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要求注意饮食起居的主张，效应虽不那么直接，但应该比提神更具效果。这些措施与避而远之相比，无疑是较为积极的避疫法，对防止瘟疫传染应该能起到一定的作用。
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（二）隔离
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上述尽人事的避疫法已不是纯粹消极地躲避，但若不能有效地控制和隔离病人，仍无法真正地防止疫病扩散。
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中国隔离疾疫病人的思想和行为也很早就出现了，睡虎地出土的《法律答问》就透露患有疠病的人有两个可能的下场：被送往“疠所”，或被投入水中淹死（定杀）。[136]送往“疠所”就是说将病人隔离。《汉书·平帝纪》也说：“元始二年（公元2年），郡国大旱蝗……民疾疫者，舍空邸第，为置医学。”[137]这里不仅隔离，还予以医治，显然又进了一步。此后，随着佛教的传入，不仅官方举办，一些佛教团体也开始介入。[138]宋代，苏轼于1089年在杭州为官时，捐赀创立了收养贫病的安乐病坊。之后，徽宗又诏令地方官府在各郡设立安济坊，大的安济坊设有病房11间，隔离病人以防传染。这些法令，在南宋得到了继承。不过这种官方举办的机构，由于官员贪污和经费不足，往往弊端丛生，实际效果不彰。[139]应该与此有关，这一事业，从国家和官府这方面来说，明清以后不仅没有什么发展，反而萎缩了，官方极少有对疫病隔离和建立隔离场所的专门政令[140]，官府在大疫之年设立药局医治病人的情形虽然不时可见，但缺乏制度上的规定。
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就清代江南的情况而言，在疫疠流行时，主张隔离病人以防止时疫流传的言论已非常深入人心，因此隔离方法的采用[141]，似乎也较以前更普遍一些。当时，无论是官方还是民间，在救疗瘟疫病人时，常常会采取隔离的措施。比如：
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康熙己丑（四十八年）大饥、疫，（王）亟出储米五百余石，复籴数百石就家设局，日给米五六合，历三月余……其患病者，于宅南隙地构草厂数十间处之，延医诊治，全活颇多。[142]
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（乾隆）五十年大旱，疫疠大作，（镇江）郡守鹿公延知赈事，设粥厂四，立条约，男女异路。其病者安置妙高僧舍，给药饵，躬自检视，不以传染为嫌。[143]
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丹徒在乾隆五十年（1785年）的旱疫灾之后，还建立了专门收养隔离病人的留养所[144]，这一留养所虽主要由士绅和寺院共同创建和维持，但从功能和形式上看，与宋代的养济坊颇多相似。除了灾荒时的救济外，不少慈善机构对堂中疾疫之人一般也有予以隔离的规定，比如，嘉庆二十三年（1818年）议定的平湖普济堂规规定：
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设养老房四十间，每间可住三四人。如有偶患小恙，延医服药。倘患疫疠疮疡，易致传染诸症，即移居养病房，延请专科医治。凡丸散膏药，司事督令工人依方制药调理，俟病痊日移归原处。[145]
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嘉道时期的一则育婴堂规条也指出：
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倘有疾病疮疡痧麻痘疹，责成首妪，无分昼夜，迅即报明董事，请医调治。若遇痧麻痘疹，必须另置别所，以防传染。[146]
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此外，一些本意未必是为了隔离病人的善举在客观上也起到了隔离病人的作用，比如，光绪初，月浦（青浦）的一所善堂规定：
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凡外来贸易及在镇异籍伙佣者染病，主不能留，寓不能入，势多拖毙。今议于善堂中暂借栖留调治，由主开明籍贯投报，仍捐医药之费，以杜浮滥。[147]
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应该指出，隔离瘟疫病人已有非常悠久的历史，不过就清代江南的文献来看，乾隆中期以后，隔离措施的采取有渐趋增多的趋向，因此，尽管在制度上，清代国家在对疫疠病人的隔离方面退缩了，不过，随着隔离防疫观念的日渐普及以及慈善和救济事业的发展，官府借助日趋强大的地方社会力量，实际上还是使这一事业取得了一些进展，至少隔离行为不断增多。到清末，上海等地的一些士绅，感于租界工部局检查和隔离疫情过严等情形，联合官府，决定自立防疫医院，比如：
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中国防疫医院……光绪三十年，上海商务总会总理严信厚联合沪上绅商捐赀创建……时南洋群岛及香港疫症流行，西人恐其蔓延，各埠汽船进口均由工部局卫生处专派医员查验，方准登岸。设有病容或风尘疲乏之状，则送至吴淞口外崇宝沙医院留养。是院为工部局所设立，孤悬海外，服食异宜，查验手续复变本加厉，遂有不死于病而死于验之传疑，行旅为之戒惧。于是信厚等要求工部局撤除是院，自行筹费建院于近口处，延中西医士主持院务。凡有疫口岸汽船进口，中西医分任查验。惟实在有病者，留院医养，行旅称便。所需经费，禀准外务部咨行粤、闽、湘、鄂、徽、赣、苏、浙各省协同拨助。[148]
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六年后，上海的租界出现死鼠，为检疫事，中西再起冲突，于是又有了中国公立医院的建立：
