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1940年，张孝骞（后排左五）任湘雅医学院院长时与教师们在一起。
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1939—1944年，湘雅医学院在贵阳湘雅村时，教职员工居住的茅草房。中间一栋的三分之二为张孝骞及夫人居住的房屋。
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张孝骞在担任院长期间，从不停止每周的查房。他查房的特点是，首先让医生背诵病史；另一个特点是，紧密联系病情，从诊断、鉴别诊断开始，一直问到病因、发病机制、病理、生化改变、治疗等。“查房不放过任何一个细节”，曾有个胸水病人，抽过多次胸水后原因没有找到，张孝骞查房时，“连抽了多少胸水、什么颜色、比重多少、是渗出液还是漏出液，显微镜检查有什么发现，有无送培养等细节都不放过”。
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有人对他主持湘雅医学院那段时期的评价是：“抗日战争经历了8年，师生生活水平降低了若干，而在院长（张孝骞）艰苦卓绝的英明领导下，学校的艰苦朴素的风气和学生的学业成绩从未有所降低。”后来，因为日军入侵贵州，张孝骞又率领全校师生，把湘雅医学院迁到重庆。由贵阳转移到重庆的艰难日子里，他始终坚持巡诊、出门诊。当时的湘雅没有临床实习基地，同学们只好分散在各地实习，张孝骞就奔走于各个医院，参加临床和教学，直到协和复校。
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在这段最艰辛的岁月里，人在面对困境时迸发出的生机和坚韧，也许更能说明支撑老协和脊梁的是一群什么样的人。除了聂毓禅和张孝骞，协和的李宗恩教授也筹建了贵阳医学院并担任院长。位置偏远的贵州省，在这段时期成了几个医学项目的中心。朱章赓被任命为贵州省卫生委员会主任，他劝说以前的同学和教授，把医学专长带到贵州。国家卫生署也将其公共卫生人员训练所设在了贵阳，协和医学院的几位毕业生都与该所有关。贵州最大胆的医学项目也由贵州省政府与洛克菲勒基金会的乡村改造委员会合作展开，在距离贵阳100公里的定番县施行了一个样板县计划。定番县的社会医学部设在一座佛教寺庙中，陈志潜亦参与其中。而留在北京的医生中，仅林巧稚在北京东堂子胡同自行开业的一家小诊所，就留下了8 887位患者的完整病历。
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协和的“激动人心的故事”，不是几个人的特写，是来自协和、发散全国的群像故事。“他们在艰难竭蹶之中，为国家保存和培养了可贵的医疗卫生人才，使中国的医学高等教育在残酷血腥的战争期间也没有中断。”除此之外，有人说在抗日战争8年里，协和教职工中没有一个人为日本人当差，没有出一个汉奸，这也是协和的奇迹之一。
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协和医事（协和百年纪念版） [:1700792820]
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协和医事（协和百年纪念版） 朝向希望之火不熄的征途
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如果说20世纪20年代洛克菲勒基金会在中国的项目与政治环境还不直接相关的话，那么到了后来，它们则越来越快地被卷入中国的政治漩涡之中。
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著名历史学家入江昭（Akira Iriye）描述了20世纪30年代理想主义受到的种种挑战：“人们震惊于国际主义者的努力，他们试图克服所有困难以保持其希望之火不熄。”这种坚持，既隐含着影响中国的愿望，也有一份对文化国际主义价值的根本信仰。
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中国连续不断的战争及动荡的时局，并没有阻止基金会的坚持。即便在协和医学院关闭期间，洛克菲勒基金会仍继续拨款，支持已迁移至西南部的医学院的本科、研究生和护士教育：从1942年到1945年，共拨款100多万美元，帮助了8所国立医学院、2所教会医学院、迁往成都的协和护校，并建立了一个“战时顾问委员会”，委员会成员包括协和董事翁文灏、刘瑞恒、周贻春、时任全国卫生署次长的朱章赓。这使得基金会仍能保持与中国官方、民间机构的频繁联系，及时掌握中国战局的发展，也使得基金会在日本投降后，有可能迅速恢复在中国的工作。
