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除上面这些突出的作品之外，明清期间还有一些非常出色的园林植物的专著，著称的有《亳州牡丹述》、《学圃杂疏》、《花镜》、《北墅抱翁录》、《花史左编》、《植品》、《茶花谱》、《荔枝谱》、《菊谱》、《菊说》、《凤仙花谱》等。其中《学圃杂疏》记载了大量的花卉园艺植物，详细地提到了它们的配置。《北墅抱翁录》则对很多园林观赏植物的形态特征作了详细的描述。特别是各种花卉的观赏价值、特点都有很深刻的阐述，颇具我国古代学术的入世特点。
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这一时期主要以资料汇编为主的植物学类书有《群芳谱》、《广群芳谱》。比起宋代的《全芳备祖》来，这两部书不但收录的植物种类要多很多，而且内容丰富得多。《群芳谱》共收载植物275种，分为“谷谱”、“蔬谱”、“果谱”、“药谱”、“木谱”等若干部类。书中的内容除录自前人的著作外，也有部分是作者自身经验的总结。书中收录了植物的栽培、育种、嫁接等方面的丰富资料。《广群芳谱》全书100卷，收录植物约1400种。仅从这种数量的比较中就能从一个侧面看出人们积累的园艺生物学知识比以前丰富得多。
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二、动物学著作
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这一时期产生了不少很有特色的动物学著作如《闽中海错疏》、《谭子雕虫》、《记海错》、《朱砂鱼谱》、《白蜡虫谱》、《虫天志》、《鸽经》、《鸡谱》等，其中比较出色的是《闽中海错疏》和《谭子雕虫》。前者是专门记述鱼类等水产动物的专著，首次记述了250多种的福建水产动物，涉及形态、生存环境、产地等，有些记载非常清楚、准确。后者记述了62种“虫”，连同附录的近百种。它们不像此前的一些谱录性质的著作，如《蟹谱》或《促织经》，仅涉及范围很窄的动物类型；篇幅也比《禽经》等动物学著作大得多。更为突出的是，作者对描述对象有很细致的考察。特别是《闽中海错疏》一书，与此前的植物学著作《救荒本草》相似，很少引经据典，主要根据自己的考察，简明地将有关动物加以描述。这清楚地反映出人们已经深化到某些比较大的专门领域开展有成效的研究。
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这一时期类似于动物学的著作也不少。如《兽经》、《蠕范》、《虫荟》等等。王世懋的《兽经》记载收录各种兽类约50种。《蠕范》全书分为8卷，记载了“禽属”101种，“兽类”106种，“鳞类”（包括鱼、蛇、两栖类）105种、“介类”（包括两栖、节肢动物和软体动物）19种、“虫类”87种。总共记载动物400多种。《虫荟》记载虫类更达1000多种。这说明，人们对动物学的知识给予了更多的重视，并且有了相当的积累。虽然，这些著作类似于工具书，其学术价值也远不能和同一时期的《植物名实图考》等植物学著作相提并论。但应该看到此前很少有这类大量记述动物的专门作品出现，充分显示了这一时期动物学的进步。
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三、一般生物学著作
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明清期间解释经典中所及生物的著作也出现了一些有功力的作品，比较出色的是《毛诗名物图说》。此书充分利用了前人相关的研究资料，并加入一些自己对《诗》中动植物的见解。所附的图也有一定的学术价值。全书共记载动植物计255种，堪称是对前人对《诗》中动植物研究的一项有意义的总结。另外，由各种花卉专谱、专录发展而来的综合性作品也颇有值得称道的著作。其中作为观赏园林动植物的专门著作，《花镜》是出类拔萃的。
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《花镜》全书共六卷，分别为花历新裁、课花十八法、花木类考、藤蔓类考、附禽兽鳞鱼考。记述了观赏植物的花事月令、形态特征、生态环境等等。此外还涉及一些庭园设计、植物配置、插花技艺等方面的内容。书中记载了观赏植物352种、观赏动物40种。书中还有不少植物和动物的插图，这些插图艺术价值较高，有些也比较准确。顺便指出，中国被西方人称为“园林之母”，不是浪得虚名，确实是由于花卉种类繁多、栽培驯化品种丰富的缘故。
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作为地域性的一般生物学著作，《海错百一疏》也是一本很有特色的生物学著作。它的作者郭柏苍似乎是一个颇为留心福建生物资源的人，除本书外，他还写过《闽产录异》，其中记述了大量的各种福建产的生物。《海错百一疏》的全书5卷中，记载的主要是动物，其中包括福建水生动物200多种，以及不少水鸟，也记载了不少水生植物；尽管记载的水生动物不是很多，只有数十种，但仍是很值得注意的，因为这类动物在古代很少见于古人记述。
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除上述类型的生物学著作外，明代还出现类似博物学著作的《华夷草木鸟兽珍玩考》等等。
