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此外，单子形成了一个渐次前进的序列，从最低级走向最高级。宇宙是由无限多数量的单子依照逐渐递升的清晰等级构成的，没有两个完全相像的单子。关于无法区分之物的等同原则是莱布尼茨形而上学的主导原则，此原则断言，不存在两个绝对相像的单子—如果两个单子彼此无法区分或无法辨别，它们就必然是同一的，也就是说，实际上是一个单子。莱布尼茨形而上学的另外一个基本原则是连续规律。自然中不存在跳跃，从最低级到最高级的链条上不存在断层；从最愚钝的无机物质到上帝之间存在着一个由极微小的差异构成的连续的链条。上帝是最高的完善的单子，是纯粹的活动（actus purus）、起源的单子、众单子的单子。连续性原则要求至高的单子必须存在。
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莱布尼茨的单子多元论与较早的一元论和多元论哲学相对比的话，不无益处。他的多元论与斯宾诺莎的一元论形成了最显著的对照。笛卡尔在一个重要方面属于多元论者：他断言了个体事物多元性的存在；但却把它们看作两种实体中的某一种的变异，这两种实体—物质和精神—在本质上对称、对立。另一方面，莱布尼茨的单子在本质上类似—尽管它们在程度上有差别。原子论者也是多元论者，因为他们断言存在很多同质的实在；但原子论者的原子是物质的，而莱布尼茨的单子是精神的。
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每个单子都处在演化的过程中，并带着一种内在的必然性来实现自己的本质。单子不是从外部被决定的；它没有任何可供事物进入的窗子；它将要成为的事物皆潜在或暗含在自身之内。从连续性原则中必然会得出这样的推论：过去不在单子中的东西现在也不会在单子中存在，现在已经在单子中的东西也不会再进入单子。单子通过了一系列的演化阶段，展开自身之内完成的一切。整个人类在亚当的精液和夏娃的卵巢中已经完成。成熟的个人已经存在于生殖细胞中，已经存在于胚胎和微型状态中。单子中的一切都不会丢失，一切都在所有阶段中保存，未来的阶段已经被先前的阶段预先决定。因此，每个单子都“携带着过去”，并“孕育着未来”。这种预成论—有时候称为先成说—在莱布尼茨时代的生物学家中十分常见，比如雷文霍克（Leeuwenhoek）和斯瓦姆丹（Swammerdam）。与预成论正相对立，后生说（epigenesis）理论断言“器官是从一个原初同质的细胞中逐渐分化和形成的。”这后一种观念于1759年被卡斯帕·弗里德里希·沃尔夫（Caspar F. Wolff）提出，然而，却没有得到大家的认可，直到1859年达尔文的《物种起源论》出版之后才有所改观。
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莱布尼茨这样描述有机体与无机体之间的差别：两者都是由单子或力的中心构成的，但有机体包含了中心单子，即“皇后单子”或是灵魂，这种单子表象了，或是在面前拥有关于整个物体的图景，是周围单子的指导原则。无机物体却没有以这种方式被中心化，而是由单纯的物质或单子集合构成的。物体愈是高级，它们愈发组织化—高级的有机体形成了一个秩序完好的单子体系。
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精神和身体的关系的问题可以这样表述：不妨问一下，中心单子是如何影响那些构成其身体的低级单子的呢？我们可以假定它们之间的相互作用，但是莱布尼茨已经告诉过我们，单子没有窗子，它们不可能从外界被作用或被影响。偶因论认为上帝同时制造了身体和精神，并调好了二者的行动，使之彼此合拍，就像钟表匠调好自己的钟表一样，但这种理论没有被接受。莱布尼茨的解释是，上帝在创造身体和精神的时候已经作了安排，从一开始，二者都要共同行进：身体和精神的关系是上帝预设的和谐。根本不存在因果作用。这是物理状态与心理状态之间的平行论，或者同时发生观点：在此意义上，身体就是灵魂的物质表现。然而，决不能忘记，身体自身就是由无限多的单子或精神性的力构成的，每个单子或精神性的力都是有机的，并且依照其本性预定的规律活动。“灵魂通过欲望、目的和手段，并依照最终原因的规律活动。身体依照运动或动力因的规律活动。两个领域彼此处于和谐之中。”[2]换言之，有机的身体和其最微小的构成部分都是上帝预先完成的：它们是“神圣的自动机”或“神圣的机器”。[3]
