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随着人们认识的动植物种类的增多，分类学也开始产生了。将各种东西加以分门别类，是一门非常古老的学问。古人所谓“方以类聚、物以群分”是长期生活经验的总结，也反映了古人分类的原则。具体到生物学上，最初这门学问的主要功能就是将常见的植物或动物区分为不同的类别，以便更好地将所掌握的生物学知识服务于生产和生活。甲骨文字的偏旁已经体现殷商时期人们的生物分类倾向（如图1.5所示）。由孔子删定的我国最早诗集——《诗》提到不少生物，其中有植物140多种，动物100多种，包括古人们日常生活中经常接触的各种生物。
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出于这个缘故，孔子强调读《诗》可“多识于鸟兽草木之名”。这里的多识“名”就有多掌握“动植物”知识的意思。因为古代的文字“象形”、“形声”方面的特征都比如今的文字要突出一些。至于为何要掌握这方面的知识，孔子没有说明。从《诗》本身的特点来说，有抒发情感的意义在内，当然也应包含用这些知识服务社会的意图，因为孔子是一位非常入世的学者。传说孔丘的学生进一步提出“格物致知”。有孔子的提倡，加上《诗》记载的这些动植物，有生动的诗句作为载体，因而由它传播的有关生物形态、习性等诸方面的知识，非常生动和易于记忆，有利于普及。加上后来孔子在封建社会中的特殊地位，使他的这番言论在古代生物学的发展中产生了非常深远的影响。后来许多学者甚至发展为多认识各种动植物，从而成为“博物君子”；甚至提出所谓“一物不知，儒者之耻”。
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值得一提的是，作解释《诗》等经典的字书《尔雅》〔5〕中，“落实”了孔子的“多识”思想，将所有的生物区分为草、木、虫、鱼、鸟、兽、畜七个门类（如图1.6所示），记载了近200种植物和300多种动物，初步形成生物分类体系。后世不断地考察、注释《诗》中的生物，以及注释、增补《尔雅》中记载的动植物，加上格物致知的需求成了我国生物学发展的一个重要源流。这方面的著作有浓厚的博物学特点。
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中国古代注重实际，注重农业的思想，推动学者寻求更多的生物资源服务于社会；受这种思想的影响，在治学中，推崇“多识”；强调“格物致知”，不但力求获得尽可能多的博物学知识，同时把探索周围世界事物的性质、活动、根源等当作获得知识的主要途径，并在此基础上发展出自己的生活智慧，服务于社会亦即所谓的“治国平天下”。上述思想和治学方式构成推动传统生物学源源不断地发展的动力。
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第二节 汉唐间的积累时期
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汉唐以来加强对南方的开发，使地方官和“南下”的学者对江南尤其是华南的生物资源给予了极大的关注，涌现了不少记述那些地方特产动植物等的“异物志”。
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一、各种“异物志”的出现
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统一中国的秦朝存在的时间很短，不久就为刘邦建立的汉朝所取代。随着国家的统一和版图的扩大，对新地域资源的了解和考察极大地丰富了人们的生物学知识，出现了一些影响深远的著作。其中一类是地方官员在新地域作考察时，对当地生物资源和社会风俗进行记叙的作品。它们通常以“异物志”、“水土记”等为名。所谓“异”就是不同于以前史籍如《尔雅》等书描述过的东西，或者说是中原地区学者所未知的产物。这类著作由于介绍的是前所未见的新资源，因此，在介绍具体的各种新生物时，经常包含对这些生物形态、习性和分布特征的细致描述，从而起了很好的传播生物学知识的效果。东汉时期，杨孚的《南裔异物志》开了记述南方珍奇动植物种类和用途志书之先河。稍后万震的《南州异物志》、沈莹的《临海异物志》也都有不少南方生物的记述。进入晋代和南北朝时期，则有分别由顾微和裴渊作的《广州记》、分别由刘欣期和陈祁畅作的《异物志》、魏完的《南中八郡志》，以及郭亦恭的《广志》和周处的《风土记》等等。虽然这些著作大多未能完整地流传下来，但其相当部分的内容保存在《齐民要术》和后世各种大型的类书当中。
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这些著作的突出特点是因所记生物一般具有动植物颜色、大小、形状、性状描述，而且经常用类比，并形成一定的风格。因此这些著作的出现不仅使人们认识的生物种类大为增加，眼界迅速开阔，而且也为后人对生物进行描述时提供了很好的范例。例如三国时期万震的《南州异物志》是这样记述“甘焦”（即香蕉）的：“甘焦，草类，望之如树。株大者，一围余。叶长一丈，或七八尺，广尺余。华即花大如酒杯，形色如芙蓉。茎末百余子（即果实），……此蕉有三种，一种子大如拇指，长而锐，有似羊角，名羊角蕉，味最甘好。一种子大如鸡卵，有似牛乳，味微减羊角蕉。一种蕉大如藕，长六七寸，形正方，名方蕉，少甘，味最弱。”从中可以看出，作者首先描述植物的外部整体形态，茎的大小，叶子的粗细，花的大小和颜色，以及根的形状和果实的形状等等。古代学者描述植物大体都是以类似的方式进行的。又如徐衷的《南方草物状》是很有特色的一本博物学著作，其中记载植物的方式很规范。还有非常重要的一点是，它们的产生比以前类似的作品《禹贡》等有关生物的内容更加具体化而丰富了，换言之，它们更像博物学著作了，因而一直影响着后人朝这一方向发展。这些作品体现了封建官吏向社会介绍和推荐各种经济动植物的热情。这种现象有些类似近代西方的领事馆或医生热衷著述新到地方的博物学书籍。