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《华夷花木鸟兽珍玩考》也是以前比较少见的博物学类型的著作，此种著作比较接近于资源调查性质。作者也大力表白这一点。但可以看出，其求实方面远无法与《救荒本草》、《植物名实图考》，抑或《闽中海错疏》等相提并论。更多的是靠撮集前人的资料拼凑成书，尽管如此，该书还是颇值得注意的，主要是其内容还是相当丰富的，全书12卷，近20万字，收有动植物记述1400多条。清代也有更为典型的生物学类书，如吴宝芝的《花木鸟兽集类》等等。
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上述生物学著作中除记述了大量的植物种类之外，还包含着大量其他生物学知识。如明代夏之臣的《亳州牡丹述》中提到，“牡丹其种类异者，其种子忽变者也”，注意到植物的突变。《朱砂鱼谱》，书中记述了金鱼的形态、品种、遗传变异和人工选择和生活习性等等。另外，《鸡谱》中也包含着丰富的生物遗传知识的实际应用。在遗传学史上有重大的意义。
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从上面简单的论述中，我们不难看出，明清时期的生物学发展是非常显著的。当然这一时期还有众多的其他相关著作也反映了类似的情况。
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四、明清的本草学著作
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明清期间产生了众多的本草学著作，其中以李时珍的《本草纲目》影响最多，包含的动植物知识也极为丰富。该书记载1800多种药物。这部著作的一个突出特点是在动植物的分类方面，打破以往的功能分类法，而更换为以形态、性味、生境和用途为依据的分类方法。被认为是林奈以前最后的分类系统。文字中关于动植物的名称来源，以及形态、习性和生态，以及遗传等方面的描述都比以前的本草著作准确、详细得多，而且纠正了许多前人的错误。因此，有人将《本草纲目》称为“格物的通典”。就其所处的时代而言，其表现的生物学成就在国际上也是比较突出的。
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另外，像卢和编的《食物本草》、李中立的《本草原始》都是图文并茂，在生物学上有一定价值的作品。清代的本草学著作则以《本草纲目拾遗》最具学术价值，该书纠正了不少《本草纲目》中的谬误，记载了许多以前未见记载的药物。
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在明清期间，一些重要的科学技术著作中也包含有丰富的生物学内容。如《天工开物》中就包含有丰富的家蚕育种和应用微生物方面的知识。而《农政全书》则有关于蝗虫的生长发育和习性及危害地区的细致记载，其中对白蜡虫生活习性的记述也比以前的著作更深刻。
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在地区性大型真菌的调查利用方面，明清较宋元时期又有了进一步的发展。如清代的《吴蕈谱》就是一部有重要科学价值的作品，记载各种食用菌40多种，比较详尽明晰，考订诸品名实，也时有新见，不论科学性和实用价值皆超出宋代的《菌谱》。
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明清时期，《草木子》、《鸡谱》、《慎言·道体篇》都记载了许多遗传学知识。如《慎言》的作者王廷相认为，人的形貌遗传具有连续性。指出：“人有人之种，物有物之种。……草木有草木之种，各个具足，不相凌犯，不相假借。”认为遗传的稳定性和独立性是由“种”（遗传物质）决定的，在一般的情况下不受其他物种的影响。明清时期，我国的免疫学和解剖学都取得了相当的成就，明代隆庆年间，安徽宁国已经出现预防天花的种痘技术。而清代的《医林改错》一书则对前人在解剖学存在的错误作了不少纠正。
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明清时期生物学的发展，是基于生物学各个方面学问互相渗透、相辅相成的基础上向前迈进的结果。譬如本草著作常常将“异物志”和相关“释经”著作的内容纳入书中。而学术的进步和知识积累的增加又导致博物学或应用动植物学到“普通生物学”的迈进（从特殊到一般）。而这种“迈进”也是当时学科发展深化的结果。具体表现出著作更加广博、专门化。以《植物名实图考》为例，从其名称也可看出受“循名责实”著作的影响，“图考”可能受《尔雅音图》、《图经本草》的启发。学术思想更是有了全面的发展，作者的着眼点已经在“植物”的本身。当然他有浓厚的资源利用思想。《植物名实图考·叙》有这样一段话：“先王物土之宜，务封殖以宏民用，岂徒入药而已哉！衣则桑麻，食则麦菽，茹则蔬果，材则竹木；安身利用之资，咸取给焉。群天下不可一日无，则植物较他物为特重。”很显然，他的著作是在综合前人工作的基础上创新的结果，记述的植物种类也达到空前的1700多种。明清时期生物学的发展正是一批学者在不同领域努力综合前人的工作并使之在学术上深化的结果。
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