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1951年合作停止后时隔多年，洛克菲勒人再次来到北京协和医院（当时名为“首都医院”）。
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洛克菲勒二世之子戴维·洛克菲勒，在回忆录里谈到1921年的这次旅行对父母的意义：
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对他们两人而言，这都是一次影响深远的旅行：他们对亚洲艺术的兴趣更深厚了。从相遇的三种文化中，他们成了陶瓷、织品、印刷品、绘画和雕塑的收藏家。更重要的是，父亲确认，美国的慈善事业在中国的现代化中发挥着重要作用，而美国传统的传教活动则已过时，和中国的需求没有什么关系了。父母各自的经历，不仅对他们有深远的影响，对我和我兄弟的生活也一样。
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在访问北京期间，明陵的现状令洛克菲勒二世很是忧虑，他立刻捐款修缮明陵。情绪不外露的洛克菲勒二世写信说：“在中国时，想到那些美丽的寺庙、宫殿慢慢朽烂，毫无修复或保存的希望，我几乎痛哭失声。”他一直扩展着对中国社会情况的了解。到了20世纪30年代，他的眼光开始超越北京协和医学院，对中国表现出了更广泛的兴趣，采取了更民粹的路径。他在纽约见到中国平民教育运动的创始人晏阳初时，深受吸引。他邀请晏阳初夫妇到缅因州的夏季别墅，和其家人一起度假。
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在1921年之旅结束后，洛克菲勒家族连续有四代人游历北京，并在北京协和医学院留影。三代洛克菲勒继承人之间，关于中国与协和，进行了几乎长达半个世纪的通信。1960年洛克菲勒二世离世，很多人把他和纽约市联系在一起——洛克菲勒中心、联合国大厦、现代艺术博物馆、河滨教堂、回廊修道院……但协和医学院，是洛克菲勒二世的第一个重大国际慈善项目。
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一种专家治理、科学决策的工作方法
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除了有充足的预算支持，有强烈的信念和东方文化情结为基础外，协和的幸运还在于“专家治理”：设计整个协和项目的都是100年前当时美国最顶尖的教育家和医学专家，他们带来了专家洞见的同时，也提供了科学决策的工作方法。
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洛克菲勒医学研究所建立之初，以及设立其他医学和教育项目时，基金会便吸引了一批当时在美国教育界和医学界最有名望的专家，组成了其慈善事业的领导层和智囊团。他们有着“洛克菲勒人”的典型特征：白人、男人、新教教徒、盎格鲁－撒克逊的文化背景，对“社会应该是怎么样的”“富人应该对社会承担什么责任”“如何改造社会”等问题有着相同的政治与文化观念。这些人包括哈佛大学校长艾略特，芝加哥大学校长贾德森，美国医学界的两位领袖人物：约翰·霍普金斯大学医学院院长韦尔奇、洛克菲勒医学研究所所长西蒙·弗莱克斯纳。在20世纪初的美国医学教育改革中，约翰·霍普金斯大学医学院成了全美医学教育的榜样，支持改革的资金则来自洛克菲勒基金会。
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此时，洛克菲勒基金会正在寻找中国项目，这批专家自然成了中国项目的顾问。美国医学界的两位领袖人物在1915年亲自出马，为“中国的约翰·霍普金斯”确立办学方针、教育标准。洛克菲勒二世则在1921年参加协和开幕典礼时，再次邀请考察团专家之一韦尔奇同行。经过多年的医学项目合作，洛克菲勒二世非常敬仰这位医学教育家。后来，他给韦尔奇的信中写道：“我觉得除了我的父亲，没有任何其他人可以比拟我对您的深情。”作为当时美国医学教育改革的领军医学院院长，韦尔奇分别在1915年、1921年两次到访中国，给协和创建提供了关键的专业建议。他亲自在约翰·霍普金斯大学挑选前往协和任教的教师，在将其招聘来协和之后，关注这些人的事业发展，并协助其回美国后的职业发展。
