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但是，在长途航行中，海员面临的最大敌人是坏血病，这主要是由于饮食匮乏或缺少维生素C摄入。坏血病从任何意义上讲都不是一种新的疾病。在中世纪，那些受到围剿的城镇中，当新鲜食物的供给被切断或陷入短缺，坏血病就会出现。然而，当西欧的海员们冒险驶入大西洋时，这种疾病成为一个严重的问题。葡萄牙人是最早遭遇坏血病灾祸的人之一。在1498年的航行中，巴斯克·达·伽马因为这种可怕的疾病失去了55名海员。1535年，当雅克·卡蒂亚远征加拿大时，他的士兵也被一种致命的坏血病袭击。在开始于16世纪中期的开往非洲的早期航行中，英国人就已经历过了这种针对航海者的悲剧。两百多年以来，坏血病一直是海员中广泛流行的疾病。然而，荷兰人早在16世纪中叶就认识到新鲜蔬菜和果汁在预防坏血病方面所起的作用。珀切斯（1601）、兰开斯特（1605）、伍德尔（1617）、科伯恩（1696）、米德（1749）、都相继证明了柠檬汁及橙汁有抗坏血病的作用。到18世纪中期，关于坏血病有八十多部论著出版，其中许多都推荐使用酸性水果或果汁治疗坏血病。然而，直到1795年，英国海军部才发布了那条著名的命令，要求所有士兵都配备有柠檬汁。
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工人的疾病 。对海员的疾病表现出兴趣并不是一种孤立的现象。人们还关注其他行业的健康问题。事实上，正是在这段时间，职业医学的基础建立了起来，使得拉马齐尼能够在1700年出版第一本关于工人疾病的综合论著。
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由于经济和技术的发展，矿工和金属工人是最早被研究的职业群体。15世纪，随着商业企业的成长，贸易量不断增加，形成了对扩张货币和资本的需求。这种需求只能依赖大量黄金白银的供应才能满足，于是中欧的金矿在15、16世纪开始了开采。为了满足这种需求，矿井挖得越来越深，而由于必须在更深的地下作业，矿工的健康受到了影响。矿井越深，职业病造成的危害越大。就在这个时候，出现了第一批有关矿工疾病及事故的著作，正是对这些情况的反映。
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然而，第一本关于职业危害的著作描述的对象却是金匠，而非矿工。这是一本仅八页的小册子，由奥格斯堡的医生乌尔里希·埃伦博格在1472年所著，于1523年或1524年印刷发行。此即《有毒有害的金属蒸汽及烟雾，例如银、汞、铅和其他那些高额交易中金匠和其他金属工匠被迫使用的金属：他们应如何行动，以及如何消除毒物》，其目的是预防疾病。
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第一次关于矿工疾病与意外事故的记录出现于1556年一篇以采矿为主题的简短论述中，作者是格奥尔格·阿格里柯拉（1494—1555）。他将矿工的疾病分为四类：一类是关节病，一类是肺病，一类是眼病，最后一类是绝症。他还对这四类疾病进行了预防和治疗方面的讨论。然而，这些不过是他对采矿所作的大篇描述中的一点附带内容。1567年，在阿格里柯拉的论文发表十一年后，在德国的迪林根出现了第一部专门研究矿山和冶炼厂工人职业病的专著。作者是德奥弗拉斯特·冯·霍恩海姆，通常也被称为帕拉塞尔苏斯；这部专著被命名为《矿工病和其他矿工的疾病》。它由三册组成。第一册是关于矿工病，主要是肺部疾病；第二册是关于冶炼工人和冶金学家的疾病；第三册是关于汞引发的疾病。帕拉塞尔苏斯就此展开了对病因、发病机制、预防、诊断和治疗的讨论。这部专著对职业医学产生了一定的影响。
