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事情的另一个复杂之处在于，虽然莱姆病1975年之前没有受到人们的重视，好像是一个新出现的问题，但是很可能这种疾病已经存在了很长一段时间了，不仅出现在美国，也出现在欧洲和亚洲。几十年来，只是有人偶尔因为一些症状被诊断出患有该病，但并没有被认为是由一种致病原引起的疾病。回过头来看，这些零星的症状被归为一类，并被命名为莱姆病。
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这种疾病没有得到命名和确认的历史开始于1909年。一位名叫阿维德·阿夫泽琉斯（Arvid Afzelius）的瑞典皮肤病学家报告称，一位被绵羊身上的虱子咬过的妇女身上出现了红色皮疹，这些皮疹像同心圆一样，一圈圈向外发散。阿夫泽琉斯将这种情况称之为“游走性红斑”（erythema migrans）（发散的红斑），并为一家德国杂志撰文表示认为这只是梅毒的一种，梅毒是那时皮肤病学者非常关注的一种疾病。（两者确实有一定的相似性：梅毒是由一种螺旋菌引起的疾病，和莱姆病致病原伯氏疏螺旋体属于一类。）阿夫泽琉斯并没有声称了解这个妇女所患皮疹的原因，但是在后来的12年中，他又在另外5名患者身上发现了类似的症状。欧洲的其他医生也开始注意到这种环状的皮疹，非常像一个靶子，上面有一个小小红点作为靶心。在有些患者身上，皮疹和某些节肢动物（昆虫、蜘蛛或者是虱子？）的叮咬有关，通常伴随着更为严重的症状。另外一名瑞典皮肤病学家斯文·海勒斯多姆（Sven Hellerström）1930年称见到过一名男性出现了这种独特的皮疹后并发脑膜炎。随着时间的流逝，海勒斯多姆发现由于虱子叮咬所导致的环状皮疹同时并发脑膜炎的情况在斯德哥尔摩地区非常普遍。
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在第一次报道这种疾病的大约20年后，海勒斯多姆医生来到大西洋彼岸参加在辛辛那提召开的一次医学会议，在会上他阐述了在这方面所做的后续研究。他推测，皮疹并发脑膜炎这种疾病是由螺旋菌引起的。由于这次会议受到了南方医学协会（Southern Medical Association）的资助，海勒斯多姆1949年的会议发言发表在《南方医学杂志》（Southern Journal of Medicine）上，如果不是这次会议，对于一名瑞典医生来说，文章发表在这本杂志上是一件不可能的事。这些杂志并没有引起过多的关注，阿夫泽琉斯、海勒斯多姆以及其他人的论文也没有引起太多的关注。当然那时还没有因特网、谷歌搜索和数据库检索系统和其他类似的方式，只需轻触几个按键就可以通过模糊搜索找到相关内容。但是，良好的记忆力、广博的知识和运气也能达到同样的目的。
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这些因素确实帮助人们达到了这样的目的。20多年后，另外一名在密尔沃基（Milwaukee）工作的皮肤病学家鲁道夫·J·思科芮门提（Rudolph J. Scrimenti）记起了他是医学学生时读到的海勒斯多姆的论文。1970年，思科芮门提成为报告美国第一例游走性红斑的医生。他的病人也是一名医生在威斯康星州中部捕猎松鸡的时候被虱子叮咬，皮疹从虱子叮咬的伤口处向外延伸，扩展到他的胸部、右腋下和后背。思科芮门提使用盘尼西林进行治疗。在其发表的简短的报告中，他回应了海勒斯多姆的猜想，即这种疾病有可能是由螺旋菌引起的，但是思科芮门提没有找到这种细菌。
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这是医学方面已有的一些研究，并不容易被人发现，这时耶鲁医学院的医生听说了康涅狄格州的莱姆市有很多幼年型关节炎病例。其中一名医生叫艾伦·C·斯蒂尔（Allen C. Steere），刚刚在风湿病科工作一年。风湿病是研究类风湿性关节炎这类关节疾病的学科，这种疾病和患者自身的免疫系统有关，并不是传染疾病。斯蒂尔认为幼年型类风湿性关节炎不应该发生这样群发的情况。这种疾病不会在病人之间传染。也不会通过这些病人饮用过的水传染其他人。也不会像Q热病那样通过风传播，是吗？
