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如今，约翰逊正致力于培养能够对达尔文的理论提出挑战的学生。与此同时，他还在年轻科学家中招收弟子。《设计推论》一书的作者，在数学和哲学领域均拥有博士学位的威廉·邓勃斯基（William Dembski）就是其中之一。
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约翰逊的早期学生中有一位是利哈伊大学的教授迈克尔·比希（Michael Behe）。留着一头乱糟糟的灰白头发、蓄着一把凌乱的灰白胡子的比希博士经常穿着一条工装裤，裤吊带拴在法兰绒衬衣上，乍看上去像是上世纪60年代的装束。在宾夕法尼亚州哈里斯堡长大的比希总是对事物的运行规律充满了好奇。也正是这个原因促使他选择了教授高中化学作为自己的职业。“那太有趣了，”他说，“我们把那些东西混合起来，然后就看着它们产生奇妙的爆炸效应。”
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完成化学专业的本科学业之后，比希在宾夕法尼亚大学获得了生物化学博士学位，并在美国国立卫生研究院进行博士后研究。在国立卫生研究院从事研究工作期间，比希邂逅了一位信奉基督教的女士。那位女士对达尔文的进化论表示出了怀疑的态度。当时比希觉得她的观点听上去滑稽可笑。他所在的天主教家庭曾教导他相信，上帝或许是选择了进化的方式来创造世界。作为一名从事实际研究工作的科学家，他想不出任何理由去怀疑那样的假设。他在化学及生物化学研究中接触到的事例似乎都证明达尔文进化论是一位真正的科学家应有的世界观基础。
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1985年，比希开始在利哈伊大学任教，不久后他就读到了但顿的书。书中那些表达清晰、极具说服力的观点令他震惊不已，他想不通为什么自己在博士和博士后研究中从来就没有听到过那样的反对意见，甚至后来作为一名学者和从事实际工作的科学家的岁月中也从未听到过。那本书对比希产生了一种非常奇特的影响，事实是它令比希感到异常愤怒。他感觉自己就像是个白痴——研究了那么长时间的化学和生物化学，却从未想到过那些事情，更谈不上去做什么相关研究了。他感到自己在学术领域被人误导，他开始认真反省，然后又和研究生们与同事们沟通。然而却没人愿意理会但顿的那些观点。
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1991年的一天，比希走过系办公室大厅的时候看到一张桌子上放着一本《科学》杂志。那期杂志上刊登了一篇有关菲利普·约翰逊的《审判达尔文》的报道。读完那篇文章后，比希又一次被激怒了——按他自己的话说，他个性里有着强烈的爱尔兰人的火爆脾气。那篇《科学》杂志的文章根本没有提及约翰逊的观点，而只是引用了一连串露西妮·斯各特（Eugenie Scott）对约翰逊的书进行恶毒攻击的言辞。斯各特所在的美国国家科学教育中心是一家致力于审查科学教材，维护达尔文进化论的“正统”地位的机构。比希随即给《科学》杂志的编辑写了一封言辞激烈的信，指出《科学》杂志的角色应该是认真对待科学评论者的观点，而不是对他们进行人身攻击。
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作为一名生物化学家，比希研究的专业领域是细胞。他非常清楚，每一个细胞其实都是一个微型世界，里面充满了极其复杂精密的各类系统和微型机械，它们必须彼此紧密协作才能使细胞得以存活。因着这样的专业背景，比希后来又被另一本有关生命起源的书深深地吸引住了。那本书的书名是《关于熊猫和人类》，其中一幅照片是沙地上的一串潦草的字迹：“约翰爱玛丽”。作者指出，我们在日常生活中很容易发现，独立的个体（如这个例子中的写在沙地上的单个字母）只有按照一定方式组织起来之后才能清楚地表达信息，而这就是一个非常明显的“智能设计”参与其中的例子。比希说，“那听上去完全正确。我们在生物化学中也能看到同样的事实，一旦不同的个体按照某种秩序组织起来，就形成一个具有单个个体所不具备的功能的复杂系统。”
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随着越来越多像比希一样的科学家发现信息在决定生命形态中所起的作用，存在一位“设计者”的观念就变得越来越令人信服。信息本身并不能进行有序的组织，井然有序的组织也不可能碰巧发生。当你走在沙滩上的时候，有没有见过因海风的吹拂在沙地上留下“约翰爱玛丽”的字样？然而，相比一条DNA里包含的数以百万计的遗传信息而言，“约翰爱玛丽”不过只是呀呀儿语。
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读完《关于熊猫和人类》之后，比希决定自己写一本有关进化论的书。在他那本《达尔文的黑匣子》中（编者注：中文版由中央编译出版社出版），比希提出了一个他称为“不可还原的复杂性”的概念：大量的生物系统所包含的个体都完全彼此依赖，如果缺少其一，整个系统就无法运行。进化论完全是一个不可能站得住脚的理论，因为系统中的每个个体都不可能单独运行，如果其中某个个体发生了“进化”而其他个体又保持原貌，那个“进化”的个体就会变得一无用处。也就是说，整个系统的每个个体必须同时、整齐划一地突然“进化”，这在达尔文的“渐进式进化”前提下是完全不可能发生的事情。
