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盖茨极力主张洛克菲勒“为科学的医学研究”建立一所机构，能与巴斯德在巴黎、科赫在柏林主办的医学机构相媲美。“这将是洛克菲勒为国家和世界作出巨大贡献的机会”。于是，著名的洛克菲勒医学研究所诞生了。
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一所与众不同的医学院
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19世纪的美国医学教育远不及欧洲，有人如此尖锐地形容：“教学内容极端贫乏，医学资源付诸阙如，学院毫无资金来源，唯一的收入来自学费，而其中大部分都进了教师的口袋……实验室根本不存在……大部分医学院与任何大学都没有关联……也跟任何医院没有关系，因此，教学只限于理论。当时的受业期限照例均为两年……而第二年也只是重复第一年的所学。此外，在许多地方，修业期限甚至只有16～20周，医学生也完全不需要先修预备课程就可入学。”
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最初的改革发生在1869年，哈佛大学校长艾略特从医学院动刀。一位在哈佛任教的老师说：“（他）把整个大学翻煎饼似的翻了个彻底，这样的大刀阔斧在我们医学院还真是史无前例，董事会完全接手院务，彻底改头换面。我们开始领薪水，我虽然不反对，但却担心口袋要缩水了。教学课程全面重订，外来的压力是部分原因，改革结果是班级变小，学生变得更好了。”
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画家萨金特（John Singer Sargent）的《四名医》，挂在约翰·霍普金斯大学的韦尔奇医学图书馆内，画的是医学院在1893年成立时的最早期成员。从左到右依次是：韦尔奇、霍尔斯特德、奥斯勒、凯利。人称“约翰·霍普金斯四巨人”。
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约翰·霍普金斯大学医学院于1893年建立，从德国留学归来的韦尔奇担任院长。建校伊始，一批最有名望的医学教育家便聚集在这里。韦尔奇建立并主持病理实验室和病理学系。威廉·奥斯勒担任内科主任，弗雷德里克·迈勒（Frederick Mall）讲授解剖，威廉·霍尔斯特德（William Halsted）主持外科。必须强调的是，他们首先都是医学科学家。
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从一开始，约翰·霍普金斯大学医学院的理想就与众不同：它把医学教育设计在研究院的水平上；它不是建立在商业，而是建立在科学与慈善的精神基础上；它的主导精神源自韦尔奇，而他深受德国医学的影响，强调使用实验室训练和科学方法，一开始就以“科学医学”为教育宗旨。它不但以一所综合大学为依托，而且还有一所规模可观的医院作为附属教学医院。它是美国第一个要求接受过四年大学本科教育才能入学的医学院，医学院本身的学制是四年，而不是两年。它带来了欧洲先进的医学教育：进入医学院前先接受综合大学的预科教育，让医学生尽早接触病人，学习病理时和临床紧密结合，实行住院医生制度和住院总医生制度，临床医疗、教学、科研三位一体……约翰·霍普金斯大学医学院提高了入学标准，课程设置中临床、基础实验结合，学院和医院整合为一体，让学生身处实境、亲自感受来获取疾病知识。
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由于建校时欧洲的“科学医学模式”已经建立起来，办学的主要领导又都是受过欧式教育的精英，因此，这家新崛起的医学院以“科学医学”为宗旨，被推举为美国医学教育的样板。一位传记作家如此描述韦尔奇留下的印记：
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他比其他任何人的影响作用都大，让“约翰·霍普金斯”成为美国历史上一种新型的医学院，不是作为慈善之地，而是科学之家。
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一份报告，改变美国医学教育
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到20世纪初，举目看全美，医学院的教育都不太让人满意。在160所医学院校中，仅有一半符合“现代医学教学标准”。威廉·奥斯勒曾讽刺当时大部分美国医生急着去学一些医学皮毛：“做医生却不懂物理、化学，这些‘比目鱼们’漫无目的地追寻着，根本得不到任何精确的疾病概念，行医就像在耍弄玩具药房。”
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1904年，美国专门建立了医学教育委员会，以推动医学教育改革：第一，将医学院入学标准和医预科教育标准化；第二，在全美推行理想的医学教育内容，包括两年的实验科学训练和两年在附属教学医院的临床教育。为实现这些，他们请求卡内基基金会对全美的医学教育做一次调查。亚伯拉罕·弗莱克斯纳用了18个月的时间走遍北美，从入学标准、教授教育背景和数量、学院基金和学费总数、实验室质量、附属医院中可从事教学的医生和外科大夫的数量这5个方面，对全美155家医学院进行了调查。他批评了所有的美国医学院校，包括哈佛大学医学院和耶鲁大学医学院。唯独一所约翰·霍普金斯大学医学院被推荐为美国医学教育的学习样板。
