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上面这些例子都与进化论相容。进化确实是一个保守的过程，但它不可能过于保守，否则我们就还是池塘里的泡沫呢。自然选择将差异传至后代，并使它们专业化分工，从而适应特定的环境。任何一家自然历史博物馆里都有例子表明某个物种或某群物种拥有独特而复杂的器官：象的鼻子、独角鲸的长牙、鲸的鲸须、鸭嘴兽的鸭嘴、穿山甲的盔甲等。它们常常在地质学年表中迅速进化。第一头鲸大约进化于1000万年前，它与它目前活着的最近的亲戚，如牛和猪类的有蹄动物，有着共同的祖先。如果按照人类进化这类书的精神，一本关于鲸的书该被称为《裸牛》。但如果这本书的每一页都在为鲸与牛之间的相似性不厌其烦地击节赞叹，却一点都没有讨论进化适应怎样造成它们之间的差异，那就太令人失望了。
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认为心智是一种进化适应，并不是说所有的行为都是达尔文意义上的适应。自然选择并不是在我们头顶上盘旋的守护天使，确保我们的行为总是符合生物意义上的适应性最大化。信仰进化论的科学家一直觉得有责任来解释一些似乎像达尔文式自戕的行为，如独身、收养和避孕。他们大胆地推测说，或许独身的人会有更多时间去抚养一大群侄子（女）或外甥（女），这样就可以比只养育自己的孩子繁殖复制更多他们的基因。但这种牵强附会是不必要的。人类学家唐纳德·西蒙斯（Donald Symons）阐述了理由，他将进化心理学与20世纪七八十年代称为社会生物学的思想流派做了区分（尽管这两种思想也有很多重合之处）。
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首先，自然选择发挥作用要历经几千代。在人类存在时期的99%的光阴里，人们都身在采集狩猎时代，在一小群游牧部落中过着茹毛饮血的生活。我们的大脑所适应的是那种消失已久的生活方式，而不是全新的农业和工业文明。大脑不是用来应对陌生的人群、上学、书面语言、政府、警察、法庭、军队、现代医学、正式社会组织、高科技以及其他人类后来经历的现象的。既然现代人的心智适应的是石器时代，而不是计算机时代，就没必要绞尽脑汁为我们所做的每一件事寻求进化适应上的解释。我们祖先的环境中缺乏现在诱使我们做出非适应选择的机制，如宗教规范、收养机构、制药公司，因此直到最近并没有自然选择的压力来使人类抗拒这种诱惑。如果更新世的大草原上有长着避孕药丸的树，我们进化的结果很可能见之如见毒蜘蛛，避之唯恐不及。
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其次，自然选择不是木偶操纵者，凭直接拉拽线绳来操控行为。它靠设计行为的发出者操控行为，其中包含信息处理和目标搜寻，我们称之为心智的机制。我们的心智被设计为做出一般情况下都适应我们祖先环境的行为，但我们今天所做的任何特定行为都是许许多多原因共同作用的结果。行为是许多心智模块内部斗争的结果，它是在机会和他人行为的共同约束下所做出的。《时代周刊》某一期封面故事中问道：“通奸——在我们的基因中吗？”这个问题没有任何意义，因为通奸或任何其他行为都不可能在我们的基因中。可以想象，通奸的欲望可能是我们基因的间接产物，但其他同样也是我们基因的间接产物会对其有所压制，比如希望有一个值得信赖的配偶的愿望。即使这个欲望在激烈混战的脑海中占据优势，它也不可能付诸公然的行为，除非这时恰好有另外一个伴侣正在附近，而想要出轨的欲望在他的内心也占据了上风。行为本身并没有进化，进化的是心智。
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只有当人初步了解其设备是用来做什么的，才可能进行反向工程。我们并不了解橄榄取核器，直到我们发现这个装置是用来除去橄榄核，而不是镇纸或是练腕器。在探求设计师的目的时，既要考虑一个复杂设备的各个部分，又要将这个设备作为一个整体加以考虑。如汽车的一个部件——化油器，是设计用来将空气和汽油混搅在一起的，混搅空气和汽油只是一个子目标，而最终目标是让汽车带着人们到处跑。尽管自然选择的过程本身并没有目标，但它进化出像汽车这样的存在实体，这些实体高度组织化，产生了某种目标和子目标。要进行心智反向工程推理，我们必须厘清所有的目标，并找出它的最终目标。人类心智的设计最终是为了创造美吗？是为了发现真理吗？是为了爱和工作吗？是为了与他人和自然和谐相处吗？
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自然选择的逻辑提供了答案。设计心智的最终目的是为了复制最大数量的基因，而正是基因创造了心智。自然选择只关心那些自我复制实体的长期命运，也就是那些经过许多代复制后仍保持着稳定的同一性的实体。它预测的只是：那些能表现出可以增进自身复制概率行为的复制器，最后将成为优势物种。当我们问“谁或什么会从进化适应中获益”以及“生物体中的设计究竟是为什么而做的？”时，自然选择理论提供了答案：长期稳定的复制器——基因。即使我们的身体，我们自身，也不是我们设计最终的受益者。正如古尔德曾说过：“什么是达尔文所讲的‘个体繁殖成功’？它不可能是将某个身体传到下一代——因为说实话，你根本就不可能在这个意义上让身体随着你走！”哪些基因被自然选择，其标准是基因构建身体的质量，是基因被传至下一代，而不是会腐烂的身体传至下一代；是基因而非身体要经历选择去一天天地生活和战斗。
