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太医院官职，有院使（即正院长）1名，院判（即副院长）2名（分左院判和右院判）。下有御医20人左右，负责宫中上层官员医疗事宜。再下有吏目20余人，负责一般人员医事。再下有医士20人，恩粮生20～30人，肄业生5～10人。
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凡初进太医院之医生，仍取太医官保结。由首领官查明，粗知医书，通晓京语者，加结呈堂，面为考试，合格者准其入院，听候肄业，挨名传其到院肄业者曰肄业生。三年期满，经礼部考试取中者曰医士，不取者仍照常肄业，以待再考。
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顺治九年始，凡肄业一年以上，且季考三次一等者，遇有粮生缺出，掣申明礼部充补。雍正八年，改粮生为恩粮生，从此凡遇医士缺出，由院掣申礼部充补，不再考取。
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光绪三十四年奏准别立新医学馆，四年毕业后，分最优等学生、优等学生和中等学生三级。
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三、太医院官品级
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清初各官品级满汉有异，康熙九年改归划一。太医院院使为正五品，院判为正六品，御医为正八品，吏目从九品。
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雍正七年奉旨御医定为正七品，六品冠带，并准其服用貂皮，挂数珠。宣统元年十二月钦奉谕旨，太医院院使定为四品，院判改为五品，御医改为六品，吏目改为七品或八品，医士为九品。
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此外，医术高明，侍奉有功者，常蒙皇上殊恩，加衔加俸，不受此限。如康熙十七年十二月二十五日奉上谕，皇太子出痘痊愈后，医官甄国鼐因侍奉调理小心勤慎，备受奖赏。顺治年间，蒙赏内府珍物者甚众。康熙、雍正年间，以得赐御笔屏联为最荣。乾隆时医官吴谦历升列卿，擢任部堂。嘉庆、道光以后，由院使院判特加卿、贰卿衔者尤多。同治年间，院判李德立曾以三品京堂候补。光绪年间，院使庄守和以花翎二品并蒙予御书匾额。癸亥八月，院使赵文魁奉旨赏给花翎头品顶戴，总管太医院，兼管御药房、御药库事务。
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四、太医院办公情况
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太医院为朝廷执事官，本无公务可言，然升迁、除授、考满、京察、告假、丁忧各项事务，以及关支俸银俸米、月银月米、津贴公费、奏销药价、祭祀三皇、各项考试等，均与各部院衙门文牍往来，参与办理。
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太医院院使、院判、御医等皆分组按时请脉，御药房以烹制御药为主。凡属太医院御医请脉后开方，具本奏明同内臣监视。每一剂药备二服，合为一服，候熟分贮二器，御医先尝，内臣再尝，另一器进御。御药房、御药库药物由太医院出价采买，年终由各省药材折色中报销。根据各地生产之道地药材，按时奉上，由专人管理。
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五、京外大臣保医
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雍正元年上谕良医须得老成而经历多者，果有精通医理，疗疾有效者，著京外大臣保奏准其子弟一人随同来京，著大学士九卿议奏。遵旨议定令九卿各部院堂官暨直省将军、督抚、都统、副都统、提督、总兵各举灼知之年老医生，不拘有职无职，统由该地方官派员护送来京，由礼部太医院面为考试，即行引见入直供事。有职者加予封典，优给俸禄，无职者留院授职。此外，仍可带着其随行子弟。
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六、考试制度
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定制太医院肄业生由太医院堂官每年分四季考试，从《内经》、《难经》、《脉经》、《本草经》及各科重要方书中出题作论，分别等第，申明礼部注册，每隔三年由礼部堂官来院考试，取中者曰医士，不取者仍照常肄业，以待再考。
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同治五年改设医学馆，并将四季考改为二季考，于仲春仲秋时考之。无论医士、恩粮生、肄业生，统由堂官（即院使）面试，出题多本《医宗金鉴》、《伤寒论》、《金匮要略》，有时也考《内经》、《难经》。
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每到寅申年，太医院院使、院判，会同礼部堂官，除御医毋庸考试外，所有吏目以下各员生均一律会考，凡备卷、受卷均由收掌官批阅，由教习评定等第，由太医院堂官封送礼部复勘。到院拆封，咨行吏礼部注册。遇有应升缺出，咨行吏部查核，由院奏咨补用。凡考取一二等者，如无处分事故，按名挨次拟补；三等照旧供职，暂停升转；四等者罚停会考一次；不列等者革职留院效力，下届仍准入考。这是同治五年礼部会同太医院奏定的章程。
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考试规章如下：
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（1）考试出题务须明白显亮，不得割裂经文。批语亦宜从简质。
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（2）试卷务照定式置众，不得长短不齐。卷面上印太医院字样，中填某班。即医士、医生各名目下粘浮签。接缝用教习厅印，卷面用堂印。考前由收掌官分正大光明四字填簿，照号填卷，折叠弥封，再用教习厅印。浮签楷书姓名，旁填坐号，仍钤教习厅印，半在卷半在签，用印毕将号簿固封。首领厅于需用卷外不得多备一卷。
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（3）考试日，各员生黎明齐集，听候点名，照号入座。临点不到者扣除。
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（4）入座后由稽察官逐号详查，其有坐不符者立即扶出。
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（5）题纸也按正大光明分号粘悬明白，大书，使诸生一览无遗。不准离座抄题。
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（6）出题后，限时由稽察官挨号盖戳。其尚未得句者，印盖卷面不录。