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一个对任何东西都“漠不关心”的宇宙并非一件坏事——甚至对上面提到的事情而言，算是一件好事。科学家并不寻求宗教经常寻求的那些根本意义。客观的科学仅仅需要我们把宇宙看作中立的对象。确实，科学的中立立场有时确实移除了人类邪恶的烙印，因为它指向人类起源的物质条件而非道德条件。例如，我们现在知道了，从物理学与基因学的本源来考虑，精神病与毒瘾可以被划为“疾病”而非“道德”的范畴。
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即便这样，科学也并不专注于所有的道德主题（虽然它也不否认这些）；科学也不追问宇宙行为背后的原因以及人类事务的道德准则。虽然逻辑思考确实有助于我们应付现代世界，以及今日的一些科学家确实以生理学为基础处理有关道德行为的研究，但一般来说，科学家的目的并不决定人类目前道德地位的状况。
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上文所提的分界线并非绝对清晰，神学家可以提出科学问题，科学家也可以从一个启迪其内在理念与方向的世界图景下来提出它们——有时甚至是从宗教的图景下。此外，由于科学是由人类创建的，科学家在创建其理论的过程中经常会带有一些非科学的人之本性，比如对“一切问题都必定有一个答案”的信心，或者对特定信仰的情感。当然这些也反映在其他领域中，艺术家与神学家也会受科学家的观测结果与其对世界理解方式的启迪。
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这种模糊的分界线并不能抹除掉分界线的两端所追求的终极目标之间的区别。科学家们追求预言性的物理学图景，它可以解释事物如何运作。从本质上来讲，科学与宗教所使用的方法与目标是不同的。科学强调物理实在性，而宗教强调人类心理学或者社会学的需求或渴望 。
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这种最终目的的分歧并不应该成为冲突之源——事实上，它们应该分工合作，原则上井水不犯河水。然而，宗教并不总是满足于讨论有关意义与安慰的问题。很多宗教都企图占有描述宇宙外在实在性的一席之地，这甚至反映在“宗教”这个词本身的定义中。《美国传统词典》（The American Heritage Dictionary ）对“宗教”的定义是：“一种对神性或者超自然力量的信仰，或者一种对其创造者或统治者服从与崇拜的力量。”Dictionary.com网站对“宗教”的定义是：“一套信仰体系，它关心宇宙的起因、本质与目的，特别是当问题涉及超人力代言者的产生时；它通常包含虔诚的、仪式性的观测，以及对道德法典的构造，以统治人类事务的道德准则。”这些定义意义下的“宗教”并不仅仅关注人类与世界之间的关系——不管是从道德、情感还是精神层面，还关注世界本身，这使宗教的图景变得歪曲不堪。当科学试图侵犯宗教试图解释的知识领域时，争端就不可避免地产生了。
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尽管人类生而具有求知欲，然而使用不同方法提出问题、寻求答案，以及具有不同目的的人并没有达成共识。他们为追求真理而作出的努力也没有被明确地划分界线，所以争辩时时发生。当人们运用对自然界的信仰时，就会回到那些对自然的观测结果上，而宗教必须调和这些矛盾。这在早期教会真实发生过，例如，对自由意志与上帝神力之间相容性的调和。于今日的宗教思想家而言，这依旧是个问题。
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宗教与科学是否彼此相容
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宗教与科学并非总是处在相互矛盾的窘境。在科学革命之前，科学与宗教是和平共处的。在中世纪，罗马天主教会对各种与《圣经》不同的解释非常大度，直到科学革命使教会感到自己的统治地位受到了威胁。伽利略为哥白尼日心说提供的证据驳斥了教会有关天堂的教义，在这种背景下，教会感到非常头痛——伽利略的著作不仅公然对抗了教会的权威，而且明确质疑了教会对解释《圣经》不可动摇的专有地位。教士们因此非常痛恨伽利略及其理论。
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更多并不久远的历史提供了许多有关科学与宗教之间冲突的例子。认为世界正逐渐向无序性演化的热力学第二定律，让相信上帝创造了理想世界的人们非常气馁。进化论也产生了类似的问题，它在最近引发了一系列与智能设计论的“争论”。“正在膨胀的宇宙”这一说法，让那些相信人类生活在一个完美宇宙中的人感到十分困扰，即便如此，作为天主教牧师的乔治·勒梅特（Georges Lemaître）却是宇宙大爆炸理论（the Big Bang theory）的提出者。
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一个更有趣的有关科学家挑战自我信仰的例子，是英国博物学家菲利普·戈斯（Philip Gosse）。19世纪早期，戈斯面临一个窘境，即他意识到地球中保留了含有已灭绝动物遗体化石的岩层，这说明地球仅仅存在6000年的观念值得商榷。在他的著作《地球之脐》（Omphalos ）中，戈斯如此解释这个疑难：地球确实是不久之前被创造的。造物主如此安排一些特殊的动物“骨骼”与“化石”，这些动物实际上从未出现过，以误导人们并使人们认为存在一些实际上从未存在过的历史。戈斯设想中的正常世界，应该能够反映出其演化轨迹，即便这些轨迹从来没有真正出现过。
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这种解释听上去非常愚蠢，但是“技术地”讲，它是说得通的。然而，除了戈斯之外，似乎没有其他人严肃地对待这个解释。戈斯本人转而研究海洋生物学，以避免这些恼人的恐龙骨骼带来的对他信仰的考验。