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比希将这些生物系统与捕鼠器做了一个比较。一个捕鼠器要正常工作，必须要有一个底板、一根弹簧、一个捕获器，以及一根具备抓住老鼠所需的力量的释放杆。没有哪一个部件可以独立完成“抓老鼠”的任务。单是一块底板对于“抓老鼠”毫无用处，单独的弹簧、捕获器以及释放杆也是一样。如果你把它们彼此分开，它们就成了一堆无用的垃圾。同样，细胞内的大量结构都同时依赖于蛋白质和氨基酸两种成分的结合，它们彼此分开后毫无用处，唯有按着某种特定的设计组合才能实现相应的功用，而那样的设计往往是极其复杂的。相比而言，“约翰爱玛丽”的确只是呀呀儿语。生物系统的这种“不可还原的复杂性”——即在没有“特定设计”情形下单独的部分毫无用处——充分证明生物系统不可能经由一个漫长、缓慢、偶然的过程而进化产生，所有的证据都清楚地指向一位“智慧的设计者”。
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然而，真正令达尔文学派不得不引起重视的是比希对人类凝血机制的研究。我们的血液的凝结过程（不会凝结过度，而是刚刚好）是由大约20多种不同的分子结构参与的十个步骤。如果我们的血液不能凝结（就像血友病患者会出现的症状一样），哪怕只是一个最小的针眼都会成为致命的伤害。反之，如果伤口愈合后我们的血液仍旧继续不停地凝结，那恐怕我们就得变成一大块血冻了。
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因此，在我们体内起作用的凝血机制成了关键所在。要制造出一个完全平衡的凝血系统，一连串的蛋白质成分必须在很短时间内被注入血液。比希将那样的现象称为一个“层叠式”过程，很像是多米诺骨牌效应。当你把一些多米诺骨牌排成一行，每块骨牌之间留少许间距，然后推到第一块骨牌，它就会击倒第二块骨牌，第二块又击倒第三块，然后是第四、第五块……所有的骨牌必须同时在相应的位置，整个过程才有可能实现。比希因此做出结论，人类凝血过程的“不可还原的复杂性”完全否定了“渐进式的”达尔文理论，并同时证明了有一位“智能设计者”存在的假设。
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在以科学依据对达尔文理论提出质疑的同时，一批像比希那样的有威望、治学严谨的科学家也同时开始披露达尔文主义者对待他们所提出的事实依据时的并不严谨的态度。显而易见的是，被冠以“科学”头衔的达尔文理论并不总是“真正的科学”。
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当世界知名的学者拉塞尔·杜立德博士（Dr. Russell Doolittle）对比希的观点提出质疑的时候，有关达尔文进化论的论战进入了一个新的阶段。杜立德博士是加州大学圣地亚哥分校的生物化学家，同时还是拥有极高威望的美国国家科学院院士。他曾40年如一日地从事人类凝血机制的研究。在刊登在麻省理工学院的《波士顿观察》上一篇名为《精巧的平衡》的论文中，杜立德引用了《细胞》杂志上登出的一篇研究报告，那篇报告指出人类的凝血机制是由一种自然的进化过程产生。在论文结尾处杜立德这样写道，“在凝血过程中，全体蛋白质的集体到场并不是必需的，这就好比一个小型乐队同样可以奏出和谐的乐章。”看上去似乎杜立德已经成功地驳斥了比希的观点。
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比希非常认真地回应了杜立德的质疑。然而，当他仔细阅读了杜立德引用的那篇研究报告之后，他不禁大吃一惊。虽然拉塞尔·杜立德曾认真研究过人体的凝血机制，但他似乎还算不上是一位严谨认真的阅读者——要不就是他太过倾向于认为那些实验必定能够证实自己所持的观点。事实上，他完全误解了刊登在《细胞》杂志上的那篇研究报告。那份报告的结果其实恰恰证实了比希的观点：如果去掉一部分蛋白质，整个凝血机制就出现紊乱——其结果将是致命的。
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于是，比希给杜立德发了一封电子邮件，建议他更加仔细地重读一次那篇实验论文中的结论。杜立德在回信中承认自己的确误解了那篇论文的意思，但仍坚持认为他那篇文章中的其他理论依据已足以反驳比希的观点。而他也一直未曾收回他所发表的那篇文章。
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除了粗心大意，一些达尔文主义者甚至对事实完全不予理会，只是对反对者进行谩骂攻击，甚至恐吓威胁。
