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正如你所见，病毒非常狡猾。它们出现在了不该出现的地方。实验室发生了污染。甚至是在生产过程中疫苗感染病毒或细菌——污染就发生了。回到1861年，一些意大利小朋友接种天花疫苗，注射物质直接从引起“疫苗疼痛”发展成了梅毒。20世纪初，新泽西州卡姆登市（Camden）给孩子们接种的天花疫苗，似乎是感染了破伤风杆菌，导致9名接种的孩子死于破伤风。大约同一时期，在圣路易斯准备的一批白喉抗毒素，该批抗毒素用的是马的血清，也携带了破伤风杆菌，导致另外7个孩子丧生。生产商之后开始过滤疫苗，这是一项对细菌污染非常有效的预防措施；但病毒却能通过过滤器。有时会加入甲醛来清除目标病毒，但这样做也可能会消除非目标病毒，但假设并不总是正确。在本世纪中叶，早期的沙克小儿麻痹症疫苗批次中就掺入了一种被称为SV40的病毒，这种病毒使恒河猴的种群发生传染病。几年后，当有关该病毒能引发癌症的猜疑出现时，疫苗中的SV40变成了热点话题。
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疫苗中是否发生了HIV-1污染及是否由此引起严重后果则是另外一回事。给非洲人用的疫苗并不在争论范围之内。1957年到1960年间，波兰裔美国研究者希拉里·科普罗夫斯基，是脊髓灰质灭活疫苗和减毒活疫苗研发竞赛中不知名的一位竞争者，他安排了比属刚果东部区域和邻近殖民区的人们口服了他研制的脊髓灰质炎疫苗。这些地区后来分别成了刚果民主共和国、卢旺达和布隆迪。1957年科普罗夫斯基亲自去了斯坦利维尔，和后来管理试点的人见了面。在坦噶尼喀湖北部的鲁齐齐山谷地区，成人和儿童满怀信心地排队接受那一大汤匙或一针管的液体疫苗。往嘴里一喷，你的服用完了。下一个！口服疫苗的人数不确定。粗略统计，仅在斯坦利维尔就有约75 000名儿童服用了该疫苗。这个非正统的理论指出了关于这项事业的另外两个问题：首先，科普罗夫斯基的疫苗生产是通过在黑猩猩肾脏细胞内培养病毒的方式来完成的（而标准的技术应该是在猴子肾脏细胞内进行）；其次，至少有些批次的疫苗是从感染了SIVcpz病毒的黑猩猩肾脏中培养出来的。
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一些人争论道，这个疫苗接种错误导致的结果是医源性感染（医疗引起的疾病），使中非地区许多人感染了后来才被识别出HIV-1。按照这个说法，简称为OPV（oral polio vaccine，口服脊髓灰质炎疫苗）理论，一位粗心大意的研究者给非洲大陆和全世界散布下了艾滋病毒的种子。
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OPV理论从1992年被传播开来，变得臭名昭著。这是因为，当时一位名叫汤姆·柯蒂斯（Tom Curtis）的自由职业记者在《滚石》（Rolling Stone）杂志发表长篇文章描述了OPV理论。柯蒂斯的文章名为“艾滋的起源：一个令人震惊的新理论试图回答‘艾滋病是上帝的行为还是个人的行为？’这个问题”。一些其他研究者早些时候也讨论了这个观点，只是更加含糊，有人还把汤姆·柯蒂斯搬了出来。当柯蒂斯开始调查时，一些有名望的科学者出于自我保护地退出了，只是暗示也许这个理论值得考虑。柯蒂斯甚至引用了WHO全球艾滋项目负责人大卫·哈里曼（David Heymann）博士直白的评论：“艾滋病毒的起源对今天的科学没有重要意义。”他还引用了另外一位专家，哈佛的病理学家威廉·哈兹尔廷（William Haseltine）的评论，说：“这会分散注意力，没有效率，还让公众产生迷惑性，我想这对找到解决问题的方法是有很大的误导。”当发表了这篇内容后，希拉里·科普罗夫斯基的律师起诉了柯蒂斯和《滚石》杂志，控诉其诽谤，杂志后来发表了“澄清”，承认OPV理论和科普罗夫斯基的角色只代表一种未经证实的假设。但当《滚石》的事情尘埃落定之时，一位叫爱德华·霍珀（Edward Hooper）的英国记者又抓住了OPV理论，把它当成是个人的爱好并开始研究，给了它第二次生命。
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这个课题霍珀很固执地（尽管有时不一定总是好的）研究了好几年，1999年时他将案例整理成了一本上千页的书，书名为“河流：通往HIV和AIDS起源的旅程”。霍珀的河流是比喻性的：历史之河，因果之流，从微小的起源汇成后果的海洋。在书的序言中，他略微提及维多利亚探险者寻找尼罗河源头之行。那河流是从维多利亚湖起始，沿里彭瀑布（Ripon Falls）倾泻而下，或者还是在上游有另一个更为隐蔽的源头吗？“关于尼罗河源头的争议，”霍珀写道，“与一个半世纪以后的另一争议奇怪地呼应了，即关于AIDS的马拉松式讨论。”依照霍珀的观点，维多利亚探险者关于尼罗河的源头判断有误，同样现代专家对AIDS疫情发源点的判断也有误。