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阿格里柯拉和帕拉塞尔苏斯为矿工职业病的研究奠定了坚实的基础。越来越多关于这一主题的文献的出现反映出他们所做的贡献是多么重要；虽然17、18世纪并没有带来什么伟大的发现，但不同作者的观察的汇编本身就很有价值。同一时期的其他医生也就不同职业带来的危害发表过一些文章。从马尔西利奥·费奇诺（1497）到G.霍斯特（1615）再到格拉托利（1652），他们都写过以学者的健康为题的内容。再略举几例，17世纪，J.R.格劳伯（1657）写了有关海员健康的文章，L.安东尼奥·波尔齐奥（1685）与海因里希·斯克塔（1687）研究关于士兵的健康，G.兰卓尼研究盐田工人的健康，而F.普莱普则关注律师的健康。
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这种趋势对未来意义重大，摩德纳的贝纳迪诺·拉马齐尼所著的《工人疾病的讨论》便是首部呈现这一趋势的经典之作。拉马齐尼是一位医术精湛、学识丰富又极富个人魅力的医生。他迷人的个性在这本书的序言诗中尽显无遗。诗中，他形容这部作品是如此心痒难耐、烈火灼心般地渴望出版，但也警告说，等待它的将是可怕的命运。在1700年，这本书面世了，它之于职业健康发展的重要性，等同于维萨里之于解剖学、莫尔加尼之于病理学。拉马齐尼意识到职业健康是一个重大的社会问题，因此，他不仅着手研究职业病，还对这一研究的实际应用表示关注。在这本书的第一版中，他共讨论了42个工人群体，其中包括矿工、挑夫、药剂师、助产士、面包师、磨坊工、油漆工、陶艺师、歌手和士兵。在1713年的第二版中，他增加了12个群体，其中有印刷工、纺织工、研磨工、掘井工。拉马齐尼的著作具有双重意义。一方面，它综合了从最早期到18世纪以来所有关于职业病的相关知识；另一方面，它为更进一步的研究打下了基础。因此，它既是一种对过往的回顾，也是一种对未来发展的预示。拉马齐尼的作品被翻译成法语、德语和英语，直到19世纪工业革命带来新的问题时，它也仍然是预防医学这个分支的基础文本。
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梅毒 。在16、17世纪出现的新疾病中，赫然耸现的当属梅毒。关于它起源何处，这里我们不做讨论，但毫无疑问的是，这种疾病在15世纪末就以流行病的形式在欧洲出没，它首先登陆那不勒斯，随后传播到欧洲大陆的其他地方。梅毒于1495年出现在德国、法国和瑞士，1496年出现在荷兰和希腊，1497年出现在英格兰和苏格兰，1499年出现在匈牙利和俄罗斯。由于医生们认为它是一种全新的疾病，便以各种名字称呼它。法国人称它为那不勒斯病，而意大利人则以法国病，即“高卢病”回敬之，这个名字后来成为整个欧洲最常用的叫法。在其他国家，人们也用本地语言命名，在英语中称它为“大斑疹”或“法国斑疹”，在法语中则是“大皮疹”，而德语中是“水疱”。到1530年，法兰卡斯特罗出版了他的长诗《西佛里斯：高卢病》（Syphilis sive morbus Gallicus ），这首诗很快风行起来，被翻译成众多语言版本。它讲述了年轻英俊的牧羊人西佛里斯（Syphilis）的故事，因为亵渎了太阳神阿波罗，他受到惩罚，染上了一种可怕的疾病——法国病。法兰卡斯特罗参照弗吉尔的《田园诗》，以优美的拉丁诗句描述了这种疾病的症状、过程和治疗方法。这首诗的流行，最终使得“梅毒”（Syphilis）这个名称受到广泛采用。
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当时，梅毒的症状比现在严重得多，人们以处理其他流行病的方式来处理梅毒。从文艺复兴至18世纪，对性的宽容是这段时期的普遍特征，生这种病并没有被看作什么见不得人的事，并且，为了战胜它，人们付出了艰苦卓绝的努力。没有人想要隐瞒自己感染梅毒的事实，德国骑士乌尔里希·冯·哈滕甚至公开了他自己的病例，以便大家可以从中吸取教训。因此，关于梅毒的临床表现、传播特点、治疗方法的知识得到广泛传播。到1530年，大家普遍认识到梅毒通过性行为传播的特性，于是开始采取有力措施控制其感染源。
