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如果病毒在1916年左右到达了利奥波德维尔，那就在发现HIV序列ZR59和DRC60的最早记录中间有40年的间隔。在这中间发生了什么呢？我们不得而知，但通过已有的证据，我们可以对可能的情况做一个粗略的描述。
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这种病毒潜藏在城市中，在独立个体身上复制，通过性接触在人和人之间传播，也可能是通过重复使用治疗锥体虫病这样众所周知的病毒时的针管和注射器而传播了这种病毒（下面对这种可能性进行了更多的探讨）。不管病毒传播的方式是什么，我们可以假设大多数或所有感染HIV的人发生了免疫缺陷，最终引起了这些人的死亡，还有一些感染了HIV的病人，但是在病程的早期就因为其他原因去世了。但是这种病毒并没有引起人们足够的关注而使人们将其当作一种新的疾病来对待。
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伴随着治疗学中性习俗和道德观念的改变，病毒可能在布拉柴维尔慢慢地复制。它很可能在喀麦隆的东南部的小村庄里或者桑加盆地（Sangha basin）北部的某个地方里存在了很长时间。
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不管它在曾在哪儿生存过，可以肯定的是，这种病毒在利奥波德维尔不断变异。ZR59和DRC60之间的巨大差别告诉了我们这些信息。这种病毒在不断进化。
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研究HIV-1的进化历史并不是没有任何意义的做法。关键是要理解病毒当中的一支（M组）是如何在人群当中广泛传播、如此致命的。对这一过程的理解，反过来，也会引导我们采取更有效的措施，如接种疫苗或者改善治疗方法来控制艾滋病造成的伤害。这就是科学家们，如：比阿特丽斯·哈恩、迈克·伍罗贝和同事们探索HIV-1、HIV-2和其他SIVs分子动物种类史的原因。他们提出的一个论题是：病毒是否是在黑猩猩感染人类之前还是之后变成恶性病毒的？更直白地说：是SIVcpz导致了黑猩猩的死亡还是只是无心之失。找到这个问题的答案可以揭示出一些有关人体是如何对HIV-1做出反应的重要的信息。
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在发现SIVcpz一段时间后，一种非常流行的看法是：它不会对黑猩猩造成伤害，这种由来已久病毒传染曾经引起黑猩猩的发病症状，但是现在不会对黑猩猩造成任何影响了。这样的看法确实有事实为证：在早期的艾滋病研究中，科学家使用实验室方法使捉到的一百多只黑猩猩感染了HIV-1病毒，但没有一只黑猩猩出现免疫系统受到损害的表现。使用实验室方法感染了HIV-1病毒的一只黑猩猩确实患上了艾滋病后（使用实验室方法感染了3种不同的HIV-1菌株10年后），这个案例引起了极大的关注，有科学家在《病毒学杂志》上用6页的篇幅发表了一篇相关的论文。研究者们暗示这是个好消息，因为这为证明黑猩猩确实可以为研究人类艾滋病毒的相关的实验模型带来了希望（也就是说，找到了一种可以和人类相似的实验受试）。甚至有一份基于对荷兰捕捉到的动物的基因分析的报告显示：早在200万年前，黑猩猩就已经在“类似艾滋病的感染中存活下来”。他们摆脱了那段经历。根据这个想法，这些动物因为某种生活经历而感染了这种病毒，由于其体内基因的适应使得它们可以抵御病毒的影响。即使它们身上现在仍然携带这种病毒但很显然不会发病。再重复一次，这个想法是建立在对捉到的黑猩猩的分析之上的。至于携带SIV病毒的野生黑猩猩，没人知道它们是否会出现免疫系统缺陷的症状，这是一个很难研究的课题。