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这种生物化概念被进一步拓展，把整个宇宙都包含在内。所有的单子都像有机体的组成部分一样活动，每个单子都有自己要执行的功能。一切事物都有因果联系，但因果律仅仅意味着伴随发生的变化，是上帝已经预定的部分中的和谐活动。换言之，上帝以一种无须自己插手的方式安排宇宙：每一个单子的每一种状态都是单子先前状态的结果，并与所有其他单子的状态协同一致地进行活动。宇宙中存在着彻底的和谐。自然界的一切都可以被机械地解释，因为物理领域中存在规律、秩序和一致性。但是整体的意图却指向更高的理性：上帝是一切事件的终极原因。“机械力学导源于形而上学”，这是莱布尼茨置于其体系前端的格言。
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我们无法证明运动规律和自然规律的必然性；它们不像逻辑、数学和几何学的规律那样具有必然性。它们的存在依赖于其实用性，而实用性的根据在于上帝的智慧。上帝选择它们作为实现其目的的方法，因此，世界的存在要归因于上帝精神中的目的：上帝是最终的原因，他用动力因和次级原因作为手段。
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在此，我们获得了承诺中的机械论和目的论的调和。自然无须引入目的论概念就能够得到解释，但机械哲学又把我们引到上帝那里，因为没有神圣目的，我们就无法解释物理学和力学中的普遍原理。宗教和理性因此就得以和谐共处。和谐也存在于关于自然的物理王国和关于神恩的道德王国之间，道德王国把所有的理性灵魂都包括在上帝自身之中。灵魂是上帝的副本，是自我领域中的小小的神灵；人类的理性在类型上与上帝的理性相似，尽管在程度上有别。人的目的也与上帝的目的一致。因此，我们就拥有一个精神的王国或者联合体，一种灵魂的和谐；道德王国—如莱布尼茨所称，神恩王国—与物理王国相对应。但是，作为宇宙机器之建造者的上帝和作为神圣的精神王国之君主的上帝，这两者之间是和谐的。
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第五节 神学
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莱布尼茨的神学是其形而上学的组成部分。上帝是最高的单子，单子中的单子。上帝的存在可以有几种方式来证明。连续性原则要求力的序列的终点处有一个最高级的单子。此外，与充足理由原则一致，需要一个原因来解释单子自身。充足理由律是一个概括性的因果律，它断言对于一切真实或实在的事物，都必须存在一个其何以真实、何以实在的充足理由。最后，自然的秩序和和谐要求一个调和者；在此，莱布尼茨提出了目的论的或物理–神学的证明。所以，他采用了上帝存在的因果式论证，与宇宙论论证有关系，但又不一样。世界的原因必须在世界之外；它又必须是同一的，因为宇宙是一，此外它又必须是理性的，因为宇宙中有秩序。他提供了另一种论证，可以称之为认识论的证明。存在一些永恒的和必然的真理，即逻辑和几何学的真理，它们的存在预设一个永恒的有智慧者作为其前提。
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上帝和单子是永恒共存的。我们看到，在莱布尼茨的形而上学讨论中，他将单子定义为永恒的实体，但补充说，只有奇迹能够毁灭单子。然而，在他的神学中，莱布尼茨声称上帝创造了单子，并且只有上帝能够毁灭它们。有时候他称它们为上帝的“闪耀”或表现，这就与泛神论的观念非常接近。但总体说来，他的神学立场更接近有神论而非泛神论。
