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聂毓禅开始寻找机会，准备把协和的高级护校迁到重庆。在那时，从沦陷区出发，一路险象环生，既不能在光天化日之下走在大路上，又没有方便的交通工具，沿途的行骗、偷盗、敲诈……比比皆是。正好聂毓禅的三弟也准备去重庆工作，于是他们一行众人在1943年春启程，从北平出发，乘火车到商丘，后改坐人力车到沦陷区与国统区分界的界首，再换乘火车到西安。每到一处，都要为联系交通工具和寻找食宿而奔波。为躲避日军，她们的路线蜿蜒曲折，她们骑骡子、乘马车或卡车——所有凭运气能找到的任何交通工具，但大部分时间都是徒步。
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聂毓禅一行凭意志完成了从北平到重庆的长达两个月的艰险旅途，也就是先前在纽约的协和董事会成员认为“漫长、艰难、危险”，只有男人才能“偷偷”完成的行程。
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在这“漫长、艰难、危险”的迁徙行程中，发生了一件让聂毓禅最为痛心的事情：她的三弟在抵达西安的前一站时，因与国民党军人发生争吵而被枪杀了！她与同行的协和护校毕业的王琇瑛，在铁道旁的土坑内找到了三弟的尸体。因为人生地不熟，不宜久留，她们赶紧买了一身新装和棺椁，将灵枢运到西安，忍着巨大悲痛将他安葬后，又匆匆奔赴兰州，由兰州乘飞机抵达重庆，在重庆的中央卫生署暂时安下身来。协和的女人们，共走了两个月之久。
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到重庆后，聂毓禅开始准备协和护校的恢复。考虑到成都当时大学集中，师资力量强，学生来源多，特别是华西大学又新建了一所医院，于是决定在成都复校，聂毓禅担任校长，华西大学则聘请她兼任新建医院的护理部主任。
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所谓复校，实际是白手起家，重新办学。两个月的迁徙完毕，面临着更大的挑战是办学。摆在聂毓禅面前的问题很多，最紧迫的是教室、设备和食宿，最费神的是师资。当时的中央卫生署曾向聂毓禅提出警告，不能抽调他们的骨干，拆他们的台。这使得她无法聘请当时在中央卫生署工作的不少协和护校校友，只能另想出路。她四处游说，费尽唇舌，终于请到了几位专职教师，教各科的临床护理理论、实习课。其他基础课、临床课，则请华西大学医学院的教授讲。各课程的实验室和实习基地，向华西医学院借用。
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接着就是招生。成都有不少从沦陷区迁来的著名大学，聂毓禅与其中的燕京大学、齐鲁大学、金陵女子文理学院等联系，招收了20名预科学生。
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有了教室、宿舍、师资和学生，协和高级护士学校终于在1943年9月的成都正式开学，在这里总共招收了三年学生，约50名，另外还举办了一届两年制的进修班。虽然条件艰苦，聂毓禅仍然坚持教育办学要维持北京时的高标准。在这里，一年级不及格的学生就要被淘汰。学生们住在华西医学院内的“八角楼”。由于放宽了招生范围，同学中最大的近30岁，最小的才19岁。
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一位在这里接受护理教育的学生日后回忆说：在“八角楼”的生活，自成天地。宿舍家具少而粗糙，没有电力供应，只能在昏暗的烛光下配药。唯一的水源是一口露天的井，水必须要烧开。当时纸张奇缺，经济困难的学生就用四川特产的“竹纸”裁成笔记本大小，自己装订成册。为了在实习中和当地的病人接触，学生们还学说四川话。
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随着难民、军人、伤员、病人纷纷涌入，对护理服务的需求更急迫。协和护校的师生夜以继日地每周工作7天。护校的其他女生在经历了漫长艰险的旅程后，也来到成都找聂毓禅。其中就有1929年毕业的包艾靖，她曾在南京中央医院做护理，日军轰炸南京后，留下来接替护理负责人的职位。之后，她带领150多名护士和学生从南京撤退到杭州，又转移到长沙、贵阳，后来到了成都，与聂毓禅共事了6个月，担任学校护理系负责人。
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协和护校师生在成都时的合影。
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在国难当头的抗日战争时期，协和护校在成都的复校和顽强的生存状况，如同费孝通日后所回忆的：“战时知识分子的生活是够严酷的，但是谁也没有叫过苦，叫过穷，总觉得自己在做着有意义的事。我们对自己的国家有信心，对自己的事业有抱负。那种一往情深，何等可爱。”