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达尔文进化论的主要卫道者之一、牛津大学教授理查德·道金斯（Richard Dawkins）在回答一名记者提出的有关比希的问题时这样说：“设想一下……一群组织严密、资金充足的疯子死硬着要证明古罗马帝国从来就没有存在过，哈德良长城、维鲁拉米亚姆、庞培、罗马城都纯属捏造。拉丁文和它所有丰富的文学遗产，以及所有其他的拉丁系语言，都不过只是维多利亚时代编造出来的谎言。当然，那些罗马的‘否定论者’只是一些对社会无害的狂热分子，至少不如他们所效法的犹太种族大屠杀的‘否定论者’那样有害。我们只需要用微笑和容忍对待那些疯子就够了，就像我们也曾对‘地球扁平论学派’微笑一样。不过，如果你刚好是一位毕生从事古罗马历史、语言和文学研究的学者和教师，那么你也许会渐渐失去容忍的能力。”
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听到有人把自己和为种族大屠杀辩护的“狂热分子”相提并论自然不是一件值得开心的事情。然而在比希看来，对方那样丧失理智的言辞恰恰说明他们根本无力反驳自己的观点。《达尔文的黑匣子》出版近十年以来，还没有人能够真正驳斥比希的观点。对于比希而言，这已经是最大的褒奖了。
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今天，如果你胆敢向任何一间校董会提出达尔文进化论的谬误，或是建议允许在课堂内对“智能设计论”进行讨论，你将要面对的很可能不仅仅是遭到拒绝，你还很可能会被人谩骂，被诬图谋推翻美国宪法，以及被贴上“无知的宗教激进主义者”的标签。人们甚至还会把你和塔利班相提并论。你只需看看如今在全国性媒体上对发生在堪萨斯、俄亥俄以及全国其他地方的激烈争论的报道就知道我说的意思了。诚实无伪的辩论和令人信服的科学证据已完全不被容忍。
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为什么人们不能容忍？为什么我们不能听一听两边的意见？这难道不就是科学的功用吗——对假设提出疑问，在疑问中探寻真知？
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曾在华盛顿大学和加州大学伯克莱分校任教的贝勒大学社会学教授罗德尼·斯达克（Rodney Stark）提出了一个近乎合理的解释。斯达克声称自己既不是一名进化论者，也不是智能设计论者，他说自己只是一名乐于寻求历史证据的学者，并称自己对达尔文主义者进行了一项深入的研究。他的那篇名为《为了上帝的荣耀》的研究报告已由普林斯顿大学出版社出版。斯达克认为，有关进化论的论战并不是一场“英勇的”科学家想要竭力击退宗教“狂热分子”的迫害的争斗。斯达克在文章一开始就这样写道，“从本质上说，这场争斗是披着科学外衣的好战的无神论者对宗教进行的一场攻击，目的是想要反驳一切涉及造物主的宗教观念。因此，他们常常试图禁止所有针对达尔文理论提出的科学性的批评意见。”
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例如，被称为“达尔文的斗犬”的托马斯·亨利·赫胥黎（Thomas Henry Huxley）在论战中就采用了“只提供两种选择”的策略：要么接受达尔文，要么相信《圣经》的字面意义（在赫胥黎时代，知识分子最害怕的就是被扣上“圣经字义论者”的帽子）。赫胥黎对质疑达尔文理论的人提出的新物种可以在没有祖辈的情况下出现的观点大加嘲讽，然而，就连他自己也知道，寒武纪时期大量出现的新物种正是属于那样的情况。正如斯达克所指出的那样，在达尔文正统学说被建立150年之后的今天，进化论仍然无法填补存在于不同生命物种之间的那一段空白。
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然而，赫胥黎家族却依然一代接一代地继续着他们的误导行动。1958年，托马斯·赫胥黎的孙子朱利安·赫胥黎大胆地宣称：“达尔文所提出的进化论是一个无可争辩的事实”。斯达克认为，对达尔文学说认识得更为全面的朱利安·赫胥黎之所以会那样说，是因为他相信“自己的谎言可以为‘启蒙运动’的更为重要的利益服务。”
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如今，这样故意欺骗的模式依然如故。例如，曾恶意攻击过比希的理查德·道金斯就曾说，“即便没有能够支持达尔文进化论的真实证据……我们仍然有理由认为进化论优于其他所有理论。”真的吗？就算没有证据也可以？
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正如斯达克所说，事实上就连达尔文本人也承认自己的理论中存在大量有待解决的问题。例如，他从来都没能证明“自然选择”可以使一种物种转变成为另外一种。他进行过的所有繁殖实验都没能证明他的理论，因此他一直无法对那些物种的发源地作出合理的解释。另外，他还曾经承认，自己所提出的自然的“渐进式演化”是支持他理论的最为重要的原则，然而他一直都未能找到可以证明那样原则的证据。如今，虽然已经过了这么长时间，进行了无数次的考古挖掘，科学家们仍旧未能找到任何可以支持“渐进式演化”原则的证据。达尔文曾坦言，如果生命形态并不是自发产生的，那就一定是“某种神奇的力量使它们在这个星球上出现。”
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