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沃格特的教务长任期结束的那天，由于部门里的一些文件需要教务长过目，所以加州理工学院物理、数学与天文学系主任来到沃格特的办公室。沃格特指着那些文件说：“把这些东西拿走吧。你们以后不用找我签字了，我刚刚辞职了。”埃德·斯通主任大吃一惊：“天啊，这是真的吗？”沃格特解释说，LIGO项目组已决定由他担任负责人。斯通来找沃格特，本来是想在他心情好的时候说一些奉承话，再谈工作的事。但是，在他刚刚被赶下教务长宝座的时候来找他办事，等于为他送上了一个安慰奖。
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据基普推测，尽管罗克斯·沃格特那天的反应可能会令埃德·斯通产生错觉，以为他已经是LIGO项目的负责人了，但实际上，“下台”几周之后他才得到这份新工作。
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我们在他的办公室就座之后，沃格特告诉我，他是被迫接受这个职位的：“我婉言谢绝了，但是他们仍然坚持让我接受。”由于韦伯的棒式引力波探测器与他的那个有争议的实验结果引起人们对这个领域的怀疑，所以他并不愿意担任这个职务。“说句题外话，韦伯是个悲剧人物。虽然他是一名优秀的科学家，但是他迫切希望探测到引力波，以至于在解读数据时犯了大错。”
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最终，沃格特在巨大的行政压力面前妥协了。“但是，一旦我决定接受这份工作，我就会把它看成我自己的项目，全身心投入其中。我必须心无旁骛。”
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1987年，沃格特开始担任LIGO项目负责人。三巨头组合——罗纳德·德雷弗、雷纳·韦斯和基普·索恩——得到了解放，可以在项目组里自由地追逐各自的目标。沃格特对基普赞不绝口：“他应该被授予诺贝尔物理学奖。”他对雷纳·韦斯的评价是：“一位优秀的科学家，一个好人。”他甚至还表扬了罗纳德·德雷弗：“我知道，罗纳德是一位才华横溢的科学家，不过他的个性有点儿疯狂。”（开诚布公地说，舆论一致认为可以考虑给三巨头组合授予诺贝尔奖。）在LIGO项目负责人的岗位上，沃格特把他性格中的所有优点和所有不足都发挥得淋漓尽致。有人对他进行过恰如其分的形容，因为是通过第三方了解到的，所以我在这里匿名引用：“沃格特拥有无与伦比的洞察力、创造力和解决问题的能力，然而，他制造问题的能力也无人可及。”
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1989年，罗克斯·沃格特作为首席研究员，向美国国家科学基金会提交了加州理工学院——麻省理工学院联合小组辛勤劳动的成果：一份长达229页的“引力波探测器的建造、操作与支持研发报告”。这份全面深入、富有洞见的报告以一段引言开篇：
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没有比引领事物的新秩序更难把握、更冒险和更不确定的了。
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——马基雅维利，《君主论》（1513）
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雷纳称这份报告是一部伟大的作品。项目组全体成员通过潜心工作，为LIGO项目成功地建造了两台在美国海岸线的不同位置同步工作的4 000米探测器，对各种怀疑观点给予了有力的回击。雷纳通过这份目标明确的报告，向美国国家科学基金会提出了金额为193 918 509美元的资金申请。他们计划从1990年开始，利用4年时间建成实际可行的探测器。小组在概要部分为LIGO项目（从此以后这个名称正式启用）列出了两大目标：“第一，验证广义相对论……第二，为观察宇宙打开一扇不同于射电天文学和粒子天文学等传统方式的新窗口。”通过这份申请报告，沃格特开始了他作为LIGO项目负责人的新使命（尽管他最终没能完成）。他们的资金申请也得到了美国国家科学基金会的批准。