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行业专家的参与，使得基金会从寻找项目到政策界定，都体现了专家们的一流科学观念和教育观念。仅仅为协和项目而进行的实地调研，就先后派遣了4次专家考察团。由专家进行详细实地调查，得到制定政策所需的第一手资料，成为洛克菲勒基金会“科学慈善”的标志，确保项目建立在尽可能“理性的基础”上。
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从1901年建立洛克菲勒医学研究院开始，到在美国南部进行的钩虫调查防治项目大获全胜，洛克菲勒基金会的医疗事业很快扩展到了南美洲和亚洲。在创办北京协和医学院之前，基金会已经开始在中国南方进行关于血吸虫和钩虫的调查。它的慈善视野从一开始就面向全国、面向国际，并希望能彻底根治社会问题，促进科学、教育和公共卫生发展，根除产生社会疾病的病源。当时，西方崇尚“科学医学”，将发展医学和公共卫生作为解决社会问题的路径。基金会在初创时，几乎将全部资金投入到与医学有关的项目中。卡内基基金会促成了“Flexner报告”，又与洛克菲勒基金会一起共同支持了美国医学教育改革，到北京协和医学院成立时，则达到了新的高潮。
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从国内到国际，从医学研究到公共卫生，洛克菲勒基金会成立不到20年，便建立起了一个整体战略体系。北京协和医学院不只是一个孤立的项目，它在设计之初就有着美国顶级专家的参与，在招聘师资时可以从欧美选拔人才，在规划研究项目时可以获得人力、物力、理念的全面支持，其中“北京人”、定县项目、助产学校都是这样的典范。在其长远规划蓝图中，协和是所有中国医学院的最高衡量标准，也是全中国甚至亚洲医生和研究人员深造的中心机构。在协和背后，为其提供理念、工作方法、人才、资源支持的是一整张全球医学战略大网，有着更广泛的全球视野和蓝图作为支撑。
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一个呼唤科学的历史时刻
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再看当时的中国，五四运动之后中国人对科学思想的迫切需求，期待西医能够带来科学思维，能强大国家，这也是难得的历史时机。
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用科学解决美国的社会问题，最突出的贡献是在公共卫生领域。洛克菲勒基金会在黄热病、钩虫病等疾病上的防治成功，向人们展示了科学的实用价值。它让人们相信，在未来，“科学医学”有力量消灭任何疾病。科学从象牙塔或实验室中释放出来，成为万能的“应用科学”，可应用到社会管理的各方面：政府立法、公共卫生和教育改革。
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清朝最后几年的维新运动和紧接而来的辛亥革命，为新文化运动开辟了道路。受过西学教育的新兴知识阶层形成气候，给洛克菲勒基金会来华提供了机遇，也决定了中国新型知识分子与基金会合作的可能。胡适和地质学家丁文江是积极参与鼓吹科学的重要人物，他们深受西方思想和科学主义的影响。胡适一生孜孜不倦地谈论科学方法，他所说的科学方法既是一种“实验室的态度”，又是一种思维术。他把这种方法视为“普遍法则”，运用于各个领域。
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西方医学所代表的科学方法，是中国摆脱“东亚病夫”形象、成为一个强国所急需的救国手段。中医与西医的关系，一度成为不同意识形态和不同政治目的对立的焦点所在。批判中医始自维新运动的倡导者郑观应和梁启超。辛亥革命后，新一代知识分子跟随潮流，希望改造传统文化，建立新文化。当时，有一种观点是，日本维新运动的成功和社会进步，与接受和发展西医联系紧密。梁启超说：“医学在促进科学精神上的影响，可以通过日本的经历来说明。日本最先与西方文明的接触是通过荷兰人，并且主要是通过医学。这在今天的日本被称为‘兰学’。科学的精神和方法反过来促进了这个岛国物质和社会的进步。对中国来说，日本的经验值得客观地借鉴。”
