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《对话》出版后不久，宗教裁判所便以“强烈的异端嫌疑”而要求伽利略前来接受审讯。当伽利略抗议说，他病得厉害无法前往时，宗教裁判所威胁要逮捕他，并将他拷上手铐用囚笼押往罗马。于是他只好屈从，准备行程。在等待伽利略到来的同时，教皇便开始采取措施将《对话》封杀，并下令印刷所上缴所有成书到罗马，但为时已晚——所有成书都已售罄。
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1633年4月，庭审开始。关于异端的指控主要集中在伽利略的观点与《圣经》上的陈述——“神固定地球在其基础上，永远不动。”——之间的冲突上。宗教裁判所的大部分成员主张枢机主教贝拉明所表达的观点：“断言地球围绕太阳运动就像宣称耶稣不是处女所生一样的谬误。”然而，在主持审判的10位枢机主教中，有部分人属于抱有同情心的理性派，为首的是教皇乌尔班八世的侄子弗朗切斯科·巴贝里尼。在庭审的两周里，证据全都对伽利略不利，有人甚至以酷刑相威胁，但巴贝里尼不断呼吁宽大和容忍。在一定程度上，他是成功的。在被认定有罪后，伽利略既没有受到肉体折磨，也没有投入大牢，而是被判无限期软禁。《对话》则被列入禁书。巴贝里尼是3名没有签字的主审法官之一。
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对伽利略的审判和随后的处罚是科学史上最黑暗的事件之一，是非理性压倒逻辑的一段屈辱。在庭审结束时，伽利略被迫放弃信仰，否认他的说法的真实性。不过，他还是设法以科学的名义赢得了些许自尊。据说宣判后，当他站起来时他喃喃自语道：“Eppur SI muove！”（“然而它还是在动呀！”）。换言之，真相是由实在决定的，不是由裁判所审定的。无论教会怎样声称，宇宙仍然按照自己的不可改变的科学规律运行，地球还在围绕太阳做轨道运行。
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伽利略陷入孤立，被禁闭在他的住所里。他继续思考支配宇宙的规律，但当他于1637年失明后他的研究变得非常有限。他患上青光眼也许是因为长期盯着望远镜受到阳光的强烈刺激所致。伟大的观察者再也不能观察了。1642年1月8日，伽利略与世长辞。作为最后的惩罚，教会拒绝让他安葬在圣十字教堂墓地。
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终极问题
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太阳中心模型在接下来的世纪里逐渐被天文学家们广泛接受，一方面是因为借助于更好的望远镜，有更多的观测证据被收集到，另一方面是因为对模型背后的物理过程的解释在理论上有了突破。还有一个重要因素是，老一代天文学家已经去世。死亡在科学进步中是一个重要因素，因为它眷顾上一代保守派科学家，他们不愿意抛弃旧的、荒谬的理论而去拥抱新的、更准确的理论。他们的顽抗是可以理解的，因为他们终其一生都是围绕一个模型在工作，让他们放弃这个模型而去适应新模型是他们不愿面对的。正如马克斯·普朗克——20世纪最伟大的物理学家之一——评论的那样：“重要的科学变革很少是通过逐步争取其竞争对手并让其转变立场来实现的：扫罗几乎不可能成为保罗。所发生的只能是它的对手逐渐消亡，成长起来的一代从一开始就熟悉新概念。”
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在天文学界接受宇宙的太阳中心说的同时，教会的态度也在转变。神学家们开始认识到，如果他们继续否认有识之士视为真理的那些理论，他们在大众眼里就显得太傻了。教会软化了其对待天文学和其他诸多科学领域的立场，由此形成一个知识自由的新时期。在整个18世纪，科学家们运用他们的技能去研究他们周围世界的各种各样的问题，他们用准确、合理、可检验的、自然的解释和答案替代了超自然的神话、哲学谬误和宗教教条。科学家们研究一切：从光的本性到生殖过程，从物质的组成到火山的喷发机理，不一而足。
