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云何菩提，谓如实知自心，即是开示如来功德宝所也。……正知心实相故，见一切法悉皆甚深微妙……[190]
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在这里，一行指出菩提心是后面“悲为根本，方便为究竟”之因，也就是与佛智相通的“白净信心”，犹如种子，借助“四大”（地水火风）的环境和条件，达到修行的最高目的。他还以中观思想对菩提心的义蕴作了补充，提出它所体认的空寂无相“毕竟不生不灭”，也就是心的实相、“如来功德宝”。据此，所谓菩提心也就是大乘佛教所说的真如、佛性。
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《菩提心论》说菩提心有“三相”：一是行愿，二是胜义，三是三摩地。行愿，即发愿安乐有情众生，誓愿求得“无上菩提”；胜义，谓修持密宗，体悟诸法性空，“知一切法空，已悟法本无生，心体自如，不见身心”。三摩地，原意为定，此为入定观三密平等之法，领悟一切众生本有佛性，但被烦恼束缚，应以善巧之智引导众生入定观想，“照见本心，湛然清净，……亦名觉了，亦名净法界，亦名实相般若波罗蜜海”。从内容上看，与上面所述是一致的。
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关于“悲为根本”，一行解释说：
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为令如是净信心坚牢增长，经中次说大悲为根。根是能执持义，犹如树根执持茎叶花果，使不倾拔也。梵音谓悲为迦卢籋，迦是苦义，卢籋是剪除义。慈如广植嘉苗，悲如芸除草秽。故此中云悲，即兼明大慈也。且如行者修供养时，若奉一花或涂香等，即以遍一切处净菩提心，兴供养，云普作佛事，发起悲愿，回向群生，拔一切苦，施无量乐，由自善根，及与如来加持法界力故，所为妙业皆得成就，即是普于一切智地，乃至无余有情界，皆悉生根也。[191]
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按照一行的解释，经文“悲为根”应为“大悲为根”，并且强调大悲“兼明大慈”，于是“悲为根本”便是以大慈大悲为根本。按照大乘佛教教理，大慈大悲是菩萨行或菩萨道的最高理念，以挽救众生之苦（悲），给予众生安乐（慈）为宗旨。一行的解释没有离开这点，但强调在无量众生中圆满践行大悲既基于自己的“善根”，也靠大日如来“加持（佑助）法界力”。这是密宗的特色。
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至于“方便为究竟”，蕴含的内容更为广泛。在大乘佛教中，“方便”与体认空义的“般若”相对，是指在现实世界修行、传法和济度群生等等，按照般若中观学说，属于与真谛相对应的“俗谛”范围。《维摩诘经》说“智度菩萨母，方便以为父”，可见“方便”在佛教中的地位。一行在《大日经疏》中解释说：“方便为究竟者，谓万行圆极，无可复增，应物之权，究尽能事，即醍醐妙果、三密之源也。”是将各种各样的方式方法（万行）皆用于传法、修行和普度众生的方面，达到圆满的结果，归结为密宗倡导的身、语、心（意）三密法门之源。密宗盛行的灌顶、修法、供养、护摩（内外护摩）、祈福息灾等做法，皆属方便，然而核心是修持“三密”法门。
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（三）修持“三密”与即身成佛
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1.三密：身密门、语密门、心密门
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在密宗的一切修持法门中，最重要的是身、语、意三密法门，也称之为身语意三平等句法门、三平等法、三平等之方便等。所谓“平等”，是立足于空、无相之义，说大日佛与其加持受用身平等，大日佛与众生平等，大日佛的身、语、意与众生的身、语、意也平等。
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《大日经》卷一说，大日如来以“自在神力”，适应众生的不同情况显化“加持受用身”，对众生予以“加持”（佑助），让他们能够“见身密之色，闻语密之声，悟意密之法”，“以身平等之密印，语平等之真言，心平等之妙观为方便故，逮见加持受用身”[192]。《大日经疏》卷一说：