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霍珀的书十分厚重、极为详细、看似合理，它费尽精力去缓慢发掘，但其主张仍具有迷惑性，而且成功地引起公众对OPV理论更广泛的关注。一些AIDS研究员（包括菲丽丝· 卡吉和马克思·埃塞克斯），早已知道猴子细胞中的SIV引起的疫苗感染至少是理论上的可能；他们已经对疫苗生产线进行筛选，并未发现疫苗污染的情况，紧随汤姆·柯蒂斯，霍伯提出了从关注转到控诉的观点。他书中大量的信息和激烈的争辩并没有证明其基本的论点——科普罗夫斯基的疫苗是由感染了HIV的大猩猩细胞制成的。但他的文章中的确提出了疫苗可能是由已经感染了的大猩猩细胞制成的这种可能性。
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后来事情的可能性对事实让了步。那真正发生了什么？证据在哪里？一位名叫威廉·汉弥尔顿（William Hamilton）的著名进化生物学家相信OPV理论值得研究，在他的敦促下，伦敦皇家学会在2000年9月召开了一次专门会议，在更广泛的背景中来讨论这个主题。汉弥尔顿是资深专家，受人爱戴和尊敬，他的早期进化理论工作为爱德华·O·威尔逊（Edward O. Wilson）撰写《生物社会学》（Sociobiology）和理查德·道金斯（Richard Dawkins）撰写《自私的基因》（The Selfish Gene）提供了信息。他劝说皇家学会给OPV理论一个公平的评价。爱德华·霍珀，虽然他自己不是科学家，但也被邀请去发表演讲。希拉里·科普罗夫斯基也参加了，还有一些AIDS的主要研究者。但是，会议开办时，威廉·汉弥尔顿已经离世。
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他在2000年3月突然去世，在一次刚果研究之旅中感染了疟疾，因肠道出血而亡。在他缺席的情况下，他皇家学会的同事们讨论了大量的与HIV和AIDS起源有关的事情。OPV只是众多话题中的一个，但是它明显地推动着整个会议的议程。能否从分子生物学和流行病学中找到可用的数据，可以支持或反驳有关疫苗感染的设想？这个问题的一个必然推论是：HIV-1首次进入到人类是什么时候？如果最早的感染发生在1958年以前，那么那些感染就不可能是由科普罗夫斯基的OPV试验导致的。档案中提到的HIV阳性可能是有决定性的。
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在这种情况下才将DRC60从金沙萨大学带了出来。皇家学会会议之后，参会的一位比利时医生，迪尔克·特尤文（Dirk Teuwen），参与并重新收集了刚果早期的病理学参考资料，这些资料他在刚果殖民医学实验室里的存档报告中曾经见过。特尤文持有一种观点，他向其他与会者提到过，那就是HIV-1可能会在那些陈旧的石蜡块中封存的样本中检测出来。但他遭到了质疑。另外一些人怀疑道，任何有用病毒的痕迹不可能经过几十年的酷热、几十年简易的储藏方法、几十年政权动荡在革命之后仍能保存下来。但是特尤文很固执，他招募了助手。一位高级病毒学家，刚果人让–雅克·牧耶比（Jean-Jacques Muyembe），得到了卫生部的批准后，开始寻根探源。牧耶比去了金沙萨大学，在蓝帘子后的储藏室内仔细搜寻，将813石蜡封存的样本放在一只普通的手提箱里，随身带着，之后继续他的比利时专业之旅。在那里他将所发现的东西交给了迪尔克·特尤文。根据先前协作研究的协议，特尤文把它们送到图森市（Tucson）的迈克·伍罗贝那里。
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两条陈述线重叠在了一起。伍罗贝，作为一名研究生，既认识牛津的比尔·汉弥尔顿（Bill Hamilton），还认识比利时的一些疾病生物学家。出于对HIV起源的兴趣，伍罗贝陪汉弥尔顿一起到刚果进行最后那次致命的实地考察。他们是2000年1月去的，当时正处于刚果内战后的混乱时期。就是洛朗·卡比拉（Laurent Kabila）总统取代蒙博托·塞塞·塞科（Mobutu Sese Seko）的那次内战。汉弥尔顿想要收集野生黑猩猩的粪便和尿液样本；他希望那些样本可以帮助肯定或驳斥OPV理论。伍罗贝则对OPV理论不怎么看重，而是想记录HIV起源和进化的更多数据。