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令人开心的是，大多数正确的科学理念表面上看起来并不激进，而且随着时间的流逝，它们变得越来越容易为人所接受。最后，科学发现终于盛行起来。今日，没有人会质疑以太阳为中心的学说或是宇宙膨胀学说。然而，至少对于像戈斯一样严肃对待这些问题的忠实信仰者而言，字面的解释依然会引起一系列问题。
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17世纪之前，人们很少纠缠《圣经》的字面意义，这使得这个时代之前的争端相对少很多。在午间闲聊时，学者、宗教史学家凯伦·阿姆斯特朗（Karen Armstrong）解释了为何现代科学与宗教之争在早期并不真正存在。宗教文本在很多层级上被阅读，这使得对应的解释去字面化、去教条化，因此变得不那么棱角分明。
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在公元5世纪，天主教思想家奥古斯丁明确了这种观点：“非基督徒掌握了一些关于地球、天堂以及世界其他部分的事情，也许有关它们的运动以及围绕恒星的运动轨道，甚至有关它们的尺度或者距离。这些知识确实是出于理性与实验得来的。然而，于一个无信仰主义者而言，听一个基督徒对这种事情胡言乱语，而且声称他是从《圣经》中得出这些结论，这不仅失礼而且可耻。我们应该想尽办法避免这种令人尴尬情况的出现，以免无信仰者只看到基督徒的无知，从而展示他们的嘲笑与轻蔑之情。”[3]
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敏感的奥古斯丁甚至走得更远。他解释道，上帝故意在《圣经》中引入了一些谜题，以使人们获得解答它们的乐趣。[4] 这既指晦涩的字句，又指需要隐喻解释的篇章。奥古斯丁看起来对讨论合乎逻辑与不合乎逻辑这两个问题十分感兴趣，他还尝试解释一些基本的悖论问题。例如，“一个人在没有时间旅行的前提下，如何能完全地理解或者感激上帝的安排呢”。[5]
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伽利略本人坚持站在奥古斯丁的立场上。在1615年一封写给时为意大利托斯卡纳大公夫人的克莉丝汀娜·洛兰夫人（Madame Christina of Lorraine）的信中，伽利略写道：“首先，虔诚谨慎地讲，《圣经》从不妄语——无论何时它的真正含义都能被人们理解。”[6] 他甚至声称哥白尼也如此认为，说哥白尼“从未忽略《圣经》，他非常清楚，就算他的理论被证实了，也不能作为《圣经》错误的依据，直到《圣经》被人们正确地理解了”。[7]
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伽利略充满热情地如此引用奥古斯丁的话：[8]
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任何想要以《圣经》的权威来反驳显而易见的道理的人都不明白，他并非在扮演自己想象的角色。因为他对真理的反驳并非《圣经》的真正含义（事实上这些意义超出了他的理解范围），而是他自己的解释。这些解释并非出于《圣经》，而是他自己想象出来的，并且幻想存在于《圣经》之上。
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奥古斯丁假设那些文本总是有其合理的意义，灵活解读了《圣经》。任何从对外在世界观测中得来的明显矛盾都是出于解读者的错误理解，即便那些解释是不明显的。奥古斯丁认为，《圣经》是人类受到神启之后的产物。
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分析《圣经》中的字句，至少分析其中的一部分，并把它看作作者个人经验的体现，可以发现，奥古斯丁对《圣经》的解释在某些方面与我们对艺术的定义非常接近。教会不需要原路返回以面对奥古斯丁思维模式中的科学发现。
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伽利略意识到了这一点。对于他以及一些有着相似想法的人而言，如果《圣经》中的字句被恰当地解释了，那么科学与《圣经》之间本不该有任何冲突。任何可见的矛盾并非出于科学事实，而是出于人们的理解错误。有时于人类而言，《圣经》是难以理解的，而且肤浅地看，它确实与我们的观测结果相矛盾。但是，根据奥古斯丁的解释，《圣经》从来不会出错。伽利略是虔诚的，即便出于逻辑，他也并不认为他有资格反驳《圣经》。多年之后，教皇约翰·保罗二世（Pope John PaulⅡ）声称，伽利略是反对过他的神学家中最出色的一位。
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然而，伽利略也信仰他自己发现的理论。在一堆虔诚的废话之后，他有先见之明地如此考虑：[9]
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注意，神学家们，如果你们期望通过讨论太阳和地球到底谁静止不动而建立信仰命题，那么你们正在冒的风险是：你们最终必须谴责那些声称‘地球静止不动，太阳变化位置’的人为异教徒——而我认为，最终太阳静止不动、地球运动不止将逐渐被物理与逻辑所证实。
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很明显，基督教并不总是遵守这种哲学，否则伽利略就不会锒铛入狱，今日的报纸也不会用大量篇幅来报道有关智能设计论的争议了。即便很多宗教执业者有着灵活的信仰，一系列对物理现象的严格解释还是可能证明宗教理论中存在很多问题，而从字面意义来理解《圣经》是一种非常危险的尝试。随着时间的推移，由于技术让我们得以探索新的领域，科学与宗教会有更多的交叉领域，它们的潜在矛盾会只增不减。
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今天，世界宗教人口的一个重要平衡方式就是从对各自信仰更加宽容的态度出发，以避免这种冲突。它们并不依赖于对《圣经》严格的解释或是从某个特定信仰出发的对教义的解释。他们相信自己可以在接受严密科学发现的同时，保持自己精神生活的信条不变。
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