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尽管教会有权力，而且要求独立并反对教会权威的精神曾在很长时间内处于郁积状态，但是这一精神从来没有完全消失。它在政治领域表现为教会同国家的斗争，这一斗争很早就开始，并且双方的斗争很激烈。胜利从教皇转移到君主那里，又从君主转移到教皇那里。格里高利七世的统治（1077年）标志着教会的胜利：德国的亨利四世曾到卡诺萨进行忏悔并向教皇致敬。英诺森三世在位期间（1198年~1216年）教会的权力达到了顶峰，但自那之后就开始衰落，法国的菲利普四世在同教皇卜尼法斯八世的斗争中取得胜利，迫使教廷迁到阿维尼翁，在那里从1309年持续到1376年。正是在这一时期，唯名论运动和德国的神秘主义取得了重大进展。从1378年到1415年，教皇的职权发生了重大分裂。这段时间有两个教皇（一度有三个）进行统治。教皇像巴比伦囚虏一样被囚禁在阿维尼翁，加上教会的分裂，这对教会来说是可怕的灾难。既然教会自己都发生内讧，她又怎么能宣称自己在世俗或精神上至高无上呢？这一不幸状况使巴黎大学产生了建立国家教会的思想。如果世界可以有两个教皇，为什么每个国家不能有自己的大主教？也有人反对教皇在教会内部的专制，他们主张既然教会高于教皇，那么他就应当服从于教会会议。
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在这里出现了国家主义和教会主义之间、民主和专制之间的斗争。早在12世纪，布雷西亚的阿诺尔德就曾反对教会的世俗权力，并在罗马建立了共和国，不过这个共和国时间很短，阿诺尔德于1155年被处死。最初，教会学者支持教会，但是渐渐地教会内部产生了反对罗马教廷世俗权力的意见。
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那些赞同教会至高无上地位的几乎都是过去的正统经院学者，即14世纪的奥古斯提诺斯·特拉姆福斯和艾尔瓦拉斯·培拉基斯。但丁（1265年~1321年）在他的《神曲》中支持君主在世俗事务中的至高无上，而教皇在精神事务中是至高无上的。奥卡姆的威廉、维克利夫和帕多瓦的马斯利乌斯都反对教会的世俗权力。马斯利乌斯宣扬国家的帝制理论、人民主权论和契约论。
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第三节 异端倾向
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在教义方面，异端倾向从早期基督教试图宣传其宗教纲领时就一直伴随并从未消失过。在追溯教义的演进时我们就已经指出，要注意那些其学说反对正统教义的众多教派。马尔西翁是基督教保罗派的热烈拥护者，他谴责任何带有犹太教和圣彼得派的学说，并成为一场以不同形式持续了数世纪的运动的奠基者。从公元5世纪起，在亚美尼亚和小亚细亚就有马尔西翁教派，即保罗教派的继承者。从10世纪起，在保加利亚就有鲍格米勒派。11世纪，在法国南部出现了一个被称为卡特里派的教派，宣扬与鲍格米勒派类似的学说。在几个世纪中，教会在阿比尔教派开始有影响时，发动了一场针对这一教派的残酷战争，在恐怖的宗教裁判所的帮助下，教会成功地彻底破坏了这个教派。12世纪，在意大利北部出现了一个类似教派，这个教派叫韦尔多教派，由彼得·韦尔多在1170年建立，这一教派直到今天仍然存在。韦尔多的学说有：强调通过信仰进行辩护，宣扬忏悔说，赞同布道而不是仪式，反对告解、豁免、神迹、圣徒崇拜和圣餐变体说。他视《圣经》为信仰的准则，并翻译《新约》供一般人研究。
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14世纪和15世纪，维克利夫（1327年~1384年）在英国发动了伟大的改革运动，约翰·胡斯在波希米亚继续了这一运动。维克利夫反对教会体系、圣徒崇拜、牧师独身、禁欲、弥撒、圣餐变体、等级统治和教皇的最高权力。他要求恢复最初的会众组织，教会和国家各自独立。与宗教改革的愿望相随的是正适合社会改革的愿望：英国的瓦特·泰勒和德国的托马斯·闵采尔成为社会改革的领袖。
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第四节 自由探索的精神
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在那些拒绝接受正统哲学的人身上也体现出同样的思想独立的特征。我们已经讨论过司各脱·爱留根纳的泛神论，这一理论受到了教会的诅咒，还有泛神论者弗洛里斯的约阿希姆、图尔南的西蒙、博尼斯的阿马利克、迪南特的大卫，这些人的思想都显示了非凡的自由。圣维克托的虔诚的神秘主义否定理性和信仰结合、科学和宗教结合的可能性，从而动摇了经院哲学的根基。即使在12世纪正规的经院学者那里我们也能发现自由的倾向。事实上，当人们开始思考时，尽管他们有正统的信仰，但很容易不时同规定的教义发生冲突。安瑟伦的唯一目标就是要使信仰理性化，但他却同他之前的圣奥古斯丁和司各脱·爱留根纳一样，有时候险些同教会的教义发生冲突。罗瑟林关于共相的反思使他成为彻底的异端。阿伯拉尔整个一生给人的唯一印象是他身上存在着理智的健全和对教会的忠诚之间的冲突。独立精神的火花在沙特尔的伯纳德、康切斯的威廉、波瓦雷的吉尔伯特、索尔兹伯里的约翰以及所有的教会主教的著作中都可以看到。伦巴第人彼得在《箴言》中的讨论也显示了理智上的求知欲，这种求知欲充分表明了独立思想的前途。这一时代的思想家所严肃思考的许多问题，今天在我们看来，似乎空洞和荒谬是因为我们对人生的看法已经发生剧烈的变化；在中世纪的宗教情境中来考虑这些问题，它们代表了富于探究精神的心灵的活动。