当时刚果共和国正处于一种疯狂的阶段，比平时更为疯狂，因为两支反对洛朗·卡比拉的叛军部队仍旧控制着国家东半部的众多地区。汉弥尔顿和伍罗贝飞到基桑加尼（Kisangani，前斯坦利维尔），刚果河上游的一个地区首府，也是科普罗夫斯基开办疫苗公司的那座城市。当时该市河岸一边被卢旺达支持的军事力量所占领，另一边则被乌干达支持的力量所占领。由于战乱，商业航线不通航，所以两位生物学家与一个钻石商共同乘坐了一架小型包机。在基桑加尼，他们拜访了占领了多半个城市的由卢旺达支持的军队司令，然后很快到了森林中，在那里，虽然有豹和蛇，但会更安全。在当地向导的帮助下，他们花了一个月的时间，收集了野生黑猩猩的粪便和尿液。等他们要离开的时候，汉弥尔顿已经病了。
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他和伍罗贝都不知道是怎么得的病，但他们尽快赶了下一趟离境航班，到了卢旺达。从那里，他们再飞回乌干达的恩德培市，在当地汉弥尔顿被确诊为恶性疟疾并接受了一些治疗，然后又转到内罗毕，再从内罗毕到达伦敦希思罗机场。到那时，汉弥尔顿似乎度过了最糟的时期；他感觉好多了。他们完成了任务，且保全了性命。一位美国实地考察生物学家曾经向我表达过这样的时候是什么样的感觉。“这是事情的根本目标：把数据带回家。”那个人的研究也遭遇了很多危险——海难、饥饿、淹溺、蛇咬，虽然不是疟疾和枪击。“如果你经历太多的风险，就回不了家了，”他说，“如果你经历的风险极少，就得不到数据。”汉弥尔顿和伍罗贝获得了数据，回了国，但后来发现装有珍贵黑猩猩样本的冰藏箱在内罗毕到伦敦的途中行李转机时给弄丢了。
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我到图森市拜访了迈克·伍罗贝，想了解这个行程。“当时一切都还好，”他告诉我，“直到我们检查6个包，包括装样本的冷藏箱，才发现只有5个包出现在了行李传送带上，装样本的那个包不见了。”他的朋友汉弥尔顿第二天早上又病了，去了医院，出血非常严重，也许是因为他吃的防止疟疾高烧的消炎药所致。伍罗贝打电话过去，却从汉弥尔顿姐妹那里得到这样的消息：你是谁？打电话有事吗？比尔病危了。伍罗贝同时还要通过长途电话与内罗毕的行李管理者进行周旋，他们告诉他说冷藏箱已经找到，会随下趟航班到达。但到达的却是别人的冷藏箱，里面全是三明治。“那又是一出闹剧，而比尔却在医院快要不行了，”伍罗贝告诉我。他们的冷藏箱两天后才到达，而汉弥尔顿已经没有力气去庆祝了。他做了一系列的手术，输了血，挣扎几周之后，便去世了。
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汉弥尔顿为之付出生命的那些刚果黑猩猩粪便样本中，并未检出SIV呈阳性。那几份尿液样本在很边缘的区域可证明有抗体。结果也不够清晰或重要，不值得发布。好数据是在你寻找的地方发现的，但却不总是在你看过的地方出现。几年后，当金沙萨的人类病毒样本到达图森市时，即J·J·牧耶比用手提箱带到比利时的813小块石蜡包裹的组织，迈克·伍罗贝准备好了。他在这些样本当中发现了DRC60，真是让人意想不到。
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筛选石蜡包裹的陈旧器官样本块儿、寻找病毒RNA可不是件容易的事，即使对专家来说，也是一样。伍罗贝说，这些小块儿被证实是“一些最肮脏的组织，最不适合做分子生物学实验”。问题不是这些样本在室温下、在赤道上、在尘土飞扬的储藏室里储存了43年。问题是那些用于固定组织的化学物，1960年盛放甲醇和二甲苯的烧杯，这些卡波戈教授都曾给我看过。回到那个时期，病毒学家偏爱一种叫鲍音（Bouin）的固定剂，一种有效的含有少量福尔马林和苦味酸（picric acid）的混合剂。用它保存组织的细胞结构效果很好，像三文鱼肉冻一样，这时样本可以切成薄片，放在显微镜底下观察；但对有生命的长分子来说保存效果很差。这种混合剂易于把DNA和RNA分解成小段，伍罗贝解释道，然后形成新的化学键，留下“一种大团混乱的结构，而不是良好的珠串儿形式，那样便可以做分子生物实验”。因为过程费事，他只从金沙萨的813个组织块儿中筛选出了27个。就在这27块儿当中，他发现了含有RNA片段的组织块，确定无疑表明其为HIV-1。伍罗贝继续熟练地整理混乱的结构，并把RNA片段重新排列好，组成核苷酸碱基（nucleotide bases）序列之后将其命名为DRC60。
