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申请NIH研究拨款的程序通常是这样的。NIH发出拨款机会通告（Funding Opportunity Announcements），研究人员根据通告里提出的各种要求，构思研究计划。有时研究人员对某一领域已经形成了初步的研究想法，这时就必须按照通告的大致要求修改自己的想法。然后按照具体的研究构想和拨款类型的特点，在规定的时间范围内填写申请表格和其他所有辅助材料，提交申请。在提交申请之前，申请人可以积极同NIH具体的研究所和研究中心该项目的负责人沟通，了解关于这个研究的具体要求。申请递交之后，NIH会把申请转到下属研究所和中心，并指定一个科学评审团（Scientific Review Group）开始同行评议过程（Peer Review Process）。这个同行评议过程必须遵循联邦政府关于公共医疗服务法案和相关法规，分两个部分，由两个不同的评审团。一个由NIH研究所和研究中心的咨询委员会（Advisory Council）组成，另一个由NIH院外的本学科专家组成。
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首先进行评议的是院外专家评审团，他们根据统一的评审标准对申请进行打分。这些标准主要有五个方面：研究的重要性；研究方法；主要研究人员、革新和突破、研究环境。评议团专家对这五个方面打分，从1～9分，1分为最高，9分为最低。所有评议团打分后的平均分乘10即为最后得分。这五个方面的评议最好的得分为100分，最低为50分。由于申请众多，评议团成员独自给每一份申请评分，只有得分高的申请，评议团才开会进行讨论。最后的得分和评议都要反馈给申请人。通过这道评议程序之后，再由某一个特定研究所的咨询委员会审议，然后提出建议。最后的拨款决策权在研究所的主任手中，但研究所的主任只能从院外专家评审团和本所咨询委员会都通过的申请中做最后选择。
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对于研究型综合性大学和医科院校基础科学系科的教师来说，获得研究资助，特别是NIH的研究资助对他们的学术生涯是非常重要的。有了经费才能搞科研，才可能出成果；出成果才能评教授，评终身教授，才能在同行里立足，建立自己的名声。同时研究资助中的一部分又能支付自己的一部分工资。所以研究资助是在美国科技学术界立足的必不可少的关键。
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除了NIH的国家资助，很多民间的非盈利性机构也是一个非常重要的资金渠道。这包括私营的基金会、私人捐款和某些以疾病为中心而建立的组织。这种组织通常资助针对某些特定的疾病研究，给予资助的方式非常灵活，没有那么多限制。
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除政府研究所和大学研究机构之外，美国还有为数众多的生物技术公司，利用风险投资和资本市场融资对生物医学研究投入大量研究资金。2007年，生物科技企业共投资260亿美元(8)，接近于NIH的投资额293亿美元。从2003年到2007年短短的4、5年间，生物科技行业在研究上的投资增加了45％。而同一时期，政府在生物医学研究上的投资只增加了11％。制药公司在研发上的投资从2004年的476亿美元增加到2008年的652亿美元，增加了37％(9)。从涨幅上来看，生物技术公司是最多的。生物技术公司分布在农业、能源、医疗、环境等很多领域，其共同点是利用最新的生物技术和研究服务于他们各自的领域。但这些公司的投资具有很强的盈利性目的，与国家拨款支持的着眼于基础性、具有长远意义的研究有很大的区别。我将在下一节更具体地介绍这些公司。
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揭秘美国医疗制度及其相关行业 第三节 生物医学研究机构和人员
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生物医疗研究机构有以下几类：大学和附属于大学医学院的系科和研究所、NIH研究机构、产业界研发部门、独立研究机构、美国陆军医学研究和物资司令部（United States Army Medical Research and Material Command）。
