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最内层的系统与医疗人员对病人的临床诊治活动直接相关，甚至可以看做是诊治活动的一部分。比如诊断图像设备内置的程序、复杂的化验仪器程序、电脑辅助手术设备软件等等。很多这一类型的软件系统与设备硬件是结合在一起的。第二层是辅助临床活动，或在诊治过程中为病人提供相关服务的系统。比如电子病历系统、护士护理和病情进展记录系统、病人诊治预约系统等。第三层是临床诊治活动外围的辅助服务和内部管理系统，通常这些系统是维持医院日常营运活动必不可少的信息系统。比较典型的是医院计费索费财务系统、药剂分配和管理系统、物资库存管理系统、手术室时间安排系统、床位管理系统等等。最外一层是辅助医院管理和决策支持系统，比如会计财务系统、人事管理系统、营运指标检测系统、决策支持系统和疾病统计汇报系统等等。除此之外，其他的医疗机构，比如临终医院、长期护理院、家庭护理机构等另有专门的信息管理系统，以适应他们的需要。
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所有这些系统中比较主要的有：
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（1）电子病历（Electronic Medical Recard，EMR）系统，包括诊断图像、病人主诉和医生检查记录、化验记录、诊治记录、手术记录、护理记录、病情进展、各种电子表格等等。
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（2）放射信息系统（Radiology Information System），包括各种放射诊断模式的图像存档和传送系统（Picture Archiving and Communication System，PACS）和远程放射诊断系统（Teleradiology Systems）。
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（3）诊所和门诊专科专用系统（Ambulatory Specialty Systems），包括普通诊所、心血管科门诊、精神科门诊、眼科门诊专用信息系统等；住院专科系统（Acute Care Specialty），包括麻醉科、产科、外科、肿瘤科、急诊部、手术室、重症监护室专用信息系统等等。
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（4）医院辅助服务信息系统，包括病床管理（Bed Management）、出院手续管理（Discharge Planning）、医生护士排班系统（Staff/Nurse Scheduling）、传染控制和消毒管理系统（Infection Control and Monitoring）等。
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（5）化验科管理信息系统（Laboratory Information System），包括化验样本条形码系统（Specimen Collection Bar Coding）。
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（6）药物分配和管理系统（Medication Administration），包括电子处方系统（e-Prescribing）和药房信息管理系统（Pharmacy Information System）等。
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（7）医院管理信息系统，包括医疗质量和事故监控（Quality Management System）、财务预算和收费索费系统（Revenue Cycle and Financial Systems）、医疗合同管理系统（Contract Management System）、决策信息和支持系统（Business Intelligence and Decision Support Systems）、医疗器械和耗材管理系统（Equipment and Supply Management Systems）。
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（8）医生合作机构管理系统（Practice Management System）。
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（9）病人自助服务信息台（Patient Self-Service Patient Kiosk）。
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（10）医疗保险公司为了对投保的病人及他们的医疗过程进行管理，也使用很多信息管理系统，比如医疗提供机构管理系统（Provider Management System）、索赔处理系统（Claim Processing System）、重病慢性病疾病管理系统（Disease Management System）、医疗资源使用管理系统（Utilization Management System）等等。
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这些不同类型的系统都有很多公司提供产品选择。了解和评估这些公司和产品是一个重要但同时又很费时费力的过程，而且很多系统不实际运行使用一段时间，很难真正了解其优劣。对医院的管理者来说，采用哪一些系统产品是一个非常重要的决定，如果选择不当，可能引起医院运营的混乱。而一旦采用失误，再进行更换，就更是一场噩梦。不仅耗资巨大，而且影响运营，对员工士气也是一种打击。而一家大型的医疗机构需要几十种信息系统同时运作，才能保持正常营运。对医院的管理者来说，详细地了解每种系统不同供应商产品的优劣是比较困难的。因此，专门帮助医院管理人员，对为数众多的信息系统公司和产品进行归类、对比、评估的服务应运而生。