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入真言门略有三事：一者身密门，二者语密门，三者心密门。……行者以此三方便，自净三业，即为如来三密之所加持，乃至能于此生，满足地波罗蜜[193]，不复经历劫（按：劫，难以计量的“大时”）数，备修诸对治行。[194]
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可见，密宗认为大日如来身、语、意三密可以通过一切众生显现，此为“三密加持”。这样，修行者修持三密便与大日如来的三密契合，相互融通，无须经历遥遥无期的“劫数”，圆满完成菩萨历经“十地”必须修持一切要求，在“此生”即可成佛。
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那么，如何修持三密呢？《菩提心论》说：
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凡修习瑜伽观行人，当须具修三密行，证悟五相成身义也。所言三密者，一身密者，如结契印，召请圣众是也。二语密者，如密诵真言文句，了了分明，无谬误也。三意密者，如住瑜伽相应白净月圆（按：代表菩提心、大日佛），观菩提心。[195]
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“瑜伽”意为相应，亦即禅定，是凝心观想某种事物或道理。密宗修持者称“修习瑜伽观行人”，或瑜伽行者，必须修持三密，证悟“五相成身义”[196]。
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身密，手结印契，简称手印或密印，即用左右手和十指作出各种形状和姿势，既表示佛、菩萨的誓愿，也配合密咒表示特定秘密含义。修持身密是在为了召请佛、菩萨，以求得他们保佑、加护，或以神力帮助达到某种修法的目的。
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语密，是口诵梵字真言文句。参照《大日经疏》卷一的解释：“真言，梵曰漫怛攞，即是真语如语，不忘不异之音。龙树《释论》（按：《大智度论》），谓之秘密号，旧译云咒，非正翻也。”真言是真实之语，是梵语“漫怛攞”或“曼怛罗”（mantra）的意译，也译为咒、明、神咒、密咒、密语等。密宗所念诵的真言是不翻译的，以汉语音译表示，所包含的内容十分广泛，或代表佛、菩萨、天龙八部等的本誓、身份与功能，例如有如来圆光真言、如来顶相真言、释迦牟尼佛真言、一切诸佛真言、一切诸菩萨真言、梵天真言、毗纽天真言、不动尊真言等，还有在修持密法的场合与手结的印契相配合念诵的真言，等等。
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密宗在对梵文字母（悉昙）的解释中作了很多宗教意义上的诠释和发挥，对“悉昙四十二字门”或“悉昙五十字门”中能从一字转多字的情况称为转字轮[197]，予以密宗教义上的解释。如《大日经疏》卷十四说：“所谓字轮者，从此轮转而生诸字也。轮是生义，如从阿字一字即来生四字，谓‘阿’是菩提心，‘阿（长）’是行，‘暗’是成菩提，‘恶’是大寂涅槃，‘恶（长）’是方便；如阿字者，当知迦字亦五字，乃至佉等凡二十字，当知亦尔。”[198]并且认为这种解释是来自大日佛。《大日经》卷二以大日如来的口气说：“秘密主，以要言之，诸如来一切智智，一切如来自福智力，自愿智力，一切法界加持力，随顺众生如其种类，开示真言教法。云何真言教法？谓阿字门，一切诸法本不生故；迦字门，一切诸法离作业故；佉字门，一切诸法等虚空不可得故；哦字门，一切诸法一切行不可得故……”明确地将这种对梵字的解释说成是大日佛“开示”的“真言教法”。阿即a，用以表示一切现象本不生义、不动义，可代表菩提心；它的长音是ǎ，意为行、活动；所生暗am，意为菩提；恶ah代表涅槃寂灭。另外，迦即ka，谓一切事物没有造作及造作者；佉即kha，意为一切皆空幻无相；哦即ňa，意为一切事物的存在是空不可得的，等等。这些正是密宗要求修行者在确立菩提心过程中应当达到的认识。
