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2012年,哈佛大学医学院的遗传学教授乔治·丘奇的两个学生,与创办BIOMOD的肖恩和埃杜·巴切莱特(Shawn&Ido Bachelet)发明了用DNA制作的纳米机器人,这种机器人被编程后可以瞄准身体内的特定细胞。比如,可以用这种纳米机器人找到身体内的癌细胞,并通过编程让它们之后在体内自我摧毁。
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所有这些进步都是因为我们有了更好的“合成DNA”的机器(如安捷伦的设备)。很明显,这些数学家和生物学家用DNA来“设计”机器人,就像建筑师用软件来设计图纸一样。设计图纸的软件被称为CAD(计算机辅助设计),最流行的CAD软件来自Autodesk。想要设计DNA机器人的生物学家们也用了类似的软件(尤其是在哈佛)。2009年,威廉·施在美国达纳—法伯癌症研究所(Dana-Farber Cancer Institute)开发了CADnano软件,后来由乔治·丘奇的团队和Autodesk进行了改进。
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CADnano给生物学家提供了一种被软件工程师称为“快速成型”的方法,只不过这里快速成型的是三维的DNA折纸结构。2009年,亚利桑那州立大学的郝颜(Hao Yan)开发了可以对三维的DNA折纸结构进行编辑的工具——Tiamat。2011年,麻省理工学院的马克·巴斯(Mark Bathe)开发了CanDo(“DNA折纸术的计算机辅助编程”的英文缩写),是一款可以把两维的DNA折纸蓝图转换成复杂的三维结构的软件。2016年,麻省理工学院合成生物学家克里斯·沃伊特(Chris Voigt)的研究小组发明了名为“Cello”的编程语言,使得生物学家可以快速设计DNA电路(一种利用电路导电性变化来检测基因损伤和错误的生物传感器),Cello可以自动设计实现DNA电路所需的DNA序列,换句话说,你可以通过这种编程语言创造活的细胞。以上这些都是DNA折纸术已有的开源软件。
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2012年,肖恩·道格拉斯搬到了加州大学旧金山分校,埃杜·巴切莱特去了以色列巴伊兰大学,由此形成了DNA折纸术的两个重要派别。2013年巴切莱特公布他制造了一种特殊DNA分子的方法,这种DNA分子可以通过编程到达身体的指定位置,并在那里完成一些“特殊使命”。基本上,这个DNA折纸已经变成了可以在人体内部游走的微小的计算机。这些小计算机可以像今天基于硅的计算机一样执行同一种逻辑运算(0/1逻辑),虽然它们现在的功能还不能跟第一代计算机相提并论,但至少它们一出生就超级小。
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2014年,巴切莱特与哈佛大学的丹尼尔·莱纳(Daniel Levner)合作,将这种DNA纳米计算机放进了一个活的生命体——一只蟑螂内,并让它们在蟑螂的身体里游走。
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可以设想,有一天这些DNA机器人将能够跟它检查的细胞互动,大量DNA机器人之间也可以互动,就好像我们现实中的计算机能够连接成一个通信网络一样。2015年,巴切莱特开始试验他的第一个人体内的DNA纳米机器人(用来治疗癌症),辉瑞制药很快投资了他的这个想法。
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接下来的问题当然是这些DNA纳米计算机的“存储卡”上到底能存多少信息。一克DNA的可以容纳10兆~14兆字节的数据。2012年乔治·丘奇将他的最新著作编码进了DNA。2013年,欧洲生物信息学研究所的伊万·伯尼(Ewan Birney)团队将莎士比亚的154首十四行诗,再加上马丁·路德·金(Martin Luther King)的著名演说《我有一个梦想》的录音,以及他们的办公室的照片(共739千字节)全部编码进了DNA。2015年,把乔治·丘奇的书编码进DNA的哈佛团队的一名成员库苏里(Sri Kosuri)将乐队OK Go的一首摇滚歌曲编入DNA,这可是第一首在DNA上发行的歌曲。
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这些存储能力与基于硅的存储相比当然是进展非常缓慢的,但它们的优势是持续的时间特别长,历经“千秋万世”都还在。问题是将数据存进DNA的成本太高,比如,如果选择安捷伦帮你存储,它合成DNA是免费的,但一般存储每兆字节的花费需超过12 000美元,用的还是安捷伦价值数百万美元的设备。相比之下,我包里16GB的闪存盘的花费是20美元,而且在它里面改写数据的成本是零。然而,我们的U盘却永远做不了DNA存储能做的事:所有书面形式存在的人类文明(大概500亿兆字节的文本)都可以保存在你一只手掌的DNA上。
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可以设想,有一天,大量微小的DNA折纸机器人可以在你的身体里不停地游动,它们可以彼此连接和沟通,它们可能还会强大到能够运行一些人工智能的程序,以此来实时监测和识别你身体内部正在发生什么。
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生物黑客崛起
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在新技术的交融里,“生物黑客”(Biohackers)会扮演重要的角色。2005年,年轻的生物学家罗布·卡尔森(Rob Carlson)离开了伯克利分子科学研究所,继续在家里做他的生物实验,并在自己的车库里创办了生物技术咨询公司Biodesic。
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2008年,杰森·鲍勃和马克·考威尔(Jason Bobe&Mac Cowell)在东海岸创建了DIYbio组织,这被认为是合成生物学“DIY”(自己动手)运动的开始。2009年,纽约四个年轻的天才[分子生物学家艾伦·乔根森(Ellen Jorgensen),生物工程学家奥利弗·麦德沃鄂迪克(Oliver Medvedik),自由撰稿人丹尼尔·格鲁什金(Daniel Grushkin)和多学科背景的艺术家尼里(Nurit Bar-Shai)]建立了非营利性组织Genspace,用以推动生物黑客的研究。他们第二年设立了一个对公众开放的生物技术实验室。同一样,安吉拉·卡茨玛茨克(Angela Kaczmarczyk)等人创立了波士顿公开科学实验室(BossLab)。
