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笛卡尔所倡导的“理性主义”（唯理论）是与前面所提到的“经验论”直接相对立的：在理性主义者看来，知识的最终依据并非后天的直观经验，而是人类所固有的先天理性（纯粹理性），因此，为了获得真正可靠的知识，我们就应首先依据“自明性”去认识所谓的“第一原则”，然后再通过演绎逐步地引出各个具体的法则或规律。这两种认识模式可以对照如下：
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经验论的认识模式（由下至上）
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一般原理
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科学命题
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事物的相互关系
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经验观察与科学实验
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理性主义的认识模式（由上至下）
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公理
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一般世界观原理
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一般自然科学原理
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具体自然界的实例
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尽管哲学史上围绕认识论问题曾有过理性主义与经验论的长期斗争，但就总体而言，特别是就科学的认识活动而言，经验论应该说占据了绝对主导的地位。这从上文关于科学方法，也即观察、实验、归纳等经验方法的阐述就可清楚看出。那么，就普遍的科学观念和文化传统而言，我们又为什么要特别提及笛卡尔的影响呢？或者说，我们究竟应当在什么意义上去肯定笛卡尔对于后世的重要影响呢？
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或许就在于这样一种理性精神，即坚信自然界是有规律的，我们可以借助合理的方法获得对于这些规律的认识。例如，在多尔看来，“笛卡尔的方法”的核心就是“在科学中正确运用理性并追求理性”；“笛卡尔赋予现代主义思想的是一种发现预先存在的世界的方法”（《后现代课程观》，第43，44页）；另外，德福林在论及笛卡尔的名著《方法论》时，也曾明确地指出：“客观、冷静、理性的科学观”正是笛卡尔在这一著作中所高举的旗帜（《笛卡尔，拜拜》，第243页）。
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前文中已经提到科学的“数学化”特征，对于笛卡尔所倡导的理性精神，我们也可具体地形容为“数学理性”，因为笛卡尔全部研究工作的一个重要特点，即是对于数学方法的推崇，而且数学可以说为笛卡尔具体思考认识论问题提供了必要的范例。例如，他指出：“几何学家为获取其最为困难的证明，所使用的简单易行的推理之冗长组合，使我想象所有能够深入人类思想的事物，都是以同样的方式联系起来的。”（戴维斯、赫什，《笛卡尔之梦》，九章出版社［台湾］，1996，卷首语）另外，理性主义的认识方法显然也可看成是数学的公理化方法的直接推广和应用，也即“我们应当由无可怀疑的普遍原则出发并通过演绎逐步地去引出各种具体的法则或规律”。
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笛卡尔的上述思想还可以说集中地体现了在西方文明发展过程中曾长期占据主导地位的“毕达哥拉斯—柏拉图传统”，该传统认为数量关系构成了事物和现象的本质，从而可以而且应当通过应用数学方法获得对于客观规律的认识。[5]
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（2）牛顿与机械论的自然观
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与笛卡尔相比，牛顿显然更是一位真正的科学家。牛顿的科学研究同样集中地体现了一定的科学观念和世界观念，就其对于现代科学观念与文化传统的影响而言，也就是机械论的世界图景。
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按照牛顿传统，我们所面对的是一个完全确定的宇宙，可以具体地把它比喻为一个巨大的时钟：“一个非常可靠的摆钟，一个精确的钟，用以表示这样的物理系统：它的行为是规则的、有秩序的和高度可预测的。”（波普尔，“关于云和钟——对理性问题与人类自由的探讨”，《客观知识》，上海译文出版社，1987，第217页）
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当代著名哲学家波普尔曾明确指出：“在牛顿及其前辈开普勒的时代以前，没有能够解释或者充分地描述行星的运动。显然，这些行星由于某种原因参与恒星刚性系统的一成不变的总运动。然而，它们偏离那个系统的运动，几乎就像单个小昆虫离开一群小昆虫的总运动一样。……可是开普勒理论的成功以及牛顿理论的更大成功体现，那些曾经猜想过行星实际上是完善的钟的思想家是对的。因为借助牛顿的理论，证明它们的运动是可以精确地预测的；以前由于这些行星的明显的不规则性而使天文学家迷惑不解的全部细节，也都是可以预测的。
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“牛顿的理论是人类历史上第一个真正成功的科学理论，而且它是惊人成功的。这是真正的知识，超越了最大胆的想象的知识。就是这样一个理论，它不仅精确地解释了所有行星运动的路线，而且同样精确地解释了地球上物体运动的路线，例如下落的苹果，抛物体或摆钟。它甚至还解释了潮汐。”
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“所有虚心的人——所有那些渴望学习并对知识的增长感兴趣的人——都改信了这个新的理论。大多数虚心的人，尤其是大多数科学家，都认为它终究可以解释一切事物，不仅包括电和磁，而且也包括云，甚至包括活的有机体。因此，物理决定论——所有的云都是钟的学说——在开明的人中间已成为主导的信仰；而所有不接受这个信仰的人，则被认为是蒙昧主义者或反动分子。”（同前，第222—223页）
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牛顿的物理研究事实上还涉及到了更多的信念，如对于世界与科学统一性的确信（“一个世界，一个真理，一个科学”），以及科学研究中的经验论传统，等等。然而，对于大多数强调“笛卡尔—牛顿传统”的人来说，其所关注的又主要是“宇宙是一个巨大的钟”这样一个机械论的世界图景。就具体的科学研究活动而言，则主要表现为对精确性与确定性的突出强调，以至于这事实上成为了“现代科学传统”的一个基本内涵。
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由牛顿的事例我们也可看出，科学观念或整体性文化传统是与具体的科学研究直接相关联的，特别是，科学本身的发展正是促成科学观念与整体性文化传统发展最为重要的一个因素。我们也应从这一角度去理解本书后面所讨论的内容。
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