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第7章曾讲过,人类大约有25000个基因,与拟南芥的基因数量差不多。人类之所以比植物复杂,不在于基因数量,而在于基因如何相互作用。
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有很多基因的作用就是调控其他基因——即决定受调控的基因是不是表达。一个著名的基因调控的例子就是大肠杆菌乳糖代谢的控制。这种细菌通常以葡萄糖为食,但也能代谢乳糖。细胞要代谢乳糖必须有三种特定的蛋白酶,每种都由单独的基因编码。我们先称这些基因为A、B和C。另外还有一种乳糖抑制蛋白(lactose repressor),能够与基因A、B、C结合,从而关闭这些基因。如果在细菌的周围没有乳糖,乳糖抑制蛋白就会不断产生,从而不发生乳糖代谢。但如果细菌突然发现周围没有葡萄糖,而乳糖又很多,乳糖分子就会与乳糖抑制蛋白结合,让其离开基因A、B和C,这些基因就能产生酶,从而进行乳糖代谢。
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有些调控机制还要复杂精巧得多,这些调控作用是遗传复杂性的精髓。早在20世纪60年代,考夫曼(Stuart Kauffman)在研究调控机制时就利用了网络的思想(详见第18章)。最近,网络科学家和遗传学家又一起合作发现,至少有一些调控网络接近于无尺度。在调控网络中,节点代表单独的基因,边则代表基因之间的调控关系(如果有的话)。
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稳健性对于基因调控网络也很重要。基因转录和调控的过程远不是完美的;它们难免犯错,而且经常受病毒等病原体的侵袭。无尺度结构能让系统基本上不受这些错误影响。
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代谢网络
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第12章曾讲过,大部分生物的细胞都有上百种代谢途径,代谢途径之间相互作用,形成代谢反应网络。巴拉巴西和他的同事仔细研究了43种生物的代谢网络结构, [241] 发现它们都符合幂律分布——也就是说,是无尺度网络。代谢网络中的节点是化学反应物——化学反应的原料和产物。如果某种反应物参与了生成另一反应物的反应,就认为前者连接到后者。例如,在糖酵解这种代谢途径的第二步,葡萄糖—6—磷酸(glucose—6—phosphate)生成果糖—6—磷酸(fructose—6—phosphate),因此在网络中前一反应物有边连接到后一反应物。
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既然代谢网络是无尺度的,就有少数中心节点是许多种反应的产物,涉及许多不同的反应物。结果发现,在所研究的所有生物中,这些中心节点代表的化学物质基本都是一样的——对生命最重要的化学物质。有假说认为,代谢网络之所以演化出无尺度特性,是为了确保代谢的稳定性,并优化不同反应物之间的“通信”。
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流行病
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20世纪80年代初,艾滋病流行的早期阶段,美国疾控中心(Centers for Disease Control)的流行病学家发现,有一个群体将艾滋病毒传播到了全世界许多城市的男同性恋,这群人中包括一位加拿大空乘——盖坦·杜格斯(Gaetan Dugas)。杜格斯后来被媒体蔑称为“零号病人”,北美第一个艾滋感染者,认为他对艾滋病毒在美国等地的传播负有责任。虽然后来的研究否认了杜格斯是北美的传染源, [242] 但毫无疑问杜格斯感染了许多人,他承认自己每年都有上百个不同的性伴侣。用网络的术语说,杜格斯是性关系网络的中心节点。
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研究性传播疾病的流行病学家经常需要研究性关系网络,这个网络中的节点代表人,边则代表人之间的性伴侣关系。最近,一个由社会学家和物理学家组成的团队分析了瑞典性行为调查数据, [243] 结果发现得出的网络为无尺度结构;其他对性关系网络的研究也得出了类似结论 [244] 。
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在这种情形下,移除中心节点就对我们有利。专家建议,安全性行为宣传、疫苗接种等干预措施应当主要针对这类中心节点。
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但是得不到性关系的数据,绘制不出整个网络,又如何能识别出中心节点呢?
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另一个网络科学家团体提出了一个巧妙而简单的方法 [245] :从风险人群中随机选取一组人,让他们每人提供一位性伴侣的名字。然后给这些性伴侣接种疫苗。性伴侣很多的人出现在名单中的概率会很高,从而通过这种方案被接种疫苗。
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当然这种方法也可以用到其他场合,用来进行“中心节点打靶”,比如对付通过电子邮件传播的病毒:对于这种情况,杀毒应当重点针对邮件通信录很长的用户的计算机, [246] 而不是寄希望于所有计算机用户都能查杀病毒。
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生态与食物网
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在生态学中,食物链的传统概念已经转变成食物网(food web)的概念,食物网中的节点代表物种或物种群;如果物种B是物种A的食物,就有一条边从节点A连接到节点B。图16.1展示了一个食物网的简单例子。
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▲图16.1 食物网示例[图例来自美国地质勘探局阿拉斯加科学中心(USGS Alaska Science Center, http://www.absc.usgs.gov/research/seabird_foragefish/marinehabitat/home.html)]
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绘制各种生态系统的食物网一直是生态学的重要内容。最近,科学家们开始用网络科学来研究食物网,深入理解生物多样性以及破坏生物多样性会带来的可能后果。
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一些生态学家认为(至少部分)食物网具有小世界特性,其中一些还具有连接度无尺度分布,这种特点可能使食物网在面对物种的随机灭绝时具有一定的稳健性。另一些生态学家则不同意食物网具有无尺度结构,生物学界最近对这个问题有很多争议, [247] 主要是对如何解读真实数据难以达成共识。
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网络思想的意义
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网络思想对许多科技领域都有影响,前面只是一小部分例子。连接度无尺度分布、集群性和存在中心节点是共同的主题;这些特点使得网络具有小世界的通信能力,并且在随机删除节点时具有稳健性。所有这些特点都有助于理解科学和技术领域的复杂系统。
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在科学领域,网络思想为描述自然界复杂系统的共性提供了新的语言,也使得从不同领域得到的知识能相互启发。就其本身来说,网络科学正是它自己所说的那种中心节点——它使得本来相隔遥远的学科变得很近。
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在技术领域,网络思想为许多困难问题提供了新的思路,例如,如何让网络上的搜索变得高效,如何控制流行病,如何管理大型组织,如何保护生态系统,如何应对威胁身体中的复杂系统的疾病,如何应对现代犯罪和恐怖组织,以及在更高层面上,自然、社会和技术网络有怎样内在的稳健性和脆弱性,又应当如何利用和保护这种系统。
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