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抗日战争胜利后，内迁的大学各自返回原先的城市。协和护校则根据医学院董事会的决定，计划于1946年暑假前迁回北平。在动身之前，学校举办了一次大“甩卖”，三年内积累的东西，除了特别必需的，都统统低价出售了。1946年5月，聂毓禅率领全校60多名师生，分别乘3辆大卡车，告别成都，踏上返回北平的征途。他们到陕西换乘火车，经河南、安徽、江苏到上海，又改乘海轮到天津，最后再换火车到达北平。路上走了两个月，换了6次交通工具。这长达1 900公里的跋涉是靠步行、坐大卡车、乘满是臭虫的公共汽车和卡车完成的。
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“几百件行李上车下车全靠我们七八位女同学搬运，搬不动的就抬，实在抬不动就一步步向前移运。”1945—1947年曾在协和的护士师资进修班学习的黎秀芳，参加了重返北平的学校搬迁小组，她如此描述。这次返回北平的旅途虽然劳顿，但她们的心情已与来时两重天，明亮而愉快。
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可以想见，1952年协和护校因上级决定而停止招生时，曾克服千辛万苦内迁办学的聂毓禅，内心有多痛苦。她说，全中国唯一的高级护理教育，“竟断送在我的手中，实为终身憾事”。
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面对困境时的生机和坚韧
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在聂毓禅带着协和护校学生进行一场“只有男人才能进行的迁徙”时，不愿意在沦陷区工作的张孝骞也离开了协和，回到家乡湖南长沙的湘雅医学院。回到湘雅后，大家希望他能主持校务。长沙当时的局势也不妙，但美国雅礼会不愿给湘雅提供搬迁经费。张孝骞这个在有些人眼中“地地道道的书呆子，只知道人体血容量和胃肠消化功能的人”，凭着严密的运筹和规划，竟在很短时间里把湘雅的校务处理妥帖，把全部愿意南迁的人员及学校的大部分设备，运到了贵阳。因美国人阻挠没有搬走的湘雅医院，后来果然在日军占领长沙时，被破坏得精光。
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在抗日战争的艰苦年代，由张孝骞主持的迁到贵阳的湘雅医学院，教学标准却从未含糊。那时人才缺乏，张孝骞千方百计地聘请高水平的教师，反复强调一点：“不能因条件不好而放弃严谨作风，一切医疗须按照从前的常规程序进行。”比如，像实习医生必须在24小时内完成病历，要亲自做常规化验，住院医生实行24小时负责制，主治医生坚持早、晚巡诊……这些张孝骞在协和工作时的制度，依旧保留执行。“三门不及格就留级，四门不及格就走人。”1939年时，一年级有60人，因考试不及格等原因至第二年只剩下30余人。严格的淘汰制度保证了学生的质量。
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1940年，张孝骞（后排左五）任湘雅医学院院长时与教师们在一起。
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1939—1944年，湘雅医学院在贵阳湘雅村时，教职员工居住的茅草房。中间一栋的三分之二为张孝骞及夫人居住的房屋。
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张孝骞在担任院长期间，从不停止每周的查房。他查房的特点是，首先让医生背诵病史；另一个特点是，紧密联系病情，从诊断、鉴别诊断开始，一直问到病因、发病机制、病理、生化改变、治疗等。“查房不放过任何一个细节”，曾有个胸水病人，抽过多次胸水后原因没有找到，张孝骞查房时，“连抽了多少胸水、什么颜色、比重多少、是渗出液还是漏出液，显微镜检查有什么发现，有无送培养等细节都不放过”。
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有人对他主持湘雅医学院那段时期的评价是：“抗日战争经历了8年，师生生活水平降低了若干，而在院长（张孝骞）艰苦卓绝的英明领导下，学校的艰苦朴素的风气和学生的学业成绩从未有所降低。”后来，因为日军入侵贵州，张孝骞又率领全校师生，把湘雅医学院迁到重庆。由贵阳转移到重庆的艰难日子里，他始终坚持巡诊、出门诊。当时的湘雅没有临床实习基地，同学们只好分散在各地实习，张孝骞就奔走于各个医院，参加临床和教学，直到协和复校。