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这些推测和假想与在其他灵长类动物身上进行的病毒变体进行观察后得到的结论是一致的。SIV有多种变体，分布非常广泛，而且有发现证实，在非洲40多种猴子和猿中，SIV是一种会自然发生的传染疾病。（但是这是非洲大陆特有的现象。尽管一些亚洲灵长类动物被捉到时已感染了这种病毒，但亚洲或者南非的野生灵长类动物中并没有发现这种病毒。）非洲大多数携带SIV的类人猿是猴子。每一种猴子携带不同种类型的SIV病毒，比如SIVgsn存在于体型较大的白鼻长尾猴中，SIVver存在于绿长尾猴中；SIVrcm存在于红冠白尾猴中，如此种种。根据现有的证据中，似乎没有SIVs在其自然宿主中引发免疫缺陷。在进化关系非常接近的两种猴子，如尔氏长尾猴（L’Hoest’s monkey）和太阳尾猴（Sun-tailed monkey）都属于长尾猴属（Cercopithecus）它们携带的SIVs也非常相近。这些分类的标准加上没有出现并发症使得研究者怀疑非洲的猴子们已经携带了SIV病毒很长时间，可能是几百万年。这么长的时间使得这种病毒会发生分化，也会使每种病毒和其宿主之间相互适应。
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分为两步的这种假设也适用于黑猩猩，它们携带的病毒SIVcpz：（1）是由来已久的病毒感染，（2）是不会造成任何危害的。但是对于黑猩猩来说，那些假设的说服力并不强。新的证据和分析正好能够印证这个假设，结果发现假设涉及的两个方面都是错误的。
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第一个前提是SIVcpz已经在黑猩猩身上潜伏了很长时间，2003年这个前提看起来有点站不住脚了。那时，另一支研究队[由诺丁汉大学的保罗·夏普（Paul Sharp）和伊丽莎白·贝尔斯（Elizabeth Bailes），还有比阿特丽斯·哈恩和玛蒂娜·皮特斯]注意到SIVcpz好像是一种混合型病毒。诺丁汉大学这个团队通过比较SIVcpz基因组和其他几种猴子SIVs的基因组得出了这个结论。他们发现黑猩猩病毒的基因组中一个很重要的部分与SIVrcm一个部分非常匹配。黑猩猩病毒的基因组中另一个重要的部分与SIVgsn基因组的一个部分非常匹配。简而言之，黑猩猩病毒的基因中包含从红冠白尾猴携带的病毒以及大白鼻长尾猴携带的病毒中的基因。这是如何发生的呢？通过重组，也就是基因混合。感染了两种猴子携带病毒的黑猩猩肯定在两种病毒交换基因的过程中成为载体。这是什么时候发生的呢？可能仅仅是在几百年前，而不是几千年或几万年前。
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一种黑猩猩是如何感染两种猴子身上携带的病毒呢？假设那是通过捕食发生的，或者是通过捕食环境（染上了一种病毒）与性传播（染上了另外一种病毒）的综合作用，后来由于偶然的机会，病毒在复制的过程中，一种病毒和另外一种病毒进行了重新组合排列。黑猩猩是杂食动物，偶尔也喜欢吃肉。它们能够杀死猴子，把它们撕成碎片，然后争食猴子的碎片或者分享猴子的肉或者关节，然后直接生吃带着血丝的猴肉。这种情况并不是经常发生，只是在对肉的渴望和机遇同时出现的时候才会如此。这样的“捕食盛会”有时肯定会出现血液与血液的接触。即使没有使用弯刀，黑猩猩也会在手上或者嘴上留下一些伤口。血腥的肉加上伤口就会出现感染。诺丁汉大学的研究团队指的是另一个版本的有关切割–猎人的假说，只是在这种情况下，留下伤口的猎人是黑猩猩。
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所以SIVcpz的出现是最近的事，这种病毒和黑猩猩的联系时间并不长。现在，根据2009年发表的一项研究，两步假设的第二部分遭到了质疑。这种病毒在黑猩猩宿主体内并不是人们以前估计的那么一点伤害都没有。简·古道尔（Jane Goodall）在贡贝研究黑猩猩种群，这些黑猩猩闻名世界且深受人们的喜爱，这项研究中得出的证据表明SIVcpz导致了类人猿患上了艾滋病。
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我已经提到过第一例被检测出SIV呈阳性的野生黑猩猩出现在贡贝。我以前没有说但现在要在这儿说的是，贡贝黑猩猩SIV呈阳性的情况和其健康状况下降及幼年夭折密切相关。这还是碧翠斯·哈恩和她的团队取得的发现。
