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整个世界就这样不得不等到16世纪，这时一位天文学家鼓足勇气重新安排了宇宙，并对希腊人的宇宙学提出了严肃的挑战。这位最终重塑阿里斯塔克斯的日心宇宙的人就是尼古拉·哥白尼。
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革命
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哥白尼于1473年出生在托伦（位于现今波兰的维斯瓦河沿岸）的一个繁荣兴旺的大家庭里。他之所以能选为弗龙堡大教堂教团的教士，很大程度上要归功于他的叔叔卢卡斯，他是埃姆兰的主教。在意大利学完法律和医学后，哥白尼作为教士的主要职责是充当卢卡斯的医生和秘书。这些不是繁重的职责，因而哥白尼有的是时间从事各种活动。他成为货币改革领域的经济学专家和顾问，甚至出版了他自己翻译的不起眼的希腊诗人泰奥菲拉克塔斯（TheophyIactus Simocattes）的拉丁文译本。
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然而，哥白尼的最大爱好是天文学，他在当学生时买了一册《阿方索星表》，自此他的兴趣便被天文学牢牢抓住了。这个业余的天文学家变得越来越痴迷于研究行星的运动，他的想法最终使他成为科学史上最重要的人物之一。
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令人惊奇的是，哥白尼的所有天文学研究都集中在1.5卷的出版物中。更令人惊讶的是，就这1.5卷的出版物在他生前还几乎没人读过。这里的半卷是指他的第一部作品《简评》，这是部手稿，从没有正式发表过，只是在大约1514年间在少数人当中传阅过。尽管如此，在这短短20页里，哥白尼以一千多年来天文学中最激进的想法震撼了宇宙。他的这本小册子的核心是他的宇宙观赖以建立的7条公理：
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1.天体不共享同一个中心。
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2.地球的中心不是宇宙的中心。
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3.宇宙的中心在太阳附近。
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4.与地球到恒星的距离相比，地球到太阳的距离是微不足道的。
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5.恒星的周日视运动是地球绕自身的轴自转的结果。
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6.太阳的周年视运动序列是地球绕其转动的结果，所有行星都绕太阳旋转。
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7.一些行星的表观逆行，只是我们作为观测者在运动的地球上位置不断变化的结果。
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哥白尼的公理在各个方面均有见证。地球确实在自转，地球和其他行星也确实在环绕太阳运动，这确实能解释逆行的行星轨道，同时，没有发现任何恒星视差是由于恒星过于遥远。目前还不清楚是什么促使哥白尼制定出这些公理，并与传统的世界观分离，也许他是受到多梅尼科·玛丽亚·诺瓦拉的影响，后者是他在意大利时的一位教授。诺瓦拉保持毕达哥拉斯学派的传统，这一传统也是阿里斯塔克斯哲学的根源，而正是阿里斯塔克斯在1700年前最先提出了日心说。
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《简评》是天文学领域发生反叛的一道宣言，是哥白尼对古代的托勒密模型的丑陋的复杂性表示沮丧和失望的宣泄。后来他这么谴责地心说的临时性质道：“这就像一个艺术家为他要创作的形象从不同模型那里收集来手、脚、头和其他肢体，每个部分都绘制得很好，但都与一个整体不搭，因为它们无法以任何方式彼此匹配，结果则只能是一个怪物，而不是一个人。”然而，尽管内容激进，但这本小册子却没有在欧洲的知识分子中造成波动，这部分是因为没有几个人看过它，部分是因为它的作者是一个处在欧洲边缘的年轻教士。
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哥白尼并没有气馁，因为这是他改造天文学努力的开始。在他叔叔卢卡斯于1512年去世（很有可能是被条顿骑士团毒死的，他们形容他是“人形魔鬼”）之后，他有更多的时间去从事自己的研究。他搬到了弗龙堡城堡，在那里建立了一座小型天文台，集中精力充实他的论证，补充了《简评》所缺少的所有数学细节。
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在接下来的30年里，哥白尼反复修改他的《简评》，将它扩充成一部有200页的权威手稿。纵观这段长时间的研究，他花了大量时间来考虑其他天文学家会对他的宇宙模型做出怎样的反应，这个模型从根本上违背了公认的智慧。很多时候，因为担心会遭到来自四面八方的嘲笑，他甚至考虑放弃出版他的著作的计划。此外，他怀疑神学家了解了这种亵渎性的科学猜测后会变得根本无法容忍。