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在一切真言中，阿字地位最高，据称因“一切言音皆从此字为首，若无此阿声，即离一切之语，无有可说”[199]，所以不仅被看做是象征大日如来的种子乃至大日佛，还代表菩提心、一切诸佛之心、自性清净心，称“阿字门为一切真言之王，犹如世尊为诸法之王”，也是“一切法教之本”。[200]阿字还代表“五大”中的地，此外，真言字（va）代表水，啰字（ra）代表火，诃字（ha）代表风，佉字（kha）代表空。密宗认为既然世间事物发生、发展必须借助外缘，那么修持密法也需众缘，众缘中的重要成分就是五大，说“一切智性如来种子”靠“五大”众缘才能发展成“菩提常住妙果”，称此为“一切智门五义”。
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何为意密呢？意密也称心密，是在禅定中观与大日如来融通的菩提心，观代表大日如来的阿字、白净圆月等。观菩提心，首先通过观察诸法缘起性空、不生、不动的道理来净化自心，确立菩提心，体认菩提心在修证成佛过程中的决定作用，所谓“一切如来，皆从佛性种子菩提心生，当知一切印（按：手结之印契、代表佛、法各种标帜及佛菩萨所执器具），亦从菩提心生”。因为真言阿字（A）代表大日如来的种子、“大日之体”，又是代表诸佛之心，所以在修持三密过程中，念阿字，心中以各种形象观想阿字，反复体味诸法空寂、不生之义，是十分重要的修证内容。认为通过观想阿字，便能与大日如来相应，得到大日如来的加持，达到修证的最高果位，即解脱成佛，如《大日经疏》卷十二所说“入阿字门故，即能了知真言行之与果也；若了知彼行及果，即是授得无上大果也”，卷十四又说“以入阿字门故，即能究竟自在法身也”。[201]
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密宗认为，修持身、语、意三密虽各有规定，然而修持三密是同时进行的，并且三者是平等的，故称为身口意三平等或三三昧耶（意为平等，另有誓愿、惊觉、除垢障三义）。《大日经疏》卷十七说：“自持真言手印，想于本尊，以专念故，能见本尊。本尊者，即是真实之理也。非但见本尊而已，又如实观我之身即同本尊，故名真实也。此有三平等之方便，身即印也，语即真言也，心即本尊也。此三事，观其真实，究竟皆等我。此三平等与一切如来三平等无异，是故真实也。”这里所讲的同时修持平等的三密，强调“身即印也，语即真言也，心即本尊”，说在专念中见到“真实之理”的大日本尊，实现自身三密与大日三密的平等，从而自身也与本尊等同，达到修行的目的。
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《菩提心论》在对修持三密的说法中，将修三摩地（禅定）放到重要地位，说：“若无势力广增益，住法但观菩提心”，“从凡入佛位者，即此三摩地者，能达诸佛自性，悟诸佛法身，证法界体性智，成大毗卢遮那佛自性身，受用身，变化身，等流身”，是说通过观菩提心，体悟佛性，修证成与大日佛三身融为一体的最高境界。在“若人求佛慧，通达菩提心，父母所生身，速证大觉位”的偈颂中的“父母所生身，速证大觉位”，讲的是即身成佛。
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2.即身成佛
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密宗虽认为自己比传统佛教五乘或三乘优越，然而仍承认普通人从不信佛教到信佛教有个过程。在《大日经》卷二称不信奉佛法，执著“我名我有”的人为“愚童凡夫”，此后产生善心，能持斋素食，进而学会布施，从向父母亲戚行施，扩展到对其他人施舍，再向具有器量的高德者、尊宿行施，再学会守戒，信仰外道，虔诚供养……按照这个顺序形成逐次升高的阶位，称之为“心”，并以花为喻说共有八心，继种子心、牙种心、疱种心、叶种心、敷华心、成果心七心之后，最后第八是婴童心，从所列举修持内容和达到的境界皆未出世间范围，相当五乘中的人天乘。[202]第八所谓“婴童心”是讲信奉外道，供养自在天，梵天等，“心怀庆悦，殷重恭敬，随顺修行”，《大日经疏》卷一称为“世间最上心”；“虽未闻佛法，然知此诸天，因修善行，得此善报”。如果进而想求解脱，须认识“空”义，虽尚未离断、常二见，也算前进了一步，此境界则为第九“殊胜心”；如果再进一步便于“空法作证”，则为第十“决定心”。至此虽未入佛教，但已为正式信奉佛教打下了基础。[203]