长大，人们越来越清楚地发现他不适合做农场主。就像亚伯拉罕·林肯和阿尔伯特·爱因斯坦一样，艾萨克也经常因为“胡思乱想”而被他人批评。幸好艾萨克被剑桥大学录取了。经过三天的旅程，他一路向南，于1661年6月在剑桥大学三一学院安顿下来，全心投入他的学术使命。到三年级时，牛顿已经没有可学的东西了。这对于现代人来说简直不可思议，但是牛顿在剑桥短短几年间就学完了当时的数学和物理。
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接着在1664年，一场骇人听闻的剧变席卷英格兰。瘟疫，这种古老的天灾，开始在南方地区夺走生命并散播恐惧。由于黑死病的肆虐，全英国的城市和大学变得空空荡荡，剑桥大学也于1665年关闭。艾萨克回到了伍尔斯索普的家，第一次与自己的母亲和同母异父的妹妹们一起生活。面对大流行病，中世纪人的本能让人离群索居，独自生活，所以牛顿称得上有史以来最伟大的“独奏艺术家”。
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1665年，如日中天的皇家协会正在准备出版物；而艾萨克·牛顿则躲在伍尔斯索普庄园二楼的卧室里。未知的谜团像瘟疫一样困扰着牛顿，他开始了长达18个月的课题研究，这将成为有史以来，理论家所进行的最富成果的震惊世人的课题。牛顿用蝇头小字一丝不苟地写下笔记，这些珍贵的纸张来自以前一位导师的遗赠。在这段孤独的时光里，他一个人解开了光的奥秘、万有引力的意义和热力学定律，还有积分和导数的微积分概念，由此，一切现代数学和现代科学得以实现。
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是什么使月亮一直悬挂于高空？它为什么没有坠落到地面，或者干脆飞走？为什么所有物体都有一定的重量将它们拉向地面，又为什么总是垂直下落？古希腊和文艺复兴早期的哲学家们尝试揭开轨道和物体的奥秘，却徒劳无果；牛顿运用了当时所有的数学知识，并进一步发掘出更多的知识。
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太阳直径是月亮直径的400倍，而太阳与地球的距离也刚好是月亮与地球距离的400倍，这一惊人的巧合解释了为什么它们在天空中看起来大小差不多，并且从数学的角度解释了出现日全食的可能性。天体从升起到降落跨越的地平线为180度，这两个天体在空中所占的弧度对应的角度则是0.5度，这意味着你可以在整个天空中排列出360个相连的月亮。也许是巧合，也许是天意，如果你躺在伍尔斯索普的苹果园里，凝望那棵古老的苹果树，一颗苹果在天空中所占弧度对应的角度也是0.5度。牛顿关于物体下落的思想实验和月亮受地球牵引的思想实验都是在伍尔斯索普开始的，后来他又初步简单计算了月亮的大小、月亮与地球的距离、运行的速度，思考了牵引的力量是什么，这都对他的思想实验起到了促进作用。尽管他还需要很多年才能创造关于万有引力和热学定律的综合术语，但是在林肯郡乡村的那段日子里，牛顿凝望着月亮，有时甚至直视太阳，他在那片土壤中播下了未来的种子。
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起初，皇家学会缺少自己的正式聚会场所，但是聪慧的成员们并没有原地等待，而是时刻谨记拉丁语格言——切勿轻信人言（Nullius In Verba ）。这座当代“所罗门宫”将一切新知识建立在证明的基础上。知识界采用了培根提出的经验主义思考过程，质疑旧观念，检验新理论，报告新发现。学会从最一开始的中心人物就是罗伯特·波义耳，他是一位又高又瘦的爱尔兰贵族，毕生致力于科学实验。现在每个化学专业的学生都非常熟悉他解释气体状态的波义耳定律，而这在17世纪是异常深刻的见解。波义耳长期以来的实验室助手是英国人罗伯特·胡克，他是一位杰出的技术科学家、器械和仪器的制造者，也是个脾气暴躁的搭档。
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从一开始就参与其中的还有克里斯托弗·雷恩，一位博学的解剖学家、天文学家、物理学家，但他最著名的还是建筑师的身份。1666年，雷恩的无穷精力和精巧的建筑学知识得到了实践的机会，一场大火将伦敦市中心的所有建筑夷为平地，而一些占卜师在此之前曾因为惧怕这个年份中“666”的隐喻，预言了那年将有火灾发生。
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学会中天才荟萃，没人宣称自己是顶尖科学家或者哲学神童，令他们与众不同的是这里集合了行业专家，属于世界首创的科学组织。“早期科学更多是依靠协作而不是孤独的深思”，[25] 这话说得没错，不过伍尔斯索普的那位年轻人属于例外。
