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伏气为病，如春温、冬咳、温疟，《内经》已明言之矣。亦有不因伏气，乃司天时令现行之气，如前列《六元正纪》所云是也。此二者，皆理数之常者也。更有非其时而有其气，如又可所云戾气，间亦有之，乃其变也。惟在司命者普查其常变而补救之。[19]
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王士雄则说：“设冬伤于寒，而不即病，则为春温夏热之病，其较轻者则为温疟、瘅疟。”“则冬寒内伏，至春夏不为温热病，亦可以为霍乱也，特不多见，故从来无人道及。”[20]
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对普通人来说，尽管对伏邪与新感的区别未必一定心知肚明，但伏邪说对他们有关瘟疫病因认识的影响显然是存在的。这集中体现在时人常常将瘟疫与气候的反常联系在一起，比如，在地方志等文献中，时可见到这样的记载：
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嘉庆十三年戊辰八月，三泾庙桃花树开花，是时痢疾多不治。[21]
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六月寒可御裘……是秋大疫，其病霍乱吐泻……[22]
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十二月初三日，温如仲春，是岁疫且饥。[23]
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是年春雨连旬，夏间甚凉，至秋疾病时行，连村合户俱病倒。[24]
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这些记载与所谓伏邪说虽然不尽一致，不过两者其实是相互关联的，因为伏邪说所谓的邪，即病原，无疑是四时不正之气，“冬不藏精”，实际上也包含身体为非时之气所中、精气不固、伏而发病之义，所以吴瑭说：“不藏精三字须活看，不专主房劳说，一切人事之能摇动其精者皆是，即冬日天气应寒而阳不潜藏，如春日之发泄，甚至桃李反花之类亦是。”[25]
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不过总体而言，应该说，清人对外感病病因的认识还是以病邪新感为主，特别是关于瘟疫病因，基本认为是人感触了疫气所致。[26]时人认为，瘟疫之病原乃是四时不正之气混人尸气、病气以及地上其他秽浊之气而形成的疫气。故瘟疫主要由于疫气郁积熏蒸，人在其中，感触而发生。因此，关于瘟疫病因的认识，实际也就是对疫气如何产生并怎样感染人群的解释。就管见所及，时人对此的认识主要有以下几点：
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1.灾荒与战乱
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前面谈到，在荒乱之年，往往会使人遭受饥寒冻馁之苦，正气受损，易染时疫，这是就内因而言的。在外因方面，时人认为，兵荒之年，“不但人之中气先弱也，良由所积之秽气特甚耳”[27]。也就是说，在兵荒之年，疫气较常年为甚。这主要有两方面的原因：
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（1）灾荒之年，寒暑雨旱失常，不正之气盛行，而根据当时一般的认识，“凡疾风暴雨，酷暑严寒，不正之气，人若感之，便能为害”[28]。所以喻嘉言说：“饥馑兵荒之际，疫疠盛行，大率春夏之交为甚。盖温暑热湿之气，交结互蒸，人在其中，无隙可避，病者当之，魄汗淋漓，一人病气，足充一室。”[29]这自然会促使疫气的形成。
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（2）灾荒战乱会导致环境的破坏。比如，道光二十九年（1849年），南京的梅曾亮在给制军陆建瀛的书信中说：
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道光十一年水灾，（下关东之水闸） 曾经堵塞者半载，逮十二年春夏之交，满河之水变成绿色，腥秽四闻，时疫大作，死亡不可胜计。[30]
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也就是说，灾荒导致了环境破坏，而环境的破坏又使得秽气郁积。另外，兵荒之年，人们为躲避战乱或水灾，往往聚集生活于恶劣环境中，致使疫气流行[31]。这种秽气除了一般性的污染因素外，还因为灾荒之年病人多、死人多，混入了病气和尸气所致，对此，叶霖尝言：
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盖旱潦兵火之余，烈日郁蒸，尸骸之气，与亢胜之气，混合化为渗厉之毒，散漫于天地之间，沿门阖境，最易沾染。[32]
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不正之气的炽烈再加上各种秽气、病气和尸气，相互交蒸，这样，兵荒之年比较容易发生瘟疫也就不足为奇了。
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2.不良的习俗
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除了灾荒与战乱外，时人认为，某些不良的习俗也可能是促成瘟疫的外因，这主要表现在：
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（1）对尸体的处理。由于时人认为尸气是疫气的重要组成部分，因此，如果对尸体处理不当，导致尸气蒸腾，自然会促发瘟疫的发生。比如，枫泾的胡燮臣在乾隆初年所做的一份公启中指出：
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窃意此等被灾，尸骸未掩者，固须厚盖深藏，即已掩者，尚宜加工挑土。使亡者安土，无暴露之忧，邪秽闭藏，免流疫之患。[33]
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不仅如此，时人还认为焚烧尸体所产生的秽恶之气也是瘟疫发生的重要根源，因此对火葬的反对除道德考虑外，还具有卫生的意义。比如，清初的林起龙论曰：
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近有好事之辈，设立坛厂，每于小儿出痘之年，购求夭亡尸骸，虽经埋瘗，亦必刨出，堆集如山，架火焚烧，烈焰张炽，腥闻于天，神人掩鼻，毒气熏蒸，恶味氤氲，流行传染。以致婴孩生出一等怪症，似痘非痘，似疹非疹，似斑非斑，一二日间，即涉危笃。 虽有良医，莫敢措手，共相诧愕，咸谓天生异灾，不知致此之由。频年以来，冤枉赤子，何啻数万，离城二三十里，即无此证。岂非明验欤！[34]
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林起龙虽不是江南人，但他的论断则为江南人广为征引或转录[35]，表明其论断已成为江南人一般的认识。而且这种认识并不限于医家，比如，同治《苏州府志》的编纂者指出：
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苏州城，生齿甲于东南诸郡，又为四方商贾之所走集，民居栉比不能容，每编户氓死，则舁尸柩畀诸火，焚烟翳空，臭达远迩，过者蹙额，其亲戚恬然安之，习为故常。 民风滋浇，戾气失和，蒸为疾疬，岁用弗登。[36]
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