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一家大型的医疗机构可能有上百种信息系统在同时运作。这些系统不仅要保证各自正常工作，他们在互相之间还要进行大量的数据传输。如果这些系统能协调一致地运行，进行实时数据交流、操作不出现冲突和断层、系统安全不出现漏洞，那就能最大限度地提高机构运营的效率和医疗的质量。然而，通常问题往往就出在各种不同系统的集成上。
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由于某些医疗人员对信息技术的不熟悉而产生的畏惧感，使得不同医疗机构对信息技术的采用处在不同的程度上。通常，年轻的医疗和管理人员对信息技术的接受速度和程度比年长的工作人员更快更高。因此在未来，医疗行业的信息技术化水平将越来越高。
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揭秘美国医疗制度及其相关行业 第三节 一些重要医疗信息系统和主要公司
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在多种多样的医疗信息系统中，电子病历（Electronic Medical Record；EMR；Electronic Health Record，EHR）是比较重要的系统。这个系统是单个病人所有临床信息的中心、医护人员施行医疗的信息基础，也是连接医疗保险收费、药物取用记录、入院出院手续和医疗事故检测系统的接口。可以说电子病历系统是医疗机构对病人施行治疗和管理的神经枢纽性的系统。EMR一般与EHR可以同等替换使用。但在某些情况下，EHR也指关于病人整体的更长期的健康记录。
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一个电子病历系统中包括病人的个人信息（年龄、性别、生日、照片、识别号码、婚姻状况、地址、联系方式等）、临床信息（X光、CT、PET、MRI图像、血液和其他化验结果、药物过敏情况、在用药物、病史等）、治疗记录（医生问诊检查记录、诊断码、医生治疗和手术编码记录、病情发展记录、特殊医嘱等），并能进行一些诊疗操作（电子处方、化验要求和拍片等）。理想的电子病历系统应该在医院的任何地点，用计算机联网就可以通过医护人员的密码登录进行查询。
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电子病历在大型医疗机构的使用可以大大提高运营效率，提高医疗质量，减少医疗事故，减轻医护人员、病人和家属的负担，减少重复试验和化验，协助不同专科对疑难病人的协调治疗。而且如果不同机构、不同地区的病人电子病历系统能够联网的话，则这些作用将以几何方式增长。
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目前电子病历系统在美国的普及率还是远远不够的。《新英格兰医学期刊》2009年3月一份研究报告显示，美国所有的医院中只有1.5％在所有科室中全面使用电子病历系统，只有7.6％的医院在某些科室使用电子病历系统(2)。大约有17％的医院使用电子处方系统。根据美国疾病控制中心（CDC）调查，在开业的诊所医生里，大约有23.9％(3)使用或部分使用电子病历。这个比例虽然不高，但比2003年的17.3％上升了1/3。电子病历在美国普及缓慢的主要原因有两个：一个是因为安装使用电子病历系统耗资巨大，一家小型的医院安装一套电子病历系统大约需要300万美元，大医院可能耗资数千万。而医生在诊所内安装，一般每位医生需投资3.5万～5万美元，如果诊所内共有6名医生，就需投资30万美元。在很多医院和医生财政压力紧张的情况下，不愿意花费巨资，而且安装了之后在短期内并没有直接的回报。第二个原因是大多数医生和医院人员熟悉传统的操作模式，对全部电子化的操作感到不习惯，有一定的抵触心理，影响了电子病历系统的普及。
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为了鼓励医院和医生诊所安装使用电子病历系统，联邦政府在2009年通过的7870亿美元的经济刺激计划中，专门拨款12亿美元通过联邦医保给予使用电子病历的医疗机构一定的奖励。这项措施是否会起到显著的效果，我们还将拭目以待。
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医疗信息系统中另外一类重要的工具是图像存档和传送系统（PACS）。这里的图像是指大型的放射诊断图像，包括超声波图像（Ultrasound）、核磁共振图像（Magnetic Resonance Imaging，MRI）、正电子断层扫描图像（Positron Emission Tomography，PET）、CT造影图像（Computed Tomography）、内窥镜图像（Endoscopy）、X光图像等。PACS系统包括图像压缩、处理、存储、检索、展示、传输软件，以及所有的服务器、网络和客户终端等硬件设备。所有这些图像的标准是DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）标准，包括一套图像文件格式定义（File Format）和专用网络传输协议（Transmission Protocol）。DICOM的版权属于美国全国电子制造商协会（National Electrical Manufacturers Association）拥有。
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目前生产销售的电子化诊断图像设备都采用DICOM标准，病人的诊断图像生成之后，立刻通过PACS传输到中央数据库，与放射信息系统（Radiology Information System）和电子病历系统连接，医生马上可以在网络终端上调用。这样既提高了效率，又降低了成本，而且还便于储藏和传输。在现在各种诊断图像技术越来越先进，应用越来越广泛和频繁的情况下，PACS的出现和利用使得电子病历成为可能，实现了不同厂商的不同模式设备所产生的诊断图像可以实时以数字方式传输和集中处理，极大地方便了病人和医生，提高了医疗的效率和质量。
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