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由于各脏腑及用于针灸操作的大部分穴位均分别与某一经脉相连，躯体的各部分也按照“经筋”、“皮部”分属于某一经脉，因而经脉学说便与针灸疗法形成了最直接、最密切的关系；同时，某一腧穴的治疗功能，又往往会成为独立的经验性知识。因而整个针灸疗法体系，始终包含这两种相辅相成的知识内容；就临床实用而言，后者往往更为重要——因为并非在某一经脉上，或从属该经脉的某一穴位上施以针灸刺激，便能收到同样的治疗效果，而是一定要取某一特定的穴位。例如颜面侧部有“手阳明大肠经”通过，所以口眼歪斜（面神经麻痹）时当取该经脉的穴位进行治疗；但只有取从属该经脉的“合谷”穴才有明显的治疗效果，并非该经脉的任一穴位都能选用。又如“足三里”作为胃肠道疾患的特定治疗穴位，也是如此。古代医学著作中，以口诀提示了这两个穴位的独特治疗功效：“肚腹三里留，面口合谷收”。现代科学研究用红外线摄像方法证实：针刺“合谷”后，面部的血液流量增加、温度升高；外科急腹症的研究中证实：在胃穿孔、肠梗阻等情况下，通过电针长时间强刺激足三里，能促进大腹膜向穿孔部位的包裹运动，或肠蠕动增强，因而有时可以免去“一刀之苦”。但有关的科学研究，尚无法说明：何以针刺合谷，颜面的血流会增加；针刺足三里，胃肠道何以会有上述运动。
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2．方药
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医生使用药物治疗疾病，犹如将军指挥士兵打仗，故古人有“用药如用兵”之论；用兵与用药，都既有“单刀直取”的精彩战例，也有协同攻击（与攻疾）之法；而处方中用药过多者，则又被喻为“如韩信点兵，多多益善”。打仗需灵活指挥，但其中含有排兵布阵的基本章法；医家需辨证施治，但组方用药也有一定的规矩准则。按照一定的理论或屡试不爽的经验确定下来的药物配方定式，称为“方剂”；按照这些定式制成丸、散、膏、丹出售，谓之“成药”；参考定式加减化裁，手书一纸，令患者到药铺抓药，便是“处方”。而有关如何配合用药、制定方剂的原则，或对已有方剂的分析、如何变化使用等等的论说，便构成了用药原则、组方理论或现代中医的“方剂学”。
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《黄帝内经》中只有十几个简单、完全不可用的原始药方（如用头发、鸡屎等），但却有至今仍作为中医教学内容的三种“方剂学理论”，即君臣佐使、七方、气味配合之说。
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君臣佐使，是说药方的构成包括：针对疾病的“君药”、辅佐的“臣药”、传达旨意的“使药”。由此又关联到“七方”之说，即一个药方的构成，可以是一君二臣的“小方”、一君三臣五佐的“中方”，也可以是一君三臣九佐的“大方”；因组成药物的数目而有一君二臣的“奇之制”，二君四臣的“偶之制”；因药物气味厚重的“急方”，和淡薄的“缓方”，以及并用的“重方”。
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这些理论并非来源于实际治疗的经验总结。例如说“攻下之法不用偶”，而《伤寒杂病论》中的峻下之剂“大承气汤”正是由偶数药物组成；又说“奇之不去则偶之”，则奇偶之分也就没有什么意义了。再者，“应臣之谓使”，“引导君药直达病所”上述三段引文中只有一处提到“使”的定义——且不说这与通常所谓的解释不符，还应看到：实际上“引经药”的使用是金元时期才出现的事情。所以可以认为，无论是“君臣佐使”说本身，还是“大、中、小”和“奇、偶”之制中的君药、臣药、佐药的数目，无非都是比附人间社会的空中楼阁。然而当代学人却认定这就是《伤寒杂病论》诸方剂制定时所依据的法则。例如《中医学概论》中是这样分析的：
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麻黄汤的组织
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君—麻黄（发汗解表）
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臣—桂枝（助麻黄发汗解表）
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佐—杏仁（助麻黄平喘）
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使—甘草（协和诸药）
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调胃承气汤的组织