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在捕捉到的黑猩猩体内发现SIVcpz后，哈恩还想在野外寻找这种病毒。但是她和她率领的由年轻的分子生物学家组成的团队对在非洲森林里提取黑猩猩样本了解甚少。你该做什么，难道是走出去，射杀一只？还是用克他命将猿猴麻醉，采集血样，再把它弄醒然后放走？（我们在刚果民主共和国的莫巴·贝湿地群监视大猩猩的8天里，比利·卡雷什一直是这么做。但是这对于人们研究较多且非常熟悉黑猩猩群体的做法有很大差异。）天哪，不！经常进行实地研究的灵长类动物学家说道，天哪，不！他们这个团队为这种对他们那敏感而又对人充满信任的研究对象的侵入行为感到非常震惊。这对哈恩来说是一个全新的领域，这个领域有一系列新的关注对象和方法，对此她很快就适应了。在一个汇集了众多灵长类动物研究人员和病毒学家的科技研讨会上，她遇到了哈佛大学的理查德·兰厄姆（Richard Wrangham），他由于在行为生态学和猿猴进化方面的研究成果而受到人们的尊重。兰厄姆在乌干达西部的基巴莱国家公园（Kibale National Park）率领科研人员对黑猩猩进行了多年的研究，在这之前的40多年里，他在贡贝进行博士项目的实地研究工作。他对哈恩想在野外排查黑猩猩身上是否带有病毒的想法非常支持。哈恩回忆到：“最终就是兰厄姆说服简，我们能够在一起工作。”但是在贡贝开展这项工作之前，他们观察了兰厄姆在基巴莱的研究基地的黑猩猩。兰厄姆一个叫马丁·缪勒（Martin Muller）的毕业生为这项研究提供了至关重要的帮助。1998年他收集了黑猩猩的尿液样本，研究睾酮、进攻性和压力之间的关系。在哈恩实验室工作的马里奥·圣地亚哥（Mario Santiago）发明了在几毫升尿液中检测SIVcpz抗体所需的工具，同时马丁·缪勒提供了一些他在基巴莱的冷冻样本。为了写这件事，我去了阿尔伯克基（Albuquerque）和缪勒进行了交谈，现在缪勒是新墨西哥州大学人类学副教授。
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基巴莱的冷冻样本中SIV检测均呈阴性。缪勒回忆说：“我们有些失望，因为那个时侯传统的想法是这种病毒不会给黑猩猩造成不好的影响。”同时，他的荷尔蒙研究也得到了一些有趣的结果，他想扩大数据的收集范围。他和兰厄姆认为从其他黑猩猩种群采样进行样本进行对比或许会有所启发。这种想法促使缪勒带着他收集尿液的瓶子和所有冷冻样本所需的笨重装备在2000年8月返回贡贝。他只待了几个星期，训练坦桑尼亚基地进行实地研究的助手们如何继续采集样本。他自己只带走了几份样本。回到美国的家中，他给哈恩发邮件问她是否需要6支冷冻的贡贝黑猩猩的尿液样本，哈恩激动地回复到“需要，需要，需要”。他按照标准程序给样本贴上带有代码的标签，这样哈恩就不会知道这些样本究竟属于哪个黑猩猩种群了。6支试管中有2支被检测出SIV呈阳性。缪勒揭晓了答案，告诉她这两支样本都来自一只叫金柏（Gimble）的23岁雄性黑猩猩。
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金柏是贡贝黑猩猩家族中比较有名气的，他的妈妈是梅丽莎（Melissa），一个成功的族长，他的兄弟中的哥布林（Goblin）是种群中的雄性首领，并且活到了40岁。但金柏的生命和在黑猩猩家族中的地位却与之大不相同，而且更短。
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在得到生活在贡贝的黑猩猩种群的检测结果之后，碧翠斯·哈恩给简·古道尔写了一封很长的邮件，解释了前因后果。古道尔本是动物行为学家（在剑桥大学获得了博士学位），而不是分子生物学家，西方斑点抗体分析领域对她来说是陌生的，就像野外采集样本对哈恩来说是陌生的一样。古道尔对黑猩猩的研究开始于1960年7月，在当时的坦噶尼喀湖（Lake Tanganyika）东岸的贡贝河流保护区（Gombe Stream Game Reserve），这个保护区后来成了贡贝国家公园。她于1965年在靠近湖边的一幢小楼里成立了贡贝河流研究中心（Gombe Stream Research Centre），在山地的森林里继续她的长达21年的黑猩猩研究。