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智主张，修持止观应当特别重视“观心”，在入定以后观察自己的心识，认为通过观心可以比较容易地契悟三谛相即的中道实相。唐代天台宗著名学僧湛然评述天台宗的教义体系是：“观心为经，诸法为纬。”可见观心在天台宗教理体系中的位置。湛然在详细注释《摩诃止观》的《止观辅行传弘决》卷五之三中说：“正明观法，并以三千为指南，乃是终穷究竟极说。”[85]
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智《摩诃止观》卷五上论述“正修止观”时说，应依次观想十境：阴界入、烦恼、病患、业相、魔事、禅定、诸见、增上慢、二乘、菩萨，而实际上仅论述了前七境的七种止观。从内容看，所观想的主要是自己日常的思想活动、身心状态和各种情欲烦恼、业报、修禅等。在观想每一境时应按十个层次进行。这十个层次是：观不可思议境，起慈悲心，巧安止观，破法遍，识通塞，修道品、对治助开，知次位，能安忍，无法爱。此即“十重观法”。其中以“观不可思议境”为主体，其他实际处于辅助地位，起着充实补充的作用。在这由十境和十重观法组成的圆顿止观体系中，又是以“观阴界入境”为中心的，而“观阴界入境”实际就是观心；观心是以观“一念三千”的不思议境为主旨。
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为什么可以用“观心”代替“观阴界入境”，心指什么呢？所谓阴，是五阴：色、受、想、行、识；界是十八界，是六根（眼、耳、鼻、舌、身、意）、六境（色、声、香、味、触、法）、六识（眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识）的合称；入是十二入（或处），是六根、六境的合称。可见，阴、界、入是在不同场合使用的概念，在它们的内涵中有不少重复因素。实际上，“阴界入”既包括众生主体的感觉或思维的器官、功能以及感觉思维的精神活动，又包括客体外界的一切现象。因此，三者可以概指世界上一切物质的和精神的现象，在有的场合也可作为“众生”之身的代称。智在《摩诃止观》卷五上中有段解释：
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然界内外一切阴界入皆由心起。佛告比丘：一法摄一切法，所谓心是。《论》（按：《大智度论》）云：一切世界中，但有名（按：指受、想、行、识）与色，若欲如实观，但当观名色。心是惑本，其义如是。若欲观察，须伐其根，如炙病得穴。今当去丈就尺，去尺就寸，置色等四阴，但观识阴。识阴者，心是也。[86]
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这是说，心造一切精神的和物质的东西，心为烦恼之本源，故修止观应观心。此心即是五阴中的“识阴”、六识中的“意识”。智为强调此心是凡夫平常的“虑知之心”，也称之为“自生心”（智《观心论》）、“一念无明心”（《四念处》卷四）。在佛教中，“无明”意为不明因缘，不明因果，不明佛理，被认为是生死烦恼的本源；所谓“无明之心”就是没有断除情欲迷误的众生之心。用现在我们通常用的语言来说，“一念无明之心”就是平常人刹那间的思维活动。
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智就是主张将此心作为入定观想的对境，称之为“不可思议境”。所谓“不可思议”，意为不可按正常的思维方法和程序去想象。他举例说，大小乘皆有“心生一切法”的说法，可是或说有，或说无，或说中道，皆为因果性（有因有果，前因后果），各各相别，“逦迤浅深”而不相即，此应称为“思议之境”。然而他所说的“心”之所以被称为“不可思议境”，是因为“一念”[87]之心，“即具”三千诸法。《摩诃止观》卷五上说：
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夫一心具十法界，一法界又具十法界，百法界。一界具三十种世间，百法界即具三千种世间。此三千在一念心，若无心而已，介尔有心，即具三千。亦不言一心在前，一切法在后；亦不言一切法在前。一心在后。例如八相[88]迁物，物在相前，物不被迁；相在物前，亦不被迁。前亦不可，后亦不可。只物论相迁，只相迁论物。今心亦如是。若从一心生一切法者，此则是纵。若心一时含一切法者，此即是横。纵亦不可，横亦不可。只心是一切法，一切法是心故。非纵非横，非一非异，玄妙深绝，非识所识，非言所言。所以称为不可思议境，意在于此。[89]
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下面结合解释引文中的用语把这段文字的意思说明一下。
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1.十法界和十界互具。十法界是指：地狱、饿鬼、畜生、阿修罗、人、天、声闻、缘觉、菩萨、佛。此即广义的“众生”。按照佛教的说法，前六界没有达到解脱，轮回于生死苦恼之中，称之为“六凡”；后四界已经摆脱生死轮回，达到解脱，称之为“四圣”。智说此十法界为一念心所具，法界又彼此互具，如此则一法界即具十法界，十法界共成百法界。《法华玄义》卷二上所说：“一念心起，于十界中必属一界；若属一界，即具百界千法，于一念中悉皆备足。此心幻师于一日夜常造种种众生，种种五阴，种种国土……”[90]与此一个意思。前六凡是在世众生，意味着与生死烦恼、染、恶等相俱；后四圣是出世众生，意味着已超离生死烦恼等。
