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第二次复校后的协和教学大楼，内部的建筑设计：教室、实验室、学生宿舍、食堂……都是黄家驷按照老协和标准设计的。只要有一点偏差，就会提：“这点没协和严，那点没协和细。”他亲自选聘老协和毕业生、长期在老协和工作的教授担任医大的教研室主任，自己参加胸外科讲课。张孝骞在医院则要求给每个学生配一名副主任医生级的导师。在1964—1966年，教育长章央芬带头和学生同吃、同住、同劳动，与学生打成一片。这样的黄金时代直至1966年发生“文化大革命”，教学停止，1970年协和奉命停办。
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“文革”后再次恢复协和八年制，黄家驷和张孝骞是积极推动者之一。1979年国家批示，恢复“中国首都医科大学”，设医学专业学制八年，医预科在北京大学。6年后改名为“中国协和医科大学”，恢复高级护理教育。在关系中断长达28年后，协和与美国的洛氏驻华医社重新建立了联系。1980年洛氏驻华医社再次进入中国。麻省总医院院长及洛氏驻华医社董事，如此描述对北京协和医学院的首次访问：
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当我们在协和参加第一次会面时，我震惊地看到所有与会者都是长者，非常年迈。没有一名会讲英语的年轻医生……和我们见面的都是60岁以上、70多岁的人……我们在房间走动与人们交谈，这些年长而受人尊敬的医生，都在“文革”中饱受折磨……可以感觉到一种重建医学的巨大需要。唯一能与之重建医学的，就是这些长者，但其西方医学知识显然已经过时了。
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1981年黄家驷（左六）接待约翰·霍普金斯大学医学院的代表团。
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这一年，洛氏驻华医社拨给协和155万美元，55万美元专门用于更换协和老建筑中的旧管道。黄家驷会见了约翰·霍普金斯大学医学院的院长，恢复了两所学校之间的联系。
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1987年9月，协和70年校庆，一本叫作《话说老协和》的书出版。一位参加编辑的北京市政协文史办公室的工作人员回忆说：“1985年前后我们大胆地把征集北京协和医学院的史料列入工作计划。用‘大胆’二字，是因为在当时的条件下，人们的思想还没有今天这样解放。记得有一位领导同志就曾经很‘那个’地跟我们说：你们敢碰协和这个题目，胆子不小啊！”这个学校的背景和历史曾让人讳言，虽然它培养出来的医生照亮了中国医学天空。
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李宗恩保持在领导职位上，直到1957年“反右”时被罢免。之后，黄家驷被任命为校长，直到1984年去世时，他担任协和医学院校长近30年，可谓目睹了各个时代的变化。据说，黄家驷事后回想，自己被挑中或许因为曾在倡导“百花齐放”时与中国科学院院长郭沫若一起去过苏联，所以才没有受到“反右”的冲击。他与周恩来读同一所高中，是中共早期党员，曾经保护过一位亲近共产党的积极分子。在黄家驷之后，由1942年的协和毕业生吴阶平短暂接手校长一职。无论政治压力多么巨大，这三个人始终尽最大可能维护着“协和标准”。
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只是，在曾经的协和教育长章央芬看来：“到了20世纪80年代，医科院和医大彻底合二为一，所有领导都兼任两个职务，取消教育长……谁也没有时间专门负责领导医大的工作，实际上是医科院‘捎带着办医大’，以至发展缓慢。”
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回顾协和的百年历史，与一路坎坷和曲折并行的是光荣和梦想，希望之火不熄的努力。在时间长河中，它展现的是一种生命力的努力延续，几代人演绎的传奇。
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协和医事（协和百年纪念版） [:1700792822]
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协和医事（协和百年纪念版） 协和式的临床思维
