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因果概念在亚里士多德那里的应用要比在近代科学中的应用广泛得多：事物的出现所必需的条件都被称为原因。亚里士多德确认了在任何过程都起作用的四种基质或者四种原因：（1）质料因，他理解为天然的、未分化的材料，事物就是由质料因构成的。米利都的自然哲学家在试图用水、气或其他某种物质性基底解释世界时就是引入了这一原因类型。亚里士多德用雕塑家计划塑造其雕像所使用的无形式的青铜来阐明质料因。（2）形式因是指当事物完全实现其目的时，在事物身上所体现出来的模式或结构；形式因是事物本质上的所是。一个雕像的形式因就是雕塑家所想象的关于这座雕像的一般计划或观念；亚里士多德的形式因与柏拉图的形式相对应。（3）效力因或者动力因是积极的作用者，将产生的事物作为其结果。正是通过动力因，事物得以产生。塑像的动力因包括雕塑家在工作中使用的凿子或其他工具。（4）目的因是引导过程的目标或目的；目的因是制作事物的目的。在雕塑中，目的因是充分实现雕塑家目的的完整雕像。
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我们不能错误地认为，每一个个体事物只有一类原因。所有事物，不论是自然物、有生命的植物、动物还是人造物都可以通过所有这四种原因来说明。这四种原因在虚构物或艺术品中可能更易于辨别，但是亚里士多德认为在自然进程或者生命有机体的成长中也能辨别出这四种原因。发现一种原因绝不会排除掉其他类型的原因。这四种在人的创造活动中很容易辨别的原因在自然中也同样起作用，特别是在有机世界中；唯一的区别在于，在自然中艺术家和他的作品不是分离的，而是一回事；可以说，艺术家在他的作品中。计划的形式和目标或目的是一致的：有机体的目的就是其形式的实现，形式或理念也是动力因，因此我们只有两个基本原因—形式和物质—它们构成了一个不可分的整体，只有通过思想才能加以辨别。
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形式是有目的的力量，在物质世界中实现其自身。有机体通过理念或者目的的活动而成为其所是。在种子中有一个引导性原则发挥作用，这一原则使种子只可能变成产生种子的同一类植物或动物。虽然个体产生和消逝，但是形式和类都是不变的。
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如果形式支配着作为潜在形式的物质，那么自然如何经常没有实现其目的，经常是不完全、不完善和有缺陷的？亚里士多德将自然的失败归于物质的不完善：物质不再只是可能性，还是某种阻碍形式的东西，具有自己的力量。表述某一类型的个体的多元和差异，雌雄之间的差异，以及世界上所有的怪物和畸形，都是由物质对形式的抗拒引起的。
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运动或变化被解释为形式和物质的统一。理念或形式导致了物质的运动；理念是施动者，而物质是受动者。运动即事物由潜在状态成为现实。仅由理念的存在如何引起运动？物质努力实现其形式，理念的存在激发了物质的运动，使得物质具有了实现其形式的欲望，并且既然形式和物质是永恒的，运动也就是永恒的。
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第六节 目的论
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亚里士多德的形而上学在目的论这里达到了顶峰：在他看来，物质所具有的永恒运动预设了一个永恒的施动者，这一运动者引起了运动，而自身却并不运动。宇宙中一个特定的运动是由其他运动产生的，而后一运动又是由第三个运动产生，等等。既然不可能存在无限倒退，就必然要有一个不动的施动者或者上帝，作为这一系列运动的第一因。如果运动的第一因自身运动，那么它就必须被其他运动的事物推动，如此永远往复，这就无法解释运动。在某个地方，运动必须由不动的事物引起。因此必定存在着一个永恒不动的第一施动者，它是自然中所有生命力的最终根据。
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亚里士多德从运动到不动的运动原因的这一论证可能是被称为上帝存在的宇宙论证明的第一个完整表述。由不变和不动的上帝产生运动，亚里士多德试图解决这一形而上学之谜，他认为上帝在其他事物中产生运动，这一产生方式类似于欲望的一个稳定的理想或者对象使得人们愿意行动。“欲望的对象和思想的对象，”他说，“以这样一种方式运动，它们运动而不是被其他事物推动。”上帝作用于这个世界，并不是真正移动事物，而是像一幅图画或一个理想作用于灵魂。换言之，上帝是所有事物的目的因；他是世界的最高目的或者最高的善。世界上所有的存在者，如植物、动物和人都因为这一最高的善或上帝而渴望实现其本质，上帝的存在是它们欲望的原因。因此上帝世界的统一的和指导性原则，是所有事物努力实现的目标，是解释世界上所有秩序、美和生命的原则。