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最初的一些管制措施针对的是性工作者。当时，妓院是被接受的场所，卖淫活动遍地开花。15世纪末，罗马就有超过6 800名性工作者。在威尼斯1509年的人口普查中，30万人中有超过11 654名女性性工作者。但早在1496年，博洛尼亚、费拉拉等其他城市就开始驱逐性工作者。1507年，法恩扎法令规定，那些想要从事卖淫工作的妇女必须先接受健康检查，如被发现患有法国病（梅毒），则禁止提供此项服务。一般情况下，梅毒的控制措施是从对其他流行病（特别是麻风病和鼠疫）的处理方式中得来。感染或疑似感染的非居民患者被驱逐出社区或禁止入内。而感染的本地市民则必须去专门的医院接受治疗。1496年，贝桑松驱逐了患有那不勒斯病（梅毒）的性工作者和外地人士。同一时间，苏黎世采取了类似措施，而纽伦堡在1497年也如是操作。随后的一年里，班贝克开始禁止梅毒病人进入旅馆和教堂，并严令他们不得与健康人接触。1496年，罗马禁止理发师为梅毒病人服务。而专门治疗梅毒的医院或其他治疗设施早已建成。维尔茨堡、弗莱堡及汉堡的市政当局分别在1496年、1497年和1505年做了住院收容和治疗的安排。菲拉拉兄弟会在1505年获批建立了一所梅毒专科医院。1552年，威尼斯颁布了一项法令，规定所有感染法国病的人统一到绝症医院接受治疗。许多社区还为梅毒患者提供免费医疗，大多数情况下，治疗他们的医生有义务向当局报告。
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可能是因为这些措施，也可能是因为涂汞的能量疗法以及某种程度上免疫力的发展，梅毒在17、18世纪逐渐成为一种慢性病。然而，它仍旧非常普遍，是一个主要的健康问题。随着中产阶级道德观逐渐占据主导地位，梅毒开始被看作一种社会污点。于是，它变得隐秘，这极大地阻碍了控制这种疾病的行动，直到近期，情况才有所不同。
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天花 。新疾病的出现并不意味着从前已知疾病的消失。相反，在这段时间里，一些旧有的疾病变得愈发重要起来，成为社区健康问题。毫无疑问，中世纪就有天花存在了。然而，随着中世纪的结束，由欧洲探险者和殖民家传入的天花似乎在欧洲、亚洲、非洲和美洲越来越普遍。总的来说，该病在欧洲似乎属于轻症，很少致命。法兰卡斯特罗在其所著的传染病书中，轻描淡写地将天花刻画成一种几乎人人都会得的病。但在16世纪的意大利，有过几次关于传染病的报告，例如，1567年在曼图亚，以及先后于1570年、1577年、1588年在布雷西亚发生的天花瘟疫。在法国，安布鲁瓦兹·巴累提到自己在1586年和其他时间所遇见的一些天花病例。
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16世纪早期，“smallpox”（天花）一词出现在英国，对应法语中的“la petite vérole”（天花）。后者与“la grosse vérole”（梅毒）相对。这两个专用词意味着这两种疾病之间存在着某种相似性。而共同点当然就是它们都有皮疹的症状。
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在伊丽莎白时代末期，天花作为英国的一种常见病开始得到重视。1629年，伦敦第一批印刷的死亡率名单中，将天花作为一种单独的疾病列出，此后每年天花都会出现在名单上。在斯图亚特时代，人们经常提起天花，尤其是在伦敦；这种疾病日趋严重，反映在那份死亡率名单上。仅是1659年的一次疫情中，伦敦就有1 500多人去世。17世纪末，天花几乎被视为童年经历不可避免的一部分。据报告称，婴儿和幼童在感染后病情较轻，而对于年龄较大的儿童和成人，则往往有致命的危险。到18世纪初，天花在英国的城市和乡镇中大肆流行，并成为死亡的主要原因。1694年，玛丽女王在天花疫情中去世。欧洲大陆与英国一样，在整个18世纪，天花不断地对公共健康构成威胁。