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尽管还有一些持不同见解的人（比如古尔德自己），但基因决定的观点主导了进化生物学，并且取得了极大的成功。它提出并正在回答这些关于生命的最深刻的问题，比如生命是如何起源的，为什么会有细胞，为什么会有身体，为什么会有性，基因组是如何排列的，为什么动物会相互交流等。对于动物行为研究者来说，基因决定论的重要地位就像牛顿定律之于机械工程师一样。
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但几乎所有人都误解了这个理论。与流行的观点恰恰相反，以基因为中心的进化理论并未说明所有人类生存的目的就是为了传播基因。除了那位用自己的精液为患者人工授精的多产医生、诺贝尔获奖者精子库的捐精者和其他一些狂人外，没有人（或动物）殚精竭虑是为了传播自己的基因。道金斯在一本名为《自私的基因》（The Selfish Gene）的书中解释了这个理论，这个比喻是慎重选择过的。人们并没有自私地去传播他们的基因，是基因在自私地传播自身。它们传播的方式是构建我们的大脑。通过使我们享受生活、健康、友情和天伦之乐，基因购买了代表下一代的彩票，在我们进化的环境中它们的胜算很大。我们的目标，是基因复制自身这个终极目标的子目标。但这两者是不同的。我们的目标，无论是有意识的还是无意识的，都和基因毫不相干，而是事关健康、爱人、孩子和朋友。
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对身而为人的目标和基因自身目标之间的混淆，为我们带来了许多似是而非的结论。一本关于性进化的书的评论者抗议说，人类通奸与对应的动物行为不同，它不可能成为传播基因的策略，因为通奸者采取了避孕措施。但我们在讨论谁的策略？性欲不是人传播基因的策略。性欲是人获取性愉悦的策略，而性愉悦是基因来传播自身的策略。如果基因没有得到传播，是因为我们比它们聪明。一本关于动物情感生活的书中抱怨道，根据生物学家的说法，如果他只是帮助亲戚或交换各自所好，这两者其实都是服务于一方基因的利益，那就根本不是真正的利他，而是某种伪善。这也是在混淆概念。正如蓝图并不一定是标出蓝色的建筑图纸，自私的基因也不一定是指自私的生物有机体。正如我们将看到的那样，有时基因所做的最自私的事情就是构建了一个不自私的大脑。基因是剧中的一幕剧，而不是剧中演员的内心独白。
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进化心理学VS标准社会科学模型
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本书的进化心理学是对我们知识传统中关于人类心智正统观点的背离，这种主流观点被托比和考斯迈德斯冠名以标准社会科学模型（Standard Social Science Model, SSSM）。标准社会科学模型对生物学和文化做了根本的区分。生物学赋予了人类5种感觉、几种驱力（如饥饿和恐惧），还有学习的一般能力。但根据标准社会科学模型，生物进化已经被文化进化所取代。文化是一种自治的存在现象，它具有一种令自身不朽的愿望，并通过树立期望和分配角色来实现这种愿望。不同社会的文化之间存在很大差异。即使是标准社会科学模型的改良者也接受这种思路。生物学只不过“与文化同等重要”，改良者认为，生物学给行为做了“限定约束”，所有的行为都是二者的混合体。
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标准社会科学模型不但成为知识界的正统，而且还占据了道义上的权威地位。当社会生物学家首先开始挑战它时，他们遭到了凶悍的反击，其凶猛程度即使是以学术诽谤的标准来衡量也极不寻常。生物学家E.O.威尔逊（E.O.Wilson）在一次科学会议上被人浇了一壶冰水，学生们拿着手提大喇叭叫嚣着要开除他，张贴海报鼓动人们在他的讲座上鼓噪添乱。“科学为人民”以及“反种族主义、反智商、反等级社会大运动”这类组织发表了愤怒的宣言和连篇累牍的檄文。在《不在我们的基因中》（Not in Our Genes）一书中，理查德·列文廷（Richard Lewontin）、斯蒂文·罗斯（Steven Rost）和列昂·卡明（Leon Kamin）影射了唐纳德·西蒙斯的性生活，将理查德·道金斯的一篇辩驳文章篡改为语无伦次的昏话。道金斯提到基因时说：“它们创造了我们、身体和心智。”这些作者不断重复地引述为：“它们控制了我们、身体和心智。”在《科学美国人》刊登一篇关于行为遗传学的文章时（文章主题是对双生子家庭和被收养的研究），他们将文章起名为《再谈优生学》（Eugencis Revisited），暗指那场旨在改良人类现存基因的臭名昭著的运动。当该杂志提到进化心理学时，他们将文章称为《新社会达尔文主义者》（The New Social Darwinists），暗指19世纪那场将社会不平等归因于资质禀赋差异的运动。即使是一位杰出的社会生物学实践者、灵长类动物学家萨拉·布拉弗·赫蒂（Sarah Biaffer Hrdy）也说：“我怀疑是否应当在高中阶段，甚至是本科阶段教授社会生物学课程。社会生物学所传达的整个信息都是导向个体的成功。这是马基雅维利式的，除非学生已经具备了适当的道德架构，否则我们教这些可能会培育出社会恶人来。这倒是完全符合雅皮士们‘自我优先’的精神气质。”
