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富兰克林对宗教的支持是因为其认为宗教有助于提高人的修为，而不是被神圣所激发。富兰克林曾写过一封信（大概是1786年写给托马斯·潘恩的），作为对一篇讽刺宗教信仰的文章的回应。富兰克林希望收信人不要将其异教徒式的文章发表，但他却在制宪会议讨论争执是否有害时（而不是其观点是否错误时），自己将它公之于众。“也许你会发现即使没有宗教的帮助，也可以很容易地过上一种道德高尚的生活，”富兰克林说道，“但是想一想人类中有很大一部分人是虚弱、无知的男女，还有很大一部分是未经世事、思虑不周的青少年，这些人需要宗教的帮助来使自己远离邪恶。”此外，富兰克林还表示这封信可能会给作者带来不愿见到的恶果：“他向风啐唾沫，结果却啐到了自己的脸上。”如果这封信真是写给潘恩的，那还算是有效果。潘恩当时一直在酝酿对有组织的宗教信仰进行充满敌意的攻击，也就是他日后所发表的《理性时代》。但他却并没有马上发表，而是推迟了7年，直至生命即将走向尽头才将其付梓。
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富兰克林所发挥的最为重要的宗教作用，就是对包容的提倡（这一点对塑造被启蒙的新共和国发挥了至关重要的作用）。富兰克林为费城所有的教派及其建筑都捐了款，甚至还在1788年4月为以色列犹太教修建新的犹太教堂捐了5英镑。富兰克林还反对宾夕法尼亚州宪法及美国宪法中规定任何宗教宣誓或限制宗教信仰的内容。1788年7月4日，费城为美国宪法的诞生而大肆庆祝。当时富兰克林的身体十分虚弱，已经不能起床了，但游行的队伍特意从其窗前经过。富兰克林第一次见到“基督教不同教派的牧师和犹太教的拉比们手挽着手，在大街上行走”。
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富兰克林对其宗教思想的最终概括发生在其逝世的一个月之前，那是对耶鲁学院院长埃兹拉·斯泰尔斯所提出的问题的回应。富兰克林一开始就重申了自己基本的信条：“我的确信仰上帝，信仰造物主。上帝通过福佑对世界进行统治。上帝也应该被崇拜。而我们回报上帝最好的方式就是对上帝的其他子民行善。”这些信仰对所有宗教来说都是最基础的观点，而其他的一切都只是锦上添花。
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随后，富兰克林又提到了斯泰尔斯关于其是否信仰耶稣的问题。富兰克林表示这是他有史以来第一次被直接问到这一问题。对此，他的回答是，耶稣所提供的道德体系“是，或有可能是，世界有史以来最好的”。但关于耶稣是否是神圣的这一问题，富兰克林的回答却极为坦率并充满嘲讽。他声称：“我对其神圣性表示质疑，但我不敢武断，因为我从未研究过这一问题。我认为现在也不必研究这一问题，因为我觉得不久之后就有机会知道真相（富兰克林指的是自己死后），而且也不用这么麻烦。”
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富兰克林的最后一封信写给了自己精神上的继承人托马斯·杰斐逊，这无疑是一个合适的选择。杰斐逊是美国最著名的启蒙主义思想家之一。杰斐逊前来看望富兰克林，并给他带来了法国朋友们的消息。杰斐逊写道：“随后富兰克林询问了所有法国朋友的情况，其语速之快和展示出的活力似乎已经超出了他的极限。”杰斐逊赞扬了富兰克林在其自传上取得的成就，认为那将具有很大的指导意义。“我不敢苟同，”富兰克林回应道，“但我会给你一个样本。”富兰克林抽出了一页，其内容是描述他在伦敦进行协商、希望避免战争爆发的最后几周的情况。富兰克林坚持将其送给杰斐逊留作纪念。
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随后，杰斐逊提出了一个神秘但又亟待解决的问题：在巴黎和谈中，富兰克林到底用哪张地图来表示美国西部边界的？在杰斐逊离开之后，富兰克林仔细研究了这一问题，并写下了其人生中的最后一封信。富兰克林的思维依旧清楚，足以精确地描述代表们当时所做的决定，以及其使用的、关于流入帕萨马科迪湾的不同河流的地图。
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就在其写完此信之后不久，富兰克林发起了高烧，胸痛开始恶化。他曾有连续10天因患重感冒、呼吸困难而不能下床。萨莉和理查德·贝奇陪在他的身边，坦普尔、本尼也在其左右。而波莉·史蒂文森也陪着他，恳求富兰克林更清楚地表明自己的宗教信仰，并且很高兴地看到他在床边放了一幅审判日的画。只有一次，在其能够短暂起身之时，富兰克林请求把自己的床铺好点，这样他就可以“体面地死去”。萨莉表示他一定会恢复，他还会多活好几年。富兰克林却冷静地回答：“我希望不会。”
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不久之后，富兰克林就得了肺脓肿，甚至都无法说话。本尼走到他的床边，他的祖父伸出了自己的手，把他的手握了好长时间。1790年4月17日晚上11点，富兰克林离开了人世，终年84岁。
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1728年，当富兰克林还是个初出茅庐、十分自豪的印刷工时（他认为自豪是一个正直的人做生意时必不可少的品质），他曾为自己写了一个有趣的墓志铭（或者只是为了博人一笑），充分反映了其对自己（在人世间）的天路历程的幽默立场。
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印刷工本杰明·富兰克林的尸体安放于此
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（就像一本旧书的封面，
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目录被撕去，
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字母和镀金也已经脱落）
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成为了虫子的食物。
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但它终将（正如其所坚信的）重新面世，
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以全新和更完美的版本
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在作者的修订和校正下。
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然而就在其去世之前不久，富兰克林指示在他和他妻子的墓地上放置一块更为简单的墓碑。富兰克林写道，他的墓碑应该是一块“6英尺长、4英尺宽的朴素的大理石，只在其顶部有一点儿小装饰，上面刻着：本杰明和德博拉·富兰克林”。
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当时有两万余人聚在费城，目送富兰克林葬礼的队伍前往离富兰克林家几个街区之外的教堂墓地，这一壮观的景象前所未有。走在最前面的是费城的牧师们——所有的牧师，无论信仰。
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富兰克林传 威廉·富兰克林：在其遗嘱中，富兰克林没有给他唯一健在的儿子任何东西，除了一些位于加拿大的不值钱的土地，以及免除了威廉的所有债务。“他在这次战争中扮演了反对我的角色，众人皆知且声名狼藉。这也就是为什么我没有留给他任何东西（除了一个庄园外）的原因。”威廉则认为自己已经还清了所有债务，因为他将自己在新泽西拥有的所有土地都转让给了他的父亲。因此，威廉公然抱怨遗嘱“可耻的不公”。在其生命最后的25年中，威廉从未回到过美国。但威廉仍然尊敬父亲的荣誉，从未在公开场合说过对富兰克林的不敬之词。实际上，当他自己的儿子坦普尔就是否应该编写一版富兰克林的传记和作品犹豫不决时，威廉自己已经开始了类似的工作，他希望能通过展示“富兰克林思想的转折和知识的渊博”向父亲致敬。但事实并非如此。威廉娶了自己的爱尔兰女房东玛丽·德伊芙琳。而在德伊芙琳于1811年去世之后，他就破产了，孤独终老。三年之后，威廉离开了人世。最后，他与自己儿子的关系也破裂了，承受着“与自己本性相违背的独居之苦”。