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硅谷创立了生物黑客空间BioCurious作为回应,这也是一个由志愿者经营的非营利性组织。它于2010年由一群年轻的独立生物学家(Eri Gentry、Raymond McCauley、Tito Jankowski、Joseph Jackson、Josh Perfetto和Kristina Hathaway)创立。它标志着全球生物爱好者利用遗传领域公共数据库创建社区的兴起。
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欧洲的生物黑客们在阿姆斯特丹和巴黎的La Paillasse创立了Wetlab。2010年加州大学洛杉矶分校举办了主题为“疯狂的生物学?”的研讨会,会议上,自学成才的生物黑客梅瑞狄斯·帕特森(Meredith Patterson)发表了题为《一个生物朋克的宣言》(A Biopunk Manifesto)的演讲。2010年,罗布·卡尔森出版了《生物是科技》(Biology is Technology)一书,书名也成为合成生物学“DIY”运动的格言。
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2010年,BioCurious的两个创始人——蒂托和乔什(Tito Jankowski&Josh Perfetto)在旧金山成立了OpenPCR,他们想制造一台可以能把生物科技放到桌面上的机器,基本上就是一台复制DNA的机器。像一台专业设备一样,源自OpenPCR的家用机器可以增殖DNA样本,而OpenPCR大大降低了这些机器的价格,让普通个体也买得起。2010年,奥斯丁·海因茨(Austen Heinz)在旧金山创立了Cambrian Genomics来制造第一台“生物激光打印机”,一种能够快速准确生产DNA的机器。2014年创立于旧金山的Arcturus BioCloud使得它变得更容易:它想成为在云端跟用户沟通的生物公司的虚拟代工厂。
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2003年,麻省理工学院的汤姆·奈特(Tom Knight)教授提出了这样的设想:有一个标准化的“生物砖”(biobricks)目录,可以帮助合成生物学家们快速组装成活的有机体。他想要的模式清楚地再现了个人电脑产业走过的路程:爱好者从杂志广告目录订购套件,然后在他们的车库组装电脑。
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同年,来自麻省理工学院、哈佛大学、加州大学旧金山分校的研究人员成立了MIT标准生物零件注册处(MIT Registry of Standard Biological Parts),后来并入了国际基因工程机器(the International Genetically Engineered Machine.)。无论是“国际基因工程机器”还是“生物砖基金会”(BioBricks Foundation),都是生物学家德鲁·恩迪的创意。到2014年,国际基因工程机器的存储库已包含20 000件标准生物零件(生物砖)。
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“开源”技术正在掀起一场全球合成生物领域的“草根者”革命,2004年始于波士顿的每年一度的“国际基因工程机器大赛”(iGEM)聚集了来自世界各地的年轻生物学者,他们纷纷在创造新的生命形式(大多数是有用的微生物应用),2014年有来自32个国家的2500名选手来比赛。
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由麻省理工学院的学生梅利娜·范(Melina Fan)于2004年创立的非营利组织AddGene,致力于帮助合成生物学家分享他们的发现。例如,它帮助需要用CRISPR技术做实验的实验室运输他们所需的DNA材料。
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由斯蒂芬·弗兰德和埃里克·沙特(Stephen Friend&Eric Schadt)于2009年在西雅图创立的非营利性组织赛智生物网络(Sage Bionetworks),显然是受到最有名的开源软件数据库GitHub的启发而建立的。该组织的宗旨尤其谈到了“解决复杂科学问题的志愿者们的开放网络”的重要性。
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合成生物学仍需要和计算机辅助设计(CAD)一样的工具,2010年,加州大学伯克利分校的Chris Anderson推出了Clotho,一个开源的“生物CAD”平台,可以帮助研究者设计有机体。2014年,Autodesk推出了Cyborg工程,一个为DNA设计者提供设计工具的基于云端的平台。
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全球生物黑客们的社区正在日益壮大,随着生物研究的价格越来越低,有一天惊人的成就很有可能来自这些独立研究者。
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保持谨慎
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生物科技领域的主要危险是什么
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就我个人而言,比起转基因生物,我更害怕塑料。我吃了转基因番茄没有问题,但是把它存储在塑料容器中就有问题了。21世纪最大的建筑结构不是高层写字楼,而是纽约的垃圾填埋场(很多都是塑料垃圾),不是用来工作或生活的,而是用来存垃圾的!
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