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斯蒂尔和同事们对前来就医的患者进行跟踪调查，进一步收集了一些流行病学方面的信息，在同样的地方发现了更多的病例，并将这种症状称为“莱姆关节炎”。斯蒂尔领导的小组还注意到了相当一部分患者身上出现的相关症状：环状的红色皮疹。康涅狄格州和附近纽约市的其他医生也发现了多例皮肤出现这种独特炎症的病例，感到非常好奇。这种皮疹是由昆虫叮咬所致吗？和欧洲的医学文献中描述的游走性红斑情况相同吗？1976年夏天，一位在莱姆市东部数英里处森林中工作的野外生物学家乔·多翰（Joe Dowhan）从腿上捉到一只虱子，放在了罐子里。多翰注意到虱子的叮咬和他职业生涯中经历过的其他虱子的叮咬有所不同，这次的叮咬是一种有稍许痛感的叮咬。3天后，他身上出现了皮疹。红色的皮疹范围不断增大，他记起曾经看到过一篇有关艾伦·斯蒂尔写过的文章。他给斯蒂尔打了电话，约好前去检查并把捉到的虱子交给了斯蒂尔。
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多翰的虱子样本被认定为肩突硬蜱（Ixodes scapularis），通常被称为鹿蜱，是一种广泛地分布在美国东部和中西部地区的虱子。这件事成为研究莱姆病过程中一件非常重要且引发歧义的事情，不仅让人们对这种疾病有了更深的了解也让人深感迷惑。这件事情首先加深了人们对莱姆病的了解。沿着康涅狄格河下游进行的野外考察证实在这条河东岸的小树林和灌木丛中有大量的肩突硬蜱，比河西岸的这种虱子要多得多，而河的东岸正是莱姆村的所在地。这个发现以及在河西岸发病非常普遍的事实，让斯蒂尔和其他研究风湿病的同事更加怀疑“鹿蜱”就是这种疾病的带菌体。他们现在将这种疾病称为“莱姆病”而不是“莱姆关节炎”。
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人们对这种疾病的疑惑也慢慢产生。如果“鹿蜱”携带病原体（不管是什么）通过叮咬传染像乔·多翰这样的人类患者，那么大量的人类患病应该表明存在着大量的虱子，而存在大量虱子又反映了位于河边的康涅狄格州郊区的树林中应该生活着大量的鹿。对吗？
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不对。这是一个像国际象棋一样复杂的生态系统，而不是一个画好格子的棋盘游戏，事情之间的因果关系并不是如此简单。后来的研究显示，“鹿蜱”的生活非常复杂、多样。
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也是在这个时候，威利·伯格多费（Willy Burgdorfer）对这种病原体有了重要的发现，对这种引起人类一系列病例的神奇的病原体命名并确定了其生物学身份。
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伯格多费是一位出生在瑞士并在瑞士接受培训的微生物学家，长着宽宽的下巴，有着像尼恩·波尔（Niels Bohr）一样的宽额头，笑容显得非常狡黠，对医学昆虫学有着浓厚的兴趣。他的博士研究是关于通过虱子传播的螺旋菌，达氏疏螺旋体（Borrelia duttoni），这种细菌在非洲导致人们患上一种叫回归热的疾病。完成博士项目的时候，伯格多费已经解剖过上千只虱子，仔细观察其内脏的结构。他还发明了一种快速、实用的方法用以确定虱子是否携带螺旋菌：掰下虱子的一条腿，使用显微镜观察其渗出的体液（血淋巴）。移居到美国后，他于1952年加入了位于蒙大拿州汉密尔顿市的落基山实验室，也就是赫勒尔德·考克斯和高登·戴维斯曾经研究Q热病的地方。实际上，戴维斯成为他事业之初的资助者，几年的时间里，伯格多费一直在戴维斯建立的虱子群体中研究包柔氏螺旋体（和在美国导致回归热病的细菌变体）。有些实验室科学家在研究果蝇，有些研究近交系小鼠，戴维斯和伯格多费则养了满满一箱的虱子。