在1986年古道尔出版了一部科学著作《贡贝的黑猩猩》（The Chimpanzees of Gombe），然后结束了自己实地研究科学家的职业生涯，因为她对世界各地的医学实验室中的黑猩猩和其他捕捉到的动物所受到的待遇感到震惊，她感觉自己必须成为一名行动主义者。她离开后，多亏了训练有素的坦桑尼亚的实地研究助手和后来的科学家，他们继续对贡贝的黑猩猩进行研究，在贡贝已有的研究的基础上，在几十年的时间里，不断丰富着相关的数据，延续了以往的研究。她同贡贝研究基地以及那里的黑猩猩保持着密切的私人联系，也通过加入她的简·古道尔机构的项目和那里保持着联系。只有在忙里偷闲的空余时间，她才会出现在原来的研究基地。她每年大约300多天都在世界各地旅行，发表演说、游说、会见媒体人士和小朋友、传递鼓舞人心的消息。哈恩理解古道尔保护黑猩猩的强烈感情，特别是对贡贝的黑猩猩的保护更是如此。她害怕任何会使黑猩猩陷入被人利用境地的行为，尤其是以医学研究的名义进行的行为。在这封很长邮件的末尾，哈恩写道：
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我想用这样的说法来结束我的这封邮件，那就是在贡贝的黑猩猩种群中发现SIV病毒，实现了一个病毒学家的梦想。考虑到你和你的同事在几十年中收集到的大量有关黑猩猩的行为和对其观察所得到的数据，这对于研究野生黑猩猩中感染SIVcpz病毒的自然历史、传播方式、病原体（或许由于缺少）是非常理想的情况。而且所有的这些都可以在对黑猩猩毫无影响的情况下进行。当然会有对这样独特的研究提供资助的机会。所以病毒学家的梦想成真并不意味着是灵长类动物学家的噩梦，虽然我知道我要花一段时间才能说服你。
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最终，她还是说服了古道尔，但是在工作中出现了一个噩梦般的发现之后。
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在她之前的一封邮件中，哈恩曾写道：“为了尊重黑猩猩，最好还是说SIV感染不会导致黑猩猩出现免疫缺陷或者患上艾滋病。”她日后会发现自己的这个观点是错误的。
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简·古道尔在世界旅行的途中停留时，我遇到了她，她向我讲述了她自己的担忧。我们是在以前的几次探险中认识的——在刚果观察黑猩猩，南达科他州追踪黑足雪貂，蒙大拿喝纯麦苏格兰威士忌时都有接触。室外的暴风雪阻塞了交通，但是这次我们可以在弗吉尼亚州阿灵顿的一家酒店里坐下来静静地聊聊贡贝的黑猩猩，聊一聊贡贝。她研究黑猩猩50周年纪念日即将到来，我也被《国家地理》杂志指定为黑猩猩研究方面的撰稿人。我们谈论了童年对她的影响，她想在非洲成为一名自然学家的梦想，谈到了她的导师路易斯·利基（Louis Leakey），她刚刚开始涉足这个领域的时光以及她在剑桥大学攻读博士学位的那段时间，之后，她提到遗传学和病毒学。这时，我将话题引到了SIV上。
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简主动说道：“我是真的，真的很担心比阿特丽斯·哈恩的研究，如果她真的找到了HIV或者艾滋病毒，将会发生什么，我们很多人都会对此感到焦虑。”她见过哈恩，也与她交谈过，哈恩对黑猩猩福祉的关注让她消除了几丝疑虑。“但是，我仍感到不安，因为一旦结果出来了，即使她像现在这样再怎么关心黑猩猩，别人也可以用其他方法来利用黑猩猩。”我问简，例如？在她看来有什么样的危险？“这将掀起人们捕捉黑猩猩在医学实验室进行研究的新一轮的浪潮。”她担心，黑猩猩感染艾滋的消息一传出就像是一个有希望深入探索人类艾滋的机会，不必再考虑黑猩猩的福祉。
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病毒在贡贝地区有什么影响？我们都知道，哈恩发现了一种类似艾滋病的东西，而且现在金柏已经死了。贡贝的黑猩猩种群的其他成员死于免疫缺失的前景如何？“是啊，确实，”简说，“这是一个非常可怕的想法。”
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