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13世纪学者们从柏拉图的实在论转向亚里士多德的实在论。对亚里士多德的学说感兴趣，这本身就是思想自由的证明。亚里士多德不是宗教徒，并且关于他的著作的知识是从“异教”的阿拉伯人传到西方世界的。很自然，教会最初谴责他的哲学，但是不久就根据自身需要采纳了它，并将其作为正统的基督教体系。13世纪初，理性和信仰之间的结合已经松散，而新的世界观有助于加强这一结合。诚然，在这方面亚里士多德主义被用作那个时代自由倾向的矫正手段，暂时遏制了自由思想的潮流。同时，亚里士多德主义自身之内就包含着危及经院哲学的要素，最终鼓励了自由探究的精神。教会将一个无宗教信仰的哲学家置于如此高的地位，这就拓宽了人的理智视野，加深了他们对于古代人成就的敬重。亚里士多德的体系也有助于激发自然研究的兴趣，这最终证明是对自由探究的巨大刺激。这一体系也在柏拉图的实在论和唯名论之间，进而也在柏拉图的实在论和近代科学之间搭起了桥梁。亚里士多德的哲学是自然主义的，基督教的思想是超自然主义的；虽然圣托马斯·阿奎那试图用基督教的超自然主义来补充亚里士多德的世界观，这两条思想路线之间的矛盾仍然存在。这一矛盾迟早要显现出来，当矛盾显现时，人们对亚里士多德的尊敬使得他的异端理论仍然受到欢迎。
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但亚里士多德的哲学毕竟是“希腊人的礼物”，它导致了经院哲学的最终解体。圣托马斯在亚里士多德的基础上构建了一个为教会所接受的体系；邓斯·司各脱（顺便提一下，他并没有被封为圣徒）相信他在反对圣托马斯的理智主义、实在论和决定论的观点上，在强调具体事物的实在性上，在宣扬作为个体的人的重要性和个体良知的价值上都忠实于亚里士多德主义。他的学术也为经验主义和唯名论铺平了道路。
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奥卡姆的威廉大胆地发展了司各脱学说的某些结论，攻击经院思想的基础。如果共相是不真实的，它们就只是单词，如果神学是空洞的科学，就让教会将它们抛弃。信仰应当取代理性的位置。我们应当结束教会同理性和尘世的结盟，恢复单纯的信仰，恢复使徒时期神圣教会的民主组织。
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神秘主义总是厌恶理性神学。但是尽管12、13世纪的神秘主义者具有反理智主义的学识，他们仍然忠于教会已经建立的学说。但是14、15世纪，神秘主义者变成泛神论者和唯名论者，如我们已经看到的，他们的学说虽然是为了维护神圣宗教的利益而提出的，但是大大削弱了经院哲学体系和可见教会的影响。
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西方哲学史（增补修订版）
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第三编 近代哲学
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第十篇 文艺复兴时期的哲学
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第三十七章 新启蒙运动
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第一节 理性和权威
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前文已经概述的倾向—唯名论的发展、思想的异端倾向、神秘主义以及对神学和哲学的经院主义结盟的反对—是文艺复兴和启蒙运动这两种伟大改革运动的先驱。这个时代开始批评旧传统和旧的语言和文学、艺术、神学系统、教会和国家的政治关系、专制的宗教。这种反思和批评精神默默积聚，最后爆发，公开反对权威和传统：国家反对教会，理性反对规定的真理，个人反对教会组织的强迫。教会和国家的冲突以有利于国家的方式得到解决，但是在教会和国家自身内部要求政治、经济、宗教和理智自由的愿望在文艺复兴和宗教改革运动中得到了部分实现，这一愿望在近代哲学和为人类自由和启蒙的其他斗争形式中也得到了体现。
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教会对人类心灵的权威被逐渐削弱，个人开始坚持他理智的独立性。理性在哲学上取代了权威，这一信念开始盛行：通过自由和不偏不倚的探究而不是通过权威的法令而获得真理。中世纪哲学的兴趣主要集中在超自然的事物上，而新时代的人们将目光从天堂转向尘世，自然科学逐渐位居前列。同样独立的精神在宗教中也显示出来：个人摆脱了教会的束缚而诉诸《圣经》和良知。他拒绝接受在他自己和他的上帝之间的制度性中介，并试图实现同他的信仰对象之间的直接的和个人的交流。
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