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这时，研究的风向有所转变。一位高级管理人员告诉年轻的威利·伯格多费，回归热是一种“过去的疾病”，不再纳入政府资助的研究范畴并建议他选择一个不同的研究领域。据他自己后来的回忆，伯格多费只接受了这个建议的一部分。他还继续留在落基山实验室（尽管位置偏僻，却是一个顶级的研究机构），用大部分时间进行和瘟疫、落基山斑疹热和其他疾病相关的研究，并将其对虱子传播疾病的兴趣研究当作“月光下的工作”继续开展下去。高登·戴维斯退休后，伯格多费聘用了高登的技术工人并接受了他的虱子群体。这一系列的行动使得他非常胜任其后来在莱姆病的研究过程中所承担的角色。
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大约30年后，也就是在他的事业即将结束的时候，伯格多费终身所钟爱的研究兴趣凸显了其研究的价值。20世纪70年代末，艾伦·斯蒂尔和其他人开始怀疑他们最初称为“莱姆关节炎”的疾病实际上是一种通过虱子传播的传染病。这种疾病已经出现在512名病人身上，绝大多数病人集中在东北部大西洋沿岸和威斯康星州。CDC很快又报道了几百个这样的病例。几乎与此同时，纽约州谢尔特岛（Shelter Island）的一位家庭医生，刚刚从长岛海湾对面的莱姆来到这里，诊治这里有类似病史的病人——可能由于虱子的传染而出现不同寻常的高烧的现象。但是和出现在谢尔特岛这个环境不佳的小地方通过虱子传播的其他疾病不同，莱姆病只是人们怀疑的几种疾病之一。接下来，从谢尔特岛的低地植被中采集到的一些虱子被送到了位于蒙大拿的伯格多费的实验室里。他在实验室中解剖了这些虱子的肠腔，发现60%以上的虱子身上都寄生有某种螺旋菌。伯格多费后来回忆说：“我们再也没有听到‘不要继续研究螺旋菌的工作’这样的声音了。”研究螺旋菌又成为一种趋势。这些虱子非常具有活力，是螺旋形的小体。
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伯格多费和同事用感染的虱子传染了实验室的白兔，兔子身上出现了环状的皮疹，从虱子叮咬的伤口处像涟漪一样扩展出来，和人类患者身上经常看到的环状皮疹非常相似。伯格多费的团队还培养了从虱子身上提取的螺旋菌，和从莱姆病患者身上提取的血清样本抗体进行了检测。这些测试的阳性结果和兔子的反应都成为了他们发现了莱姆病致病原的证据。这也为后来伯格多费赢得“莱姆之光”的地位，这个称号令其非常开心。不久，其他研究人员正式确认了螺旋菌，并将其命名为伯氏疏螺旋体，以纪念伯格多费。这个令人动容的实验室研究的故事唯一的遗憾就是没有解开虱子的种类的谜团。
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虱子身份的谜团表现在两个方面，其中一个对我们的研究目的来讲更有吸引力。不太有吸引力的那个谜团是关于这种虱子的科学命名。在新英格兰沿海地区携带莱姆病螺旋菌的是肩突硬蜱吗，还是这种生物属于一种类似但没有确定的应该界定其科学意义上的身份的种类？很长一段时间里，携带莱姆病的虱子都被称为“堰塞蜱”（Ixodes Dammini），后来分类学进一步细化，这个名字不再使用，1993年，重新启用了肩突硬蜱这个名字。名字上的反复是分类学上经常出现的做法，反映了主张细分者（划分很多物种和亚物种）和堆合分类者（建议少分类）之间的拉锯战。细分者获得暂时的胜利，而堆合分类者最终会占到上风。
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第二个谜团来自于虱子不太正式的命名，影响也更加深远。肩突硬蜱更为人熟知的名字是黑腿虱。可是当它被错误地划入另外一个新的种类时，也得到了一个新的常用名（但并不是非常常用）“东北堰塞鹿蜱”。这个蹩脚的称呼后来被简称为“鹿蜱”。当然，名字也会影响人们的看法，“鹿蜱”这个名字加深了人们对于这种小动物的误解：这种吸血、传播疾病的节肢动物和鹿有某种特别的联系。这种看法是错的。