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大学和医科学院研究机构基本有两种组织形式。一种是分系科进行，基本上由系里的教授个人申请资助、招收人员、购买设备和管理研究的方方面面和所有流程，被研究生和博士后们称为“老板”。这些教授一般站在学科的前沿，比较熟悉本专业的发展方向，也比较了解学科的发展重点和申请资助的程序。有些甚至在某一学科内有一定的名声和威望，熟悉学科内的同行。这样的教授比较容易申请到资助，也可能有几个研究项目同时在进行。在这样的研究项目中工作的人员有博士后研究人员、博士生、职业的研究人员和技术员。小的项目几个人，大的项目几十人、几百人都有可能。不过大的项目会分成若干个小项目，分散在不同的大学和机构中，由不同的教授负责。
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2006年，美国所有的医科院校基础科学系科内共有2.1万名全职教师(10)，其中有助理教授5526名，副教授4002名，教授6589名。加上他们所领导的研究项目内所有的辅助人员，美国大学和医科院校内从事基础生物医学研究的人员大约有20万。所有临床科系的教师有100629人，其中有相当一部分不同程度地从事临床和基础研究。
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在大学和医科院校及其附属医院内还有很多以一种疾病或某一个专科为主要研究对象成立的研究所，如糖尿病研究所、艾滋病研究所、基因研究所、干细胞研究所等等。这样的研究所可能有多种渠道的资金支持，也经常以研究所的名义，而不是以单个教授的名义申请资助。研究所里的研究人员对所里的教授也不像学院系科里那样依附程度大。
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NIH由27个研究所和研究中心组成，到2007年，一共有18442名雇员(11)，其中有多少是研究人员，多少是管理人员，多少是辅助人员，并没有公开的资料说明。不过，NIH下属27个机构中最大的一个国家癌症研究所（National Cancer Institute）就有研究项目负责人（Principal Investigator）5000多人(12)，如果算上其他研究人员可能就更多。所以，整个NIH内部的研究人员应该在1万～1.5万。
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2007年，美国制药企业在国内的研发人员总雇用人数约为8.6万人(13)。2006美国所有的生物科技公司共有雇员约18万名(14)，如果其中一半人员为研究人员的话，那么就是大约9万名。这样，在2006—2007年间，加上大学研究机构、政府研究机构，美国全国在生物医学研究和制药研发行业总共雇佣研究人员估计在40万以上，投入资金在1200亿美元左右。
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20世纪70年代中期，赫伯特·博尔（Herbert Boyer）发现细菌的基因和真核细胞的基因可以组合起来合成蛋白质，并在此基础上人工合成了胰岛素和生长激素。他随之创建了生物科技公司Genentech，这就是现代生物科技公司的源头之一。到2006年底，美国共有1452个生物科技公司，其中336个为上市公司(15)。2008年4月，所有上市的生物科技公司市值为3600亿美元。所有的生物科技公司营销收入从1992年的80亿美元上升到2006年的588亿美元(16)。2009年3月，瑞士罗氏制药公司以468亿美元的总价收购了Genentech公司。
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大部分生物科技公司是新兴公司，需要风险投资和其他渠道资金的支持。根据生物科技行业组织（Biotechnology Industry Organization，BIO）的统计，在其1200个会员机构中，90％年销售额在2500万美元以下，只有5％左右的公司年销售额在10亿美元以上(17)。2007年，生物科技公司融资248亿美元，而2003—2007年一共融资约1000亿美元。
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生物科技公司在食品、农业、工业生产、环境保护、制药领域都很活跃。许多这类公司由掌握某一技术的研究人员，在风险资金的帮助下成立。其中很多公司把最新的基因改造技术、克隆技术、干细胞培养和移植技术运用到相关的领域中去。生物科技公司在医药方面的运用目前主要集中在基因和干细胞技术这两方面，包括基因排序和个性化药物的研制。由于生物科技公司的研究牵涉非常复杂的生物伦理和法律问题，很多研究和应用有非常大的争议。主要争议有转基因食品和克隆动物作为食品的安全性问题和人类胚胎干细胞研究的伦理问题。关于生物伦理这个问题我在下面生物医疗研究监管和标准一节会展开讨论。