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这是需要用液体处理的工作。其他不需要液体处理的工作，主要由电脑完成，包括DRC60和ZR59代码的一一比对。也包括更广范围的比对，即将那两个病毒放在M组已知的HIV-1序列的家谱中进行比对。这样的对比旨在看看发生了多少进化性分歧。这些病毒株之间的差别有多大？突变积累起来的进化趋异现象是在代码层面的（其他也有，但在这里无关），在RNA病毒中，如HIV，突变率要相对快些。同样重要的是，HIV-1突变的平均速率是已知的，或者可以通过对许多病毒株的研究准确计算出来了。突变率被视为病毒的“分子钟”。每种病毒都有自己的速率，因此其分子钟测量着自身的变化速率。这样，两种病毒株之间的区别量就可以揭示出它们从同一种原分离后分开了多久。把分子钟作为考虑的因素，它们区别的程度就等同于消逝的时间。这就是分子生物学家如何计算他们称之为TMRCA这个重要参数的，TMRCA指的是距最近共同种原的时间。
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到目前为止一切顺利？你做得非常好。休息一会儿。现在一点点的理解就会推动我们跨过分子奥秘的深海湾，直达一个重要的科学发现。那么开始吧。
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迈克·伍罗贝发现从几乎同一年收集到的金沙萨人体样本中的DRC60和ZR59差别非常大。它们无疑都属于M组HIV-1；都不会与N级或O组混淆的，也不会同黑猩猩的SIVcpz病毒相混淆。但在M组内，它们之间差别很大。有多大？嗯，两者中有一部分的基因组差别率在12%。用时间衡量的话，是有多大的区别？伍罗贝算了算，大约50年。更精确地说，他将DRC60和ZR59最近共同种原追溯到1908年左右。
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这么说1908年HIV-1已经开始传播了？这比任何人猜测的都要早得多，所以这样的发现要登在权威期刊如《自然》上。在一个世纪后，发表于2008年的这篇文章中，列出了诸多合著者，包括J·J·牧耶比和让–马力·M·卡波戈。其中，伍罗贝写道：
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我们对分离时间的测定，对跨越几十年的进化时间表的测定，以及DRC60与ZR59之间巨大的基因差别的测定，都表明这些病毒都是进化自20世纪初期非洲人群种传播的一个共同种原。
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他对我说：“这并不是人类的新病毒。”
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伍罗贝的工作直接驳斥了OPV假设。如果早在1908年HIV-1就存在于人类，那么显然它不是1958年疫苗实验时感染给人类的。在这点上的澄清是非常有价值的，但这却只是伍罗贝的一部分贡献。以时间衡量重大疾病传播，代表着人们对理解AIDS如何开始及发展上迈出了一大步。
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以空间衡量疾病传播也同样重要，另一个实验室证实了这个结论。比阿特丽斯·哈恩（Beatrice Hahn）比伍罗贝年纪稍大，在伍罗贝发现DRC60很久以前，她就已经致力于研究AIDS的起源了。
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哈恩出生在德国，在慕尼黑获得了医学学位，然后于1982年到达美国，在罗伯特·加洛的实验室做了三年的博士后，学习逆转录病毒。接着她去了亚拉巴马大学伯明翰分校，在那里她成为医药学和微生物学教授以及AIDS研究中心联合主任，有一组聪明的博士后和研究生在她手下工作。（1985年至2011年她一直待在亚拉巴马，这段时期她做了这里所描述的大部分工作，然后她去了宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医院。）哈恩做各类项目主要的目的，以及她与伍贝罗共同的目标，就是了解HIV-1的进化史及其近亲和祖先。对这类研究最合适的标签，就是在我请伍罗贝描述他的领域时用到的，即：分子种系遗传学。一位分子种系遗传学家仔细观察不同机体DNA或RNA中的核苷酸序列，再进行比较和对比；同理，分子种系遗传学家仔细研究灭绝的大蜥蜴骨骼化石块儿，以了解其种系和血统进化的过程。但对比阿特丽斯·哈恩医生，还有一个特别目的：检测HIV基因如何引发疾病，从而努力找到更好的治疗方法、预防措施，甚至找到治愈方法。
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