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2亿美元的资金不可能轻轻松松地通过银行账户转给项目组。这个数额虽然看起来不小，但与那些动辄数十亿美元的预算项目（例如，粒子加速器项目）相比就不算什么了。然而，LIGO项目是美国国家科学基金会支持的最大型的项目，因此必须经过国会同意。毫无疑问，他们已经解决了一个大麻烦，但是还有更多的麻烦需要解决。为了让美国国会同意基金会的资金支持计划，他们开始了一场旷日持久的拉锯战。一些国会议员对LIGO项目进行了攻击，他们认为，根据沃格特的介绍，这个项目（甚至所有的科学研究）都是一种徒劳的烧钱行为。因此，美国国会冻结了这笔资金，导致场地建设停了下来。在两年时间里，沃格特频繁去往华盛顿，寻求美国参议院和众议院的支持，成为国会大厦所有办公室以及拨款委员会的常客。
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沃格特要求加州理工学院为他安排一名说客，帮他游说国会议员。时至今日，加州理工学院的教授们也很少使用这个手段。在受到百般阻挠之后，加州理工学院安排了一名专业人员为他出谋划策，他带着这名助手去到华盛顿，准备破除坚冰。1991年3月13日，美国众议院召开科学、空间与技术委员会听证会。沃格特以为自己已经做好了准备，结果反对方的证词还是打了他一个措手不及。正是在这次听证会上，著名天文学家托尼·泰森发表了措辞极其严厉的评估意见。
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1971年，托尼·泰森建造了自己的韦伯棒，并开始探测引力波。他做了几年实验，除了检测到阿拉斯加的一次地下核武器试验以外，一无所获。当时，近5兆吨的核武器被投放到一个竖井中。引爆后，阿拉斯加爆炸点周围的地面在不到1秒钟的时间里足足升高了50英尺，也让托尼放置在贝尔实验室里的韦伯棒产生了反应。LIGO项目在美国国会引起争论时，托尼已经在做其他领域的研究了，但他认为自己仍然是引力波探测实验的支持者之一。
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在收到科学分委会的做证要求之后，托尼告诉自己：“我最好还是置身事外吧。”但是，科学分委会以传唤到庭相威胁，托尼只好同意通过工程计算来完成这个项目的技术可行性评估。此时，距听证会的时间已经不足一个月了。托尼对LIGO项目表示支持，并且指出这项技术必将取得快速发展。至今，托尼仍然深信一点：“如果发现了通向宇宙的一扇新窗户，我们就应该上前去看一看。”然而，他也对该项目能否取得科学成果表示担心。在这一点上，他与那些对纯技术不太感兴趣以及不愿意冒险的人不谋而合。他认为第一代引力波探测器成本过高，成功的可能性极小。天文学界可能需要几十年时间才能完成新型探测器的研发，但是研发费用并不包括在所申请的预算（此时已追加至2.11亿美元）中。此外，耗费巨资建造的设施竟然仅供4个人（应该是指基普·索恩、雷纳·韦斯、罗纳德·德雷弗和罗克斯·沃格特）使用，这也令他感到不满。他证词中的一段话给人留下了难以磨灭的印象：
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我们可以想象一下这段距离到底有多长，足够绕地球1 000亿圈……在引力波的作用下，这么长的距离在短时间里发生变化的幅度竟然小于人类一根头发的直径，而且留给我们的测量时间不到一秒钟。此外，我们不知道这种微小的变化何时会发生，下个月、明年还是30年以后？
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托尼告诉我，他没有把自己被迫做证的事及时通知基普和沃格特，对此他深感后悔。他承认，直到做证前一个小时，他才开始考虑自己的证词会产生何种影响。在听证会的前一晚，他把自己证词的副本交给了基普和沃格特。
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基普·索恩说：“事实上，在听证会的头天晚上，托尼通过联邦快递将证词副本送去给加州理工学院的沃格特。但是邮件送达时，沃格特已经去华盛顿了。因此，包括沃格特在内的所有人，事先都不知道托尼·泰森会在听证会上说什么。这完全是一次突然袭击。”
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基普在听证会上做证后，于当天深夜给托尼打了一个电话。通完电话后托尼心情沉重，连续几天都难以入眠。托尼说：“沃格特说了一些有意思的话。基普显然非常难过，我的心情也非常沉重。”
