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人们经常谈论密码学问题与实验方法的关系。密码学家约翰·查德威克（John Chadwick）写道：
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密码学是一门科学，核心在于演绎和控制实验。形成假说，进行检验，频繁地抛弃假说。未被抛弃的假说通过了检验，它们不断发展、成熟，最后在某一时刻，实验者发现他已经获得了坚实的基础：他的假说前后一致，意义的片断脱去伪装呈现出来。于是密码被攻克。也许这个时刻最好这样界定：这个有希望的方向产生令人目不暇接的进展。这就像核物理中的连锁反应的开端一样：一旦突破临界状态，反应便会自我增殖。
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为便于讨论，假定伏尼契手稿是完全无意义的胡话，作者是一位聪明而狡猾的人。看来确实有一种简单的办法，不必破解密码就可以断定它是不是无意义的胡话。
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密码学家的工作依赖于对语言的统计分析。并非每个字母都同样常见。这意味着，在许多种密码中，可见符号出现的频率不同。
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英语中最常见的字母是“e”。这个字母并非在所有语言中都最常见（在俄语中最常见的是“o”），但是，在每一种自然语言中，都有一些字母比其他字母更常见。
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也许你会认为，随机地选出一些符号，构成一组无意义的、假冒的密文，则每个符号的频率都差不多。未必如此。你可以尝试“随机”地写出一串字母或数字。你会无意识地使某些字母或数字更加常见，你很难不这样做。人类的大脑不可能创造真正的随机性。一段假冒的密文可能使某些字母更常见，各字母出现的频率可能碰巧与作者的母语（或其他语言）频率相同。
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这并不是说统计方法没有用；这里有更加细腻的考虑。在真正的密码中，字母被符号替代，此时，某些字母组成的“对”应当比其他的“对”更常见。例如，“th”和“is”在英语中是非常常见的组合，而“q”的后面几乎总是跟着“u”。
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这种规律还可以反着用。有些字母对相对罕见。在英语里，字母“c”和“d”很常见，但是“cd”的组合很难见到，同样的原理也出现在三个（或更多）字母的组合中。所有的元音字母经常出现，许多由元音字母组成的对也是常见的，但是由连续三个元音字母构成的组合是罕见的，甚至不存在。
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这些原理确实提供了一种方法来鉴别真正的密码和无意义的胡说，例如，对巴尔扎克《婚姻生理学》中的假密码的分析。《婚姻生理学》出版于1829年，是一本关于婚姻和婚外情的讽刺性手册。书中有一句话：“L’Auteur pense que La Bruyere S’Est trompe.en Effet，……”，在这句话后面插入了两页密码，这段密码从来无人破译。许多读者猜想，这段文字一定非常色情，以至于出版商不敢直接印出来，这种想法驱使许多人致力于破解这段密码。这本书问世多年以后，巴尔扎克给出了一些提示。
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这段密码中包含大写字母和小写字母，许多字母带有重音符号，有些字母头朝下。其中还有数字和标点符号，但是只有几个空格。有些人认为，一个重要的线索在于，密码的结尾一定是“全文完”，而且其中一定有“可耻！”这个感叹句（在英语中也是这样）。
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对巴尔扎克密码进行频率统计，结果发现它与法语和其他欧洲语言迥异。据此，几乎可以肯定这些符号是随机选出来的，而且很可能是排版工人干的。这本书后来再版时，这段“密码”甚至有了变化。
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伏尼契手稿也受到了类似的详细审查。但是与巴尔扎克密码不同，伏尼契手稿表现出与真实语言非常相似的统计模式。有一些符号对经常组合在一起（例如AM、AN、QA、QC，根据班尼特的表示法）。有一些常见符号很少组合在一起。实际上，这些模式甚至比英语的模式更明显。伏尼契密码比任何已知的欧洲语言都更少了一些随机性。
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字母（或其他符号）在文本中形成重复模式的程度可以用一个统计量“熵”表示。出于一种奇怪的巧合，伏尼契手稿中每个字母对应的熵与波利尼西亚语大致吻合。关于伏尼契手稿的猜想很多，但是从来没人设想过它是根据夏威夷人或塔希提人的语言加密而成的。
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波利尼西亚语以字母精简而著称。夏威夷字母表中仅有12个字母，再加上一个极常用的撇号。伏尼契手稿中有21个常见符号，加上几个不常见符号。手稿的“熵”显示，它的原文本比大多数自然语言更符合一定规则。
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这是支持伏尼契手稿是真正的密码而非无意义的胡话的有力证据。很难相信，一部赝品会做得如此精密，竟然骗过了语言统计学。
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这也证实，手稿不是对某种欧洲语言的简单加密。手稿似乎使用了一种常见单词比欧洲语言少的“语言”。也许像纽博尔德推测的那样，作者把发音相似的字母合并起来了。还有一种可能，作者创造了一种类似于世界语的语言，原文是以这种语言写的。当代学者普遍认为，这部手稿是在哥伦布从美洲返回之后完成的（显然，作者不是培根）。
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洞穴寓言
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许多从密码学衍生出来的问题已经和日常生活没什么关联了。我们解释经验的方式很像破译密码。我们关于世界的心理图景是内嵌于流淌的感觉经验中，还是主要存在于一种解码方式——我们的大脑对这些经验的解释方式——之中呢？
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柏拉图的《理想国》中有一个“洞穴寓言”，本书中的思想实验源自这个经典的前身。《理想国》第七卷开头是苏格拉底和格劳孔的对话：[2]
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苏格拉底：接下来让我们把受过教育的人与没受过教育的人的本质想象成下述情形。让我们想象有一个洞穴式的地下室，它有一条长长的通道通向外面，可让和洞穴一样宽的一束亮光照进来。有一些人从小就住在这洞穴里，头颈和腿脚都被绑着，不能走动也不能转头，只能向前看着洞穴后壁。让我们再想象，在他们背后远处高一些的地方有东西燃烧着发出火光。在火光和这些被囚禁者之间有一条上升的路。沿着路边筑有一道矮墙。矮墙的作用像傀儡戏演员在自己和观众之间设立的一道屏障，他们把木偶举到屏障上头去表演。
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格劳孔：我看见了。
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苏格拉底：接下来让我们想象有一些人拿着各种器物举过墙头，从墙后面走过，有的还举着用木料、石料或其他材料制作的假人和假兽。而这些过路人，你可以料到有的在说话，有的不说话。
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格劳孔：你说的是一个奇特的比喻和一些奇特的囚徒。
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苏格拉底：不，他们是一些和我们一样的人。你且说说看，你认为这些囚徒除了火光投射到他们对面洞壁上的阴影而外，他们还能看到自己的或同伴们的什么呢？
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