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（一）大日如来和一切佛、菩萨、执金刚
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密宗以法身佛大日（音译“摩诃毗卢遮那”）如来为最高本尊，以不同语句描述大日如来与释迦牟尼佛乃至大乘一切佛（一切如来）、菩萨皆一体不二，相即为一，连密教特有的侍奉守护大日佛的“金刚”（执金刚）也是大日佛“心数”（心所，心识的反应、作用）的显现。
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大日佛，在一行编撰《大日经疏》中也称为大毗卢遮那、毗卢遮那本地法身、婆伽梵（按：世尊）大毗卢遮那如来、薄伽梵毗卢遮那、大日世尊等。一行《大日经疏》卷一是对“入真言门住心品”的解释，说此品统论《大日经》的大意。其中说：
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梵音毗卢遮那者，是日之别名，即除暗遍明之义也。然世间日则有方分（按：方位），若照其外不能及内，明在一边不至一边，又唯在昼光不烛夜。如来智慧日光则不如是，遍一切处作大照明矣，无有内外、方所、昼夜之别。……如来日光遍照法界，亦能平等开发无量众生种种善根，乃至世间出世间殊胜事业，莫不由之而得成办。……世间之日不可为喻，但取其少分相似故，加以大名，曰摩诃毗卢遮那也。[178]
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在这里将密教所奉的大日佛或大日如来所蕴含的宗教意义作了比较清楚的解释，虽称作日却又不同于世间的日，是带有比喻性质的“如来智慧日光”，能照彻一切内外各种场所，开发众生“善根”，令其觉悟。又说：
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薄伽梵，即毗卢遮那本地法身；次云如来，是佛加持身；其所住处，名佛受用身。即以此身，为佛加持住处。如来心王，诸佛住而住其中，既从遍一切处加持力生（按：和尚、修行者），即与无相法身，无二无别，而以自在神力，令一切众生，见身密之色，闻语密之声，悟意密之法，随其根性分种种不同，即此所住名加持处也。[179]
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佛有十大名号，薄伽梵（世尊）、如来是佛的两个名号。“加持”，意为神力佑助或“佛所护念”。“如来心王”，实为法身佛的另一种说法。所谓“本地法身”，即是法身，与真如、实相、法性、佛性同义，是超言绝相的；“本地”相当本原、本体，意为大日法身佛是一切佛、菩萨乃至万物的本原、本体。“佛加持身”，大体相当大乘佛教所说的应身、化身，在密教持指大日佛的显现，形象随缘应机而现，数量难以计算。“佛受用身”也作“受用法身”，在这里是体现大日法身佛的报身佛和净土（身土不二），为大日佛所依托（“所住处”）并借以显示神通，化现佛、菩萨、执金刚等形象，以“自在神力”普入一切众生之间随机宣说密教妙法[180]，让他们“见身密之色，闻语密之声，悟意密之法”（三密）。这表明，密宗所说的大日佛虽是法身佛，然而同时与加持身、受用身相即不离，亦即法、报、应三身是三位一体的。这个意思在《大日经疏》卷十三对“怛哩三迷”的解释作了明确的表述，谓：“三迷者，谓佛三身，谓法、报、化合为一身，教化众生也。”[181]
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密宗认为大日如来是最高的佛，神通广大，无所不能。据《大日经》及《大日经疏》，大日佛所居“广大金刚法界宫”及“大楼阁宝王”皆为大日佛身所变现，所坐“师子座”是“菩萨之身”。在大日佛周围担任侍卫的十九位“执金刚”[182]，从虚空无垢执金刚到金刚手秘密主“上首”，以及其他难以计算的“十佛刹微尘数众”的执金刚，皆是大日佛“内证功德”（智）、“心数”（心所）所变现的。同样，包括普贤菩萨，慈氏菩萨，妙吉祥（文殊）菩萨及其他无量数的菩萨，也皆是如此。《大日经疏》谓：
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如是毗卢遮那，普于十方一切世界，一一皆现佛加持身，是一一身，各有十佛刹，微尘数等菩萨、金刚大众。
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非但示现佛身充满十方一切世界，所现金刚、菩萨等身，亦复遍一切处也。[183]
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按照这种说法，佛教所说的一切佛、菩萨、执金刚等，皆为大日法身佛的显现。这样更不难理解，在密教经典中，常用“一切如来”来称呼大日如来，因为一切如来为大日如来的显现，彼此是相互融通、相互涉入的。