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中国公立医院，设宝山境补萝园。宣统二年十月，公共租界称有鼠疫发生，英工部局饬医按户检验，居民苦之。适有死者六人，传言将厉行防疫之法，群情亦震恐。沈敦和等乃谋自立医院，与英工部局力争，虽允可而迫于四日为限。敦和爰大会士民，慷慨陈词，继以挥涕。粤人张子标愿以补萝园让作院舍，议值银四万两，仅收三万三千两，并以园中杂物输助。 时在十月二十二日，不逾四日之限也。三年正月英工部局规定防疫永久办法五条，略言：凡华人患疫，其查验、隔离、诊治概归华人医院办理，由种痘、治霍乱等症及关于人身一切亦归华人自理。于是住居租界者乃不受防疫之惊恐。 自医院开办，鼠疫渐熄，忽盛行于东三省，中西官商惧疫自北而来也，复会以防范法，法总领事更请于法租界另设医院。敦和为请于巡道，禀陈督抚奏拨经费，电旨报可。因续购该院毗连隙地十亩许，增建养病舍、沐浴舍、殡殓所、化验疫质所及水塔、电灯之属，规制益备。而于法租界开森路赁汪氏余村园为中国防疫医院，所需费亦由官给。[149]
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沈敦和等人在这一事件中表现出的民族气节，颇令人感动和钦佩。
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这些近代的隔离病院，是在外人的刺激和影响下创建的，很容易被人完全视为西化的产物。然而，如果将防疫医院与以上所谈到的安济坊或留养所做一对照，就不能不说，无论是隔离意识，还是设置寓所隔离病人并予以治疗的具体做法，防疫医院与留养所之类并无根本性的差别，不同的是医疗手段以及对可能存在疫情人群的查验。过去只是收养或留养，对患疫病人绝不强制入院，而这可能正是当时民众对租界工部局强行挨户检验强烈不满的重要原因。所以，它其实也含有传统的因子。当然，西医的引进，西人全面检验和强制入院这一隔离手段，也使清末的防疫医院出现了新的内容。而后一方面内容的缺失，是与明清时期国家对除了道德和秩序以外的地方公共事物基本采取适度倡导甚至放任自流的传统策略直接相关的。这一策略使明清时期国家能够以非常少的官员基本有序地控制十分庞大的社会，但又缺乏足够的能力来强制实行一些社会自身难以完成的公共管理措施，比如公共卫生等，从而导致传统社会不少值得重视的创意往往难以得到广泛而拥有制度保障的推广，而始终停留在自生自灭的水平上。从长时段来看，这无疑就是中国传统国家的弱点之一，同时也是清末新政的意义所在。另外，以上防疫医院的建立，尽管乡贤领导的社会力量起到了发起和组织的重要作用，但国家和官府的支持仍是不可或缺的。可见，在清末，官方和社会对社会公共管理的职能在共同扩展，并非是此消彼长的零和关系，反映出在同西方文明较量中，整个社会对以上所说弱点的体认。
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当然，应该指出，传统对病人的隔离基本是一种自愿的收留或收养，没有强制查验这一环节，而且隔离涉及的范围很小，与西方的quarantine等很彻底地将整个地区隔离的做法相差甚远，因此从现代的观点看，这些隔离政策可能算不上真正的隔离。[150]因此所谓的隔离对整个社会来说也是不彻底的。检验的缺乏乃是传统国家公共管理职能薄弱的一个表现。
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（三）检疫
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检疫，主要是指关津对流入本地人口的疫情检查，这一制度，在欧洲，是人们在同黑死病的斗争中于15世纪逐渐建立起来的。[151]而它在中国的出现，则与天花的巨大杀伤力有关。清初，对天花普遍易感的满族人入关后，出于对出痘的恐惧，设立了“查痘章京”一职，并于嘉庆年间开始，对出洋回国之人是否有痘疮予以检查。[152]不过这种检查仅限于天花，而且国内榷关也基本没有这项职能。所以近代海关的检疫制度，主体上是从西方传入的。中国最早的近代海港检疫制度始设于同治十二年（1873年），当时因东南亚有霍乱流行，乃有江海关税务司拟定检疫章程，呈政府批准并请驻华外交官同意，予以施行，并逐渐在宁波、天津等地推行。[153]此后，这一制度在江海关一直严格实行，比如在1892年至1902年这十年间，据《海关十年报告》记载，就有四年因中国其他地区有疫病流行而采取了大规模的检疫措施：
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1894年5月，当香港和广州宣布已受病菌污染并采取隔离措施时，上海海关随即规定，对所有来自这些口岸的旅客进行体格检查，并要他们先行提交“免疫通行证”，然后才允许他们入境和工作。这项检查一直持续到9月中旬。工部局如临大敌，下令彻底打扫公共租界，并在浦东和杨树浦建立了一些临时性医院和一处熏蒸消毒站。在夏季，同香港的贸易来往逐渐减少，直至事实上停顿下来。1896年，对来自南方各口岸的所有船只又不得不采取检疫措施，但这一次除中国旅客的数量略有减少外，贸易很少或甚至没有受到干扰。接着在1898年再次规定必须检疫。次年4月，吴凇口外的崇宝沙（Chung Pao-sha Island）设立了卫生站。从事检查的医务人员，在12月份结束检疫时，已检查了422艘船只和55 589人次。过去两年，马尼拉、台湾、厦门、汕头、牛庄和日本先后被列为染疫地区，该站负责官员的工作量随之大增。这更加清楚地证实了卫生站的价值。[154]
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这些由外人控制的海关在检疫时对华人不甚恭敬甚至予以侮辱之类的现象，必然是存在的[155]，不过就其输入并促发了国人自己建立对防疫极为必要的检疫制度这一点，仍应给予肯定。
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四、人工免疫