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吉藏在所著《三论玄义》、《中观论疏》、《十二门论疏》、《百论疏》、《二谛义》、《大乘玄论》等著作中所阐释的判教学说、般若空义与中道实相论、二谛与“四重二谛”论、八不中道论、二智与“无所得”境界，构成了三论宗的理论体系。
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（一）三论宗的判教学说
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在隋代形成的佛教宗派天台宗、三论宗皆有自己的判教理论。三论宗的判教理论可用“二藏（或二教）三法轮”概括，内容虽然比较简单，然而也别具特色。
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吉藏在《三论玄义》中对南朝宋道场寺沙门慧观所提出的将全部佛法分为顿、渐二教，渐教又分五时的判教学说[141]表示不同意，认为佛教“但应立大小二教，不应制于五时”，“以经论验之，唯有二藏无五时”。所谓“大小二教”就是指大乘教与小乘教。“二藏”是声闻藏与菩萨藏，也指大小乘二教。吉藏在《法华游意》中对大小二乘与二藏的关系解释说：“佛灭度后，集法藏人摄佛一切时说小教名声闻藏，一切时说大乘者名菩萨藏，则大小义分，浅深教别也。”
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然后他又进一步解释说，佛根据众生的根机宣说过三种法，称之为三种法轮：
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一者根本法轮、二者枝末之教、三者摄末归本。根本法轮者，谓佛初成道花严（按：即“华严”）之会，纯为菩萨开一因一果法门，谓根本之教也。但薄福钝根之流，不堪于闻一因一果，故于一佛乘分别说三，谓枝末之教也。四十余年说三乘之教，陶练其心。至今法花（按：即“法华”），始得会彼三乘归于一道，即摄末归本教也。[142]
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此外，在《中观论疏》卷一，吉藏在论“摄小归大，故重明大”（摄小乘归大乘，重阐明大乘）时说：
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如法华经总序，十方诸佛及释迦一化，凡有三轮：一、根本法轮，谓一乘教也。二、枝末法轮之教，众生不堪闻一故，于一佛乘分别说三，三从一起，故称枝末也。三、摄末归本，会彼三乘同归一极。此之三门无教不收，无理不摄，如空之含万像，若海之纳百川。[143]
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这里所说的三种法轮，说的也是大小乘。第一法轮是大乘经《华严经》，谓是佛在成道后首先为根机高的菩萨说的经，宣述一因一果（佛性为因，成佛或涅槃为果），称此为根本法轮。因为当时“薄福钝根”的众生对此经不理解，佛便适应不同素质的众生，将成佛之道分为由浅至深的“三乘”（声闻、缘觉、菩萨）教法来说，逐渐陶冶净化他们的心。在这个阶段讲的便是三乘之教，称之为枝末之教或枝末法轮。最后，佛将三乘教法加以汇总和会通，宣说一切众生皆可成佛的《法华经》。这又回归到一乘——一因一果的“佛乘”，故称之为摄末归本教或摄末归本法轮。
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吉藏将这一判教理论直接用到“三论”中最重要的《中论》的注疏中。他说，在《中论》二十七品中，前初二十五品的内容就是阐明一乘根本之教（一乘、佛乘）的，与《华严经》相应；第二十六、第二十七两品阐明枝末之教（包括大小乘教法的三乘），第二十七品中倒数第二偈[144]，又重明大乘之教，阐明摄末归本之法轮，与《法华经》相应。这样，上述《中论》中三段文字便可破斥对“大乘人法”、“小乘人法”（人我、法我）的迷惑，断除“大小乘诸见之根”。[145]因此宣称“三轮之经，既无教不摄，申三轮之论，亦无教不收，是故斯论（按：中论）穷深极广也”。[146]
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《法华经》是中国最流行的大乘经典之一，历来特别受到佛教学者和信众看重的内容有两点：一是主张一切众生皆能成佛的一乘——佛乘的教法；二是提出具有法、报二身意义的“久远实成”的释迦佛的观念，认为历史上的释迦牟尼佛只不过是此佛的无量应化身之一。隋代智创立的天台宗以《法华经》为基本经典，称之为“圆教”，在判教论中置之最高地位。
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这里应当指出的是，吉藏在判教论中将《法华经》置于最高地位虽与天台宗判教论一致，然而他们的理解和阐释却不同。智《法华玄义》中不同意以往如同庐山慧远“以一乘”、梁光宅寺法云以“一乘因果”为《法华经》之宗等说法；对《法华经》之体与宗作出新的解释，认为“经体”虽须借“经宗”表现，然而二者不一不异。他将全经分为“迹门”、“本门”，说经的前半（迹门）讲述废三乘方便之教，开显一乘成佛真实之教，引导小乘弟子接受佛乘，也讲应身释迦修因成佛事迹，实际是以讲弟子接受法华正法（因）为主，最后达到成佛之果为辅；说经的后半（本门）是“发迹显本”，主要宣示人们以往见闻的释迦佛只是久已成佛的释迦佛（本）的显化之身（迹），以讲佛的真实之果为主。因此智以经的本门迹门“因果为宗”，即以经前半“迹因迹果”与后半“本因本果”共为“经宗”。[147]
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然而吉藏在阐释《法华经》的内容时，有意突出经中讲“诸法实相”、“空”的语句，谓《中论》集中体现了《法华经》的思想。吉藏在《法华玄论》卷二对以往论《法华经》以何为宗的十三家作了评述，然后明确表示：“此经以实相正法为宗”。[148]《大乘玄论》卷三说《法华经》主张的“会三归一”，就是会通声闻、缘觉、菩萨三乘而回归“佛乘”、“一乘”，而一乘之体是“正法中道”，“以正法中道为经宗，为一乘正体”。[149]很显然，上述所谓“实相正法”或“正法中道”正是吉藏在阐释“三论”当中反复宣扬的基于空义的中道不二之理。