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来自战时中国的一封封信件，会定期交给纽约总部的洛克菲勒基金会，在各部门之间传阅，许多故事读来令人沮丧，但这些来自战时中国的悲观报告并没有让基金会停止在中国的项目。恰恰相反，与美国国务院协调后，基金会甚至还新设了一个项目，即把中国知识分子带离战争中的中国，到美国一年。后来，历史学家资中筠写道：这些“援助”中国学院和知识分子的不同洛克菲勒项目，是基金会在民国年代所做的最大贡献……“洛克菲勒的主要特点就是，不管中国的条件如何动荡，依旧坚持不懈”。
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商议协和复校
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到了1945年夏天，看到美国飞机掠过北平上空，身陷囹圄的医生们深受鼓舞。这一年，胡恒德被释放出狱，他迅速视察了协和：医学院的结构尚未破坏，但校舍已脏乱不堪，许多可移动的设备已难觅踪影，发电厂设备需要彻底更换。胡恒德向董事会提交了报告，这成了规划协和复校的第一步。
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在日军管制的这段纷乱时期，幸运的是，协和图书馆、病案室完好无损。当时的协和图书馆中，除了西医课本外还有一批传统的中医藏书。这些书籍被复制在微型胶片上，至今仍珍藏在美国国会图书馆里。基金会继续为学校图书馆订购科学及医学杂志，保证了后来协和复校时图书馆的期刊数量和水平。当时的日本少佐松桥堡，战前曾到过协和这家亚洲最大的医学图书馆，知道它对于科学有多么重要，所以未让日军加以破坏。当他奉命到协和病案室销毁病历时，在病案室主任王贤星的坚决反对下，也居然同意保留。
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在曾经的冲突和混乱之下，一切被连根拔起。但协和的生命力，仍在尽力延续。
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1945年年中，一群协和同事及中国医学界领袖在协和董事周贻春的重庆家中相聚，商议协和重建后的教学问题。林可胜、杨崇瑞、朱章赓、袁贻谨……大多提倡：永葆协和为一流医学院。连最积极于“泛医学培训”的人，如陈志潜、杨崇瑞、朱章赓，也都一直把协和视为“国家医疗体系的尖端”。甚至有几位，依然认为应该用英语教学，同时重拾建设中文医学词库的努力。
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这一年，洛克菲勒基金会第三次评估介入中国的理由。回顾之前，第一次是在20世纪初，那时的基金会钟情于科学医学，也具备将科学理念及高水准的西方文明引入中国的潜能；第二次是在20世纪30年代，基金会开始转向对中国核心社会问题的关注。这两次，他们都曾寄望西方文化培养出来的中国知识分子，能想出一些针对中国问题的解决方案。20世纪30年代中期实施的“中国计划”，曾暂时将洛克菲勒基金会的注意力偏离了协和。但即使在战争时期，洛克菲勒二世仍在考虑：是否存在“有一天把协和迁到内地，在更简单、更便宜的基础上重建”的可能。战争结束后，基金会又把注意力重新转向协和。1945年的第三次评估，基金会关于“到底想在中国做什么”的话题，大部分围绕着“北京协和医学院怎么办”进行。在解决与协和有关的未来问题之前，基金会暂且很难规划一个全新的中国项目。
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当时任政府行政院院长的宋子文写信给基金会，请求恢复协和医学院。协和的同行及竞争机构——北京大学医学院院长马文昭，也希望基金会继续支持协和医学院，以作为中国现代医学和公共卫生的“辐射中心”。
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“北京协和医学院是我们皇冠上最璀璨的一颗明珠。我认为我们有强烈的责任感，继续支持中国的现代医学事业。”这是基金会的负责人在1945年年底写给洛克菲勒二世的信。
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1946年1月至1947年5月，设在协和医学院内的军事调处执行部。左起：中共代表叶剑英、美方代表马歇尔、国民党代表郑介民。
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