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张孝骞诊断过这么一个疑难病例：一位老年妇女，腹部极度膨出，皮肤被绷得亮光光的。别的医生诊断为冠心病、肝硬化，但老太太入院已经很久，经过各种检查和试验性治疗，腹水的原因一直没有查出，各部分主要脏器均受到影响，生命危在旦夕。
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张孝骞看了病人，和病人交谈，发现她表情淡漠、反应迟钝，极像甲状腺功能低下病人的症状。他翻阅了入院以来的病例，马上诊断，这个病人的腹水是甲状腺功能低下引起的。他告诉主管医生，这种少见的疾病，国内外只有少量报道，相关的资料在什么书籍、什么杂志的第几页，书和杂志在图书馆哪个书架的什么位置。
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腹水和甲状腺有什么关系呢？张孝骞解释说：“做好临床工作，必须警惕机械唯物主义的倾向，不能只看各种检查、化验结果，不看病人，不亲自接触病人。因为病人的情况不同，同一种病在不同人身上的表现千差万别，临床医生要把自己的基点放在认识每一个具体不同的病人身上。”
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一位女病人，住院时口唇、下巴长着明显的黑胡子。她患黄疸，低血糖，有饥饿、心慌、盗汗的症状。可这和胡子有什么关系？张孝骞经过认真的查问说，这个病人得了胆道肿瘤。看着面露惊奇的大夫们，他解释：“这是一种能分泌肽物质的肿瘤，所以造成低血糖、黄疸和长胡子。你们去查一下图书馆的文献，那上面有这类病例的记载。”经过超声检查和X光透视，完全证实了张孝骞的诊断。
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张孝骞从医一生，有着丰富的实践和理论，但他更强调正确的临床思维。董炳琨概括张孝骞的临床思维方法：“两个突出之点，一是全面和辩证，二是发展和变化。”从协和创立到今天，医学科学发生了巨大变化，但老协和的某些特色，却不因技术的改变而改变。
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张孝骞在门诊为病人看病。
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临床思维的经年锻铸，成就协和名医
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1998年北京医科大学、中国协和医科大学联合推出了一本叫作《内科疑难病诊断》的书，副标题叫“协和医生临床思维例释”。来自北京协和医院内科的30多位专家，一起编写了这本35万字的书。这30多位协和专家，以各自多年的内科临床实践，通过具体病例，给后辈确切地讲解什么是临床思维。很少有书能够生动地阐述这么一个道理：一位优秀的医生，拥有正确的临床思维有多重要。
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这本书的主编之一是协和内科教授张之南，他是临床思维的倡导者和总结者。张之南是典型的协和人，1929年他出生于北京协和医院，20年后又以北京协和医学院四年级学生的身份进入协和医院实习。1954年毕业后即在协和工作。从上学到工作，他在协和度过了大半生，直到退休。在梳理了大半生的智慧和学识之后，这位老专家认为，临床思维决定了一个医生如何对病人的疾病进行诊治：从哪里下手，途中可以经过哪些清晰的路径，忙而不乱地抵达，又在何处结束。他认为，做一个好医生，最重要的是这种临床思维。
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曾经成就了老协和诸多名医的，正是这种临床思维的经年锻铸。这种临床思维是如何习得的呢？如果关联到学习理论，何谓“有效学习”？第一，是找到自己的“学习共同体”。大量知识存在于学习共同体的实践中，不在书本中，有效学习需要找到属于自己的学习小团体。在协和，可以找到这种集体去锤炼自己的临床思维，找到探究疑难病例的氛围。第二，是隐性知识显性化。隐性知识使得人可以有能力利用概念、事实、程序，来解决现实问题。认知复杂度越高的人，隐性知识的比例越高，具有高度复杂化的思维能力，更善于同时使用互补与互不相容的概念，来理解世界的真相。第三，是模仿榜样。在协和，可以理解为周围的导师或随处在病房、门诊可见的医学专家，模仿他们如何观察、分析、解决问题，如何对一个病例进行诊断和鉴别诊断。第四，是多样性。在各种各样的场景中实践，学习广阔的应用范围。见到的疑难病例越多越杂，思考越多，越能锻炼临床思维的丰富性。