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事实上，亚里士多德的体系和基督教哲学之间存在着重要差别，这些差别在经院哲学的历史进程中是显而易见的。亚里士多德宣扬宇宙的永恒，而教会宣扬从无到有的创世；亚里士多德否认个人灵魂的不朽，而教会则肯定这一点；亚里士多德的伦理学是自然主义的，而教会的伦理学则是超自然主义的。但是当这两种权威理论产生分歧难以达成一致时，经院哲学家就会对这两种理论进行协调、和解、修正和补充，以便适用他们的需要—经院哲学家的这一工作成果卓越。
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第二节 奥古斯丁的神学
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但是，12世纪传统的神学运动并没有随着亚里士多德的出现而结束。教会的教义在柏拉图的思想影响下继续发展，而代表了正统思想和希腊哲学第一个伟大综合的奥古斯丁神学继续对神学运动产生着重要影响。在13世纪初，经院哲学的任务是尽可能地吸收新材料，对其进行改造，以符合经院哲学自己的体系—结果它自己也逐渐发生了改变。但是基督教的某些老师很少受到这一新哲学的影响，仍然主要忠诚于12世纪的传统。这些人中有哈尔斯的亚历山大和根特的亨利。其他人像大阿尔伯特和圣托马斯·阿奎那试图对传统神学和逍遥学派的思想进行综合；还有一些人像布拉班特的西格尔则致力于一种他们所理解的、纯粹的亚里士多德主义。不久的将来的发展路线就是朝着逍遥学派哲学和经院哲学的以往成就的结合这一方向的。
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哈尔斯的亚历山大（1245年去世）是一个英国的方济各会僧侣，他在箴言集（《神学大全》）中首先用这一新学说证明过去的教义。首先提出问题，然后对问题进行回答，再引用典籍对回答进行演绎证明。他将安布罗斯、奥古斯丁、杰罗姆、可敬的比德、阿尔昆、安瑟伦、维克托教派、伦巴第人彼得和明故的伯纳德等人视为信仰问题上的权威，将柏拉图、亚里士多德、阿尔法拉比、阿维森纳、安萨里、西塞罗、马克罗比乌斯、波依修斯、卡西奥多罗斯视为理性的权威。在他的神学、形而上学和心理学中，亚历山大显示了他对奥古斯丁主义的偏好，也表明了他没有非常深入地理解新运动的思想。
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第三节 大阿尔伯特
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1193年，大阿尔伯特出生于符腾堡的劳因根，他在帕多瓦和博洛尼亚的大学里学习哲学、形而上学、医学和神学，于1222年进入多明我会的修道会。他在巴黎和科隆作为哲学教师赢得了巨大的声誉，并以大阿尔伯特闻名于世。阿尔伯特于1280年去世。他注释了亚里士多德的著作、《圣经》和箴言集；他的哲学著作和神学著作有：《宇宙的起因和过程》《论理智的统一性，反对阿威罗伊主义》《神学概要》《精神的极乐世界》。
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参考书
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《大阿尔伯特》，J.Sighart编辑，三十六卷本，1857年。
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阿尔伯特作为教会博士，最早建立了以亚里士多德哲学为基础的经院体系。但是在他的著作中，阿拉伯人的影响是显而易见的。在讨论与神学有关的问题时，他也遵循迈蒙尼德的《迷途者指南》，这本书似乎比他的其他权威和正统观点更为一致。阿尔伯特在自然科学研究方面表现出浓厚的兴趣，经常被称为罗吉尔·培根在这一领域的先驱。但是尽管他坚持根据经验来研究自然，却还是陷入了通常的经院哲学习惯，用亚里士多德的眼光来看待自然。阿尔伯特以其研究的广度而非深度著称，在批评的敏锐和思辨的力量上要逊于他那伟大的学生圣托马斯·阿奎那。
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阿尔伯特认为，哲学问题应当以哲学的方式来对待，神学问题应当以神学方式来对待。这种分为哲学和神学两个领域的倾向预示了后来的双重真理学说，之所以出现这种倾向，是因为许多学者越来越相信，某些像三位一体说和道成肉身说这样的教义不可能从逻辑上证明。例如，没有什么东西能够从无中产生，这一原则在物理学上是真实的，但是在神学上却并非如此；这对具体的或次要的原因来说是真的，但并不适用于最终原因。奥古斯丁是阿尔伯特在信仰问题上的权威，而亚里士多德则是他在自然科学和理性神学方面的权威，但他也承认这位希腊思想家并不总是同教条的神学相一致。