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天花被发现后不久就传入了新大陆。此后，它时不时出现在一个或多个地方，但其流行程度永远无法与英国或欧洲相比。然而，这种疾病引起的恐慌是实实在在的。正是由于需要让公众了解天花的性质和应对它的方法，才有了托马斯·撒切尔在1677年至1678年发表的《简单规则：指导新英格兰的普通人如何在天花或麻疹来袭时管理好自己及家人》。这是在墨西哥以北的美洲最早印刷的医学文献。
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各地的人们都认识到对流行病进行有效预防是亟须的，而预防医学的重大胜利之一就与天花有关，这就是18世纪的詹纳疫苗。这一成就始于18世纪早期，整个发展的过程将在后续篇章中展开讨论。
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疟疾及其他疾病 。和天花一样，疟疾也是中世纪时就在欧洲出现了，但直到16世纪，我们才对它的流行和分布有了充分的了解。从16世纪到18世纪，疟疾是一种常见病，经常在欧洲的大部分地区流行。据报告，欧洲疟疾的首次暴发是在1557年和1558年。英国、西班牙、意大利、法国、荷兰、德国和匈牙利则在17世纪遭遇了严重的疫情。根据G.B.卡瓦拉里的记录，1602年，发生在意大利的一场疟疾夺取了近四万人的生命。17世纪下半叶，特别是在1657年和1664年，疟疾在英国肆虐。有报告称，克伦威尔就死于疟疾。正是在这段时期，这种流行病传入新大陆。疟疾的暴发很有可能是由持续不断的战争以及海上贸易的扩张引起的。欧洲人早已与非洲、印度和东亚最严重的疟疾疫区进行了长期接触，很可能被输入了新的菌株，由寄生虫携带者将其传播到整个欧洲。
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尽管如此，这段时间仍为预防疟疾做出了两大重要贡献。1630年至1640年间，秘鲁树皮或称金鸡纳被进口到欧洲，成为疟疾治疗的一种特殊疗法。之后，1717年，杰出的临床医学家乔瓦尔·马里亚·朗西西（1654—1720）出版了《论沼泽的有害气体》一书。在疟疾的流行病学研究中，他感兴趣的是沼泽产生疟疾热的方式。朗西西认为沼泽散发出的气体会产生两种致病物质，分为有生命体的和无生命体的。有生命体的就是蚊子，他相信这种生物会携带和传播病原体或微生物。朗西西就这样接近了病媒概念，并部分预见了19世纪末疟疾之谜的揭晓。
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其他已知的疾病也以流行病的形式出现在16、17世纪。事实上，这一时期的一些瘟疫是历史上最凶猛的。16世纪，白喉作为一种严重的流行病在欧洲暴发，首先是在低地国家、莱茵河沿岸和法国，之后蔓延至地中海西部地区、伊比利亚半岛和意大利。关于白喉的最初的详细临床描述来自医生们的观察。16世纪末，席卷西班牙和意大利的一系列致命传染病使得这些国家的医生认识到该病的传染性特征。白喉作为一种特殊的临床实体，缓慢但坚定地被与其他疾病区分开来。但到17世纪末，这种疾病的暴虐程度似乎减弱了，因此医生对它的兴趣也下降了。随着18世纪的发展，白喉再次在欧洲流行起来，并在英国和美国暴发，不过没有哪个地方的疫情像前一个世纪的西班牙和意大利那样严重。
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16世纪，腺鼠疫继续在欧洲横行。然而，随着这个世纪的进步，鼠疫似乎变得更加普遍；之前未受影响的城镇也遭到它的袭击，疫情的暴发变得更为致命。直到17世纪，这种疾病以自14世纪黑死病以来最猛烈的方式再次出现。在都铎王朝和斯图亚特王朝统治期间，鼠疫频频光顾英格兰，并于1665年达到了高峰。欧洲大陆也饱受重创。在1628年和1629年两场可怕的瘟疫中，里昂几乎丧失了一半的人口。而沿索恩山谷向北，第戎周边的国家也遭到侵袭，于1636年暴发的瘟疫几乎消灭了该地区所有的人口。1629年至1631年间，意大利经历了相似的惨剧。据科拉迪称，1630年至1631年间，仅意大利北部就有100万人死于鼠疫。1630年，它还导致了米兰8.6万人丧生，威尼斯共和国则有近50万人死去。在三十年战争即将结束的时候，鼠疫传播到了德国和荷兰。从1654年至1656年，东欧人民首当其冲承受了鼠疫的侵袭。17世纪末，它的暴发强度有所下降，尽管到18世纪鼠疫仍然在欧洲肆虐，但它已不再像前几个世纪那样严重了。