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1933年，胡适受北京协和医学院代理校长顾临的委托，为西格里斯（Henry S. Sigerist）的《人与医学》（Men and Medicine）中译本作序。胡适写道：“我们东方人根本就不曾有过自然科学的文化背景。”他认为在中国这样做骈文、律诗、赋、八股文，静坐讲理学的知识阶层中，绝不会产生出维萨里、哈维、巴斯特这样的医学家。读了这本书“再回头想想我们家里的阴阳五行的‘国医学’，在这个科学的医学史上能够站一个什么地位”。
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中国现代知识分子推动西学传播，既受西方科学主义的影响，也是在鸦片战争后对自身文化的反思，他们希望用西方模式重塑中国。公共卫生被介绍到中国后，改善了城市居民的卫生条件，也防止了传染病，更有助于加强西医的好形象。一场灾难性的肺鼠疫于1911年前后在东北爆发，成为推动西医在中国传播的一个契机。疫情最初发端于满洲里，后到达北京，半年内夺走6万条生命。西医、公共卫生被视为“强身、强种、强国”的政治武器，强国必先强种。比如英国自工业革命以来，在公共卫生、医疗和医学教育方面推行种种措施，保证了国家的强大，进而才可能征服人口为其数倍的中国。
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北京协和医学院在五四运动发轫时出现，也许是一个令人回味的巧合。协和创建时，正是一个各种观点、思潮勃兴的时代：对西方科学的崇拜、对中国传统文化的摒弃，以及政府政策的变化。洛克菲勒人推崇的科学正是五四运动的口号，北京协和医学院的西方“科学医学”，被新式知识分子当作改造旧文化的工具。
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在改变中国的大趋势中，洛克菲勒基金会希望扮演一个重要角色，他们选择了高标准。只有高度代表西方科学的“现代医学”，才能改变中国人的思维和生活方式。如同南开大学校长张伯伦曾向盖茨解释的：“这样的项目越深刻，其性质越不可或缺，中国人保留它们的时间也就越长。可能取代中国人的传统思维方式和精神的，只有那些最久远、深刻而基本的努力。”
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基金会当时确信，中国如想进步，必须学习现代科学。能给予中国人的最好礼物，就是科学精神和方法的示范，在中国建立协和医学院，就是建立这种示范。“假设每个中国人，能够用科学武装自己，强大到足以重新振兴其政府，然后重整中国社会而不需要额外的帮助”。中国知识分子对科学的推崇和对中医的批判，又鼓舞了基金会，这些人对协和项目的参与，更是对基金会理念的支持。1930年左右，协和毕业生已开始在医学、公共卫生方面崭露头角，这让基金会更有信心。只是，五四运动之后大量的知识分子逐渐抛弃了“科学救国”，选择了更为激进的道路——革命。这与洛克菲勒基金会用科学来改变中国的路径，逐渐分岔。
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一个具有可塑性的时刻
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此外，中国当时处于一个“可塑性时刻”，政府软弱，无法控制外国机构，给基金会和外国改革家提供了“千载难逢的机遇”。政府也希望在国际上建立一个开明、革新的新形象。基金会派出的两次医学考察团受到了当时北洋政府总统袁世凯、副总统黎元洪的接待。协和医学院动工后，中华民国大总统徐世昌致电洛克菲勒，并亲自出席了协和开幕典礼。
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当然，这种“可塑性”也存在着另一面：意味着政治上的持续变化和动荡。政府的软弱，又使得它无力为这些机构提供在中国发展所需要的稳定支持。洛克菲勒基金会希望在中国建立一个持续性的项目。洛克菲勒二世也曾说过，医学是“无党派的、无论在何种政府之下人民都会有兴趣的工作”。专注于传授最新的科学医学，脱离了当时中国社会沉重的一面。但在实现的过程中存在着诸多波折，首先面临的挑战就是，缺乏在不同文化环境中管理跨文化项目的经验。中国当时政治动荡加上内忧外患，也使得实现一个如此长远的计划几乎是不可能的任务。革命和战争，又使得协和的发展轨迹几度被打断，在设计模式之初，变数之大，始料未及。
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