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和圣奥古斯丁一样，圣托马斯也将恶视为匮乏。只要一个事物按照其善的本性而行动，它就不可能是恶的。恶是由于在形式或原因方面有缺陷的行动引起，或者由于物质有缺陷的状态即结果引起的。在道德上的恶方面，这一缺陷在于意志，意志缺乏理性规则和神圣法则的引导，所有事物都致力于善，因此它们所实现的恶都在其意图之外。这对于理性存在者来说尤其如此。无论他们追求什么，他们都视其为善；他们所追求的也可能是恶，但是他们并不是因为它是恶的才追求，而是因为他们从善的角度视其为善的—虽然他们的观点是错误的。
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圣托马斯的伦理学体系以启示学说结束，这一学说接受了奥古斯丁和正统神学的观点。在亚里士多德的形而上学中，存在的最低级阶段被认为是质料，质料临近于和形式有关的较高阶段的质料，如此类推一直到序列的最后。圣托马斯采纳了这一学说，称自然的人是为精神的人作准备的质料，精神的人凭借上帝所施与的恩赐，能够比亚里士多德学说中的人上升到更高的完善状态。亚当的原罪败坏了人的本性，他的罪也传给了他的后代（原罪说），而只有神恩才能拯救他。教堂的圣礼是上帝赐予人们恩典的工具或者手段。上帝赐予那些将要得救的人以恩典。在他看来，这并没有剥夺意志的自由，因为神恩可以通过与人的意志合作而在人身上发挥作用。上帝并不对人没有复归于上帝负责，他预见到某些人将会滥用他们的自由并做坏事，他允许他们这样做，并预先决定要惩罚他们。但是所有伦理和宗教进步的目标乃是普遍的复活，包括肉身的复活。
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第七节 政治学
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在其国家的理论中，圣托马斯将亚里士多德的观点与已经由圣奥古斯丁在《上帝之城》中提出的基督教的政治理想结合了起来。人是政治动物，在社会中生活。所有政府的目的是共同的福利：这一目的只有在一个内部团结、和平安全并且抵御外在敌人的社会中才能实现。君主政体要防止暴政，但是即使在受到极端压迫的情况下，弑君或者革命也永远得不到辩护。人们应该通过法律手段，依据宪法找到补救办法—因为政治秩序是神圣的秩序；如果诉诸法律不可能，就应当由上帝来处理这一后果。
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统治者应当将神圣目的放在心中，并使他的臣民实现这一最高的善。但是既然人类的最高的善是永恒的幸福，教会和其领导者，也就是作为上帝在尘世代表的教皇就高于世俗权力。因此，在精神事务方面，尘世的统治者要服从于神父，他们是教会的封臣，他们的臣民在他们被逐出教会后就不会忠于他们。国家不再像奥古斯丁在《上帝之城》中所指出的那样，被视为人的罪恶本性的结果，而是凭借神的力量建立起来的机构。
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第八节 圣托马斯的追随者
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圣托马斯的追随者包括：戈特弗里德·方丹、阿吉迪斯·科隆纳、斯特拉斯堡的托马斯、贺斐·耐德瑞、托马斯·布雷德沃丁、卡普雷奥吕、弗兰德斯的多米尼克、托马斯·德·维奥（卡耶坦）和但丁（1265年~1321年），但丁的《神曲》表明他是托马斯哲学的狂热追随者。
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耶稣会会士莫利纳、加布里埃尔·瓦斯奎斯、弗朗西斯·苏亚雷兹教授经过修正的托马斯主义，弗兰西斯·维多利亚和巴涅斯则继续宣扬托马斯原来的观点。
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1286年，多米尼克称圣托马斯为“教团博士”。耶稣会在罗耀拉（1534年）创建他们的体系时是以托马斯的学说为基础的，但是后来又背离了这些学说。教皇十三世将圣托马斯的哲学作为天主教会的官方哲学，命令出版托马斯著作的新版。托马斯主义是当今天主教的主要哲学体系。
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西方哲学史（增补修订版）
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第三十二章 反经院哲学的倾向：神秘主义、泛神论和自然科学
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第一节 神秘主义
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除了大阿尔伯特和圣托马斯重要的经院哲学体系外，在13世纪还存在着我们在概述12世纪思想时已经注意到的、作为补充的和敌对的运动：神秘主义、逻辑和科学研究以及泛神论继续吸引着教会的许多学者。
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费登萨的约翰（1227年~1274年）被称为圣博纳文图拉，是哈勒的亚历山大的学生，属于奥古斯丁主义盛行的方济会。虽然他写有《箴言集》和注释性著作，但尤其以一个神秘主义者而著称。他的学术倾向于奥古斯丁—柏拉图主义的思想模式，但是他的神秘主义同圣维克托学派的神秘主义没有本质差别。他主要的神秘主义著作是《心向上帝的旅程》。
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通向上帝之路从认知开始，经过反省到达沉思。在沉思中我们经历了几个阶段：我们在有形世界中沉思上帝，然后在我们自己的内在生活中沉思上帝，由此上升，直接看到上帝自身。在这一最高阶段，灵魂超越了自身，进入一种圣洁的无知状态，通过爱而与神的意志合而为一。这样一种出神的状态是神恩赐的礼物，圣洁和祈祷的生活是对这一出神状态的准备。圣博纳文图拉自己是阿西西城的圣方济会的托钵僧道会的成员，他将修道院的禁欲生活及对清贫、贞洁和顺从的誓言视为基督教完善的最高形式。
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第二节 逻辑学
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在这些作家中，致力于逻辑和语法研究的是希雷斯伍德的威廉（1249年去世）、欧塞尔的兰伯特（1250年去世）以及西班牙的彼得（很可能就是死于1277年的教皇二十一世）。彼得写了一本逻辑学的教科书《逻辑简述》，这本书大致上采纳了亚里士多德和波依修斯的观点，几个世纪以来一直是这一学科的权威著作。巴黎的尼古拉斯从1250年到1263年在克劳斯—布吕诺教书）在他的《混合范畴论》中将语法和逻辑结合起来。
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参考书
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E.Gilson，《圣博纳文图拉的哲学》，1924年，D.I.Trethowan和F.J.Sheed译。
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第三节 自然科学
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