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传染或流行病构成？ 显然，医生们有足够多的机会研究和观察传染性疾病。人们累积了大量的知识，并由此产生了对流行病和各种急性发热病起源的大量猜测。解释这些病症的努力促使互为矛盾的概念竞相发展，这些概念影响着我们这个时代的公共卫生思想和实践。其中一个就是流行病构成，另一个则是传染。这两个概念都不是全新的，至少部分地源自早期的观点。
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中世纪流行病学的一个观点认为流行病是由一系列气候条件和当地环境引起的，这个观点起源于希波克拉底的著作。他强调气象变化和季节特征是决定流行病传播态势及季度、年度发病率变化的要素。流行病构成的概念则是指，只要特定的构成因素持续存在，就会产生能够传播疾病的大气环境，这个观点在16、17世纪得到发展。纪尧姆·德·巴尤（1538—1616）是第一位倡导此种观点的人，他是一名法国医生，首次记录了百日咳的临床表现，并提出了风湿病这一概念。1640年，在其身后才出版的《流行病和偶发性疾病》一书中，巴尤效仿希波克拉底，对1570年至1579年不同季节和年份的大气状态或构成进行了讨论。由此，他发现1571年的春天比较潮湿，很多人都得了感冒、胸膜炎和喉咙痛。
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伟大的英国临床医生托马斯·西德纳姆（1624—1689）进一步发展了这一研究方法。他认为，伤寒可以分为两大类：一类是由大气变化引起的传染性温热病，一类是由人体易感体质引起的并发症。鼠疫、天花和痢疾属于前者，猩红热、扁桃腺炎、胸膜炎和风湿病属于后者。虽然急性的并发症可能与当时的大气状况无关，但它们也有可能是受到传染性温热病的影响。西德纳姆认为，传染性温热病的显著特征是所谓的固定发热，它可能与一些并发症一起出现。因此，在某一特定大气构成期间，所有流行病都被打上了这个特殊的烙印。生发疾病的大气状态和此状态的假设性变化，被西德纳姆称为“流行病的构成”。随着这一构成的逐渐加强，其力量得到了充分的发挥，传染性温热病的严重度和暴虐度都有所增加，之后又因为大气向新的构成元素屈服而减弱，这种传染病会在一段时间内流行，并与其他传染病相关联。西德纳姆并不清楚假设的大气变化情况，但他相信是地面升起的瘴气导致疾病，甚至乐于将流行病的星象起源纳入考虑范畴。
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这种大气-瘴气的观点产生的影响将持续很长时间，它注定要在19世纪公共卫生发展的过程中起到重要作用。正如我们之后会看到的那样，埃德温·查德威克所坚持的有机物产生的瘴气会引发疾病这一理论尽管是错误的，但它为公共卫生的实际操作提供了依据。在历史的发展中，事物往往不是非黑即白，错误的思想也可能被创造性地运用。
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然而，与此同时，还有其他医生和一些外行人认为传染是导致流行病暴增和传播的主要原因。这个观点由吉罗拉摩·法兰卡斯特罗（1478—1533）在他于1546年发表的论著《传染、传染病及其治疗》中有系统的论述。这本书是传染病科学理论发展的丰碑之一。在讨论特定疾病的问题时已多次提及法兰卡斯特罗的名字，显而易见，他在传染病方面的建树是在对鼠疫、斑疹伤寒、梅毒和其他流行病广泛而又实际的研究基础上形成的。他的这本论著分三册：第一册介绍了他的传染理论，第二册讨论了各种不同的传染病，第三册则分析了传染病的治疗方法。
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