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于是，“万物出于心”就成了禅宗佛教的基本原则之一。也就是被唯物主义者称为“绝对唯心主义”的原则。
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在这儿，也许值得再回忆一下列宁为挽救唯物主义而写的《唯物主义和经验批判主义》一书。当时，由于“质能守恒关系”，科学家发现，有形、有重量、有体积的物质可以转换成无形、无重量也无体积的能量。这一来，整个唯物主义的基础都出了问题。为了挽救唯物主义，列宁在这书中为物质下了一个新的定义：“物质是独立于意识之外的客观存在。”
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然而，列宁在这儿无意中又犯了一个与他自己信念相悖的逻辑错误，他在这儿引进了一个与物质相对的另一个概念，就是“意识”，就是相当于佛教中所说的“心”。而佛家的哲学早就认为，意识比物质更为本源。
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长期以来，在科学界中，“意识”（consciousness）是一个禁用单词。如果哪一位科学家在文章中不小心用了“意识”这个单词，就会被看成是个不严肃的，相信什么迷信之类的科学家。
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可是，在过去的20年中，科学界的情况已经大变了。这个禁令早已取消了。“意识”不单不再是一个禁用名词，反而成了科学界的时髦单词。人人都在高谈“意识”，尽管谁也说不清楚，“意识”到底是个什么东西。
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这一变化是从美国开始的，那要追溯到20世纪80年代末开始的“脑十年计划”（Brain Decade）。与所有的政府一样，美国政府也常常好大喜功，提出一些大的、国家级的研究计划，并拨出上百亿美元的经费，如肯尼迪提出的“阿波罗计划”，尼克松提出“征服癌症计划”等等。
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那时，老布什又提出了“脑十年计划”。这个计划的出发点与目标是：当时分子生物学已经充分发展，科学家已经几乎了解人体内的每一个分子，唯一不够了解的角落就是人的大脑，只要了解了人的大脑，就对人体无所不知了。当时美国政府想得很简单，“阿波罗计划”只花了十年，就把人送上了月亮。所以，只要把足够的钱投下去，再花十年，不怕不把大脑搞得清清楚楚。
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当时的科学家也想得很简单：大脑么！不过是台计算机。现在，我们有了高度发达的计算机技术，只要造一台足够大、足够精密的计算机，就可以把大脑的功能搞得清清楚楚。
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然而，不出两三年，科学家就发现有点不大对头。虽然计算机工作得比脑子要快得多，也精确得多，但是计算机却没有自我意识。换句话说：每个小孩子都知道有个“我”（I），但是最高级的计算机没有“我”的意识。其实，量子力学的奠基人之一，奥地利物理学家薛定谔（Erwin Schrodinger，1887—1961）早在半个多世纪之前，就从物理学的角度，认真讨论过“什么是我？”这一非常基础的理论问题。
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对于学物理的学生来说，薛定谔不是一个陌生的名字了，因为量子力学的基本方程就叫“薛定谔方程”。但是，很少人知道，早在1944年，薛定谔就写了一本名为《什么是生命》（What Is Life？）的书，而这本书的最后一章，就是“什么是我？”（What Is I？）。与玻尔、海森堡等同时代的量子力学的奠基人一样，薛定谔也不单是位伟大的物理学家，同时也是一位伟大的思想家与哲学家，甚至我们还可以说，他也是一位伟大的先知，因为他在《什么是生命》这本书中，预言了DNA的存在，他把DNA称为“非周期体晶体”（abperiodic crystal）。他认为细胞内有一种“非周期体晶体”，可以携带遗传信息。他根据辐射至突变的概率，计算出了“基因”（gene）的大小，后来发现，他所算出来的基因大小，就是DNA上“三联体码”（triplet code）的大小。
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薛定谔不但是一位伟大的物理学家，也认真地从科学的角度探讨了“生命”和“意识”
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在《什么是生命》一书的末尾，薛定谔讨论了什么是“我”的问题。他认为，所谓“我”（I），就是一种单数记忆（a singular memory）的集合。所以，一个人对世界的认识，只是一种单数记忆的集合。而所谓“常识”（common sense）就是许多单数记忆的集合。
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因此，所谓“科学”（science），也就是许多个体观察者取得的一种共识。尽管科学是人类所创造的知识系统中最美丽的一种，但并不代表真理，只是“共识”（common sense）中的一种。
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如前所述，马赫、玻尔、海森堡等物理学的大师早就发现了人类认识能力的局限性。这儿还要提一下，在玻尔的指导下，海森堡用数学的方法，定量地写出“测不准原理”（uncertainty principle），并因此而得了1932年的诺贝尔物理奖。“测不准原理”定量地说明了“观察者”、“仪器”与“客体”这三者不可分割这一基本问题。
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这儿，有一点是非常有趣的，即一个物理学定律居然用了“测不准”，也就是“说不准”（uncertainty）来命名，可以看出这些科学界的大师有多么的谦卑。当然，如果老子和慧能大师九泉有知，他们也会多么开心。
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所以，爱因斯坦给这群年轻学生解释“相对论”时，也是希望能表达在“小伙子”、“女孩子”和“火炉”之间也有许多不可分割的关系。而这种关系甚至可以决定“时间”（time）、“空间”（space）之类的非常基本的物理量。只是，爱因斯坦还未能像海森堡那样，用数学的方法定量地写出这种关系式。事实上，他也只是重复了慧能大大师所说的“幡动”，“风动”，还是“心动”的问题。
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其实，主客体之间的关系问题，还不单是科学中的一个最基本问题，也是艺术和美学中的最基本问题。例如，“美丽”就是既不是纯客观，但也不是纯主观的，它是“意识”和“客体”之间的一种相互作用。
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“意识”、“精神”和“良知”
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在这本书中，我们主要介绍了生物体内电磁场的耗散结构。对这个电磁场耗散结构的认识，使我们有可能从现代科学的角度来认识针灸、光轮和许多古老医学的科学背景。同时，我们也介绍了如何定量地测定心身系统的相干度，从而使“和谐”这种古人的智慧，也有了现代科学的支撑。
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然而，在本书中，我们却还没有认认真真讨论“生命”、“意识”和“良知”这些非常重要的问题。虽然，从字面上来说，生物学（biology）和心理学（psychology）就是研究“生命”（bio，即拉丁文的life）和“灵魂”（psycho，即拉丁文的soul）的科学。但是，无论是生物学家还是心理学家，都不敢说，我们已经从现代科学的角度认识到了生命和灵魂。显然，这还得有待于科学的进一步发展。
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为了使我们对当今生命科学发展的处境有一个粗粗的了解和估计，我们不妨引进印度哲学中的“七层身体”（seven-body-levels）的思想，来描写我们当前医学、生物学和生物物理学发展的状况以及今后的发展方向，包括对“生命”（life）、“意识”（consciousness）和“良知”（conscience）等高层次概念的科学认识。
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虽然许多人，还包括许多科学家，都认为我们当前的科学已经非常了不起，科学家已经可以代替那全能的上帝了。但是，从“七层身体”的观点来看，今天看来已经非常成熟的医学和生物学，也就是说，对人体器官、细胞、组织、DNA以及各种分子的认识，只不过才是认识了“第一层身体”，即“化学身体”（chemical body）。
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这个“化学身体”的基本砖块是生物分子。在多数生物学家和医生的想象中，这些分子是由刚体的“小球”和“棍子”组成的（见本书第二章图2-1），即原子和化学键组成的。也就前面提到的“小球和棍子模型”（balls-and-sticks model）。
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