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林可胜也同意这些看法，认为协和应扩大招生，虽然他不会中文，但却认为教学应该同时使用两种语言。他本人对国家医疗和农村的公共卫生项目很感兴趣。抗日战争爆发后，林可胜离开协和，担任红十字会负责人和中国军队的医疗顾问。刘恒瑞当时在卫生署身居要职并在协和兼职，据说，他曾对林可胜说：“谁现在还关心协和，它已经毫无希望地出局了。”
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基金会内部的更大争议
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不为外人所知的是，其实，在洛克菲勒基金会内部针对协和的教育模式争议更大。韦尔奇、弗莱克斯纳、盖茨……这代人，已成为过去。基金会的继任者们在中国寻找着新的医学和社会方法。协和最初的理念及其实施，主要从美国医学教育的弗莱克斯纳改革中演化而来，与中国环境的演变存在着诸多不同步。
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基金会中国负责人兼副主席甘恩（Selskar M. Gunn）在1931年来华考察时，批评协和模式脱离了中国现实。在20世纪30年代初，甘恩根据考察开始计划成立“中国项目”，建议综合发展中国乡村社会及提高其生活水平。1934年，基金会收到甘恩提交的“中国项目”方案，这是一个帮助中国的全新概念。甘恩建议用跨学科的方法解决中国的社会问题。他在报告中对北京协和医学院提出了尖锐的批评，特别强调其财务支出过于庞大。如果以1934年的年度预算为例：协和医学院的预算是3 167 700银圆，仅次于它的是济南的齐鲁医学院，约30万银圆。虽然协和的预算包括了一个护士学校、一所大医院及众多房屋设备的维护，其他学校仅是医学院自身的费用，但300万与30万之间的差距，还是很惊人！
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甘恩与为协和争取预算的顾临，同时竞争着基金会对中国的资助。后来，甘恩的“中国项目”得到了预算批准，三年共100万。
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但在20世纪30年代，为争取对协和持续的预算投入，而不是预算紧缩，顾临仍然是协和创始之初时的那个顾临，他近乎固执地为协和辩护：“没有哪个美国机构……像协和医学院一样承载着未来的重托，为了能在中国维持高标准的医学教育和研究，它几乎在孤军奋战。”
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在协和董事会主席周贻春的描述中，顾临是“一个认真、进取、委婉、开明、公正、高效的管理者”。在基金会的一些美国领导眼中，顾临“举止保守、感情强烈、对协和医学院有强烈的个人责任感、目的性强”。在某种程度上，因为不屈不挠地为协和争取办学预算、反对精简费用，顾临多次与纽约总部发生争执，使得他“失去了作为纽约和北京之间成功的中间人所应有的灵活性”，以至伤及了自己在协和的职业生涯。
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1935年秋，胡恒德重返协和担任代理院长，开始重新思考“洛克菲勒先生在协和开幕典礼上的讲话”。他总结，协和从建立起到20世纪30年代中期，共经历了两个时期：一是建立和组织时期（1915—1924年）；二是产出及根据中国形势和政府的急速变化而进行调整的时期。而现在，该是考虑如何充分实现协和创办人理想的时候了。他对协和的一些重要办学政策提出了改革设想，包括对协和模式作出改进，扩招学生到50人，采用双语教学，强化研究生项目。协和的高标准是对中国的最大贡献，但他也承认，“在一些方面，给学院教授们提供的奢侈条件和辅助人员，超过了大多数美国比较好的医学院”，存在削减余地。胡恒德觉察到了中国国家医疗发展的趋势，认为协和须顺应这种趋势。医学非常可能成为使治疗服务、预防医学、公共卫生、卫生教育紧密结合的体系，它将主要是中央和省级政府的职责。协和仅仅通过毕业生来发挥作用是不够的，未来协和应对政府的计划给予直接、实用、创造性的帮助。
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此时，陷入战争且动荡的中国，对医生和护士的需求巨大，几乎难以为继。林可胜、兰安生和刘瑞恒均认为，协和应更重数量而非质量。但以协和内科系主任狄瑞德为首的“老警卫”、护校校长胡智敏、已在美国退休的顾临，仍然反对这些变革。双方角力的结果是，支持精英教育的力量略占上风。这主要是因为，几乎什么都还没来得及尝试，“七七事变”爆发，日军占领北平，一切改变都提前终结了。
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无论如何，在长达20多年的医学教育中，太平洋两岸都显示了“坚持办学的巨大力量和人格的品质”。只是，设定理想与让理想成为现实，总是存在着裂缝。
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协和内科主任狄瑞德一直坚持医学教育“质量更重于数量”。图中为1938年5月，狄瑞德离开协和前夕进行教学查房。