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不论是在伍尔斯索普还是在剑桥，或是在后来的伦敦，牛顿的非同寻常之处都是他的专注力。一个崇拜者问他如何想到引力的概念，牛顿答道：“不断地思考。”遇到理论瓶颈时，他真的会废寝忘食。他不喜欢运动，也没有业余爱好，对吃喝玩乐或是兄弟会都没有什么兴趣；唯有知识探索引诱着他。他破解了潮汐的秘密，却从来没有见过大海——这是多么不可思议的事；然而他清心寡欲的生活方式却创造出对物理运动、光和引力的深刻见解。在现实世界中，他对世界运转机制的那份强烈求知欲，就从来没有超出以他为中心半径100英里的范围。
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在伍尔斯索普，牛顿在学术上是孤独的。1665年，他开始探索数学课题和哲学课题，首先是证明二项式定理，而二项式定理直到今天仍是数学的基础。这位23岁的年轻人做了多少农活和家务？我们不清楚，但是很明显他进行了巨量的脑力劳动。
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对于那些曾经在高中和大学的微积分课程中苦苦挣扎的读者来说，一个人先后发明出微分和积分的过程是有些惊人的。（关于发明微积分的先后顺序，牛顿和德意志人莱布尼茨争论了很久，牛顿从未将这一荣誉拱手相让。）牛顿发展了微积分数学，以处理他思考行星运动和引力的性质时所面对的复杂计算。接着他抛开新制造的数学武器，又转去研究自己在剑桥外乡村集市上购买的玻璃三棱镜。
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天空中的彩虹始终具有相同的颜色排布（红、橙、黄、绿、蓝、靛、紫）；但除此顺序之外，人们对其一无所知。它们为什么总是以相同的颜色顺序出现呢？牛顿回到自己楼上的卧室，他在木板上开了一个小孔，用木板覆盖住室内那扇朝南而开的小窗，这样就能够分离出一束射入暗室的光线。这一束午后的日光，尤其是在阳光明媚的冬日，会穿过棱镜，衍射成一道彩虹洒落在远处的墙上。牛顿的神来之笔是，他在分离出来的一条光束路径上放了第二个 棱镜，想观察会不会出现第二次色散，出现另一道彩虹。亲爱的读者，你猜是会出现另一道彩虹，还是光束保持了它原本的颜色，又或者变成另一种颜色？
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答案是，第二个棱镜折射出的是相同的颜色。根据这一结果以及其他的一些表现，牛顿得出结论，阳光或白光，是由彩虹的颜色组成的。为了确定这一点，他设计了一个实验，设置好一系列棱镜或镜面的角度，使光线最终聚焦在一点。当不同颜色的光汇聚在一起，就产生了白光。“牛顿的日光色散实验仅由两个棱镜折射完成，如此精妙的构思，如此小心的操作，再加上精确的描述，堪称科学史上的里程碑。它确立了有关自然的伟大真理，也为从观察到理论的推导艺术提供了榜样；它如同来自往昔的灯塔投来的一束光，令皇家学会同时期的其他活动都黯然失色。”[26]
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在伍尔斯索普的“奇迹之年”里，牛顿还进行了有关引力理论的基础研究：探索月亮为什么在高速行进和自转的同时，仍然能够高悬在我们头顶，没有飞走或者坠入地面。他仅仅通过基本的估算和新的数学知识，就能够向自己证明所有的物体都有引力，有史以来第一次理解了物体为什么会下落，水为什么会流动，炮弹射出后为什么在空中划出弧线，以及天体为什么能在空中运行。这些概念在后来的几年中支持了他的热力学定律，但是此时，当牛顿漫步于庄园，他更喜欢仰望月亮，他终于明白是什么力量使它悬于高空，这让他心中充满快乐。
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至此，牛顿所见之处的一切已可令他心满意足。月球在空中沿着轨道运行；阳光照射在伍尔斯索普农场的小溪上，让水面波光粼粼；苹果“咚”的一声掉在果园的草地上；邻家男孩儿扔出的石子划出一道弧形轨迹；甚至就连他自己眼睛的功能都符合他正在探索的力学定律。牛顿是一个非常虔诚的人，他的这些观察使他相信，周遭的一切都符合自己提出的“机械宇宙观”的概念，那是一种有秩序的现实，只要他潜心研究，其中道理皆可知晓。他后来总结道：“在1665—1666年瘟疫大流行的那段日子里……我的数学与哲学创造性思维正值巅峰。”在林肯郡的那片荒野中，牛顿对地球的看法转向了一种新的哲学理解。在对知识的考察中，“这是思想史上独一无二的”。[27] 牛顿清楚，只有他自己 理解了机械运动的规律，这使他格外快乐。直到多年后，他才迫不得已将自己的发现透露给皇家学会成员。
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