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例如无论是中医业内人士还是一般民众，对于“五味”（辛甘酸苦咸）学说无疑都不陌生，但却很少知道《周礼》中作“六味”，即还有一个“滑”，功能是“养窍”（疏通孔窍）。由于不知，便无法理解《黄帝内经》中为何用千里之外流水煮秫米粥，治疗认为病因是由阴阳、脉道不通引起的失眠；无法理解马王堆汉墓出土的简帛医书为何用米汤治疗小便不通。当然，这些基于“类比”思维构建的治疗方法不可能有效。后来换成用滑石粉，因能提高渗透压、抑制肾小球的二次重吸收功能而确有极强的利尿功能，但其理论基础还是基于“滑”的属性。
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尽管在当今中国社会的自然科学领域内，中医无疑是使用古代知识最多，甚至往往会因此而受到世人的讥讽，但要作到真正理解中医，其古代文史知识绝非太多，而是不足。同时，在这一层面上还应该包括对其基本哲学思维的深刻理解。前面业已谈到的、中医认为最能体现自身特点与优势的“辨证施治”问题便是一个最为典型的例子。由于人体与疾病的复杂性，所以实际上在现代医学与“科学”间也存在着一定的矛盾。贝尔纳在《实验医学导论》中强调，尽管医生们常常对他说，医学中有太多的特殊性，但他还是认为：既然是科学，便不能有特殊。这一科学的常识与规范，使得中医活的灵魂——辨证施治的原则处于十分尴尬的境地。中医认为：世上没有两个完全相同的人，也不会患相同的病，所以便没有一成不变、可以重复的治疗方法。尽管实际上并没有这样严重——中医们也同样在使用着一些固定不变的方剂，但在理论上确实如此，在临床上也存在着需要针对某一具体病人随时修改变化处方的可能。这就与科学所强调的“可重复性”发生了根本的冲突。其实要想说清这个问题并不困难：
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首先，中医认为不可重复的原因之一，是认为治疗的对象是“人”，而不是将人视为“疾病”的载体。与人不同，治疗当然不可能重复。就观念而言，中医比西医占有优势。
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其次，然而从另一方面讲，虽说没有绝对的相同，但大多数情况下只是量的差异。所以中医才能总结出一些基本的治疗原则、久试不爽的固定方剂，“成药”才能不断生产。因此中医的治疗并非绝对不能重复。
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最后，能不能重复的问题，完全是在不同“常识”背景下，因“同”、“异”的判断标准不同而引发的风马牛之争。中医眼中的“同”，未必具有相同的症状表现；中医眼中的“异”，按照现代医学的诊断却可能是一种病。所以当我们以症状表现或现代医学作为“同”、“异”标准时，则视中医不仅有“不可重复”的问题——“同病异治”或“异病同治”的怪举。《三国志》就是以这两方面的例子来刻画华佗的神医形象的。但如果以中医病因病理学的认识为“异”、“同”标准的话，那么中医当然也是“同病同治”、“异病异治”。
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在这方面中医界人士最爱举的一个例子是上世纪中叶先后两次脑炎流行时，西医大夫照搬前次流行时中医使用的有效方剂而没有效果；后有中医建言其他方剂而收功的例子。其原因便是在西医看来两次的疾病流行完全一样——都是致病微生物引发的脑炎；而在中医眼中，由于天时地利不同，病因方面存在着“湿”、“热”比重不同的差异。又如市售的“补中益气丸”，原本是享“金元四大家”之誉的李东垣用来治疗胃病的，但当代医家却屡屡报道可以用其治疗贫血、神经衰弱、脱肛等疾病。这是因为在中医看来，这些疾病虽然表现各异，但病因、本质却是相同的。这样的事情天天发生在患者身上、医院之中，普通到不能再普通的地步。遗憾的是，我们的西医大夫虽然有幸生活在西方医生无缘接触的东方文化环境中，但却视而不见。总是希望从“中医学宝库”中发现治疗某种疾病的有效药，一成不变地使用下去。
