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在大约一个世纪的时间里，马尔萨斯的顿悟都是达尔文创立相关理论的来源，并且这一说法一直被当作一个权威版本。但是，在20世纪70年代早期，一位名叫霍华德·格鲁伯（Howard Gruber）的心理学家和历史学家决定重新细读达尔文在创立相关理论以前的大量笔记，希望能找到真正的答案。他希望能重建达尔文在1838年秋天创立理论之前，在他大脑里进行的思考推断、信息拼组和脑内辩论的奇妙过程。
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格鲁伯从达尔文的笔记中得出的结论与达尔文在《自传》里讲述的情形截然不同。在笔记中，达尔文清楚地记录着马尔萨斯顿悟的出现时间是1838年9月28日。但是格鲁伯发现，达尔文理论的各个核心要素早在马尔萨斯顿悟出现之前就已经记录在他的笔记里了。达尔文在创立理论前，就已经掌握了生物变异的重要性；自然选择与人工选择两者之间的区别；不同物种之间为了生存而进行的竞争；不同物种之间存在的具体生理联系；生物进化需要漫长的时间等基本知识点。这些内容自1837年开始就在达尔文的笔记中详细地论述过。达尔文并非无法将已经齐全的拼图碎片放在正确的位置上。因为，从达尔文的笔记中可以发现一点，在马尔萨斯顿悟出现的几个月前，达尔文曾经写了几个小节近乎完整地对自然选择理论进行了论述。
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恰好在达尔文阅读马尔萨斯《人口论》的前一年，他就在笔记中做了如下的速记：“在漫长的时间里，每一种动物都会繁殖出上万种不同的变体（各种变体的产生可能是因为环境的关系），然而，只有那些更加适应所处环境的变体才能得以生存下来。情况是不是这样的呢？”如果想要对达尔文的这种推论做一些完善和加强，并得出一条正确的自然选择理论，只需要对他的理论公式做一些细微的调整就行了。适应良好的物种之所以存活下来，是因为这类物种在繁殖优秀后代方面占据了绝对优势。但是，因为某种原因，达尔文并不知道他已经接近了问题的答案，而后又继续研究了一年，才认为“我的新理论终于可以开始了”。
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尽管在著名的马尔萨斯顿悟之后，达尔文似乎还是不能完全掌握由自己所创立的自然选择理论。9月28日的一节日记显得特别兴奋，而且似乎正在思考衡量这项理论的基本要素：
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人口在远比25年短的时间里以几何级数增加……这种嵌入式增长的根本原因可能是为了产生一种适当的人口结构，从而可以适应环境的各种变化。在形式上，马尔萨斯展示的是人口密度对人类能量的最终效应（凭借意志力）。我们也许可以说，因为自然环境的要求，有一种类似于十万根楔木的力量，试图将每种适应的结构嵌入自然经济的空隙中，或者将那些弱者挤出去，形成新的结构“空隙”。
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但是，在随后的几天、几周里，达尔文并没有在笔记里记录下自己在这一研究问题上已经取得的分水岭式的新突破。格鲁伯注意到，就在第二天，达尔文写了一篇长日记，论述灵长类动物的性好奇问题。这一论述显然与他的新发现没有半点关系。一个多月之后，达尔文才最终找到了自然选择理论的关键规律。
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所有这一切意味着，我们不能确切地认为，达尔文恰好就是在1838年9月28日那天，突然想出了自然选择理论。我们最多可以这样认为，在1837年的夏天，达尔文开始做研究时，他的大脑里还没有完全抓住这个想法；而在1838年11月，这个想法在他的大脑中终于形成了。这并不是说历史记录中存在着缺憾。而是说，要明确无误地指定达尔文想到自然选择论的具体时间是相当不容易的，或者说是不可行的，因为这一想法并非是瞬间出现在他的大脑中的，而是随着时间的推移，像波浪一样，渐渐地流进他的思维意识里。在达尔文阅读马尔萨斯的著作之前的几个月里，我们也许可以认为，他的大脑里已经出现了自然选择理论的相关思考，只是他还无法对这一个问题作出完整的回答。这就是灵感慢慢地孕育和成熟的过程：灵感偷偷地出现，一小步一小步地前进，直到完全出现在人们的视野里。
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在达尔文为了科学研究而进行的另一个旅行故事中，这种灵感孕育的过程再次出现了。在达尔文乘坐“小猎犬号”的航行中，他在加拉帕戈斯群岛（Galapagos Islands）进行了大量的观察和调查，积累了很多的研究素材。有一点可以肯定，达尔文在加拉帕戈斯群岛发现的相关物种之间的差异性，如达尔文雀（Darwin’s finch）或加拉巴哥雀，是他在探索自然选择理论时的主要依据。但是，在1835年10月，在达尔文的航行笔记里，没有一个章节提到过与后来将要令世界得到新改变的自然选择理论相关的暗示。