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然而，一个特定的问题显然是被忽略了，因为科学家们一致认为这超出了他们的职权范围，任何理性的思考确实无法触及这个问题。似乎没有人热衷于去着手解决宇宙是如何产生的这一终极问题。科学家将自己限定在解释自然现象的范畴之内，宇宙创生被认为是一个超自然的事件。此外，解决这个问题会危及科学与宗教之间业已形成的相互尊重。现代的、没给上帝留下任何位置的大爆炸的观念在18世纪的神学家眼里显然是异端，就好比宇宙的太阳中心说在17世纪里触犯了宗教裁判所一样。在欧洲，圣经仍然是关于宇宙创生学说的无可争辩的权威。上帝创造了天地的观念仍为绝大多数学者所接受。
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看来，唯一可讨论的问题是上帝何时创造了宇宙。学者们对圣经里从《创世纪》开始的各种父子关系进行了梳理，列出了名单，加上每位出生的年份，考虑到亚当、先知和各位王的统治时长等，最后经过仔细加总得到一个宇宙的年龄。在估计宇宙创生的日期上有着太多的不确定性，误差长达三千年，这取决于是谁做的测算。例如，卡斯蒂利亚-莱昂的阿方索十世，就是负责编制《阿方索星表》的那位国王，援引的创世的最早日期为公元前6904年，而约翰内斯·开普勒给出的日期却是这个不确定范围的近端：公元前3992年。
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最严格的计算是由1624年成为阿马大主教的詹姆斯·厄谢尔给出的。他在中东地区找了位代理，让他去寻找已知最古老的圣经经文，以便使他的估计不易受到誊抄和翻译错误的影响。他还投入巨大的精力来确定《旧约》年表中记载的历史事件。最后，他敲定了《列王纪下》里间接提到的尼布甲尼撒的死亡时间，由此便可依据《圣经》的历史给出创世的日期。这个死亡及其日期也出现在由天文学家托勒密编制的巴比伦国王的列表里，因此可以与现代的历史记录联系起来。总之，经过反复计算和历史研究，厄谢尔能够宣称，创世的日期是公元前4004年10月22日周六。更精确的是，厄谢尔宣布，根据《创世纪》所宣称的：“有晚上，有早晨，这是头一日”，这一时刻开始于那天下午的6点。
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虽然对《圣经》的这种字面解释可能看起来很荒谬，但在一个将《圣经》作为判断创世这样的大问题的绝对权威的社会里，这是非常有意义的。事实上，厄谢尔大主教给出的日期在1701年得到英国教会的认可，并从那时起与国王詹姆斯版《圣经》的出版一道公布于世，一直延续到20世纪。甚至到19世纪，科学家和哲学家们依然乐于接受厄谢尔确定的日期。
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然而，在达尔文出版了他的自然选择学说的进化论后，科学界对于将公元前4004年作为创世元年的质疑变得十分强烈。尽管达尔文及其支持者发现自然选择具有普适性，但他们不得不承认，进化是一种十分缓慢的机制，与厄谢尔宣称的世界只有六千年历史的说法完全不相容。因此，人们开始探索利用科学手段来确定迄今为止的地球年龄，希望确立这个时长在百万年甚至几十亿年的量级。
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维多利亚时代的地质学家分析了沉积岩的沉积速率，并估计地球至少有几百万岁。1897年，开尔文勋爵采用不同的技术——假设地球在形成时处于熔融状态——分析后指出，地球要冷却到它当前的温度，至少必须要20万年才行。几年后，约翰·乔利运用不同的假设——海洋开始时是纯清的，经过长时间的浸泡，地壳岩石中的矿物质才溶于水中——来估计要过多久海水中溶解的盐才会取得目前的盐度，他的结论是这大约需要上亿年。在20世纪初，物理学家发现放射性物质可用于测定地球的年龄。1905年，这项技术给出的地球年龄是5亿年。1907年，经过技术改进，新提出的地球年龄超过10亿年。断代研究一直是一项巨大的科学挑战，但越来越明显，每次新的测定总使得地球变得越来越古老。