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上帝是没有掺杂物质的纯粹形式；第一因是不动的，必须是没有物质的形式，是纯粹的形式，因为哪里有物质，哪里就有运动和变化。所以上帝就是物质和形式不可分离这一原则的例外。亚里士多德的一些批评者认为他的这一观点放弃了其哲学的中心观点，回到了柏拉图主义。柏拉所图坚持的形式世界和事物世界之间的二元论是不是以一种新的形式复活了？必须承认，这一反对具有相当的说服力。上帝是完全的现实性，也就是说，上帝是所有事物努力实现的目的或目标。但是他自身没有潜在性。在诸实体中，唯有上帝享有所有事物实现状态的特征，而同时又没有任何潜在性。他是最为卓越的实体，在最为卓越这个词的重要意义上，他可以被认为是唯一的实体。最后，上帝是思考思维的思维，在人类的所有活动中，唯有思维可归于上帝。思维是人的最高级功能，是人的真正神圣的特征。人的理性被认为是神圣理性的标志。但是上帝的思维的对象是什么？很明显唯一有价值的是上帝自身，正是在这一意义上，上帝被描述为思考思维的思维。用亚里士多德自己的话说，“上帝必定是自身思考思维；并且他的思考是思考思维的思考。”上帝的思维特征明显不同于人的思维。人类的思维是推论性的，也就是说，是以从前提到结论这一形式一步一步推进；而上帝的思维则完全是直观的，也就是说，他通过洞见来把握对象。上帝不能被认为是通过三段论进行论证；无论知道什么，上帝都立刻知道。
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亚里士多德的上帝观作为反思的思维—返回自身意义上的反思—受到了许多嘲讽，其中有一些不无道理。上帝既充当了知识的主体，又充当了知识的对象，这不是很难理解吗？一种真实的和直接的自我知识不是完全不可能的吗，即使对上帝来说？即使我们承认这是可能的，这具有什么重要性吗？这样的思考是脱离实际的思考，如此纯粹以至空洞。上帝的思考没有对象，他自己的思考的活动性就像一面镜子反射另一面镜子，因此没有反映任何东西。亚里士多德上帝概念的不充分性非常明显，以至于不需要进一步考虑。上帝的活动性在于思维，在于对事物本质的沉思，在于对事物完美形式的洞察。上帝没有印象、感觉和欲望，没有欲求意义上的意愿，没有激情意义上的情感；他是纯粹的理智。而我们的理解力是推理的，我们的知识是零碎的，需要一步一步向前推进，而上帝的思维则是直觉式的；他同时理解所有事物，并且完全理解它们。上帝没有痛苦和激情，并且极为幸福。他是一个哲学家渴望成为的最为重要的事物。
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让我们用一个简短的表述来结束对亚里士多德目的论的这一阐述，这一表述包含了其目的论的主要特征。亚里士多德所认为的现实是由众多个别实体构成，每一个实体都是形式和质料的结合；这些实体按照形式对质料的支配排成一个连续的系列；至高无上的实体就是纯粹形式或者上帝。
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第七节 物理学
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亚里士多德的物理学，即物体和运动的科学，以反对德谟克利特的原子论和机械论为特征。他反对按照原子局部位置的变化以数量来解释有形世界的所有变化过程。亚里士多德对物质的解释比德谟克利特的解释更有活力，后者认为物质是被动迟钝的；事实上亚里士多德有时赋予物质以物活论者曾经加于其上的性质。真空连同原子一起被否定；空间被定义为作为包围者和被包围者的物体之间的界限。凡是未被其他事物包围的事物都不在空间中；因此恒星以外并没有空间，因为没有限制它们的物体。没有物体存在，也就不存在空间。不可能存在无限的空间；世界有限的；它作为一个整体是不运动的，而只是部分在发生变化。既然空间不可能被设想为不运动，而上帝又不运动，因此上帝不在空间之中。
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亚里士多德用运动来指所有种类的变化；在他的目的论理论的语境下，他将运动定义为“可能性的实现”，列举了四类运动：实体的（起源和消亡）；数量的（物体通过增加或减少而在大小上的变化）；性质的（从一个事物变成另外一个事物）；局部的（位置的变化）。在亚里士多德看来，四种元素（他有时候列举了五种）可以相互转换；实体的混合产生了一种新的实体。性质并不像原子论者所认为的那样，是数量变化的纯粹主观结果，而是事物自身的真正性质。因此数量上的变化不能被机械地解释为是原子局部安排上的变化；物质存在着绝对的性质变化。
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所有这些观念都在根本上反对由原子论者提出的自然科学理论。对亚里士多德来说，自然是有活力的而不是消极的，是有目的的而不是机械的，是质的而非量的。他确信自己的形而上学预设的真理性，在解决科学问题时经常通过断言某些事情不可设想，因而不可能—也就是说，在他的形而上学框架内是不可设想的。从直到近些年都在近代科学兴盛、并且仍然有一些科学倡导者支持的机械论观点来看，亚里士多德的观点无疑是思维进程的一次退步；但是最近亚原子物理学的发展倾向于重述他对自然的活力或“能量的”解释。