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向中央上书，建议恢复协和长学制
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协和被新中国政府接管后，关于数量还是质量的争论，依旧持续。新政府在对协和的调整中，把协和当成一个“人才宝库”，曾抽调出不少骨干去协和之外建立新的医疗机构。当时，协和医院内科主任张孝骞就担心，这样的调整对保存协和整体及日后发展考虑不够，是“拔萝卜”而非“割韭菜”，破坏了协和技术队伍的结构和完整，不利于“高级医学人才”的培养。
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对协和医学院1953年停止招生，张孝骞也一直持有不同意见。那时中国医学教育普遍趋于短学制、重数量，主张更多的平均主义，迅速扩充三至五年制医学教育，尽快解决医务人员的短缺，质量退而求其次，1957年“大跃进”开始，这一趋势更加明显。面对中国5亿多人口并且大部分人在农村的现实，协和医学院每年培养的30名学生，显得微不足道。
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张孝骞却认为，新政府领导下的中国，仍然需要一所较长学制和高水平的医学院，致力于培养高水平的医、教、研人才。虽然在当时，由于协和的历史背景，不少人害怕再提老协和，怕被扣上“崇尚资本主义医学制度”的帽子。当时有多位中央领导正接受协和医生的治疗，但这些，也并未转变成对协和长期教育计划的政治支持。
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协和课程的核心是八年制教育，三年医学预科再加五年临床教学及研究。虽然学制的长度并不一定等同于临床能力或研究能力，但协和对维持其顶尖地位的“八年制”极为珍视，并抵制一切改变。即便在政治敏感时期，协和领导层仍尽最大可能，希望能保持一贯的“协和标准”：基础科学的强大预科基础，以及对临床指导、临床研究的重视。新政府多次想要大规模扩大机构、降低标准的努力，均被协和领导拒绝。在长达25年的时间里，协和医学院拒绝了扩招，拒绝了三到五年制的课程设置。宁可终结这一教育项目，也不降低标准，这同时也付出了巨大代价：
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1954—1959年，没有招收新班级；
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1966—1979年，没有招收新班级；
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1968—1987年，没有毕业生。
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1957年之前毕业的学生，还是接受了与前辈类似的“协和式教育”，即三年在北京大学读医预科、五年在协和医学院，之后是系统的住院医生培养。1957年秋，一组英国医生来中国访问，其中有一位是《柳叶刀》杂志主编，对世界各地的医学教育有独到见解，他在访问报告中描述协和：“虽然历经变迁兴衰，（协和）仍被认为是中国的约翰·霍普金斯。尽管世异时移，国际教员也已离去，但协和依旧保持了一流的水准，执中国医学界之牛耳。”他也描述了苏联模式对中国医学教育的影响：当时的中国，学习苏联模式培养二等医生，大大增加了行医者的数量，缩短学时，课程缩短成3年或4年，过度扩张学校规模，降低了医学教育的水平。
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1957年11月25日，卫生部正式通知：中国协和医学院与中国医学科学院合并，称中国医学科学院，附属医院称北京协和医院，接受中国医学科学院领导。1933届协和毕业生黄家驷被任命为院长。这一年，张孝骞毅然向中央上书，建议恢复协和的长学制医学生教育。
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“新中国成立以来，由于国家的迫切需要，医学教育不得不照顾数量，缩短年限，因而降低了质量，这是一时的权宜，原是迫不得已的。其中主要的缺点是在错误地强调了全国医学教育的一致性，没有在某些具备条件的医学院为国家培养一部分质量较高的医学生。这个错误的影响，在医学科学研究亟待开展的今日表现得特别明显。现在医学院学制仍为五年制，而且医预课程极不充实，生物、物理、化学三门课的总时数只有504学时。在基础医学和临床医学方面，由于学生人数过多，师资、设备、病床都感缺乏，教学也很不够理想。”
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张孝骞极力主张，从速开办几处年限较长、学生人数较少、基础课程较好、教学质量较高的医学教育中心。他分析了协和医学院的状况，认为协和虽在短期内脱离了医学生教育，还是具备了恢复这项工作的有利条件：多年的教学经验与教学方法还没有遗忘；教学组织与较高级教学人员还没有完全拆散；不少教学设备，还是原封未动。“因此协和还是可能作为一个名副其实的医学院。更重要的一点是，协和不像其他医学院，没有负担着几千名医学生，因而可以很快地辟为比较小型的医学院，以适应部分提高医教质量的要求。”
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