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在此基础上才有可能谈得上第二个层面，即对中医的“学”与“术”有具体的理解。所谓“学”，即理论；所谓“术”，即治疗技艺。这实际上已经属于学科内部的具体知识了，正像非医学专业之人并不了解抗生素何以能够杀灭细菌，磺胺类药物的消炎机理又与抗生素有何不同一样，非中医专业人士也完全没有必要掌握这些具体的知识。然而有意思的是，正是因为中医知识体系发展过程的漫长岁月中，始终都没有现代自然科学知识的参与，这一基本属性决定了只要你是“秀才”，便不难理解甚至是掌握这些基本知识，而且远比掌握现代医学知识容易得多。更有意思的是，实际上中医自己也并不了解其知识体系的客观基础是什么。就构成中医理论与治疗两大方面的“针灸”与“药物”而言，迄今尚不明了针灸能够治病的客观机理是什么，更没有弄清与这种疗法密切相关的“经络”实体是什么；在药物治疗方面，虽然“有效成分”的研究已经开展了几十年，但距离解释中药的作用机理，尤其是多种药物构成的“方剂”，却还有很长的路。
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中医之所以能够在不知其“所以然”的情况下，灵活、有效地使用针灸或药物达到治疗目的，最根本的原因在于从病因、病理，到治疗方法与药物，采用的是一套相互衔接的概念构成的完整体系。简单说，即疾病的属性与药物的功能能够相互对应。例如用具有“解郁”功能的“逍遥丸”治疗“肝郁气滞”造成的“头痛”，其中的“肝”、“气”，是生理学范畴的概念；“郁”、“滞”，是病因与病理学范畴的概念；“解郁”，是治疗学与药理学范畴的概念。而如果深究为什么要用若干种药物组成具有“解郁”之功的“逍遥丸”，则又涉及一系列的理论与概念。例如肝、脾分属五行中的木、土之性，木克土衰，扶土（脾）可以抗木（肝），所以组方中要使用并不直接作用于“肝”，而是具有“健脾”作用的茯苓。如果再追问茯苓何以能“健脾”呢？则又回到了最基本的类比思维：茯苓生于千年松柏之下，得“土气”之精华，所以能够补“土”（脾）。
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这些当然不是“科学”，但只有了解这些才能“理解”中医在面对新的疾病时，何以不需要根据具体的直接或间接经验便能够处方用药。其原因即在于中医学已经不是纯粹的经验医学，而是能够根据疾病的表现（症状），运用自身的理论与药物处理问题的知识体系了。至于说何以如此不科学的知识建构，却能治疗实实在在的疾病，则又是另外的问题了。破解这些“奇妙”现象背后隐藏的真理，正是科学研究的任务，也正是最高层面上的理解——唯有通过现代科学研究才能知其所以然。例如上面提到的滑石粉因能提高渗透压、抑制肾小球的二次重吸收功能，所以确有极强的利尿功能的例子便是如此。
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问题至此仍然没有结束，以阴阳学说为基本思维工具来审视健康、疾病，实施医疗行为的中医，在总体上确有抓住因果两端而不问其间作用机理、变化过程的特点，即所以被称为“哲学医”的原因所在。但如果我们承认：人类的认识，永远不可能彻底穷尽构成“因果链条”的所有环节，一个“黑箱”打开之后，看到的又是无数的“黑箱”，那么这种抓住因果两端解决问题的方法便永远不会过时。这才是中医学最根本的价值所在，而不在于一招一式的优劣短长。实际上中医并非不想说清其过程，以捍卫与证明自身的“科学性”，特别是在当今社会中，这种需求尤显必要。然而为何做不到，恰恰正是因为老一代中医不了解包括医学在内的现代生命科学知识；新一代虽然学了一些，但尚没有达到在自己的内心中真正理解两种医学知识体系各自的特点并尽可能地融会贯通。就客观条件而言，现代生命科学知识确实还没有发展到足以解释所有复杂生命现象的水平；从主观上讲，业内人士虽因仍旧学习与使用古老的知识体系而呈现“古董”形象，同时又因不同程度接受现代医学教育而受到“违背正统”的指责，但实际情况是对任何一种知识体系的了解都嫌不够，所以也就不可能自觉地利用现代科学知识，解释那些经过实践证明为“真”的中医知识的“何以然”；或是历史地说明“何以伪”。由此不难看出，古代文史、中医和现代生命科学三方面的知识对于真正理解中医是何等必要与重要。某些知识对于一个临床医生来说属于可有可无的个人修养，但对于研究中医、希望真正理解中医的人来说，就绝非如此了。