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随着科学家见证在地球年龄的认知问题上的这种巨大变化，他们在如何看待宇宙的问题上的观点也悄然有了改变。19世纪以前，科学家们普遍赞同灾变说，认为大灾难可以解释宇宙的历史。换句话说，我们这个世界是由一系列突发的灾难性事件形成并塑造成目前这个样子的，例如地壳岩石的剧烈变动造就了山脉，《圣经》里的大洪水形成了我们今天看到的地质构造。这样的灾难对于认识地球在几千年的历史进程中的地貌变化是必不可少的。但是到了19世纪末，在对地球进行了更详细的研究后，对岩石样本断代的最新结果促使科学家移向世界的均变论观点，认为应该用渐变和均变的观点来解释宇宙的历史。均变论者确信，山脉不可能一夜之间出现，而是以每年几毫米的抬升速度经过百万年的变迁使然。
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均变说影响的日益扩大在科学界达成了共识：地球的年龄超过10亿岁，宇宙因此必然更古老，甚至可能是无限老。永恒宇宙似乎在科学界产生共鸣，因为这个理论既表现出一定的优雅，又具有简约性和完整性。如果宇宙永恒存在，那么就没必要解释它是如何创生，何时创生，为何创生以及由谁创生等问题。科学家们特别自豪的是，他们已经发展出一种不再依赖于上帝的宇宙理论。
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查尔斯·赖尔，最著名的均变论学者，曾表示时间起源的问题“超越了凡人的认知范围”。这一观点得到了苏格兰地质学家詹姆斯·赫顿的强化：“因此，我们目前的调查结果是，我们没有发现开始的痕迹，也没希望找出终结的迹象。”
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均变说可能与一些早期希腊宇宙学家的观点不谋而合。如阿那克西曼德就认为，行星和恒星的诞生和毁灭是在永恒的、时间无限长的过程中进行的”。在他这番表述的几十年后，公元前500年，艾弗萨斯的赫拉克利特重申了宇宙的永恒性：“这个宇宙，永远不变，既不是由神也不是由人创造的，而是，现在是，永远是：一团生生不息的火，不断地点燃和熄灭。”
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所以，到20世纪开始时，科学家们仍满足于生活在一个永恒的宇宙中。但这个理论赖以支撑的证据却相当脆弱。虽然断代史的证据指向一个至少有几十亿年之久的真正古老的宇宙，但宇宙永恒的观念主要是基于信仰上的飞跃。从地球年龄至少几十亿年推断宇宙是永恒的根本就没有科学依据。确实，一个无限古老的宇宙构成一种连贯一致的宇宙观，但这只不过是一厢情愿，除非有人能找到一些科学证据来支持它。事实上，永恒宇宙模型确立的基础是如此脆弱，以至于称它为神话而不是科学理论可能更合适。1900年的永恒宇宙模型在解释上几乎与蓝色巨神乌尔巴里将大地与天空分开一样不靠谱。
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最终，宇宙学家只好面临这样一种尴尬的局面。事实上，差不多整个20世纪里，他们都在努力用体面的和严谨的科学解释来取代这最后的伟大神话。他们竭力发展详细的理论并寻求具体的证据来支持它，以便使他们能够自信地解决这个终极问题：宇宙是永恒的，还是创生的？
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有关宇宙演化史的争论，有关有限或无限的争论，迫使过分自信的理论家、英勇的天文学家和杰出的实验者投入战斗。叛军联盟试图推翻不共戴天的现有权威，他们采用最新技术——从巨型望远镜到太空卫星，无所不用其极。对这个终极问题的回答将导致科学史上最大的、最具争议的、最大胆的冒险尝试。
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