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作为单子的上帝是一个体、一人格。但他又超越所有的单子，他是超自然和超理性的，是最完善和最实在的存在。人类无法形成关于上帝的绝对清晰的概念，因为上帝是最高的单子，而人类是有局限的。完善的精神只能被完善的精神充分认识。但是，人类把每个单子中都拥有的某种程度的属性提升到了最高的力度，并将全知全能和绝对善良归于上帝。如此一来，我们就形成了有关上帝的概念：他是超理性的，但不是反理性的。人还有关于上帝的模糊和混乱的观念，一种向着上帝的渴望或奋争。因此，就有不同阶段的宗教，与神被认知的不同程度的清晰度相对应。
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上帝是完善的，不像所有其他单子那样经历发展和变化。他自身是完满的，他的知识也是完满的；他在一瞥中就看到了所有事物的全部。他是彻底实现的实在。他依照计划创造了世界，并选择这个世界作为所有可能世界中最好的一个。他的选择不是没有根据的，而是由善的原则，即道德必然性决定的。他也被逻辑必然性所决定：基本的思维规律约束人类、也约束上帝。
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但依照这种理论，我们如何解释世界中的恶呢？这个世界就是最好的可能世界，也就是说，在这个世界中同时有最大限度可能的变化与和谐。然而，世界并不完善；上帝在有限形式中表现自己本质的时候，也无法避免障碍和局限。这样的局限是形而上的恶；形而上的恶又导致痛苦和磨难，莱布尼茨称之为物理的恶，此外还导致罪和道德的恶。恶是善与美的陪衬；就像图画的阴影，可以帮助显示美好的事物。此外，美德在对抗恶中获得了力量；恶是刺激我们从事善行的鞭策。所有这些论证都可以追溯到斯多葛学派和新柏拉图主义者，尽管他们的影响已经成为了中世纪基督教神学的一部分。
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第六节 伦理学
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伦理学是理性的科学。有一些心灵固有的道德原则，不能被证明，但却一定可以从中得出其他的道德真理。道德原则就像本能一样，在我们之中无意识地活动，但我们可以察觉到它们，并把它们奉为道德真理。我们应该趋乐避苦的真理就是建立在对幸福的本能追求之上的，是依赖于内部经验的复杂的知识。这一原则可以被宣布为道德真理，可以从中推导出其他的道德准则。道德本能直接指导人，并且无需仔细思考，但它们并不是不可抗拒的，因为人的罪恶习惯和激情会败坏道德本能。正义的原则甚至存在于野人之中，并成为他们的本性的一部分；它是如此之根本，乃至一伙强盗也要遵守它才能维持团结。尽管传统、习惯和教育在促进人的心灵的道德倾向方面都有帮助，但它们最终还是根植于人性自身之中的。
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事实上，人们的确并没有始终遵守天生的道德规则；但这并不能证明它们对这些规则是无知的。人们并没有认识到这些道德原则这一事实，并不能构成反驳道德原则之内在性的论证，对于一个原则的公然违抗也不是对其有效性的反驳。诚然，这些规则没有始终被清晰地认知，但却需要被证明，就像几何学命题需要证明一样。持续的关注和方法论的反思对于它们的浮现来说是必要的，因为即便是学者或许也没有充分意识到它们。
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我们已经看到，精神生活本质上就是知觉和嗜欲，也就是认知和意动。知觉与嗜欲的结合叫作冲动或欲望。意志是有意识的冲动或奋争，是由清晰的观念指引的冲动。因此，它永远不会是漠然的意志，或者无常的怪想，而是始终被一个观念所决定。在不受外部决定的意义上，人是自由的—单子没有窗子以供任何事物进入并强迫它；然而，它却从内部被决定，被自己的本性、冲动和观念所决定。选择遵从最强烈的欲望。渴望自由地随意决定一种行动而不选择另一行动，就是渴望成为傻瓜。莱布尼茨是意志自由的热情的倡导者，但他强烈坚持的自由不是无常怪想或不确定性的自由，而是单子内在的自我决定的自由。
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第七节 逻辑和知识论