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他的担心是有道理的。教会后来在迫害意大利哲学家吉尔达诺·布鲁诺——哥白尼后一代的持不同观点者——这件事情上就显示了它的不能容忍的态度。宗教裁判所指控布鲁诺犯有8项异端邪说罪名，但现存的记录并没指明是哪8项。历史学家认为，这很可能是布鲁诺写的《无限宇宙和世界》一书冒犯了教会。这本书认为宇宙是无限的，恒星都有自己的行星，在这些行星上都存在蓬勃的生命演化。当判处他死刑时，他回答说：“或许判处我死刑的人比我更害怕接受这个事实。”1600年2月17日，他被带到罗马的鲜花广场，脱得一丝不挂，堵上嘴，绑在火刑柱上被活活烧死。
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哥白尼对这种迫害的恐惧原本可能使他过早地结束他的研究，但幸运的是，来自维滕堡的一位年轻的德国学者进行了干预。1539年，格奥尔格·约阿希姆·冯·劳琛，即著名的雷蒂库斯，来到弗龙堡找到哥白尼，想了解有关他的宇宙模型的更多的细节。这是个勇敢的举动，因为这位年轻的路德教学者不仅很可能会在天主教的弗龙堡遭到冷遇，而且他自己教派的同事们也不同情他的使命。马丁·路德记下了当时的境遇，他存有关于哥白尼的餐桌谈话记录：“有传闻说新的天文学家想证明地球在运动，转动的不是天空、太阳和月亮，（现有的天文学）就好像某个坐在马车或轮船上的人，可能会认为他静止地坐着，而大地和树木在行走……这个傻瓜想推翻整个天文学。”
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路德称哥白尼是“违背圣经的傻瓜”，但雷蒂库斯却像哥白尼一样有着不可动摇的信念：探索天体真理的道路由科学奠定而不是圣经。66岁的哥白尼因为25岁的雷蒂库斯的关注而感到心里美滋滋的。雷蒂库斯花了三年时间在弗龙堡阅读哥白尼的手稿，向他提供阅读后的意见，并和他一样对这一理论有信心。
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到1541年，雷蒂库斯在对外交往和天文学技能方面的综合能力已经成熟到足以让他获得哥白尼的信任，于是受哥白尼委托他将手稿交由纽伦堡的约翰内斯·彼得雷乌斯印刷所出版。他计划留下来监督整个印刷过程，但因为急事被突然叫走去了莱比锡，临行前他将监督出版的责任移交给了一个名叫安德烈亚斯·奥西安德尔的牧师。最后，在1543年春天，《天球运行论》（“论天球的旋转”）一书终于出版了，几百本新书启程送往哥白尼的住处。
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在此期间，哥白尼在1542年底已遭受脑出血，他躺在床上顽强地与死神抗争，要亲眼见到耗费他一生心血的专著面世。他的大作到达得正是时候。他的朋友吉泽主教给雷蒂库斯写了一封信描述哥白尼当时的困境：“很多天里，他的记忆已经丧失而且神志不清。直到去世那天，他在弥留之际才看到自己的完整的作品。”
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哥白尼已完成了他的职责。他的著作为世界提供了有利于阿里斯塔克斯日心模型的有说服力的论据。《天球运行论》是一本巨著，但在讨论它的内容之前，先说明围绕其出版前后的两个错综复杂的谜团是很重要的。第一个涉及哥白尼的不完全的致谢。《天球运行论》的序言提到了几个人，如教皇保罗三世、卡普亚的红衣主教和库尔姆的主教，但没有提到雷蒂库斯这位杰出的徒弟，他为哥白尼模型的诞生发挥了助产士的重要作用。历史学家都百思不得其解，为什么他的名字被省略了？他们只能推测，计入一个新教教徒的贡献可能会引起天主教高层的不满，而哥白尼正试图打动这些高层人士。致谢中的这一缺失使得雷蒂库斯感到被冷落，因此在《天球运行论》出版后他再也没跟这本书打过交道。[2]
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第二个谜团是《天球运行论》的前言，这篇东西加到书中并没有得到哥白尼的同意，而且有效地贬损了他所宣称的实质。总之，这篇前言破坏了书中的其余部分，它宣称哥白尼的假设“不必是真的，甚至并不一定可能为真”。它强调在太阳为中心的模型里有“许多荒诞不经的东西”，这意味着哥白尼自己详细的和精心论证的数学描述不过是一种虚构。这篇前言不承认哥白尼系统与合理精度下的观测结果是相容的，认为它仅仅是一种方便的计算方式，而不是试图代表实在。哥白尼的原始手稿仍然存在，所以我们知道，原初的开篇在语调上与这篇轻视自己工作的印刷体前言完全不同。因此这篇新的前言必定是在雷蒂库斯带着原稿离开弗龙堡后被人插入书中的。这表明哥白尼是在临终前第一次读到它，那时书已经印刷，做任何改变都已经太晚了。也许正是看了这篇前言将他送入坟墓。
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那么是谁撰写并插入的这篇新的前言？主要嫌疑人是在雷蒂库斯离开纽伦堡前往莱比锡后接手出版工作的牧师奥西安德尔。事情可能是这样，他认为哥白尼的想法一旦广为人知，就会使他遭受迫害，他可能是怀着最大的善意插入这篇前言的，希望能够平息批评意见。对于奥西安德尔的担忧的证据可以在他给雷蒂库斯的一封信里找到。他在这封信里提到了亚里士多德的信徒们，意指那些信奉地心说的人：“亚里士多德的信徒和神学家们很容易被安抚，如果他们被告知……目前提出的这些假说不是因为它们揭示了真正的现实，而是因为它们对于表观的复合运动的计算最方便的话。”
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