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大黄 君—清热攻里
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使—自入肠胃
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芒硝 臣—咸寒软坚润燥
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甘草 佐—缓和硝黄峻泻，有调胃、润燥作用。
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换言之，一个方剂中不管有几种药，都会被分列到君、臣、佐、使四项之下；反之，这四项也必须有对应的药物，哪怕只有两种或三种药。较为注重客观事实的学者对于这种论说虽然大多采取皮里阳秋——不加直接否定的态度；他们在论说方剂学理论的发展历史时，虽然也可能会提到今本《黄帝内经》中的“君臣佐使”说，但基本上是认为要到宋代以后才有真正的方剂理论与实际应用。只有那些盲目尊古者才会给出这样类似的评价：即以现在配制方剂的水平来衡量，它不仅毫不逊色，甚至说某些配方，还不曾达到这样高的水平。客观地讲，这种理论所具有的积极意义，在于使人懂得组方用药必须注意主次之分与相互配合。
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早期的药物学著作《神农本草经·叙录》中就药物配伍宜忌问题所提出的“七情和合”说，也常常被作为重要的方剂学理论。所谓“七情和合”，是说药物除“单行”（单独使用）外，则存在着“相须、相使、相畏、相恶、相反、相杀”的关系。其中的“相须”、“相使”，都是说两种药物的协同、配合关系。历史上甚至还有一些以《药对》为名，专门研究两药配合的著作。当代方剂研究的一项重要工作，便是希望借助现代药理研究的结果，来说明某颗方剂之珠是具有科学道理的“优质珍珠”。例如，在对于“芍药甘草汤”（或者说是芍药与甘草的配合）这个始见于《伤寒论》，后世广泛应用之方剂的有关研究中可以见到如下论说：
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芍药所含的芍药甙有解痉作用，据分析是对平滑肌的直接作用。……又有镇静、镇痛与抗惊厥作用，它对中枢神经系统的不同部位，均显示一定的抑制作用。芍药的解痉作用也表现在血管平滑肌上，有扩张外周血管的作用……故血压也轻度下降，这与广泛的中枢抑制作用相合，用于有明显中枢兴奋症状的阴虚阳亢的高血压患者常有良效（还有扩张冠状动脉、抑制血小板聚集、抗菌、抗炎、改善肝功能的作用）。
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甘草的主要成分是甘草甜素、甘草次酸、各种黄酮及甘草糖苷等，具有肾上腺皮质样作用、罂粟碱样的镇痉作用、非对抗性β受体样作用和镇痛、抗溃疡、镇咳、解毒等作用。
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本方治疗骨骼肌疼痛的主要成分为芍药皂甙、甘草皂甙及芍药配质酮，其作用原理各不同。有研究指出，本方能抑制由于交感神经兴奋引起的回肠收缩，其中芍药为突触前抑制，甘草为突触后抑制作用。
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虽然作者也采用传统中医“酸甘化阴，柔肝舒筋，和营通络”来说明何以芍药、甘草二味相配，则具有缓急止痛的功能。但这种解释毕竟是缺乏说服力的，因为如果将其中的芍药换成酸味更强的乌梅，则适于治疗胆道蛔虫症；或以符合酸甘之味的糖与醋取而代之，恐怕也很难见到明显的“缓急迫”的作用。
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因而中医基础理论与治疗方法相结合的两大方面——经络学说与针灸疗法、药物理论与方剂，实际上都还笼罩在迷雾之中。尽管有效成分及其药理作用的研究，不仅说明了甘草何以能够治疗“急迫”、“诸痛”，而且对于所谓“协同作用”，也说清了所以然，但却无法解释在久远的古代何以能制造出这颗优质珍珠。
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宋代以后方剂学的主要特点，是将方剂按功效分类，使“治法”成为方剂学研究的重要内容，如明代张景岳的“医方八阵”、清代汪昂的《医方集解》等。所谓“治法”，即汗、吐、下、和、温、清、补、消“八法”。
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3．内外兼治
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