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维生素在人体内如何起作用？药物如何起作用？遗传因子如何影响生命体？生物化学关注的生物体分子部分是什么？（什么是蛋白质、碳水化合物和脂肪？它们分别起什么作用？什么是核酸？它的作用是什么？）酶在生物体内是如何反应的？酶在生物领域有何作用？我们如何理解生物体中化学作用？酵母和肌肉的相似之处是什么？蛋白质在生命体内的作用是什么？我们如何将不同组织层面的观察联系起来？我们如何开发药品和合理的化学疗法？我们如何生产有针对性的药品？
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3.生物化学的信息
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从以上问题我们可以看出，生物化学家寻求的信息有：组成生命体单元必需的蛋白质和酶的信息，生命体必需的关键化学反应的催化作用过程的信息，人造生命反应的信息（例如在试管里的单纯酶研究），关于生物细胞分子结构不同酶的信息，关于多种酶系统运行的信息，等等。
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4.生物化学的判断
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从以上生物化学信息可以看出，生物化学家需要对重要的酶和蛋白质本质做出判断，需要对生物体新陈代谢、复杂保持过程和生命体成长做出基本判断。
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5.生物化学的概念
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从对以上生物化学的判断中可以看出，我们需要理解一系列重要的概念，才能明白生物化学的逻辑：研究生命过程的组织层面的概念（分子层面、亚细胞粒子层面、细胞层面、器官层面和整个生物体层面）。
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6.生物化学的假设
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从上述生物化学的概念可以看出，生物化学思维背后的关键假设：这些生物化学基础是建立在分子层面；对分子层面生命体研究最适合的技术是化学技术；用化学概念解释生命体是可能的；分析和发现单个分子的结构和动力是可能的；蛋白质和酶是生命过程的基础和关键；酶的反应对于理解生命体是非常重要的；并且，发展合理的化学疗法，并运用到医药和拯救生命体是可能实现的。
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7.生物化学的意义
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生物化学的逻辑有着特别和一般的意义。特别的意义与生物化学家提问的方式、信息收集方式还有信息解释过程有关。例如，这一领域的研究现状凸显出对上文所述概念分析的重要性，凸显出对生命现象进行分子层面分析的重要性（包括蛋白质、酶和化学催化反应）。而一般性的意义是，如果现在生物化学的原理是正确的，我们将越来越有能力增强人类和其他生物的生命力，减少疾病和其他亚健康状态（通过化学疗法的应用）。
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8.生物化学的观点
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生物化学的观点聚焦在生命体的分子层面，并且将这一层面视为生命体本质、功能和结果的最基本发现。生物化学中最重要的技术是化学，最重要的问题是生物。它将生命过程看作分子高度组合的结果，而从整个生物角度来看，生命过程又是丰富多样的。它将分子层面的过程看作研究的关键，包括遗传因子，都是对于宏观层面多样性的解释。
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显然，只要我们理解了生物化学的基本逻辑，我们就可以在生物化学课堂上通过自我提问将逻辑具体化：
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●今天我们的主要目标是什么？
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●我们努力要完成的事情是什么？
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●我们要问哪些问题？我们要解决哪类问题？
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●我们需要哪方面的信息或数据？
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●我们如何获取所需的信息？
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●为了解决当下问题，我们需要明白哪些最基本的观点、概念和原理？
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●我们如何看待这个问题？
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●这个问题与日常生活有什么关联？
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一次课可能特别关注某个概念如催化作用，而另一次课可能关注大分子、亚分子粒子，或是另一种酶、能量交换、DNA。理解整个生物化学的逻辑将使你了解自己对生物化学的理解程度，为什么某些概念重要，如何将前后所学联系起来。
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