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［临床意义］阳性：检出新生隐球菌可确诊为新生隐球菌脑膜炎；脑脊液培养可见黄绿色毛状菌落生长，经多次培养阳性（因该菌为条件致病），并结合临床表现、脑组织活检或颅脑手术后病理检查（于病理组织中找到曲霉菌）才能确诊本病。
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［应用评价］标本要求：无菌采集；将脑脊液接种于含抗生素的沙氏培养基及血琼脂培养基上，分别在35℃和29℃孵育，观察菌落特点，进一步作生化试验、动物试验鉴定可疑真菌菌种。脑脊液涂片、墨汁染色较易发现新生隐球菌，只有在脑脊液或脑组织标本中检出新生隐球菌才可确诊为新生隐球菌脑膜炎，但脑脊液检查并非每次均能检出该菌，故需多次反复检查。新生隐球菌荚膜多糖抗体、抗原检测阳性有助于诊断，但需注意脑脊液乳胶凝集试验法的假阳性问题。脑脊液涂片染色不易发现曲霉菌菌丝及孢子，脑脊液曲霉培养可提高检出率。
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3.上呼吸道标本
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上呼吸道标本细菌分离、培养与鉴定（isolation, culture and identification of bacteria in upper respiratory tract samples）
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鼻咽拭子、咽拭子、伪膜等上呼吸道标本细菌培养、分离与鉴定是诊断白喉及百日咳病的主要病原学依据，结合临床特征明确诊断。相关项目：白喉棒状杆菌异染颗粒染色显微镜检查。
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［参考范围］（上呼吸道标本）未检出白喉棒状杆菌或百日咳鲍特菌。
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［临床意义］阳性：检出白喉棒状杆菌，结合临床特征明确诊断白喉；检出百日咳鲍特菌，结合临床特征明确诊断百日咳。
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［应用评价］标本要求：无菌采集。白喉棒状杆菌鉴定除需有明显的异染颗粒外，还需进一步移种至亚碲酸钾血平板划线分离，取得纯培养进行各项鉴定试验和毒力试验，作出最后鉴定。
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上呼吸道标本病毒分离、培养与鉴定（isolation, culture and Identification of viruses in upper respiratory tract samples）
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上呼吸道标本包括鼻咽拭子、喉拭子与含漱液标本。上呼吸道标本病毒分离、培养与鉴定是诊断上呼吸道病毒感染病原学的主要依据。相关项目：上呼吸道标本免疫学检测、呼吸道病毒（合胞病毒、流感病毒、副流感病毒等）分子生物学检测。
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［参考范围］（上呼吸道标本）未检出呼吸道病毒。
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［临床意义］阳性：检出呼吸道病毒，结合临床特征明确诊断呼吸道病毒感染。
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［应用评价］标本要求：无菌采集；需置病毒运送液中冷藏运送。大部分由病毒上呼吸道感染有自限性，临床较少作特定的病原学诊断，但在暴发性流行时（如H1N5流感病毒）诊断显得重要了。
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4.痰标本
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痰标本细菌分离、培养与鉴定（isolation, culture and identification of bacteria in sputum samples）
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痰标本分离、培养与鉴定出病原体或条件性致病菌及菌量是诊断下呼吸道感染主要实验诊断的依据。相关项目：痰标本涂片染色显微镜细菌检查。
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［参考范围］（痰液）可检出上呼吸道正常菌群细菌。
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［临床意义］一般根据报告“检出××菌”及菌量（纯培养、大量、中等量少量）、培养结果和标本涂片革兰染色均为优势菌，且标本中有大量的中性粒细胞，辅以胸部体征、X线检查，确诊肺部感染。阳性（合格痰标本前提下）：检出肺炎链球菌，多为肺炎链球菌肺炎；检出流感嗜血杆菌多为儿童细菌性肺炎；检出肺炎克雷伯菌、沙雷菌属、假单胞菌属、肠杆菌属细菌多为医院获得性肺炎；检出结核分枝杆菌可诊断为肺结核；检出嗜肺军团菌可诊断为嗜肺军团病；检出肺炎支原体可诊断为非典型肺炎（虽分离阳性率不高，对临床快速诊断意义不大，但对流行病学调查有重要意义）。
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［应用评价］标本要求：无菌采集；一般要求自然咳痰，要求病人在早晨起床后先漱口，然后再用力（从呼吸道深部）咳出1～2口痰，用洁净容器立即送检。痰标本虽是较易获得的下呼吸道标本，但因可能受到口腔正常菌群的污染，故这些标本的诊断价值有限。通过气管收集的痰液标本（气管内吸出物、气管镜采集法）可避开污染，是下呼吸道感染病原学诊断的理想标本。
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合格的痰标本分离培养出的细菌与呼吸道正常菌群相同细菌，应根据涂片所示解释培养结果，如涂片所示有大量的中性粒细胞，培养菌也是涂片革兰染色镜检优势菌，则培养结果具有诊断意义。下呼吸道标本中一旦疑检出肺炎支原体、军团菌、结核分枝杆菌等，即可认为是合格标本，从而可直接进行鉴定。
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肺炎是下呼吸系统感染严重疾病，以咳嗽、发热及有胸部体征为重要临床特征。细菌性肺炎最常见病原体主要有：肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、肺炎支原体、肺炎衣原体与结核分枝杆菌。
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痰标本真菌分离、培养与鉴定（isolation, culture and identification of fungi in sputum samples）
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合格的痰标本培养检出真菌，是国内常规用作肺部真菌感染的诊断标准。相关项目：血液、胸水真菌检查。
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［参考范围］（痰液）可检出少量单细胞真菌。
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［临床意义］阳性：痰标本培养检出真菌如曲霉菌、隐球菌、毛霉菌，假丝酵母菌。
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