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整个学术圈都加入了这场闹剧，对可能需要在实验室或实地反复讨论的实证问题干脆进行投票表决。玛格丽特·米德（Margaret Mead）对“牧歌般平等主义的萨摩亚人”的描绘是标准社会科学模型的一份奠基性文件，当人类学家德里克·弗里曼（Derek Freeman）证明她列举的事实有惊人的错误时，美国人类学学会在他们的会议上投票表决，指责弗里曼的研究结果是不科学的。1986年，20位社会科学家在一次名为“脑与侵犯性”的会议上起草了《塞维利亚反对暴力声明》（Seville Statement on Violence），该声明后被联合国教科文组织采用，并由几家科学组织共同签署。声明宣称要“挑战一些已被提出但未经证实的生物学研究结果，这些结果已被用来对暴力和战争进行合理化解释，而解释者甚至包括我们学界中的一些人”：
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说“我们从我们的动物祖先那里继承了制造战争的倾向”在科学上是不正确的。
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说“战争或任何其他暴力行为是在基因上深植于我们人性中”在科学上是不正确的。
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说“在人类的进化过程中自然更倾向于选择侵犯性行为而不是其他行为”在科学上是不正确的。
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说“人类有一个‘暴力的脑’”在科学上是不正确的。
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说“战争是由‘本能’或任何其他单一动机导致的”在科学上是不正确的。
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我们的结论是，生物学并没有宣布人类注定会进行战争，人性可以从生物学悲观主义的奴役中被解放出来，被赋予信心来承担国际和平年和未来岁月中所需要的改造性使命。
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到底是什么样的道德确定感刺激了这些学者们去曲解引用观点、封杀思想、对观点提出者进行人身攻击、以未经授权的组织或不得人心的政治运动给这些异见者抹黑，发动权威机构确立何为正确与错误的规则？这种确定感源于对人类秉性的3个假定含义的反对。
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第一，如果心智有一个天生结构，不同的人（或不同的阶层、性别，以及种族）就会有不同的天生结构。这就为歧视与压迫提供了合理的理由。
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第二，如果诸如侵犯、战争、拉帮结派以及追逐地位和财富这些可憎的行为是天性，那么它们就是“自然的”，因而也是好的。即使这些行为被认为不好，由于它们是基因决定的，没办法改变，所以试图进行社会改革是徒劳无功的。
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第三，如果行为是由基因导致的，那么个人不应当为其行为承担责任。如果强奸犯是遵从生物学的指令来传播他的基因，那就不是他的错。
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大概除了几个愤世嫉俗的辩护律师和逻辑混乱的半瓶子醋，他们都不大可能去读《纽约书评》中的宣言，事实上没有人得出这些怪异的结论。这些实际上被认为是无人指导的大众可能会得出的推论，所以这些危险的观点自身必须被压制。事实上，这3个论断的问题不在于其结论太令人生厌，因而任何人都不应当沦于这种观点的立场。问题在于，根本就没有这种危险立场；这些论断是不合前提的推论。要揭示其错误，只需检验一下理论的逻辑，将科学问题与伦理问题区分开来即可。
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我认为科学家不应当躲在象牙塔里追求真理，而不受道德和政治思想的干扰分心。任何一项涉及其他生命的人类行为都既是心理学的研究内容，也是道德哲学的研究内容，二者都很重要，但二者不可混为一谈。关于人性的辩论已被一种思想惰性所搅混，这种惰性体现在出现道德问题时不愿意进行伦理道德方面的争论。这种趋势不是根据权利和价值的原则去推理，而是套用现成的道德标准，或是宣传一种自我感觉良好的美好人性，干脆省掉了我们对道德问题的争论。
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