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五、基础理论
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以默顿《十七世纪英国的科学、技术与社会》（1938年）为代表的科学社会学，在20世纪70年代后，出现了一个重要的变化。这就是伴随着西欧构建主义的兴起，科学社会学的研究重点发生了转向——不再围绕在“科学”周围，而是直指“科学知识”本身。他们认为：科学知识是由人们社会性地构造出来的；在这一构造过程中，自然界并不起什么作用。建构主义科学社会学的观点无疑存在着极端化的偏激倾向，但却可以借鉴其观点来观察与分析传统医学。古代的“科学知识”无疑要比现代科学更少一些“实证”的味道，更多具有“建构”的性质。但同时又必须看到，中医正是在这种“建构”的理论指导下从事医疗活动，如何评价这些理论的价值，绝非易事。
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1．阴阳五行学说
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说起“阴阳五行”，中国人都不会感到陌生。但真正了解这样一种与中国传统文化方方面密切相关的理论发生、发展的历史，以及这种理论与中国传统医学关系的人，或许就不是很多了。首先，从源流的角度讲，“阴阳”、“五行”原是两种独立的学说。从学术价值的角度讲，阴阳学说是中国古代先哲思维活动中最富哲学味道的理论构想，李约瑟《中国科学技术史》称此为“古代中国人能够构想的最终原理”。
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就对医学发展的影响而言，阴阳学说要早于五行说。在先秦遗存的医学史料中，几乎看不到五行学说的深刻影响，而阴阳之说在解释疾病生成、人体生理等方面则已得到某种程度的运用。甚至可以说，在理论层面上，中国传统医学正是由于有阴阳学说作指导，才能成为“至今仍然存活，无法被近代西方医学全面取代”的唯一“古代科学”。为了便于理解，我们以一根数轴上的“0”点代表健康状态，两边无穷多的数字则是千奇百怪的疾病或症状表现。随便选一个数字，例如“5”代表感冒的话，那么中西医最大的区别便在于中医为各种疾病都加上了一个或正或负的属性（例如《伤寒论》按照三阴三阳区分疾病属性时谓之：实则太阳，虚则少阴；实则阳明，虚则少阴），所以治疗方法也就自然会有截然不同的两种——但目的却是一个：将失衡的状态调整到“阴阳平衡”的中点。又如中医治疗失眠有“实证”（+）清热泻火，“虚证”（-）补气补血之别；西医则只有“失眠—安眠药”一种疾病与治疗药物的对应。对于亢奋者来说，由于安眠药能使其从偏离“0”的右侧向中间运动，所以具有一定的合理性；但对于神经衰弱者而言，使其从“0”点的左侧继续向左移动是否合理，便是不言而喻的了。
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然而阴阳学说的这种哲学思辨性却不是与生俱来的。在其诞生之初，不过是用于表述四季寒暑自然变化，即所谓“四时之序”。天地万物本源的一体之“气”，两分为阴阳（寒暑）；阴阳又分为少阳、太阳、少阴、太阴，看上去是“一分为二”并不断“一分为二”的哲理使然，但实际上太少阴阳之分，不过是春夏秋冬的属性而已。研究“四时之序”，论说统治者应当如何顺应自然来施政，乃是先秦“阴阳家”的学问与立身之地。医家接受这种学问，便有了《黄帝内经》“四气调神大论”所述春生、夏荣、秋收、冬藏的养生之道。
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阴阳、五行两种学说在漫长的历史时期中出现过一个有趣的变化：当阴阳可以不断两分的对立属性被人们更多利用后，阴阳之气周而复始的“循环”属性反而日渐淡漠了；而原本用于分“类”、定“性”的五行学说反而因相生、相克之说的盛行，成了循环观念的典型代表。
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