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1991年3月16日，基普在写给托尼的电子邮件中对他估计的引力波发射源进行了辩解，并且说“我在处理这个问题时的态度是非常谨慎的”。接着，他写道：“你和一些天文学家认为‘引力波的强度与引力波发射源的出现概率被严重高估了’（引自托尼的听证会证词。这句话还与一个对天文学家的非正式调查有关，而托尼在完成这次调查后就后悔了），但事实上，我坚信你们的这个观点与我在LIGO项目申请报告以及天文学与物理学分会调查报告中做出的估计没有任何关系。”
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在邮件的附言中，基普写道：“开诚布公地说，你的证词中的‘严重高估’的说法令我深受伤害。几天来，我夜不能寐。我认为你的观点是不公正的。几年来，为了做出诚实、准确的估计，我做了大量工作。请明确指出我在哪些地方犯了错误，否则就要弥补你对LIGO项目以及我个人声誉造成的不利影响。”
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三天后，托尼·泰森给沃格特发了一封传真：“我修改了原来的书面证词。”传真全文使用的都是大写字母。他删掉了“严重”这个词，并添加了“在过去”三个字。于是，修改后的证词变成：“大多数人都认为，引力波的强度与引力波发射源的出现概率在过去被高估了。”
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托尼修改证词之后，沃格特说：“对我个人而言，回过头检查证词是一项痛苦的工作。在LIGO项目的问题上，我的朋友有的持支持态度，有的持反对态度。为了防范风险、支持创新，我们必须千方百计地寻找各种资源，包括：研究人员的聪明才智，必然会产生重大科学发现的大型设施的建设计划，以及少数大型科研项目面临的风险与前景等。”
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沃格特回忆说：“托尼真的让我大吃一惊，他的证词完全出乎我的意料。他为人可靠，是一名优秀的科学家，我们的关系一直很友好。但不管怎么说，那份证词破坏力很强。”当时，那名游说助手走过来对他说道：“他这是要覆灭你。”
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由于LIGO项目没有表现出令人信服的“大科学”特征（具有这种特征的往往是志存高远的物理学的加速器项目，而不是天文学的探测器项目），所以反对者发起了反LIGO运动。2亿美元是美国国家科学基金会的天文学研究年度预算的两倍，金额之大可见一斑。（里奇·艾萨克森不同意这种说法，他说：“LIGO探测器的建造是一个历时数年的工程，与年度科研预算毫不相干，把它们放到一起做比较，显然具有误导性。”）因此，这很有可能会影响到那些有望取得重大科研成果的小型科研项目。LIGO项目组与美国国家科学基金会的理由是，这项申请有助于创建一条新的预算线，从长远来看可以确保科研活动得到更多的资金支持。没有人可以挪用国家科学基金会支持的研究项目的资金，有远见的仪器设计与开发项目未来也可以得到更多的资金支持。然而，普林斯顿大学的两位有影响力的天文物理学家——约翰·巴考和杰瑞·奥斯特里克，对LIGO项目表示反对。沃格特耸耸肩说道：“普林斯顿大学的人密谋反对LIGO项目。他们担心LIGO项目会占用天文学研究的预算，因此找了一些冠冕堂皇的理由。”
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雷纳告诉我，LIGO名称中的“天文台”（Observatory）一词为人们的担忧提供了哲学依据（在成功观察到天文现象之前，它是不能称为“天文台”的）、经济学依据（与造价低廉得多的天文台争夺资金的问题前面已经讲过了）和社会学依据（该项目与物理学的关系似乎更近，因此无权分享天文学研究的预算）。雷纳认为他应该为项目名称的问题负责，同时他感到有点儿好奇：如果当初这个项目被命名为“设施”（facility）或者“实验”（experiment），现在会是什么状况呢？然而必须承认的是，LIGF或LIGE还不如LIGO。
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