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这些理论并非来源于实际治疗的经验总结。例如说“攻下之法不用偶”，而《伤寒杂病论》中的峻下之剂“大承气汤”正是由偶数药物组成；又说“奇之不去则偶之”，则奇偶之分也就没有什么意义了。再者，“应臣之谓使”，“引导君药直达病所”上述三段引文中只有一处提到“使”的定义——且不说这与通常所谓的解释不符，还应看到：实际上“引经药”的使用是金元时期才出现的事情。所以可以认为，无论是“君臣佐使”说本身，还是“大、中、小”和“奇、偶”之制中的君药、臣药、佐药的数目，无非都是比附人间社会的空中楼阁。然而当代学人却认定这就是《伤寒杂病论》诸方剂制定时所依据的法则。例如《中医学概论》中是这样分析的：
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麻黄汤的组织
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君—麻黄（发汗解表）
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臣—桂枝（助麻黄发汗解表）
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佐—杏仁（助麻黄平喘）
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使—甘草（协和诸药）
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调胃承气汤的组织
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大黄 君—清热攻里
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使—自入肠胃
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芒硝 臣—咸寒软坚润燥
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甘草 佐—缓和硝黄峻泻，有调胃、润燥作用。
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换言之，一个方剂中不管有几种药，都会被分列到君、臣、佐、使四项之下；反之，这四项也必须有对应的药物，哪怕只有两种或三种药。较为注重客观事实的学者对于这种论说虽然大多采取皮里阳秋——不加直接否定的态度；他们在论说方剂学理论的发展历史时，虽然也可能会提到今本《黄帝内经》中的“君臣佐使”说，但基本上是认为要到宋代以后才有真正的方剂理论与实际应用。只有那些盲目尊古者才会给出这样类似的评价：即以现在配制方剂的水平来衡量，它不仅毫不逊色，甚至说某些配方，还不曾达到这样高的水平。客观地讲，这种理论所具有的积极意义，在于使人懂得组方用药必须注意主次之分与相互配合。
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早期的药物学著作《神农本草经·叙录》中就药物配伍宜忌问题所提出的“七情和合”说，也常常被作为重要的方剂学理论。所谓“七情和合”，是说药物除“单行”（单独使用）外，则存在着“相须、相使、相畏、相恶、相反、相杀”的关系。其中的“相须”、“相使”，都是说两种药物的协同、配合关系。历史上甚至还有一些以《药对》为名，专门研究两药配合的著作。当代方剂研究的一项重要工作，便是希望借助现代药理研究的结果，来说明某颗方剂之珠是具有科学道理的“优质珍珠”。例如，在对于“芍药甘草汤”（或者说是芍药与甘草的配合）这个始见于《伤寒论》，后世广泛应用之方剂的有关研究中可以见到如下论说：
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芍药所含的芍药甙有解痉作用，据分析是对平滑肌的直接作用。……又有镇静、镇痛与抗惊厥作用，它对中枢神经系统的不同部位，均显示一定的抑制作用。芍药的解痉作用也表现在血管平滑肌上，有扩张外周血管的作用……故血压也轻度下降，这与广泛的中枢抑制作用相合，用于有明显中枢兴奋症状的阴虚阳亢的高血压患者常有良效（还有扩张冠状动脉、抑制血小板聚集、抗菌、抗炎、改善肝功能的作用）。
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甘草的主要成分是甘草甜素、甘草次酸、各种黄酮及甘草糖苷等，具有肾上腺皮质样作用、罂粟碱样的镇痉作用、非对抗性β受体样作用和镇痛、抗溃疡、镇咳、解毒等作用。
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本方治疗骨骼肌疼痛的主要成分为芍药皂甙、甘草皂甙及芍药配质酮，其作用原理各不同。有研究指出，本方能抑制由于交感神经兴奋引起的回肠收缩，其中芍药为突触前抑制，甘草为突触后抑制作用。
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虽然作者也采用传统中医“酸甘化阴，柔肝舒筋，和营通络”来说明何以芍药、甘草二味相配，则具有缓急止痛的功能。但这种解释毕竟是缺乏说服力的，因为如果将其中的芍药换成酸味更强的乌梅，则适于治疗胆道蛔虫症；或以符合酸甘之味的糖与醋取而代之，恐怕也很难见到明显的“缓急迫”的作用。
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因而中医基础理论与治疗方法相结合的两大方面——经络学说与针灸疗法、药物理论与方剂，实际上都还笼罩在迷雾之中。尽管有效成分及其药理作用的研究，不仅说明了甘草何以能够治疗“急迫”、“诸痛”，而且对于所谓“协同作用”，也说清了所以然，但却无法解释在久远的古代何以能制造出这颗优质珍珠。
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宋代以后方剂学的主要特点，是将方剂按功效分类，使“治法”成为方剂学研究的重要内容，如明代张景岳的“医方八阵”、清代汪昂的《医方集解》等。所谓“治法”，即汗、吐、下、和、温、清、补、消“八法”。
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3．内外兼治
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分科，是医学进步的重要标志之一。有史可考的医学分科，始见于《周礼》所云宫廷医生分为：食医（饮食管理）、疾医（内科）、疡医（外科）、兽医。宋代细分为九，金代增至十，元、明两代均分为十三科。中央政权的官医分科化设置，实质上体现了该时代各分支领域独立进步的客观状况。例如骨伤治疗历来属外科治疗范畴，但当被称之为“中国骨科奠基人”的蔺道人完成《仙授理伤续断秘方》（约成书于846年）后，整复、固定与活动相结合的骨折治疗原则基本确立，此后骨折治疗大有进步，至宋初王怀隐等编《太平圣惠方》时已列有“折上门”，相应地宋代太医局的分科亦将疡科改为“疮肿兼折伤门”。至元代则更明令规定：为医者必须于十三科中精通一科，否则不得行医。
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然而中国传统医学“整体观”的基本特点又决定了分科的相对性。例如骨科始终以内治与外治相结合，大大提高了创伤的愈合速度。特别是在身体状况较差，断裂处骨痂生长缓慢时，尤其能够显示中医内外结合治疗原则的优越性。
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其二，中医的“外科”，实际上主要是以治疗疮痈等皮肤疾患为主，并不具备近代西方医学“外科”（surgery）——以手术方法治疗疾病的内涵。金元以降，内外兼治的原则在中医外科中贯彻得更加具体深入，元代太医齐德之在《外科精义》中，首次将各种脉相的变化与临床外科疾患的治疗结合起来，并采用内消、托里诸法。从此外科消、托、补三大法则便基本确立。清代以王洪绪《外科证治全生集》为代表的所谓“全生集派”，以及高锦庭《疡科心得集》所代表的“心得集派”之共同特点，也是注重外科疾病的辨证施治与内外兼治。
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其三，妇科、儿科、口腔、咽喉等科虽各有特点，但与内科又实无明显界限。从好的方面讲，西方近代医学的妇科实际上唯在诊断与切除生殖系统肿瘤等方面显示出其外科手术法的长处，而中国传统医学的针灸、药物等整体疗法在调整因植物神经、内分泌系统紊乱引起的许多功能性妇科疾患方面却具有方法多样、疗效明显、稳定持久等多方面的优势。然而从另一方面讲，过于依赖药物、过于注重内治，又妨碍了外科手术疗法及产科的独立发展。
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七、药物知识
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