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[20] 在正史（比如《清史稿》，卷40《灾异一》，北京，中华书局，1978）和地方志的《祥异志》或《灾祥志》等文献中，基本都以“疫”或“大疫”这样的名称来记录瘟疫。
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[21] 温疫、温病、瘟疫三个概念在有些医家的著述中往往相互混淆，这里指其通常的含义。温和瘟在清代甚至现代的温病学著作中，基本不加区别，认为是可以互相替换的。比如章楠认为：古无“瘟”字，“温”、“瘟”义同。（《医门棒喝初集·医论》，卷2，70页，北京，中医古籍出版社，1999）有关瘟疫与温病二者间区别的讨论参见下文。
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[22] 伤寒在传统医学中，是某一类疾病的名称，与现代医学中的伤寒、副伤寒不同。其概念有广义和狭义之分，广义的伤寒包括一切外感寒热病，而狭义的伤寒仅指伤于寒邪而即发的外感疾病。广义的伤寒包括温病，而狭义的伤寒与温病相并列。有关伤寒概念的解释，可参见《中国大百科全书·中国传统医学》，384～385页。
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[23] 如林之翰说：“如感风、寒、暑、湿四序之常气为病，则不传染。即如伏气发为温热，与夫即感春时风气，发为温病，皆不能传染……今人以不传染之温热不便名温，以病家恶闻其名，但名之曰感症，即温热也。故不另立名色以滋惑耳。”（林之翰：《温疫萃言》，卷3，63页，上海，上海科学技术出版社，1989）
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[24] 余云岫：《古代疾病名候疏义》，见《说文解字病疏》（中），148页，北京，人民卫生出版社，1953。
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[25] 浙江省中医研究所：《〈温疫论〉评注》，卷下《正名》，255页，北京，人民卫生出版社，1977。这一论述亦可见于刘奎、杨璇等人的著述中。
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[26] 传染病一般都具有一定的流行性，不过流行病未必是传染病，比如现代的心血管疾病。
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[27] 林富士：《东汉晚期的疾疫与宗教》，载《“中央研究院”历史语言研究所集刊》，第66本，第3分，1995-09。
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[28] 参见顾婉生主编：《预防医学概论》，1页，上海，上海科学技术出版社，1988。
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[29] 参见任应秋主编：《中医各家学说》，8～36、149～187页，上海，上海科学技术出版社，1986。
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[30] 参见范行准：《中国医学史略》，219页，北京，中医古籍出版社，1986。
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[31] 比如南京中医学院编《温病学》开宗明义：“温病是由外感温热病邪引起、以热象偏重为主要特征并具有季节性和不同程度传染性的一类疾病。”（南京中医学院编：《温病学》，1页，上海，上海科学技术出版社，1978）范行准更是明确地指出：“传染病学总论——温病学。”（范行准：《中国医学史略》，218页）
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[32] 关于中国医学史上伤寒与温病两种学说此消彼长的过程，可参见范行准：《中国医学史略》，218～241页；郭谦亨：《温病学发展史略》，载《中华医史杂志》，1985（2）。
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[33] 转引自陈修园编著：《陈修园医学七十二种》，第2册，667～668页，上海，上海书店，1988。
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[34] 刘奎：《松峰说疫》，卷2，46～47页。
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[35] 在现代的温病学教科书中，一般都列专目区分“温病与温疫”，比如孟澍江主编的《温病学》指出：“温病是温热性质的外感病，温疫则是指温病中具有强烈传染性和引起流行的一类疾病。”（孟澍江主编：《温病学》，8页，上海，上海科学技术出版社，1985）
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[36] 浙江省中医研究所：《〈温疫论〉评注》，255页，并请参阅257页之评注。
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[37] 杨璇：《伤寒瘟疫条辨》，卷1，39～40页，北京，人民卫生出版社，1986。
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[38] 现代医史学界一般认为发源于印度的真性霍乱自嘉庆末以后才传入中国，中国传统所谓的霍乱实际上多为急性肠胃炎或爆发性食物中毒。尽管目前对这一认识还存在一定的争议，但有一点是肯定的，中国传统的霍乱主要不是指真性霍乱。对霍乱的详细讨论参见本书第三章及余新忠：《嘉道之际江南大疫的前前后后——基于近世社会变迁的考察》，载《清史研究》，2001（2）。
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[39] 参见陈梦雷等编：《古今图书集成医部全录》，卷299《瘟疫门》，第7册，1676～1709页；卷257～258《霍乱门》，第6册，814～853页；卷459～497《痘疹门》，第11册，1227～2120页。
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[40] 参见曹炳章校刊：《中国医学大成》，第4、6、7册，北京，中国中医古籍出版社，1995。
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[41] 有关古代江南概念的含义及其变化，请参见周振鹤：《释江南》，见《中华文史论丛》，第49辑，上海，上海古籍出版社，1992。
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[42] 参见《清史稿》，卷58《地理五》，1983页。
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[43] 李伯重：《简论“江南地区”的界定》，载《中国社会经济史研究》，1991（1），100页。
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[44] 李伯重：《简论“江南地区”的界定》，载《中国社会经济史研究》，1991（1），101页。
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