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将其称为“鹿蜱”使得这个错误不断循环下去。如果白尾鹿是这种“鹿蜱”赖以生存的宿主，而“鹿蜱”是将莱姆病传播给人类的带菌者，那认为鹿群数量大自然会导致大量的人类感染就显得顺理成章了。这种看法看似顺理成章但是却是错误的。这种演绎推理看起来很合理，只是前提过分简单且起到了误导的作用。属于肩突硬蜱的这种“鹿蜱”并不是从鹿的身上获得主要的营养物质。
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一名叫理查德·S·欧斯特费德（Richard S. Ostfeld）的生态学家做了很多研究旨在解开这个谜团。欧斯特费德对纽约郊区一个有伯氏疏螺旋体的生态系统做了一项为期20年的调查，同时参考了其他地区所做的研究和得出的结论（有时是错误的结论）。他发现将白尾鹿当作“鹿蜱”的宿主是一种错误的看法。欧斯特费德写的有关这个课题的书《莱姆病：复杂系统的生态》于2011年问世。他在书中写道：“患莱姆病的风险和鹿群的数量大、紧密联系的观点源自于野外的实地研究，而这些研究在发现莱姆病的致病细菌以及虱子是这种疾病的带菌者后不久就已经开始了”，他强调说，这些研究全面、有力，但是可能受到了寻求简单答案的过多驱使，从而采取了公共卫生行动。行动出现的背景是“捉拿致病的罪魁祸首——找到关键的物种”。一篇杂志的文章将白尾鹿称为虱子的“确定的宿主”。另外一项研究称，鹿是北美洲莱姆病之谜中“不可缺少的一个因素”。由一位具有医学敏感的医生撰写的对该病的概述，得出了同样的观点用以解释为什么莱姆病像是一种新出现的疾病，其观点也同样精彩。“如果莱姆螺旋菌存在很长时间了，为什么只在过去几十年才成为受人关注的医学疾病？这个问题可以用一个词来回答——鹿。”他们都同意，问题的答案是：鹿、鹿、鹿。这样一个词的答案好像为解决莱姆病提供了一个非常可行的解决方法：通过减少白尾鹿的数量来减少感染的虱子的数量。
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人们试着用这个方法来解决莱姆病的问题。在早期的行动中，国家野生动物生物学家射杀了科德角（Cape Cod）附近的一个小岛上70%的鹿，接着，研究人员通过计算一种老鼠身上未成年的小虱子来估测这一举动对虱子数量的影响。结果发现：这种老鼠身上的虱子至少和射杀鹿之前一样高。从此，在缅因州、马萨诸塞州、康涅狄格州、新泽西州的有些地方开展了大规模的猎杀鹿的行动已达到降低鹿的数量的目的，同时研究人员又对这一行动的效果进行了监测，看其是否对虱子的数量会有什么影响。比如说，马萨诸塞州的多佛镇最近第一次宣布可以在镇上公共的土地上捕杀鹿，这一举措反映了当地卫生局和莱姆病委员会提出的建议。19只鹿（16只母鹿和3只公鹿）被杀死，之后多佛的一家报纸自信满满地辩解说：“一个地区鹿的数量越大，将莱姆病传染给人类的概率就越大。”
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实际上，并不是这样的。这种简单的做法和沼泽里的蒸气可以让人感染疟疾的看法一样，并不正确。
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人们努力消除这种疾病的前提是这些地方鹿的数量“过大”，而鹿的数量过大可以解释1975年莱姆病出现的原因。确实非常遗憾，那里的鹿的数量确实非常多。从18世纪和19世纪那些艰难的时代以来，美国东北部鹿的数量反弹得非常厉害（因为森林的增长、缺少大型的捕猎动物、希望吃到动物肉的人们捕猎次数的减少和其他因素）。现在康涅狄格州的鹿的数量比1637年毕卡战役（Pequot War）时还要多。但是正如欧斯特费德的研究所显示的那样，如果在考克彭塞特国家森林公园（Cockaponset State Forest）散步时白尾鹿的数量可能和人患上莱姆病的概率无关。原因何在？
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欧斯特费德写道：“传染疾病是一个内在的生态系统。”生态学非常复杂。
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