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阿尔伯特的学生圣托马斯以一种杰出的方式发展和完善了他的思想，圣托马斯的广博体系是13世纪经院哲学的最好范例。
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西方哲学史（增补修订版）
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第三十一章 圣托马斯·阿奎那：经院哲学的巅峰
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托马斯是阿奎那的兰道夫伯爵的儿子，1225年或1227年出生于那不勒斯附近一个古老的城堡，在蒙特卡西诺修道院的本笃会僧侣那里接受教育。年轻时他不顾父亲的反对，加入多明我会，然后一直在科隆、巴黎和博洛尼亚。在那里，他成为大阿尔伯特的学生。学习期满后，托马斯在科隆、巴黎、博洛尼亚、罗马和那不勒斯教授神学和哲学。在这段旅行和教学期间，他专心建构有史以来最重要的天主教思想。托马斯死于1274年，被同时代人称为天使博士。1323年，托马斯被教皇二十二世封为圣徒。
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圣托马斯对许多著作进行了注释，其中包括亚里士多德的著作，并写了许多哲学和神学专著。他的主要著作有：《神学大全》《反异教大全》和《论君主制》（只有一部分是他的）。
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参考书
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《神学大全》英译本，1912年~1922年；《反异教大全》，1923年~1924年；A Pegis，《圣托马斯的基本著作》，1945年，以及R. McKeon，《中世纪哲学选集》，两卷本，1930年，包括英译本选集；P.Rouselot，《圣托马斯的唯理论》，第3版，1924年；M.Grabmann，《托马斯·阿奎那》，1920年，V.Michel英译本，1928年；E.Gilson，《圣托马斯·阿奎那的哲学》，1924年；D.J.Kennedy，《圣托马斯·阿奎那和中世纪哲学》，1919年；M.De Wulf，《以圣托马斯·阿奎那体系为例的中世纪哲学》，1922年；A.E.Taylor，《哲学研究》，1934年；A.C.Pegis，《圣托马斯和希腊人》，1939年；M.C.D’Arcy，《托马斯·阿奎那》，1930年。
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第一节 哲学和神学
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圣托马斯的体系是我们已经表述过的运动的典型代表。这一体系的基本目标是要证明宇宙的合理性是上帝的启示。在其一般纲要上，托马斯的体系与奥古斯丁的形而上学一致，他接受已经成为教会遗产的学说，将其作为指导原则。但是他接受了亚里士多德的方法，并始终运用亚里士多德的概念。我们再次听到纯粹作用、形式和质料、现实和潜在、四因以及其他逍遥学派的解释原则。但是他的体系中并没有削弱教会教义的倾向。亚里士多德的自然主义绝不会干涉基督教思想体系的超自然主义，因此圣托马斯严格的正统性没有招致任何异议。
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在圣托马斯看来，哲学是由事实到上帝；而神学则是由上帝到事实。他遵循阿尔伯特关于理性和信仰的区分：像三位一体说、道成肉身说、原罪说、创世说和圣礼这样的教义不可能通过自然理性得到证明；它们并不是哲学的对象，而是信仰的问题，是启示的真理—位于理性之上。我们不可能证明这些教义，也不可能反驳它们，但是我们可以反驳对这些教义的反对意见。例如，没有必然的证据可以证明世界在时间中被创造的教义，那是启示的问题，否则我们就不会知道这一教义。只有相信这些信条，才能理解它们的合理性、可理解性和似真性。任何试图给宗教神秘性以理性证明的做法实际上都破坏了信仰，因为只相信理性能够证明的东西，这没有什么好处。信仰是意志问题：意志要求人接受信仰。圣托马斯将这一强制性解释为内在的本能（上帝诱导我们相信教义），或者作为神迹的结果从外界来到我们这里。
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巴黎大学在一项法令中正式承认将启示的神学与自然的或者理性的神学分开，“哲学教师不应当考虑任何明确属于神学的问题”。正统的基督教，无论是天主教还是新教都接受了这一规定。圣托马斯的这一区分对哲学是一个真正的贡献，这实际上将神学问题排除在哲学讨论之外。邓斯·司各脱和他的追随者们进一步使理性的或自然的神学不受理性的裁判。
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