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亚伯拉罕·弗莱克斯纳本人也是约翰·霍普金斯大学的毕业生，他对“学习理论”有着浓厚兴趣，以至毕业后回家乡办学来检验他所推崇的“小班、个体化、手把手”的教学方法，结果发现效果很好。他曾去过德国研究教育体制，写的第一本书探讨了美国的高等教育，并尖锐地指出了其弊病。这也是后来他被选中去调查美国医学教育现状的原因，虽然他并没学过医。值得补充的是，在他的鼓励下，之前在药店工作的哥哥西蒙·弗莱克斯纳考取刚建立的约翰·霍普金斯大学医学院，在韦尔奇手下学习、工作了10年，之后成为洛克菲勒医学研究所所长，并成了洛克菲勒基金会很多医学项目的顾问，还与韦尔奇一起参加了1915年的中国考察团。
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这次调查结束后，“Flexner报告”在《卡内基基金会教育发展简报》第四期上刊发。它成为美国医学史册的一个分水岭。他的名字也被用来划分美国医学发展史：前Flexner时代与后Flexner时代。后人在写亚伯拉罕·弗莱克斯纳的传记时，用了“iconoclast”（打破旧习的人）这个词来形容他。他打破了一个旧世界，建立了一个美国医学教育的新世界。关于建立新世界，他提出的改革建议是：医学校与综合大学结合，保证大学教育水平；学生入学前至少要有两年的大学教育基础，学过物理学、化学和生物学；学校必须有教学医院，学生能在门诊和病房中参与照管病人，科学地进行临床医学实践；要有医学基础学科的教学和实验条件；选聘的专职教师要善于教学，并有科研能力。
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在这份报告发表后的25年中，美国医学教育以约翰·霍普金斯大学医学院为模式，在洛克菲勒等大基金会的巨额资金支持下，完成了“标准化、专门化、科学化和职业化”的转型。关闭那些不符合条件的医学校，从1907年时的160所减为1914年时的100所。毕业生数目也减少了一半。而约翰·霍普金斯大学医学院一直立于改革的前沿。正是在这样的背景下，洛克菲勒基金会决定把“约翰·霍普金斯”理想的“科学医学”教育模式移植到中国，建立西方文明在中国的典范。当然，后来也有人反思，这份报告也引发了日后暴露出来的问题：美国医生变成了一个高度专业化、中上层精英高度集中于城市中心地带的职业，教育体制僵化，减缓了医疗在社会各阶层的普及度。
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除了医学教育之外，还有另一场改革也为协和的成功埋下了伏笔。这就是20世纪初在美国提倡的“标准化医院管理”。日后的协和医院，每个科室也有这样的标准化操作规程，被装订成了一个厚厚的文件夹。准确地说，协和后来的成功是医学院、医院两方面合力的结果。
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后来，亚伯拉罕·弗莱克斯纳在自传中描述了这么一段经历：在“Flexner报告”发表之后，卡内基基金会进一步介入医学改革的前景并不明朗，亚伯拉罕·弗莱克斯纳把希望寄托在了洛克菲勒基金会上。他写信给基金会：“若没有一个主要的资金来源方提供援助和支持，医学改革走不远。”
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不久后，盖茨邀他共进午餐时问他：“如果你有100万美元，你会如何重建医学教育？”弗莱克斯纳毫不犹豫地回答：“我会把它交给约翰·霍普金斯的韦尔奇教授。”
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协和医事（协和百年纪念版） [:1700792789]
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协和医事（协和百年纪念版） 中西合璧的“油王府”
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在1916年，从温哥华出发至中国的轮船上，有一位建筑师与协和第一任校长同行，他叫查尔斯·柯立芝（Charles A. Coolidge），这次前往北京，他负责设计协和的建筑。
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在协和医学院的初建时期，面临的一大挑战是找到一名合适的建筑设计师。这次选择的建筑设计师柯立芝，也是当时美国建筑界里名列前茅的。哈佛大学医学院以及位于纽约市的洛克菲勒医学研究所的新大楼，皆出自他之手。在他来中国前，基金会提出对协和建筑的要求：原则上，要求所有的大楼，包括教学楼、医院、药房、实验室、宿舍“必须与它们的用处、它们所在的国家有内在联系”，同时考虑好建筑经费和运转维持的经费，不必过分雕琢和装饰。
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