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莱布尼茨的知识是理论建立在他的形而上学的前提之上。他将关于真正知识的理性主义理想接受下来，作为建立在原理之上的普遍的和必然的真理体系，而不是从经验中派生出来的。宇宙是只有理性能够解码的数学–逻辑秩序。既然灵魂–单子是外部原因无法影响的独立存在，知识就无法从外部到达它，而是必须从灵魂自身内产生。因此，灵魂不可能就像洛克设想的那样只是一块白板，供外界的自然在上面书写字符。我们所有的知识都已经暗含在精神之中—感觉与知性也是如此；经验并不创造知识，而是把知识携带出来、清理出来，知识通过经验而变得清晰。任何不首先存在于感觉中的事物也无法存在于理智中—莱布尼茨补充道，除了理智自身。即便我们无视单子理论，他声明，也照样可以证明知识并非来自感官。如果知识来自感官的话，普遍知识就是不可能的，因为所谓的经验的真理不具备必然性，它们是偶然性的命题：我们不能断言，因为某事曾经发生，它就一定要一直这样发生。普遍的和必然的命题不是从经验中派生出来的；它们的起源和根基必须在精神自身之中。
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洛克曾经论证说不存在先天的或固有的知识，因为，如果它们存在，我们就应该始终意识到它。莱布尼茨回答说，这种论证只有在下述假定下才是有效的，即凡是心灵意识不到的事物都不是心灵所固有的。如果笛卡尔式的心理生活与意识的同一是合法的，洛克的论证无疑是有效的。但精神并非始终能够意识到它的观念；莱布尼茨断定了“微弱”知觉的存在—精神意识不到的知觉。固有的观念难道不会以这样一种无意识的方式存在于精神中吗？莱布尼茨在洛克的经验主义知识论中还发现了其他严重的缺陷。从经验中派生的，或是通过归纳得来的命题缺乏普遍性和必然性；它们并不能产生确定的知识：无论有多少此等事件的例证，都不能证明事件将始终如此发生且必然如此发生。我们拥有不依赖于感官证实的知识：普遍的和必然的命题，比如，数学的真理。很明显，在此情形中，理性添加了一些感官所不能提供的知识。逻辑学、形而上学、伦理学、神学和法理学中的众多命题所依赖的原理全都起源于心灵自身，而不是其他任何地方。可以确定地说，没有感性经验，我们可能永远不会意识到这样的原理；我们的感官为我们认知这些原理提供了契机，但并没有生产或创造原理。没有这些基本的原理，就不可能有科学，而只能得到一堆事实细节。
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必然真理的最终证明唯有来自于知性，而其他的真理则是从经验中或者感官的观察中派生出来的。我们的心灵能够认识两种真理，但心灵自身是必然真理的来源。无论我们拥有多少关于普遍真理的具体经验，都不能通过归纳而绝对保证它，除非我们通过理性认识到了它的必然性……感觉可以激发、证明或证实这样的真理，但不能论证它们永恒的和必然的确定性。[4]
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这种固有真理并不是作为被意识到的真理而存在的：“我们无法像从书中读出执政官的法令那样，从理性中读出永恒的规律，但当感官为我们提供契机的时候，我们加以关注，就可以发现它们。”观念和真理是固有的，就像倾向、禀赋和自然的潜能一样，但与行动不同，“尽管这些倾向总是会伴随着某种相应的不可感知的行动。”在此意义上，数学和几何学是潜在于我们自身中的；我们不需要运用任何经验的真理就能从自身得出它们。这些真理的发现—像洛克强调的那样—晚于它们由此构成的观念，但这并不能成为否定其原初性的证明；我们首先了解符号，而后是观念，然后才是真理本身，这一事实也同样不能否定其原初性。普通的原则—比如同一性原则—构成了我们思维生活本身；心灵时时刻刻都依赖它们，尽管需要极大的注意力才能够察觉到它们。甚至在我们的自然推理中我们也本能地使用到了这些逻辑规律，而没有意识到它们。我们已经看到，在伦理学领域中也存在这样的固有原则。
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