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张之南教授说：“在我做实习医生和住院医生的年代，内科流传着一个未经证实的传说，说是张孝骞主任查房时，看到不合格的病历，就当众扔在地上。从张老师的修养和人品看，我认为不大可能发生这种事，但从张老对病历的一贯严格要求，出于惧怕而产生这种想象，也是可以理解的。”
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多年任协和内科主任的张孝骞对下级医生要求极为严格，单就病历来说，“不仅内容要准确齐全，而且单位要标准化，字迹不得潦草，绝对禁止自编的简化字和缩写。要求忠实于事实，在重要的地方还要做分析，不能写成流水账”。张孝骞常说：“病历是有历史意义的公共财富，不能看成个人的小事而漫不经心，要对别人和后人负责。”
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还有一个故事，是当年一位毕业刚进协和医院的消化内科大夫，第一次随上级医生查房，当老师张孝骞把病历推到她面前时，她却连第一句词都忘了。“重做一年实习生！”在接下来这一年的实习生涯里，她算是深切体会了怎么写病历，共写了100多份。
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“导师这种近乎残酷的手段，逼我练就一身真本领。”她后来成了消化科专家，写了篇关于如何写大病历的文章。这篇文章，导师张孝骞反复看了3遍，修改了38句话，给她印象最深的一句话是“采集的病历是客观的，诊断是主观的”。
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虽然张孝骞是否在查房时看到不合格的病历就当众扔在地上，未经证实，但从他晚年的一些日记中，可以读出他的老协和脾气：
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1979年1月5日：上午未赴院，下午2：20赴院参加胃肠专业组门诊和查房，说无病例，因而取消。当即怒气不息！
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1979年1月21日：上午办公会上又大发批评，主要是科内医生不够，领导又不愿压缩普通门诊。措辞可能有过激之处，下次当完全缄默或不参加这样的会。下午开学术委员会听取升教授者的汇报和答辩，走过场也！
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1979年3月19日：10时参加科主任办公会，讨论研究生问题，为教育部和卫生部、医科院、医院领导墨守条例，不顾及医学临床实际，不考虑目前后继无人的问题，在会上又大发脾气，除张乃峥外其他人都噤不发言。事后又深悔自己多事任性。今后对这些问题将一言不发！
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1981年3月9日：上午赴院，在8楼3层病房看两例（病人），都未检查完毕，查房不像一种严肃的活动。在讲解时，许多住院大夫（进修大夫）做别的事情，非常生气。看见金兰时，也发过一阵牢骚，事后思之大可不必，因为无济于事。
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1985年3月2日，星期六：上午在病案室看病历，发现病历质量大成问题。
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1985年4月10日：上午参加党委召开的整党座谈会……5楼洪大夫提了关于中低人员的精神面貌问题，我立即附和，认为学术气氛不浓厚，协作不够好。
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甚至在阅读报纸上报道的社会现象，他也一样会生气，比如在1983年8月17日他写道：“阅《人民日报》四版的‘狼车的主人’，报告一名以权谋私、敲诈勒索的电霸，深为愤慨！”
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在抗日期间，张孝骞担任湘雅医学院院长的那段时间里，有次他发现正在贵阳中央医院实习的一名高才生，对临床漫不经心。他便把那学生叫到一边，一连提问了好几个临床医学的问题，直问得学生哑口无言，张孝骞火了：“你不要自以为聪明或者把书本读熟了，就会成为一个高明的医生。医学是实践科学，轻视临床的人，是不配当医生的！”此后查房，张孝骞总是重点提问这位学生，有人甚至觉得他故意为难这个学生。而毕业时，这位终获教诲的学生，给张院长写了一封真诚的感谢信。
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新中国成立后，在知识分子改造的运动中，张孝骞怀着改造的热情，在大会小会上，一遍又一遍地反省自己所受到的资产阶级思想的影响，希望丢掉身上某些不健康的东西：汽车、洋房、名利思想。没想到，他也因此陷入了窘境，遭到一些人的严厉批判，比如“湘雅医学院是帝国主义的文化侵略工具，你担任了那里的院长，对人民犯下了不可饶恕的罪行”。为了不坐公家的小汽车，年逾半百的他，竟学起骑自行车来，有一天从自行车上摔下来，肩关节损伤。
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在政治运动中，造反派们认为：张孝骞给许多高干看过病，他们的健康情况是有政治价值的宝贵资料。但是张孝骞反复向造反派们解释：医疗档案，是医生在履行其职责时建立的，医生永远有义务替患者保存，而患者有权利要求医生不泄露给第三者，这是天经地义的事情。造反派们抄过三次他的家，以期找到那些想象的高干档案，还取消了他打扫厕所的资格，实行隔离审查并逼供，将塑料管、钢丝锁落在他身上。他心里计划着逃跑：在打饭时穿过协和医院门前的马路，跳上大华电影院前的公共汽车，跑到北京卫戍区司令部去。70多岁的他，跑了几步就被抓回。问他动机，他天真地回答说：“你们不讲道理，你们不代表党，我要去找个讲道理的地方。”
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1986年，张孝骞正在入党宣誓。
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张孝骞写的入党申请书。
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虽然在政治运动中几经坎坷，受过折磨和伤害，但到了88岁，尤其当他知道自己得了恶性肿瘤，肺癌扩散后，仍要求加入中国共产党。刚做过开胸大手术的他，拄着拐杖出现在党委办公室门口，递交了自己书写工整的入党申请书。入党后不到两年他离开了人世。
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张孝骞平时从来不去理发馆，头发是夫人给理。当人们说他简朴的时候，他悄悄地说：“不是的，天下没有人不喜欢舒适的生活，我只是花不起时间。”这位中国科学院的学部委员，每个月有100元的津贴。他不接受这笔钱，要将它退给科学院，科学院不同意，他就把这笔钱存入银行，1966年他把存折上的13 000多元上交了。
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协和医院司机班的师傅，就怕接张孝骞上班。说好的时间，只要迟到一分钟，不管刮风下雨，这位倔老头就拿着拐杖自己走了，理由是：“医生早到一分钟，病人就可能活，医生晚到一分钟，病人就可能死。”一群身穿白大褂的医生，跟着张孝骞去查房，常转眼不见他身影，原来他赶去拧紧一个没关严的水龙头，或去关掉一盏白天还开着的灯。有一次，他去医院看到大门未关，非常激动地对一位领导说：“大冬天不关门。浪费多少暖气，你们管不管？必要时专门雇个人关门也值得。”
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每次去病房查房，他身后的队伍会越跟越长。听完其他医生的叙述，他经常说：“我的想法有点不一样。”他对年轻医生要求严格，严格到近乎毫不留情的程度。对一个不勤奋的学生，他会暴跳如雷；对一个不负责任的医生，他会当面训斥。有的医生不注意观察病人，病历写得潦草，他就会发火。
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“文革”后，张孝骞年事已高，仍参加内科各专业组查房，虽然听力障碍、眼睛白内障、精力不济，仍坚持到场，他说：“我还是来，你们不一定征求我的意见，我主要看看你们有什么新进展。”在他去世前不久，还嘱咐内科新就任的主任，务必要抓好医疗质量。见到他的学生、当时的卫生部部长陈敏章时，张孝骞还用已不太清晰的声音叮嘱他一定要抓好医疗。