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实际上，在达尔文所记录的大量航行日记中，绝大多数都是从地质研究的视角切入的，侧重于研究地质学家莱伊尔（C. Lyell，1797—1876）提出的均变论（uniformitarianism），而不是研究加拉帕戈斯群岛的那些鸟类和爬行动物（在对达尔文日记内容做的一次统计中发现，其中关于地质学的记录有1 383页，而关于生态学的记录却只有368页）。他确实以一个博物学家的视角写过不少考察日记，但是，所有与“小猎犬号”航行相关的分析与思考都是出于地质学研究的需要。对于作为生物学家的达尔文来说，他的加拉帕戈斯群岛之行只是起到了积累研究材料的作用。但是，作为地质学家的达尔文，则有意识地对自己收集的研究材料进行了处理、分析和诠释。
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根据达尔文自己的解释，达尔文雀和与之相近的物种之间的奇异之处曾经勾起了他的好奇心。但是，直到第二年的春天，也就是当“小猎犬号”在基林群岛寻找避风港后，他才慢慢开始对这一问题进行思考。在达尔文写于1837年的日记里，曾经有这样的记录：“7月份我开始写第一本关于物种变异的记录，因为自从去年3月份，我就开始对南美之行中发现的生物化石和加拉帕戈斯群岛的动物群产生了研究兴趣。这些事实（尤其是后者）是我所有观点的根源。”达尔文亲眼看到了加拉帕戈斯群岛的物种多样性，并且精确地将他观察到的各种现象记录了下来。这种记录的精确程度是空前的，但是，直到5个月之后，达尔文才意识到自己当初的记录为什么如此重要。
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摘录，让旧灵感与新思考生出新连接
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要保持新生的灵感一直存活是一个极富挑战性的难题。首先，你必须将它保存在自己的记忆里，保存在神经元组成的稠密网络里。大部分的灵感在慢慢孕育的过程中都过早地消失了，没能来得及转变成一些有用的创意。有时，你的大脑中产生了一个灵感，觉得有一条新的有趣思路可以去研究，并且认为这种研究可以帮你找到某个问题的解决方案；但是很快，你又遇到了一些更加紧急的事情要去处理，于是顾不上之前产生的灵感。这个灵感就自生自灭了。因此，成功地孕育一个灵感的秘诀就在于：要将与之相关的各种信息都记录下来。
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我们之所以能精确地追踪达尔文思想的演化，就是因为他一直保持着记笔记的好习惯。在达尔文的笔记中，记录了他在思考过程中曾经引用的各种资料，他临时产生的新思路，他曾经调查研究过并排除了错误的线索，他曾绘制的各种图表。一句话，他总是让自己的思想在笔记本上漫步。我们清楚地看到了达尔文的思想转变过程，最根本的原因就是得益于他的笔记本平台为思想提供了一个慢慢孕育、发展的空间。当达尔文的思想在大脑里出现、发展、变化的过程中，他的笔记本的作用并非只是对这些过程进行简单的抄录。达尔文不断地重读自己的笔记，发现字里行间一些新的潜在信息。在这种情况下，他的思想变化过程就像是一支二重奏的曲子，合音的一方是现在式大脑里的思考，另一方则是那些记录在纸上过去式的观察记录。在印度洋中间的某一个地方，一系列的思考让达尔文重新审视自己5个月前写下的、关于加拉帕戈斯群岛动物群的相关笔记。当他重读这段笔记时，一种新的思路慢慢在他的大脑中成形了，达尔文又记下了更多新的笔记。两年后，马尔萨斯小插曲一发生，他便完全领悟了那些新笔记的意义。
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达尔文记笔记这一习惯可以说是承袭了欧洲（尤其是英国）的一条悠久的传统，那就是保持摘录习惯。这一传统在启蒙运动时期达到最高峰，并且帮助人类取得了很多的进步。学者、业余科学家、有抱负的文人墨客，差不多所有在17~18世纪里，希望在学术研究或知识发展领域里有所建树的人们，都会随身携带一个摘录簿，在必要时记下相关的信息。那个时代的伟大思想家们，像弥尔顿、培根（Bacon）、约翰·洛克（John Locke）等，都坚信在摘录簿上记笔记可以让自己的记忆得到增强。关于摘录簿的应用，正如它的名称“摘录”一样，涉及将一个人阅读过程中碰到的有趣的、或引人思考的章节段落记录下来，以便不会随意忘记，并最终发展成为一部为个人量身定制的百科全书。这充分显示了这项工作的自助性质：保持摘录习惯，可以储备出一座属于自己的知识宝库，让我们在探索人生的旅程中，随时可以根据需要从中提取有用的信息。
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洛克从1652年开始随身携带摘录簿。那一年是他在牛津大学学习的第一年。在之后的10年里，他根据自己在摘录簿上做笔记的实践经验，提炼出一整套精妙的索引系统，给摘录簿上的内容进行索引。洛克个人觉得自己的这一系统非常有效，于是他在自己的一本经典著作《人类理解论》（An Essay Concerning Human Understanding）中，附录了这一索引系统的具体操作细节。就这一索引系统的复杂程度来说，这种方法是有些可笑的。然而，洛克突破了设计要求的限制，所创立的索引系统不仅发挥了索引的功能，而且精简到在两个页面上写完；并且可以随着摘录簿中内容的增加而扩充：
