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另外，还是由于外在形式的相似，导致人们普遍接受形如石刀的“砭石”是金属针具前身的观点。但从马王堆出土医书中所言的那样：用砭石割痈排脓，必须注意二者的大小配合问题；《黄帝内经》则提出：来源于东方的砭石技术，适宜治疗痈疡；来源于南方的小针技术，适于治疗肢体痉挛、疼痛麻痹、运动障碍；并且概括药、针、石三者的用途为药物治疗内部疾患，针、石治疗外部疾患，可知“砭石”并非金属针具的前身，而是外科刀具。而针、石并称的原因在于，其用途都是治疗相对于五脏六腑之“内”而言的“外部”疾患——即从皮肤到筋脉层次的疾患。
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再者，即便是在“针”的家族内部，也还是包含着按照现代观点当属“外科刀具”与“针刺用具”的不同成员。这个家族，就是《黄帝内经》中所说的“九针”。其中的“铍针”是外科刀具，“毫针”才是名副其实的针刺用具，而头如卵形的“员针”则当称为按摩用具。因此，只有将早期的针灸之术纳入“外治法”的范畴，才能真正理解这种疗法的起源与原始本貌。
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早期的“外治法”的分化，符合现有定义之针灸疗法的形成，应该有两方面的主要动力：一是需要使用“刀具”的治疗技术趋向独立，尽管这方面的发展在中国极为缓慢；二是着眼于“脉”之疾患的部分趋向独立。因为“脉”不仅本身有多种疾患需要治疗，而且是气血运行的通道，相互贯通并与内脏相连，所以针体细小、操作缓慢、在体内有一段“留针”时间的毫针，便具备了发展成调节气血、内（脏腑）外（经脉）兼治之独特治疗方法的理论依据。
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由于各脏腑及用于针灸操作的大部分穴位均分别与某一经脉相连，躯体的各部分也按照“经筋”、“皮部”分属于某一经脉，因而经脉学说便与针灸疗法形成了最直接、最密切的关系；同时，某一腧穴的治疗功能，又往往会成为独立的经验性知识。因而整个针灸疗法体系，始终包含这两种相辅相成的知识内容；就临床实用而言，后者往往更为重要——因为并非在某一经脉上，或从属该经脉的某一穴位上施以针灸刺激，便能收到同样的治疗效果，而是一定要取某一特定的穴位。例如颜面侧部有“手阳明大肠经”通过，所以口眼歪斜（面神经麻痹）时当取该经脉的穴位进行治疗；但只有取从属该经脉的“合谷”穴才有明显的治疗效果，并非该经脉的任一穴位都能选用。又如“足三里”作为胃肠道疾患的特定治疗穴位，也是如此。古代医学著作中，以口诀提示了这两个穴位的独特治疗功效：“肚腹三里留，面口合谷收”。现代科学研究用红外线摄像方法证实：针刺“合谷”后，面部的血液流量增加、温度升高；外科急腹症的研究中证实：在胃穿孔、肠梗阻等情况下，通过电针长时间强刺激足三里，能促进大腹膜向穿孔部位的包裹运动，或肠蠕动增强，因而有时可以免去“一刀之苦”。但有关的科学研究，尚无法说明：何以针刺合谷，颜面的血流会增加；针刺足三里，胃肠道何以会有上述运动。
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2．方药
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医生使用药物治疗疾病，犹如将军指挥士兵打仗，故古人有“用药如用兵”之论；用兵与用药，都既有“单刀直取”的精彩战例，也有协同攻击（与攻疾）之法；而处方中用药过多者，则又被喻为“如韩信点兵，多多益善”。打仗需灵活指挥，但其中含有排兵布阵的基本章法；医家需辨证施治，但组方用药也有一定的规矩准则。按照一定的理论或屡试不爽的经验确定下来的药物配方定式，称为“方剂”；按照这些定式制成丸、散、膏、丹出售，谓之“成药”；参考定式加减化裁，手书一纸，令患者到药铺抓药，便是“处方”。而有关如何配合用药、制定方剂的原则，或对已有方剂的分析、如何变化使用等等的论说，便构成了用药原则、组方理论或现代中医的“方剂学”。
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《黄帝内经》中只有十几个简单、完全不可用的原始药方（如用头发、鸡屎等），但却有至今仍作为中医教学内容的三种“方剂学理论”，即君臣佐使、七方、气味配合之说。
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君臣佐使，是说药方的构成包括：针对疾病的“君药”、辅佐的“臣药”、传达旨意的“使药”。由此又关联到“七方”之说，即一个药方的构成，可以是一君二臣的“小方”、一君三臣五佐的“中方”，也可以是一君三臣九佐的“大方”；因组成药物的数目而有一君二臣的“奇之制”，二君四臣的“偶之制”；因药物气味厚重的“急方”，和淡薄的“缓方”，以及并用的“重方”。
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这些理论并非来源于实际治疗的经验总结。例如说“攻下之法不用偶”，而《伤寒杂病论》中的峻下之剂“大承气汤”正是由偶数药物组成；又说“奇之不去则偶之”，则奇偶之分也就没有什么意义了。再者，“应臣之谓使”，“引导君药直达病所”上述三段引文中只有一处提到“使”的定义——且不说这与通常所谓的解释不符，还应看到：实际上“引经药”的使用是金元时期才出现的事情。所以可以认为，无论是“君臣佐使”说本身，还是“大、中、小”和“奇、偶”之制中的君药、臣药、佐药的数目，无非都是比附人间社会的空中楼阁。然而当代学人却认定这就是《伤寒杂病论》诸方剂制定时所依据的法则。例如《中医学概论》中是这样分析的：
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麻黄汤的组织
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君—麻黄（发汗解表）
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臣—桂枝（助麻黄发汗解表）
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佐—杏仁（助麻黄平喘）
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使—甘草（协和诸药）
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调胃承气汤的组织
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大黄 君—清热攻里
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使—自入肠胃
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芒硝 臣—咸寒软坚润燥
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甘草 佐—缓和硝黄峻泻，有调胃、润燥作用。
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换言之，一个方剂中不管有几种药，都会被分列到君、臣、佐、使四项之下；反之，这四项也必须有对应的药物，哪怕只有两种或三种药。较为注重客观事实的学者对于这种论说虽然大多采取皮里阳秋——不加直接否定的态度；他们在论说方剂学理论的发展历史时，虽然也可能会提到今本《黄帝内经》中的“君臣佐使”说，但基本上是认为要到宋代以后才有真正的方剂理论与实际应用。只有那些盲目尊古者才会给出这样类似的评价：即以现在配制方剂的水平来衡量，它不仅毫不逊色，甚至说某些配方，还不曾达到这样高的水平。客观地讲，这种理论所具有的积极意义，在于使人懂得组方用药必须注意主次之分与相互配合。