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《大日经》借金刚秘密主的话说，大日如来拥有至高无上的“一切智智”（佛智，相当一切种智），能“为无量众生广演分布，随种种趣、种种性欲，种种方便道，宣说一切智智，或声闻乘道，或缘觉乘道，或大乘道，或五通智道，或愿生天，或生人中及龙、夜叉、乾闼婆（按：司乐神），乃至说生摩罗伽（按：蟒神）法。若有众生应佛度者，即现佛身，或现声闻身，或现缘觉身，或菩萨身，或梵天身，或那罗延（按：欲界天之一，又名毗纽天）、毗沙门（四天王之一）身，乃至摩罗伽人非人（按：以上人与非人的总称）等身，各各同彼言音，住种种威仪，而此一切智智道一味，所谓如来解脱味”[184]。这有点像《法华经·观世音普门品》对观音菩萨神通的描述。是说大日如来可以显现为任何形象深入到包括人、非人在内的“无量”众生之中，既可宣说大小乘佛教，也可宣说外道。《大日经疏》卷一称此为“普门应现，教化群生，虽深浅不同，粗细有异，然究其实事，无非秘密加持，各能开示如来清净知见”，解释为大日佛终究是以密法教化众生，令他们“开示如来清净知见”[185]，达到觉悟。
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这样，将以往大乘佛教所奉的具有佛法理念最高象征意义，与法性、佛性、实相相通的法身作了更加拟人化、神秘色彩的发挥，构成密宗的重要特征之一。
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（二）所谓“菩提心为因，悲为根本，方便为究竟”
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密宗既然认为比小乘的声闻、缘觉二乘乃至以往的大乘更为优越，那么，它的宗旨是什么呢？《大日经》卷一载，秘密主就大日佛拥有的能够“利乐”诸天、世人的“一切智智”，提问：“如是智慧，以何为因，云何为根，云何究竟？”大日佛回答说：
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菩提心为因，悲为根本，方便为究竟。[186]
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从三句蕴含的一般意义来看，要修持密教，达到最后解脱成佛，须以“菩提心”为因，以拔除众生之苦为原则的“悲”愿为根本，以修持密教教义、法门、仪规、济度众生和其他各种活动的“方便”为最终要求。问题是这里所提“菩提心”、“悲”、“方便”在密教中到底具有怎样特殊的含义。在《大日经》及《大日经疏》、《菩提心论》等密教经典中对此的解释尽管不十分清晰，然而毕竟也有一些解释。下面对此作简单考察。
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菩提心，全称“阿耨多罗三藐三菩提心”，意译为“无上正真道意”，简称“道心”等。信奉大乘佛教者必须首先发此菩提心，誓愿修持大乘，普度众生，修证成佛，一般以发“四弘誓愿”表示，即：“众生无边誓愿度，佛道无上誓愿成，法门无尽誓愿学，烦恼无边誓愿断。”大乘佛教将发菩提心置于修行过程的重要地位，如晋译《华严经》卷五十九用很大篇幅讲菩提心的意义，将菩提心加以比喻说成是诸佛种子、良田、大地、净水、净日、明月、大道、良药、金刚等，谓能增长佛法，积累善德，清除各种烦恼，普照一切众生，驱散恶法等，又说“因菩提心，出生一切诸菩萨行，三世诸佛成正觉”。[187]然而若就发菩提心本身来分析，最重要的是表达发誓愿者对大乘佛法的信念和济度众生、修证成佛的决心。
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那么，密宗所说的菩提心有什么特点呢？《大日经》卷一载大日佛与金刚手秘密主之间的对话：
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毗卢遮那佛告持金刚秘密主言：……秘密主，云何菩提？谓如实知自心。秘密主，是阿耨多罗三藐三菩提，乃至彼法少分，无有可得。何以故？虚空相是菩提，无知解者，亦无开晓，何以故？菩提无相故。秘密主，诸法无相，谓虚空相。
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尔时金刚手复白佛言：世尊，谁寻求一切智，谁为菩提，成正觉者？谁发起彼一切智智？
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佛言秘密主：自心寻求菩提及一切智。何以故？本性清净故，心不在内，不在外，及两中间心不可得。秘密主，如来应正等觉非青非黄，非赤非白，非红紫，非水精色，非长非短，非圆非方，非明非暗，非男非女，非不男女。秘密主，心非欲界同性，非色界同性，非无色界同性，非天龙、夜叉、乾闼婆、阿修罗、迦楼罗、紧那罗、摩罗伽[188]、人、非人趣同性。秘密主，心不住眼界，不住耳鼻舌身意界，非见，非显现。何以故？虚空相心，离诸分别、无分别。所以者何？性同虚空，即同于心，性同于心，即同菩提。如是秘密主，心、虚空界、菩提，三种无二。此等悲为根本、方便波罗蜜满足。[189]
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按照这段引文，菩提心就是体认自心或自性空寂无相、清净，没有具体方位，既超越三界，又超越于人与非人的一种存在。是心，也是虚空、菩提，据称三者是“无二”的。当然，心亦即是性，心性是相同的。这种说法的目的是引导修持密教者将认识自性、体认一切皆空寂无相置于首位。
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