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因此讲“十界互具”，也就是意味着佛与普通众生之间不存在根本的差别，可以说烦恼即菩提，生死即涅槃。
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2.三种世间、十如是和三十种世间。三种世间包括五阴世间、众生世间和国土世间。这是从十法界的不同侧面讲的，说每一个法界各有三种世间。五阴世间是从十法界的构成要素说的，包括色、受、想、行、识。众生世间是从十法界的主体讲的，指十种众生。因为“五阴通称众生”。[91]国土世间是从十法界众生所居环境讲的，《摩诃止观》卷五上谓“地狱依赤铁住，畜生依地水空住，修罗依海畔海底住，人依地住，天依宫殿住，六度菩萨（按：实指声闻）同人依地住，通教菩萨（按：实指缘觉）惑未尽同人天依住，断惑尽者依方便土住，别圆菩萨惑未尽者同人天方便等住，断惑尽者依实报土住，如来依常寂光土住。”[92]
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十如是，简称十如，是《法华经·方便品》“唯佛与佛乃能究尽诸法实相，所谓诸法如是相，如是性，如是体，如是力，如是作，如是因，如是缘，如是果，如是报，如是本末究竟等”中的十“如是”。按照此经原文来看，含义并不复杂，但智从创教的需要对十如是之文作了很大发挥。《法华玄义》卷二上提出三种读法，第一种是“诸法如是相如，是性如，是体如……”；第二种读法是“诸法如是相，如是性，如是体……”；第三种是“诸法如是相如是，性如是，体如是……”然后解释说，第一种读法是显示“空义”，第二种读法是显示“假义”，第三种读法是显示“中义”。他在讲“一念三千”时，用的是第二种所谓表示“假义”的句读法。
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《摩诃止观》卷五上的解释分“总释”和分类解释。所谓“总释”是按十如是的含义进行解释，大意是：相指形相；性有“不改”、“性分”（种类）、“实性”（佛性）三义；体为色心的“主质”；力为功能作用；因可招因果，“亦名为业”；缘为缘由，助因；果由因生起；报即与因相应的果报；解释“本末究竟等”时，将其中的“等”解释为“等同”，说“相为本，报为末”，本末皆空，皆假，皆中，故究竟等。十如皆心所具有。在分类解释中，把十法界分为四类：地狱、饿鬼、畜生为“三途”；阿修罗、人、天为“三善”；声闻、缘觉为“二乘”；佛与菩萨。然后再按类对相、性、体等加以解释。一法界各有三种世间、十如，即为三十种世间。
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这样，十法界互具为百法界，一法界各具三十种世间，则成三千种世间。智说：“若无心而已，介尔有心即具三千。”[93]其中的“介尔”有刹那、微细二义[94]，是说只要微动心念，即心具三千世间。在不少场合，智也把心与法性等同，而又称法性为理[95]，故“心具三千”后来也称为“性具三千”或“理具三千”。实际上，“三千”只是个假设说法，智曾说：“一心尚具无量法，况三千耶！”[96]
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智的“一念三千”的理论的前提是《华严经》中的“心如工画师，造种种五阴，一切世间中，无不从心造”[97]。既然是“心造”，自然就有一个心在前还是在后的问题。智认为，正像事物有生、住、异、灭的流迁诸相，不能讲事物和诸相有前有后那样，也不能讲心在一切法之前，或在之后，只能讲“心是一切法，一切法是心”，“非识所识，非言所言”。因此称此心为不可思议境。
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那么，从天台宗的三谛观是应如何看待此“一念三千”呢？智认为，三千诸法皆从心起，心具“因缘所生法”，也就必然具空、假、中三谛。他在《四念处》卷四中说：
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只一刹那心，即是因缘所生法。因缘心生灭，即是三藏（按：四教中的藏教）三十七品；因缘心空，是通（按：四教中的通教）三十七品；因缘心假，是别（按：四教中的别教）三十七品；因缘心中，非空非假，即是圆（按：四教中的圆教）三十七品，只是一念心。若横，无边际；若竖，无穷尽。三谛源然，此一念不横不竖。若心即空即假即中，是横观。此心先见空，次见假，后见中，即是纵。今谛观心中三句，实不纵不横，不前不后，毕竟清净。[98]
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这是说通过观心可观一切法，晓悟藏、通、别、圆四教的佛法，观想空、假、中三谛，领悟三谛不一不异，圆融相即的中道实相之理。
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