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当我遇到我认为应当加入摘录簿的任何信息时，我首先为这条信息确定一个合适的标题。假设，这个标题是“EPISTOLA”（书信），我便按照这个词的第一个字母和紧跟其后的第一个元音字母来进行索引查询。在这个例子里，便是“E.i.”。如果在标注了“E.i.”的索引条目下可以找到一个页数，我便到专门记录首字母为“E”而且随后第一个元音字母为“i”的这一页上去记笔记。我必须在那一页写上“Epistola”这个单词，再在这个单词下方写下这个标题的论述。
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洛克的索引方法曾经非常流行，以至于在这一方法出现一个世纪以后，出版商约翰·贝尔（John Bell）出版了印有如下标题的笔记本：《贝尔的摘录簿——编排格式参照洛克先生所推荐并采用的方法》（Bell’s Common-Place Book）。在这个笔记本中，共用8页介绍了洛克的索引系统：不仅可以让读者快速地找到所要查询的笔记内容，还可以完成一个更加高难度的任务，即促进读者思考与反思。约翰·贝尔出版的这个笔记本，成为18世纪后期最著名的一本摘录簿的创作思想来源。这个摘录簿的作者是查尔斯·达尔文的爷爷伊拉斯谟斯·达尔文（Erasmus Darwin），创作时间为1776—1787年。
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在达尔文人生的最后阶段，他一直致力于为自己的爷爷写一本传记。为此，达尔文从表兄雷金纳德（Reginald）处拿到了爷爷的摘录簿，并且认为这是一本“奇书”。在达尔文编写的传记中，捕捉到了该摘录簿内容多样性的特点。“里面有各式各样的设计草图和方案：改进的灯具（很像我们当代使用的调节器）；附伸缩功能的蜡烛台，可以根据需要调整到自己喜欢的高度；复写器具、织袜机、天平、 测量机等；会飞的鸟，但却不用靠自己的翅膀飞行，并提议可以用火药或压缩后的空气作为动力源。”
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摘录簿的传统隐含一种介于秩序与混乱之间、介于崇尚有条理的编排以及出人意料的新连接之间的张力。对于许多启蒙主义时代推崇摘录簿的人来说，编写系统的索引是对人们精神生活的一种隐喻。一位持不同意见的传教士约翰·梅森（John Mason）曾在1745年写道：
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如果认为找不到合适的方法去装饰自己大脑里的信息大厦，那么可以先把这些信息按照一定的分类法，在不同类别所属的位置内放置相关信息。当偶然想到或谈论某个具体主题时，就能立即求助于之前存放在此话题下的好想法。这样一来，每当提到这个话题，就会立刻闪现出相关想法，这就好像是在自己的大脑里一直放着一本摘录簿。
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其他的一些人，比如约瑟夫·普利斯特里和达尔文祖孙两人，都把自己的摘录簿当作一座存放各种各样灵感的仓库。罗伯特·达恩顿（Robert Darnton）对摘录簿中内容排列所呈现的混乱与无章，曾做了如下的描述：
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现代读者在阅读时，一般都是从头到尾顺序阅读。但与这种习惯不同，近代早期的英国人在读书时喜欢随性阅读，有时可能会在不同的读物之间进行切换。他们把所读的文本分成各种不同的片断，然后根据自己的需要将一些内容记录到摘录簿中的不同部分，从而将那些摘录的信息拼组出新的形式。当重读这些摘录的内容时，又会添加新的摘录，让这些共同拼组而成的信息地图呈现出新的图案。可以说，阅读与写作就是这样成为了密不可分的活动。阅读和写作是理解万事万物的途径。因为，我们所处的世界充满了各种符号，每个人都可以用自己的方式阅读它。通过坚持将自己的阅读所得记录下来，你便可以编写出一本只属于你的书，一本镌刻着只属于你的个人印记的书。
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每次重读摘录簿上的笔记都会发现一些全新的东西。我们会看到灵感在过去慢慢进化的过程。有一些灵感最终被证实只是探明真理前遇到的障眼法；另一些灵感则被证实为无关紧要，毫无深度；还有一些灵感慢慢演变，最终可以为它著书立说。可以说，每一次重读摘录簿，都极有可能会受到自己刚刚产生的一些思考的启发，使之前记录在册、但已经或多或少被遗忘的灵感得到复活，而且旧灵感和新思考之间可能会生出新的连接与组合。洛克方法的美妙之处在于，它将摘录簿的内容有序排列，从而方便我们很快查找到所需要的记录片断；但同时，又允许摘录簿的主体内容按照一种不规则、无规律的形式随意堆放。
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对于之前着手、但却早夭的项目中所产生的一些灵感，如果在记录的时候设置了过多的限制，那么很有可能让它们成为思维的“孤儿”。当我们再次重读一些笔记时，就很难让它们与其他灵感结合并继续生长。我们需要一种系统来捕捉灵感，但并不需要对灵感进行分类。因为类别会设置壁垒，将相异的创意限制在只属于自己的“思维孤岛”上。这是人类创新史与自然史的差异之一：群岛无法培育出旺盛的新创意。
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