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不仅如此，吉藏甚至还认为“三论通申大小二教，则大乘之义悉在其中，岂不明一乘佛性”，而“一乘佛性”正是《华严经》、《法华经》所宣说的宗旨；说《中论·四谛品》中的“世尊知是法，甚深微妙相，非钝根所及，是故不欲说”，正是《法华经》中的语句；在《法华经·序品》中还载有相当《华严经》所描述的佛成道时的情景；此外《中论·四谛品》还有“若先非佛性，终不得成佛”及“观如来品”有“明法身绝四句，超百非”的语句，既然讲空、佛性、法身等一乘之教，故“明知华严、法华，显在中论之内”。[150]
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从这些方面，可知吉藏虽在形式上将《法华经》置于三论宗判教体系中的最高地位，然而实际是在他心目中占据最高地位是“三论”，特别是《中论》，所谓“一乘”、“佛乘”的“正体”不过是他反复论证的中道不二的“正法”或“正道”。
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（二）般若空义与中道实相论
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印度中观学派的“三论”和吉藏对“三论”的注释，是以论证二谛、中道实相思想为主要内容，然而其根本前提却是各类《般若经》中反复评述的“诸法性空”（一切皆空）的理论。如果没有空义理论做铺垫，所谓二谛、中道等大乘中观思想就难以论证，难以成立。
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按照大乘般若经典的观点，世界一切事物既然是由因缘和合形成的，无论是由五蕴组成的人，还是由四大形成的天地万事万物，皆无固定的自性（自体、永恒的规定性），皆变幻无常，称之为“诸法性空”，一切皆空；然而又认为，所谓“空”不等于绝对的无，而是有虚假的外相存在的，称之为“假名”或“假有”，正如后秦鸠摩罗什所译《摩诃般若经》解释“诸法空相”为“色不异空，空不异色；色即是空，空即是色，受想行识亦复如是”，并且“不生不灭，不垢不净，不增不减……”，“空中无色，无受想行识”（蕴含“空非色，空非受想行识”）。[151]是说一切物质（色）的和精神（受想行识）的事物虽然空寂无相（空），“不生不灭，不垢不净……”，然而又有“生灭、垢净”的虚假外相（假有）存在。上引经文中的“不生不灭、不垢不净”和“色即是空，空即是色”等，已展示了表述“中道”的基本方式（不A不B或非A非B；亦A亦B）。
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以龙树为代表的中观学派所倡导的中观学说，就是在论释般若类经典的空与中道思想的基础上成立的。《中论·四谛品》中有一首著名的“三是”偈：“众因缘生法，我说即是无，亦为是假名，亦是中道义”，表达的正是世界万物（众因缘生法）所具有的三个侧面：空（无）、假名（假象）与二者统一的中道。还有一偈是：“以有空义故，一切法得成，若无空义者，一切则不成”，青目解释说：“以有空义故，一切世间出世间法皆悉成就；若无空义，则皆不成就。”是说“空义”（空性、空的思想）是一切事物的根本，也是一切佛法的基础。
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从吉藏的注疏来看，他虽将般若空义置于重要地位，然而并非提倡片面追求和执著于空。他认为对于片面追求和执著“空”、“人法两空”等也须予以破斥。他在《百论疏》中称赞“破空品”是“一论之玄宗，亦方等之心髓”，“可以降天魔，制外道，折小乘，挫大见。依之伐惑，即累无不夷；用之行道，即观无不照”，[152]站在中道的立场对以各种形式包装的空义进行批判。原来他阐释诸法性空，目的是从中引申和论证中观学派倡导的既超越又会通空与有的中道思想。
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对于般若空义和中道及佛法的关系，在吉藏对“三论”的注释中，用不同的语句作了反复的论证。吉藏《中观论疏·四谛品》在对上引“三是偈”作的解释中说：
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众缘所生法，我说即是空。此是有，宛然而空，故空不自空，名为假空；空，宛然而有，有不自有，名为假有。亦是中道义者，说空、有假名，为表中道。明假有不住有，故有非有；假空不住空，故空非空；非空非有，即是中道。
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今示因缘生法是于三是：一因缘生法，是毕竟空。所以然者，若有自性，则不从因缘；既从因缘生，即是无自性，所以是空。亦为是假名者，示第二是，明因缘生法，亦是假名。所以称假者，前明因缘生法，我说是空，然因缘既本不有，今亦不空，非空非有，不知何以目之，故假名说有，亦假名说空。亦是中道义者，示第三是，明因缘生法，亦是中道，因缘生法无有自性故空，所以非有；既其非有亦复非空，非有非空故名中道。[153]
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所谓“众缘所生法”可谓是世界一切事物和现象的总的概括。吉藏的解释既继承了《中论》的原偈及青目的原注，又作了发挥。他认为，世界万物本无自性（自体），皆从因缘而生，所以是空，是毕竟空。然而万物绝非住于空相，呈现出虚假外相，称之为假有。既然任何事物皆同时具有这空、假两个属性，便不应偏执于空，也不偏执于有，应从“非有亦复非空”来加以把握，称之为中道。中道是从空义得出的，有了“众缘所生法”，必然是既空且有，非有非空，彰显中道之义。