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两汉时期的农学著作如《氾胜之书》、《四民月令》等涉及的生物种类要少一些，但还是涉及不少农作物及相关的生理和遗传育种知识。另外，南北朝时期的《齐民要术》中也包括大量的生物学内容，其中包括提到北方各种类型的农作物，作物的变异和发酵的温度控制等等。特别值得注意的是，《齐民要术》中第十章收集了大量由方志著录的植物，对后世的本草学和农学著作保持相关资料，留供后人参考起了良好的示范作用。
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二、本草学和园林植物著作的涌现
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这一时期本草学著作开始发展起来。药物学体现了当时人们对药用动植物的辨识。对这类知识进行全面总结的作品就是各种“本草”。本草一词最早见于《汉书》，该书记载西汉的时候，从事这方面工作的已经是一项与“天文”、“历算”和“小学”平行的专门职业。我国古代之所以将药物学著作称为“本草”，是由药物主要为植物这一特点决定的。《说文解字·草部》：“药，治病草”的条文，很好地解释了这一点。在汉代，人们积累的药物学知识已经非常丰富，20世纪70年代在湖南马王堆西汉墓出土的医书中已经提到200多种药物。
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前面提到神农尝百草的传说，后人在这个传说的基础上，将神农说成是我国药物学的始祖，我国已知最早的本草学著作也被冠名为《神农本草经》（如图1.7所示）。它约写成于东汉年间，收录360余种药物，根据药物的性质和功能分成上中下三类。其中记载了200多种植物药和数十种动物药。从其内容可以看出，日常中主要的粮食和蔬菜及果树都被当作药物，可见在古代中国，药物和食物是同源的。这种类型的著作集中记述可用于治病和食用的动植物，而且随时间的推移，生物种类不断增多，内容不断充实，因此在古代的生物学知识的积累方面有重要的意义。
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南北朝时期我国的本草学也很发达。这一时期出现的陶弘景《本草经集注》是历史上著名的药物学著作。陶弘景，字通明，生于刘宋孝建三年（公元456年），卒于萧梁大同二年（公元536年）。丹阳秣陵（今江苏句容）人。他是南朝的著名医学家、道教徒。《本草经集注》在《神农本草经》360余种药物的基础上，根据以往名医新用的药物增添360余种，使全书记载的药物达到730种左右。在分类上突破传统的三品分类法，参考《尔雅》的分类模式，“分别科条，区畛物类”，按药物的本身自然属性先分成玉石、草木、虫兽、果菜、米食和有名未用等七类，然后在每类中再按功效分上、中、下三品，这样的分类方法既系统地整理了以前散乱的药学资料，发展了《本草经》的药品分类原则，又建立了新的分类和编写体例。书中已经开始对药物有一些形态学的描述，也包含不少作者的生物学习性观察，如作者注意到土蜂将卵寄生在捉到的蜘蛛体中。这在生物形态学等的发展方面有重要意义。
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两晋南北朝时期，由于社会动乱、政治腐败，人们普遍丧失安全感，为了保全自己的生命，这一时期崇尚清谈的新道家以寄情山水的方式来逃避现实，无形中与大自然有更亲密的接触，对自然的生物的观察方面体现出很高的兴致。典型的特征是这一时期有关动物的小赋很多，其中不乏很有生物学价值的作品。
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历史学家都知道，两晋时期统治阶级极端重视出身门第，修家谱之风盛行，这也在一定程度上影响了人们对专门植物的记述方式。当时的学者戴凯之就是一个明显的例子，他的《竹谱》以非常具有时代特色的文体（骈体），对我国南方各地普遍分布（以南方种类居多）、在生产和生活中用途极为广泛的一类植物——竹子作了系统的介绍，共计36种。在某种意义上类似于一种便利的专门类型的生物学知识手册，开了我国古代专门植物著作之先河。
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另一方面，在南北朝时期，伴随园林艺术的发展和学术的深化，又开始出现一些类似《魏王花木志》园林花木类著作。该书记载的是园林花卉，原书没有保存下来〔6〕，但见于当时的农书《齐民要术》等的引用。它是这种类型著作的嚆矢。
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三、“经学”影响下的生物学知识积累
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这段时期，出现了根据对《诗》中出现的生物种类的别名、形态、习性和产地作解说的著作。这是因为，孔子的话导致人们格外重视其中生物的解说。《诗》是古代社会重要的教化启蒙著作，其中的生物学知识当然也就成为人们必须掌握的基本常识。另外，因为随年代的逝去和生物名称的变化及文字的进化，这种注解式的作品是非常必要的，它可以使人们在学习《诗》的时候更好地掌握其中的生物学内容。这样一来，物种的考释就变成许多学者关心的问题。在《诗》变成儒家经典之一后，更是如此。西晋陆机作的《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》是其中的代表（如图1.8所示）。
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