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美国陆军医学研究和物资司令部（United States Army Medical Research and Material Command）也有进行生物医学研究的机构，开展传染病和生化武器方面的研究。这个司令部共有5200名军事和非军事人员，其研究机构也与民用研究机构进行合作研究，或拨款委托研究。
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美国著名的生物医学研究机构除了各大学和医科学院及其附属医院之外，还有一些独立研究机构。其中包括斯圭普研究所（Scripps Research Institute），斯罗恩—凯特瑞恩癌症研究所（Sloan-Kettering Institute for Cancer Research），波恩翰姆医学研究所（Burnham Institute for Medical Research）和杰克逊实验室（Jackson Laboratory）等。
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揭秘美国医疗制度及其相关行业 第四节 生物医学研究的监管和标准
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随着生物医学的发展，人类在拓展对人体和生命认识领域的同时，也不断地碰撞着几千年来形成的人类哲学和宗教传统的界限。生物医学研究牵涉的是人体和其他生物体作为客观物质存在的物理机制，而人类哲学和宗教是人类感受和有意识地思考生命、人、自然界及其相互关系而形成的精神上的观念和信仰。这两者是中国哲学中所谓“形而下”和“形而上”两个完全不同的领域，但是其“形而上”的观念部分是在紧紧依靠“形而下”知识部分的基础上形成的，而且对“形而下”的认知活动具有指导意义。这个几千年来缓慢形成的“形而上”的部分突然发现最近几十年来“形而下”的知识技术基础发生了爆炸式的迅猛发展，完全进入了一个以前做梦都没有想过的新境界，一时陷入了迷茫，无法把新获得的知识和技术纳入原来的“形而上”框架，也无法做出强有力的指导。我们现在所经历的生物医学领域的种种伦理争论正是“形而上”部分与“形而下”脱节造成的。这个现象也许将长期存在，也许可能将永远存在下去。随着生物医学研究的深入和技术的突飞猛进，人类需要重新审视自身、自然和“造物主”三者之间的相互关系了。
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对生物医学研究和运用的伦理问题的思考和争论过程中渐渐地形成了一门新的哲学分支—生物伦理学。生物伦理学考虑的问题涵盖了现代生物医学研究和治疗过程中很多领域的根本性问题。这些领域包括堕胎、安乐死、克隆、转基因生物体、转基因食品、胚胎干细胞研究、人类基因工程、人口控制（计划生育）、人体器官贸易、整容易容、代孕、动物权利、人工受孕、血和血制品贸易、精子卵子捐献等等。生物医疗技术的发展不断给我们提出新的问题，由于文化、教育背景和宗教传统的不同，不同的国家、不同信仰、不同教育水平的人群在生物医学伦理问题上的取向也可能很不相同。在上述列举的这些领域内的生物医学伦理讨论就众说纷纭，莫衷一是，争论相当激烈，在某些问题上甚至造成了血案。
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生物医学伦理方面的讨论经常会影响到有关生物医学研究的立法和政策，从而影响到具体的研究和医疗。一个比较典型的例子是围绕人类胚胎干细胞研究引起的争论和立法。干细胞是指具有自我更新、多向分化功能的细胞。人类胚胎干细胞是指受精卵以及受精卵初始分裂，大约4～5天，个数在50～150个，仍然具有多向分化功能的细胞。也就是说胚胎干细胞都具有分化成人体200多种细胞类型的功能。因为人类胚胎干细胞的这种功能，医学上可以把这类细胞引导分化成病人所需要的细胞类型或组织，然后移植到病人体内，继续繁殖成病人所需的组织或器官。人类胚胎干细胞培养和移植疗法对很多以前无法医治的疾病有很大的治愈潜力，比如癌症、帕金森综合征、老年痴呆症、多发性硬化症等等。
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