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宇宙是永恒的，既不产生也不衰亡。地球是宇宙的中心。在同一轴心的层围绕地球的是水、气和火。然后是某些天体，由以太构成，有些天体携带行星、太阳和月亮。最后是最外层的恒星。为了解释行星的运动，亚里士多德引入了大量的反天体或“向后运动”的天体。上帝包围着恒星所在的最外层，并使其运动；这一层天体影响其他层天体的运动。但是亚里士多德有时违背这一解释，因为他也分配给每一层的天体一个精神，这一精神使得天体自身开始运动。
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第八节 生物学
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亚里士多德可以被认为是系统和比较动物学的创始人。他的生物学和其物理学一样反对关于自然的单纯数量、机械和因果的观念；他使这一观念附属于关于自然的质的、活力的和目的论的解释。自然中存在使运动开始并引导运动的力量；如我们所看到的，形式是有活力的和有目的的，是有机体的灵魂。身体是工具或者器具；器具为人所使用，预设了使用者，即灵魂；灵魂使身体运动并决定身体的结构；灵魂是生命的本原。亚里士多德的生物学理论就其假定在有机体中有一个有活力的、指导性的必要本原而言，可以被描述为物活论。人有手是因为他有心灵。身体和灵魂构成了一个不可分的整体，但是灵魂是控制、指导性的本原；也就是说，整体优先于部分，整体的内在目的优先于这一目的在部分中的实现；除了将部分与整体联系起来外，我们不可能理解部分。
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哪里存在着生命—生命的踪迹遍及自然，甚至存在于无机自然界中—哪里就有灵魂。与不同的生命形式相对应，灵魂存在着不同的程度或等级。灵魂不可能离开身体而存在，灵魂都具有特定的身体：人的灵魂不可能居于马的身体中。有机界形成了一个由最低级到最高级排列的上升的身体等级；并且形成了一个分级的灵魂系列，从管理营养、生长和繁殖功能的植物灵魂，到占有另外的和更高一级能力的人类灵魂。
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第九节 心理学
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人类是微观的宇宙和自然的最终目标，通过占据理性而区别于所有其他生命存在。人类的灵魂与植物灵魂相似，因为它具有维持生命所必需的较低一级的功能，与动物的灵魂相似，因为它具有感觉、所谓的共通感、想象、记忆、快乐和痛苦、欲望和厌恶等方面的能力。感官知觉是所感知事物通过感官的中介而在灵魂中产生的变化。不同的感觉使灵魂知道事物的性质；共通感的感官是心脏，共通感是所有感觉的汇集处，经由共通感我们能够将由具体感觉提供的性质结合起来，并获得对物体的总体印象。共通感还能够给我们一个关于性质的清晰描述—例如数量、大小、形状、运动和静止—这一描述为所有感觉所共有。共通感还形成了类的形象和混合形象，并且具有记忆或回忆以及联想思考的能力。快乐或痛苦的感觉被归因于知觉；当功能得到促进，快乐就会产生，而功能受到阻碍则会产生痛苦。这些感觉激发了欲望和厌恶，唯有欲望和厌恶能够使身体运动。只有当值得欲求的被灵魂认为是善的事物出现，欲望才会产生。伴随着审慎的欲望被称作理性的意愿。
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除了前面提到的功能，人类的灵魂还具有概念思考的能力，思考事物的普遍和必然本质的能力；如同灵魂通过知觉理解可感知对象时，通过理性把握概念。理性潜在地是灵魂能够设想或思考的任何东西；概念性的思考则是实现了的理性。理性如何思考概念？为了回答这一问题，亚里士多德区分了积极理性或创造性理性和消极理性。创造性理性是纯粹的现实性；创造性理性的概念由创造性理性实现，本质被直接认识到—在这里思维和其对象是一个东西；创造性理性与柏拉图的沉思理念世界的纯粹灵魂相似。在消极理性中概念是潜在的；消极理性是质料，作为形式的创造性理性作用于质料；在消极理性中潜存的概念通过创造性理性成为真实的或者实存的。如同在一个特定有机体的成长中存在着这个有机体会在其质料中实现的完全形式或者理念，在推理过程中，形式必定潜存于消极理性。亚里士多德在形式和质料之间作的一般的哲学区分在应用到精神世界时，他似乎需要区分理性的形式和质料阶段、积极理性和消极理性、实际理性和潜在理性：在消极理性中潜存的概念在创造性理性中则是现实的。
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知觉、想象和记忆与身体相联系并且随身体一起消亡；消极理性因为以感官影像为中介运行—这样的影像是消极理性中概念被激起的原因—所以同样是会消亡的。但是创造性理性并不会被感觉所污染；它可能优先于身体和感觉灵魂而存在；它绝对是非物质和不毁灭的，不受身体的束缚，因此是永恒的。积极理性是来自外部的神圣心灵的火花；与其他物理功能不同，积极理性在心灵的发展中并不出现。因为积极理性并不是个体的理性，个体的不朽对积极理性来说没有意义；某些亚里士多德的解释者甚至将积极理性等同于普遍理性或者上帝的心灵。
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